Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,610,515 – 1,610,612 |
Length | 97 |
Max. P | 0.999448 |
Location | 1,610,515 – 1,610,612 |
---|---|
Length | 97 |
Sequences | 5 |
Columns | 114 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 74.83 |
Mean single sequence MFE | -50.64 |
Consensus MFE | -29.00 |
Energy contribution | -29.16 |
Covariance contribution | 0.16 |
Combinations/Pair | 1.04 |
Mean z-score | -2.96 |
Structure conservation index | 0.57 |
SVM decision value | 3.61 |
SVM RNA-class probability | 0.999448 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1610515 97 + 22224390 GCCCGGCUAACAGCCGAGCAACACGUGGUCGGU------CAGCAGCAGCCACGUGUUGCUGCCGCGCCUGGUGA-----CCAGU--GGACAUCCUA---G-CGGAGAGCGAAGU ((.((((.....))))(((((((((((((.(..------......).))))))))))))).((((..((((...-----)))).--((....))..---)-)))...))..... ( -41.90) >DroSec_CAF1 6258 96 + 1 GCCCGGCU-ACAGCCGAGCAACACGUGGUCGGU------CAGCAGCAGCCACGUGUUGCUGCCGUGGCUGGUGG-----CCAGU--GGACCUGCUG---G-CGGAGAGCGGUGU ((((((((-((.((..(((((((((((((.(..------......).))))))))))))))).))))))))..(-----(((((--......))))---)-).....))..... ( -50.20) >DroSim_CAF1 22240 97 + 1 GCCCGGCUAACAGCCGAGCAACACGUGGUCGGU------CAGCAGCAGCCACGUGUUGCUGCCGUGGCUGGUGG-----CCAGU--GGACCUGCUG---G-CGGAGAGCGGGGU ((((.(((..(((((((((((((((((((.(..------......).)))))))))))))....))))))...(-----(((((--......))))---)-)....))).)))) ( -53.60) >DroEre_CAF1 7164 93 + 1 GCCGGGC----AGC--AGCAACACGUGGUCAGCA----GGAGCAGGUGCCACGUGUUGCUGCCGCGCCGG-CGG-----CCAGU--GGA---GCUGCUCAAGGAAUUGCGACUG (((((((----.((--((((((((((((.((.(.----......).)))))))))))))))).)).))))-)..-----.((((--.(.---.((......)).....).)))) ( -49.10) >DroYak_CAF1 7768 101 + 1 GCCGGGC----AGC--AGCAACACGUGGUCAGCAGCAAGGAGCAGUUGCCACGUGUUGCUGCCACGCCUGGAGGCGACUCCAGUAUGGU---GCUG---G-GGGAGAGCGGAGC .((((((----.((--((((((((((((.((((.((.....)).))))))))))))))))))...))))))..((..(((((((.....---))))---)-))....))..... ( -58.40) >consensus GCCCGGCU_ACAGCCGAGCAACACGUGGUCGGU______CAGCAGCAGCCACGUGUUGCUGCCGCGCCUGGUGG_____CCAGU__GGAC_UGCUG___G_CGGAGAGCGGAGU ((..(((.........(((((((((((((..((........))....))))))))))))))))....((((........))))........................))..... (-29.00 = -29.16 + 0.16)
Location | 1,610,515 – 1,610,612 |
---|---|
Length | 97 |
Sequences | 5 |
Columns | 114 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 74.83 |
Mean single sequence MFE | -44.96 |
Consensus MFE | -26.59 |
Energy contribution | -28.15 |
Covariance contribution | 1.56 |
Combinations/Pair | 1.07 |
Mean z-score | -2.74 |
Structure conservation index | 0.59 |
SVM decision value | 3.21 |
SVM RNA-class probability | 0.998738 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1610515 97 - 22224390 ACUUCGCUCUCCG-C---UAGGAUGUCC--ACUGG-----UCACCAGGCGCGGCAGCAACACGUGGCUGCUGCUG------ACCGACCACGUGUUGCUCGGCUGUUAGCCGGGC .....(((((.((-(---(.((.((.((--...))-----.)))).)))).)).)))(((((((((.((......------..)).)))))))))(((((((.....))))))) ( -41.50) >DroSec_CAF1 6258 96 - 1 ACACCGCUCUCCG-C---CAGCAGGUCC--ACUGG-----CCACCAGCCACGGCAGCAACACGUGGCUGCUGCUG------ACCGACCACGUGUUGCUCGGCUGU-AGCCGGGC .....((((...(-(---(((.......--.))))-----).....((.(((((((((((((((((.((......------..)).))))))))))))..)))))-.)).)))) ( -41.20) >DroSim_CAF1 22240 97 - 1 ACCCCGCUCUCCG-C---CAGCAGGUCC--ACUGG-----CCACCAGCCACGGCAGCAACACGUGGCUGCUGCUG------ACCGACCACGUGUUGCUCGGCUGUUAGCCGGGC .(((.(((....(-(---(((.......--.))))-----)...(((((...(.((((((((((((.((......------..)).))))))))))))))))))..))).))). ( -42.90) >DroEre_CAF1 7164 93 - 1 CAGUCGCAAUUCCUUGAGCAGC---UCC--ACUGG-----CCG-CCGGCGCGGCAGCAACACGUGGCACCUGCUCC----UGCUGACCACGUGUUGCU--GCU----GCCCGGC ((((.((..(((...)))..))---...--)))).-----..(-((((.(((((((((((((((((((...((...----.)))).))))))))))))--)))----))))))) ( -50.60) >DroYak_CAF1 7768 101 - 1 GCUCCGCUCUCCC-C---CAGC---ACCAUACUGGAGUCGCCUCCAGGCGUGGCAGCAACACGUGGCAACUGCUCCUUGCUGCUGACCACGUGUUGCU--GCU----GCCCGGC ((...(((.....-.---.)))---......((((((....))))))))(..((((((((((((((((.(.((.....)).).)).))))))))))))--)).----.)..... ( -48.60) >consensus ACUCCGCUCUCCG_C___CAGCA_GUCC__ACUGG_____CCACCAGGCGCGGCAGCAACACGUGGCUGCUGCUG______ACCGACCACGUGUUGCUCGGCUGU_AGCCGGGC .....((((.........(((..........)))............(((((((((((((((((((((.................).))))))))))))..)))))..))))))) (-26.59 = -28.15 + 1.56)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:47:41 2006