Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,343,391 – 15,343,516 |
Length | 125 |
Max. P | 0.990352 |
Location | 15,343,391 – 15,343,497 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 83.51 |
Mean single sequence MFE | -42.85 |
Consensus MFE | -39.01 |
Energy contribution | -38.87 |
Covariance contribution | -0.14 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -4.77 |
Structure conservation index | 0.91 |
SVM decision value | 2.21 |
SVM RNA-class probability | 0.990352 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 15343391 106 + 22224390 A---------CGAA--GGAGC---AGCGUCUGUACGGUUGAGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCUUAAAUCCAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCACGGAUCGCACUA .---------(...--.)...---.(((((((((((((..(((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).)))))..)))))))..))).))).... ( -39.80) >DroVir_CAF1 26137 108 + 1 A---------GCAUCCGCAUC---AGCGUCUGUACGGUUGAGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCAUUUAACUAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCAGUGGGCGCACUA .---------((..((((...---.))..(((((((((..(((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).)))))..))))))))).))..)).... ( -44.90) >DroGri_CAF1 25416 111 + 1 C---------GAAGCAGCAUCACAAGCGUCUGUACGGUUGAGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCAUUUAACCAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCAGUGGGCGCACUA .---------...............(((((((((((((..(((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).)))))..)))))))))...)))).... ( -43.10) >DroWil_CAF1 24695 115 + 1 AUCGAACACAGCCG--CUGGC---AGCGCCUGUACGGUUGAGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCUUUAAUCCAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCACGGAUCGCACUA ..........(((.--..)))---.(((((((((((((..(((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).)))))..)))))))).))..))).... ( -43.90) >DroMoj_CAF1 29266 108 + 1 A---------GCAUCAGCAUC---AGCGUCUGUACGGUUGAGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCAAUUAACUAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCAGUGGGCGCACUA .---------((....))...---.(((((((((((((..(((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).)))))..)))))))))...)))).... ( -44.30) >DroAna_CAF1 2485 97 + 1 --------------------U---GGCGUCUGUACGGCUGAGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCUUUAAUCCAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCACCGAUCGCACUA --------------------.---.(((((((((((((..(((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).)))))..))))))))..)).))).... ( -41.10) >consensus A_________GCAG__GCAUC___AGCGUCUGUACGGUUGAGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCAUUAAACCAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCACUGAGCGCACUA .........................(((((((((((((..(((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).)))))..))))))))..)).))).... (-39.01 = -38.87 + -0.14)
Location | 15,343,391 – 15,343,497 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 83.51 |
Mean single sequence MFE | -36.88 |
Consensus MFE | -31.36 |
Energy contribution | -31.08 |
Covariance contribution | -0.28 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -2.47 |
Structure conservation index | 0.85 |
SVM decision value | 1.24 |
SVM RNA-class probability | 0.934329 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 15343391 106 - 22224390 UAGUGCGAUCCGUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUGGAUUUAAGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACUCAACCGUACAGACGCU---GCUCC--UUCG---------U .((((((.((.((..((((...(((((.((((..((((((((((((........)))).))))))))...)))).)))))...)))))).))))).---)))..--....---------. ( -33.10) >DroVir_CAF1 26137 108 - 1 UAGUGCGCCCACUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUAGUUAAAUGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACUCAACCGUACAGACGCU---GAUGCGGAUGC---------U ....(((.((.(((.((((...(((((.((((..(((((((((((((......))))).))))))))...)))).)))))...)))).)))..((.---...)))).)))---------. ( -40.10) >DroGri_CAF1 25416 111 - 1 UAGUGCGCCCACUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUGGUUAAAUGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACUCAACCGUACAGACGCUUGUGAUGCUGCUUC---------G ..(((((.....)))))((.(((((((.((((..(((((((((((((......))))).))))))))...))))....(.(((.(((....))).))).)))))))).))---------. ( -34.50) >DroWil_CAF1 24695 115 - 1 UAGUGCGAUCCGUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUGGAUUAAAGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACUCAACCGUACAGGCGCU---GCCAG--CGGCUGUGUUCGAU ..(..((...))..)((((...(((((.((((..((((((((((((........)))).))))))))...)))).)))))...))))((((.(((.---....)--)).))))....... ( -41.30) >DroMoj_CAF1 29266 108 - 1 UAGUGCGCCCACUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUAGUUAAUUGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACUCAACCGUACAGACGCU---GAUGCUGAUGC---------U ....(((....(((.((((...(((((.((((..((((((((((((((....)))))).))))))))...)))).)))))...)))).))).))).---...((....))---------. ( -35.40) >DroAna_CAF1 2485 97 - 1 UAGUGCGAUCGGUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUGGAUUAAAGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACUCAGCCGUACAGACGCC---A-------------------- ..(.(((.((.((..(((((..(((((.((((..((((((((((((........)))).))))))))...)))).)))))..))))))).))))))---.-------------------- ( -36.90) >consensus UAGUGCGACCACUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUGGAUAAAAGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACUCAACCGUACAGACGCU___GAUGC__AUGC_________U ..(((((.....)))))((((((((((.((((..((((((((((((........)))).))))))))...)))).)))))...........)))))........................ (-31.36 = -31.08 + -0.28)
Location | 15,343,417 – 15,343,516 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.88 |
Mean single sequence MFE | -27.95 |
Consensus MFE | -26.17 |
Energy contribution | -26.17 |
Covariance contribution | 0.00 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -3.03 |
Structure conservation index | 0.94 |
SVM decision value | 1.98 |
SVM RNA-class probability | 0.984579 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 15343417 99 + 22224390 AGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCUUAAAUCCAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCACGGAUCGCACUAACCGCAUGAC--CA--ACA-ACCA---------------- (((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).))))).....((((.......))))............--..--...-....---------------- ( -26.20) >DroPse_CAF1 2787 118 + 1 AGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCUUUAAAUCCAACAACCAGUACUUAUGUUAUACUACGCCGUGCACUGAUCGCACUAACCGCAUGCC--AAGACCAAGCCAAAGCCAAAGACAAAGC (((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).)))))..((.((((.......)))).....((.((..--.....)).))....))............ ( -27.30) >DroGri_CAF1 25447 101 + 1 AGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCAUUUAACCAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCAGUGGGCGCACUAACCGCAUGCC--ACGCCUAC--AAA--------------- (((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).)))))..(.((((((((((.........)))).)).)--))).)...--...--------------- ( -32.40) >DroWil_CAF1 24730 100 + 1 AGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCUUUAAUCCAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCACGGAUCGCACUAACUGCAUGUC--CACACCAUCC------------------ (((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).))))).....(((...((((.(((.....)))..)))--).))).....------------------ ( -28.30) >DroAna_CAF1 2502 110 + 1 AGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCUUUAAUCCAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCACCGAUCGCACUAACCGCAUGCCUCCA--AAAAAAAA--------AACAAAAC (((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).))))).....((((.......))))................--........--------........ ( -26.20) >DroPer_CAF1 2768 112 + 1 AGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCUUUAAAUCCAACAACCAGUACUUAUGUUAUACUACGCCGUGCACUGAUCGCACUAACCGCAUGCC--AAGACCAAGCCAAAGCCA------AAGC (((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).)))))..((.((((.......)))).....((.((..--.....)).))....))..------.... ( -27.30) >consensus AGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCUUAAAUCCAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCACUGAUCGCACUAACCGCAUGCC__AAGACCAAACCA________________ (((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).))))).....((((.......)))).......................................... (-26.17 = -26.17 + 0.00)
Location | 15,343,417 – 15,343,516 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.88 |
Mean single sequence MFE | -33.98 |
Consensus MFE | -29.20 |
Energy contribution | -28.98 |
Covariance contribution | -0.22 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -1.91 |
Structure conservation index | 0.86 |
SVM decision value | 1.02 |
SVM RNA-class probability | 0.900701 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 15343417 99 - 22224390 ----------------UGGU-UGU--UG--GUCAUGCGGUUAGUGCGAUCCGUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUGGAUUUAAGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACU ----------------....-(((--((--(((((((.....(((((.....)))))......)))))))....((((((((((((........)))).))))))))......))))).. ( -30.10) >DroPse_CAF1 2787 118 - 1 GCUUUGUCUUUGGCUUUGGCUUGGUCUU--GGCAUGCGGUUAGUGCGAUCAGUGCACGGCGUAGUAUAACAUAAGUACUGGUUGUUGGAUUUAAAGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACU (((..(.((..(((....))).)).)..--)))((((.((..(..(.....)..))).))))(((((.((((..((((((((((((........)))).))))))))...)))).))))) ( -38.90) >DroGri_CAF1 25447 101 - 1 ---------------UUU--GUAGGCGU--GGCAUGCGGUUAGUGCGCCCACUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUGGUUAAAUGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACU ---------------..(--((((..(.--(((..((.....))..)))).)))))......(((((.((((..(((((((((((((......))))).))))))))...)))).))))) ( -32.80) >DroWil_CAF1 24730 100 - 1 ------------------GGAUGGUGUG--GACAUGCAGUUAGUGCGAUCCGUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUGGAUUAAAGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACU ------------------..(((.((((--.((.((((.....))))....)).)))).)))(((((.((((..((((((((((((........)))).))))))))...)))).))))) ( -31.80) >DroAna_CAF1 2502 110 - 1 GUUUUGUU--------UUUUUUUU--UGGAGGCAUGCGGUUAGUGCGAUCGGUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUGGAUUAAAGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACU ....((((--------(((.....--.)))))))((((....(((((.....)))))..))))((((.((((..((((((((((((........)))).))))))))...)))).)))). ( -32.20) >DroPer_CAF1 2768 112 - 1 GCUU------UGGCUUUGGCUUGGUCUU--GGCAUGCGGUUAGUGCGAUCAGUGCACGGCGUAGUAUAACAUAAGUACUGGUUGUUGGAUUUAAAGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACU (((.------.((((.......))))..--)))((((.((..(..(.....)..))).))))(((((.((((..((((((((((((........)))).))))))))...)))).))))) ( -38.10) >consensus ________________UGGCUUGGUCUG__GGCAUGCGGUUAGUGCGAUCAGUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUGGAUUAAAGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACU .................................((((.....(((((.....))))).))))(((((.((((..((((((((((((........)))).))))))))...)))).))))) (-29.20 = -28.98 + -0.22)
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