Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 13,626,975 – 13,627,135 |
Length | 160 |
Max. P | 0.999815 |
Location | 13,626,975 – 13,627,095 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 96.83 |
Mean single sequence MFE | -32.20 |
Consensus MFE | -31.76 |
Energy contribution | -31.64 |
Covariance contribution | -0.12 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -2.31 |
Structure conservation index | 0.99 |
SVM decision value | 4.15 |
SVM RNA-class probability | 0.999815 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 13626975 120 - 22224390 UUGUGUAACCGGCAAUCACGUCGUAGAUCUAUGACACCGAUGUCUAUGUCUCUGUCAAUAUGGCACAUCGGUGGCUGAUUGACAGGCCCAUCACUAACACCAUUAUCCAUCACUUCACUU ..(((...((..(((((((((((((....))))))((((((((((((((........)))))).)))))))).).))))))...)).....))).......................... ( -32.50) >DroSec_CAF1 20703 120 - 1 UUGUGUAACCGGCAAUCACGUCGUAGAUCUAUGACACCGAUGUCUAUGUCUCUGUCAAUAUGGCACAUCGGUGGCUGAUUGACAGGCCCAUCACUAACACCAUUAUCCAUCACUUCACUU ..(((...((..(((((((((((((....))))))((((((((((((((........)))))).)))))))).).))))))...)).....))).......................... ( -32.50) >DroSim_CAF1 13956 120 - 1 UUGUGUAACCGGCAAUCACGUCGUAGAUCUAUGACACCGAUGUCUAUGUCUCUGUCAAUAUGGCACAUCGGUGGCUGAUUGACAGGCCCAUCACUAACACCAUUAUCCAUCACUUCACUU ..(((...((..(((((((((((((....))))))((((((((((((((........)))))).)))))))).).))))))...)).....))).......................... ( -32.50) >DroEre_CAF1 12015 119 - 1 UUGUGUAACCGGCAAUCACGUCGUAGAUCUAUGACACCGAUGUCUAUGUCCCUGUCAAUAUGGCACAUCGGUGGCUGAUUGACAGGCCCAUCGCUAACACCAUUAUCCAUCACUUUGU-U ..((((....(.(((((((((((((....))))))((((((((((((((........)))))).)))))))).).)))))).).(((.....))).))))..................-. ( -32.50) >DroYak_CAF1 11424 119 - 1 UUGUGUAACCGGCAAUCACGUCGUAGAUCUAUGACACCGAUGUCUAUGUCCCUGUCAAUAUAGCACAUCGGUGGCUGAUUGACAGUCCCAUCACUAACACCAUUAUCCAUCACUUCGC-U ..(((..((.(.(((((((((((((....))))))((((((((((((((........)))))).)))))))).).)))))).).))..)))...........................-. ( -31.00) >consensus UUGUGUAACCGGCAAUCACGUCGUAGAUCUAUGACACCGAUGUCUAUGUCUCUGUCAAUAUGGCACAUCGGUGGCUGAUUGACAGGCCCAUCACUAACACCAUUAUCCAUCACUUCACUU ..(((...((..(((((((((((((....))))))((((((((((((((........)))))).)))))))).).))))))...)).....))).......................... (-31.76 = -31.64 + -0.12)
Location | 13,627,015 – 13,627,135 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 97.17 |
Mean single sequence MFE | -34.86 |
Consensus MFE | -32.64 |
Energy contribution | -32.32 |
Covariance contribution | -0.32 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -1.58 |
Structure conservation index | 0.94 |
SVM decision value | 1.54 |
SVM RNA-class probability | 0.962781 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 13627015 120 - 22224390 UAGUAACGAUGGCAAUAUUUGCGUGACCCAAAUUCUGGACUUGUGUAACCGGCAAUCACGUCGUAGAUCUAUGACACCGAUGUCUAUGUCUCUGUCAAUAUGGCACAUCGGUGGCUGAUU ((((...(((.((.....(((((..(.(((.....)))..)..)))))...)).)))..((((((....))))))((((((((((((((........)))))).)))))))).))))... ( -34.30) >DroSec_CAF1 20743 120 - 1 UAGUAACGAUGGCAAUAUUUGCAUGACCUAAAUUCUGGACUUGUGUAACCGGCAAUCACGUCGUAGAUCUAUGACACCGAUGUCUAUGUCUCUGUCAAUAUGGCACAUCGGUGGCUGAUU ((((...(((.((.....(((((..(((........))..)..)))))...)).)))..((((((....))))))((((((((((((((........)))))).)))))))).))))... ( -34.10) >DroSim_CAF1 13996 120 - 1 UAGUAACGAUGGCAAUAUUUGCGUGACCUAAAUUCCGGACUUGUGUAACCGGCAAUCACGUCGUAGAUCUAUGACACCGAUGUCUAUGUCUCUGUCAAUAUGGCACAUCGGUGGCUGAUU ((((.(((((((((.....)))............((((((....))..))))......))))))..........(((((((((((((((........)))))).)))))))))))))... ( -35.50) >DroEre_CAF1 12054 120 - 1 UAGUAACGAAGGCAAUAUUUGCGUGACCUAAAUUCCGGACUUGUGUAACCGGCAAUCACGUCGUAGAUCUAUGACACCGAUGUCUAUGUCCCUGUCAAUAUGGCACAUCGGUGGCUGAUU ((((.((((..(((.....)))((((........((((((....))..))))...)))).))))..........(((((((((((((((........)))))).)))))))))))))... ( -33.80) >DroYak_CAF1 11463 120 - 1 UAGUAACGAAGGCAAUAUUUGCGUGACCUAAAUUCUGGUCUUGUGUAACCGGCAAUCACGUCGUAGAUCUAUGACACCGAUGUCUAUGUCCCUGUCAAUAUAGCACAUCGGUGGCUGAUU .....((((..(((.....)))..((((........)))))))).....((((......((((((....))))))((((((((((((((........)))))).)))))))).))))... ( -36.60) >consensus UAGUAACGAUGGCAAUAUUUGCGUGACCUAAAUUCUGGACUUGUGUAACCGGCAAUCACGUCGUAGAUCUAUGACACCGAUGUCUAUGUCUCUGUCAAUAUGGCACAUCGGUGGCUGAUU ..................(((((..(((........))..)..))))).((((......((((((....))))))((((((((((((((........)))))).)))))))).))))... (-32.64 = -32.32 + -0.32)
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