Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,152,464 – 15,152,605 |
Length | 141 |
Max. P | 0.805614 |
Location | 15,152,464 – 15,152,567 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 4 |
Columns | 105 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 91.89 |
Mean single sequence MFE | -22.70 |
Consensus MFE | -18.33 |
Energy contribution | -18.32 |
Covariance contribution | -0.00 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -1.95 |
Structure conservation index | 0.81 |
SVM decision value | 0.63 |
SVM RNA-class probability | 0.805614 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 15152464 103 - 22224390 UAUGUAU--AUAUUACCUUUUCAUGCGAAACUAUGCCGAUUUAAGUUUAGGUUUUAGUUUUAGAUUUACGGUUGUUUCCAUCUCGGUAUUAUGUAUGUGUGUAUG (((((((--(((.((((.....(((.(((((...((((...((((((((((.......)))))))))))))).))))))))...)))).))))))))))...... ( -26.60) >DroSec_CAF1 3406 105 - 1 UAUGUAUAUAUAUUUCCUUUUCAUGCGAAACUAUGCCGAUUUAAGUUUAGGUUUUAGUUCUAGAUUUACGGGUGUUUCCAUCUCGGUAUUAUGUAUGUGUGUAUG ((..(((((((((.....((((....))))..(((((((..((((((((((.......)))))))))).(((....)))...))))))).)))))))))..)).. ( -25.10) >DroSim_CAF1 3419 105 - 1 UAUGUAUAUAUAUUUCCUUUUCAUGCGAAACUAUGCCGAUUUAAGUUUAGGUUUUAGUUCUAGAUUUACGGGUGUUUCCAUCUCGGUAUUAUGUAUGUGUGUAUG ((..(((((((((.....((((....))))..(((((((..((((((((((.......)))))))))).(((....)))...))))))).)))))))))..)).. ( -25.10) >DroYak_CAF1 3328 98 - 1 -----A--UAUAUUUCAUCUUUAUGCGAAACUAUGCCGAUUUAAGUUUACGUUUUAGUUAUAGAUUUACGGGUGUUUCCAUCUUGGUAUUAUGUAUGUGUGUAUG -----(--(((((...(((...(((.(((((....(((...((((((((...........)))))))))))..))))))))...)))...))))))......... ( -14.00) >consensus UAUGUAU_UAUAUUUCCUUUUCAUGCGAAACUAUGCCGAUUUAAGUUUAGGUUUUAGUUCUAGAUUUACGGGUGUUUCCAUCUCGGUAUUAUGUAUGUGUGUAUG .....................((((((.....(((((((..((((((((((.......)))))))))).(((....)))...)))))))..))))))........ (-18.33 = -18.32 + -0.00)
Location | 15,152,495 – 15,152,605 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 4 |
Columns | 112 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 88.87 |
Mean single sequence MFE | -24.07 |
Consensus MFE | -17.66 |
Energy contribution | -19.22 |
Covariance contribution | 1.56 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -2.02 |
Structure conservation index | 0.73 |
SVM decision value | 0.56 |
SVM RNA-class probability | 0.782132 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 15152495 110 - 22224390 UAGUGCGCGUAUGAAUAUAUUUGUUAUAUUUAUGUAUGUAUGUAU--AUAUUACCUUUUCAUGCGAAACUAUGCCGAUUUAAGUUUAGGUUUUAGUUUUAGAUUUACGGUUG ((((...((((((((((((.....))))..(((((((....))))--))).......))))))))..)))).((((...((((((((((.......)))))))))))))).. ( -23.50) >DroSec_CAF1 3437 110 - 1 UAGUGCGCGUAUGAAUAUAAUUGUUAUAU--AUGUAUGUAUGUAUAUAUAUUUCCUUUUCAUGCGAAACUAUGCCGAUUUAAGUUUAGGUUUUAGUUCUAGAUUUACGGGUG ((((...((((((((.......(..((((--((((((....))))))))))..)...))))))))..))))..(((...((((((((((.......)))))))))))))... ( -28.30) >DroSim_CAF1 3450 110 - 1 UAGUGCGCGUAUGAAUAUAAUUGUUAUAU--AUGUAUGUAUGUAUAUAUAUUUCCUUUUCAUGCGAAACUAUGCCGAUUUAAGUUUAGGUUUUAGUUCUAGAUUUACGGGUG ((((...((((((((.......(..((((--((((((....))))))))))..)...))))))))..))))..(((...((((((((((.......)))))))))))))... ( -28.30) >DroYak_CAF1 3359 98 - 1 AAGUGCGCGUAUGAAUAU--UUGUUAUAU--AUGU--------A--UAUAUUUCAUCUUUAUGCGAAACUAUGCCGAUUUAAGUUUACGUUUUAGUUAUAGAUUUACGGGUG .(((...((((((((...--.((..((((--(...--------.--)))))..))..))))))))..)))...(((...((((((((...........)))))))))))... ( -16.20) >consensus UAGUGCGCGUAUGAAUAUAAUUGUUAUAU__AUGUAUGUAUGUAU_UAUAUUUCCUUUUCAUGCGAAACUAUGCCGAUUUAAGUUUAGGUUUUAGUUCUAGAUUUACGGGUG ((((...((((((((((((.....))))...((((((((....))))))))......))))))))..))))..(((...((((((((((.......)))))))))))))... (-17.66 = -19.22 + 1.56)
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