Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 13,217,836 – 13,217,948 |
Length | 112 |
Max. P | 0.660603 |
Location | 13,217,836 – 13,217,948 |
---|---|
Length | 112 |
Sequences | 5 |
Columns | 116 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 93.39 |
Mean single sequence MFE | -41.63 |
Consensus MFE | -41.52 |
Energy contribution | -41.60 |
Covariance contribution | 0.08 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -1.04 |
Structure conservation index | 1.00 |
SVM decision value | 0.27 |
SVM RNA-class probability | 0.660603 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 13217836 112 + 22224390 AAGCAACCAGG---ACUGUCGGCCACGGACGCCACUGUGUGCGCGCGGUAGGACUGUUCUUUUUCACGGACGCCACUGUGUGUGUUUAUGUAUGGCUAACAGUGGUGUCCC-ACCG ........(((---((.((((((.......)))((((((....))))))..))).))))).......((((((((((((....(((.......)))..)))))))))))).-.... ( -41.60) >DroSec_CAF1 9470 112 + 1 AAGCAACCAGG---ACUGUCGGCCACGGACGCCACUGUGUGCGCGCGGUAGGACUGUUCUUUUUCACGGACGCCACUGUGUGUGUUCAUGUAUGGCUAACAGUGGUGUCCC-ACCG ........(((---((.((((((.......)))((((((....))))))..))).))))).......((((((((((((....(((.......)))..)))))))))))).-.... ( -40.80) >DroSim_CAF1 11469 112 + 1 AAGCAACCAGG---ACUGUCGGCCACGGACGCCACUGUGUGCGCGCGGUAGGACUGUUCUUUUUCACGGACGCCACUGUGUGUGUUCUUGUAUGGCUAACAGUGGUGUCCC-ACCG ........(((---((.((((((.......)))((((((....))))))..))).))))).......((((((((((((....(((.......)))..)))))))))))).-.... ( -40.80) >DroEre_CAF1 9644 112 + 1 AAGCCACCAGG---ACUGUUGGCCACGGACGCCACUGUGUGCACGCGAUAGGACUGUUCUCU-UUACGGACGCCACUGUGUGUGUUUAUGUAUGGCUUACAGUGGUGUCCCAACCG ..((((.((..---..)).))))...(((((((((((((.((((((.((((...(((((...-....)))))...))))))))))............)))))))))))))...... ( -42.32) >DroYak_CAF1 9418 114 + 1 AAGCAAUCAGGACGACUGUUGGCCACGGACGCCACUGUGUGCGCACGCUAGGACUGUUCUUU-UCACGGACGCCACUGUGUGUGUUUAUGUAUGGCUUACAGUGGUGUCCC-ACCG ..((...(((.....)))...))...(((((((((((((.((((((((.((...(((((...-....)))))...))))))))))............))))))))))))).-.... ( -42.62) >consensus AAGCAACCAGG___ACUGUCGGCCACGGACGCCACUGUGUGCGCGCGGUAGGACUGUUCUUUUUCACGGACGCCACUGUGUGUGUUUAUGUAUGGCUAACAGUGGUGUCCC_ACCG ..((...(((.....)))...))...((((((((((((..(((((((((.((...((((........)))).)))))))))))(((.......)))..))))))))))))...... (-41.52 = -41.60 + 0.08)
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