Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,443,074 – 10,443,190 |
Length | 116 |
Max. P | 0.870257 |
Location | 10,443,074 – 10,443,190 |
---|---|
Length | 116 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 75.74 |
Mean single sequence MFE | -46.58 |
Consensus MFE | -23.74 |
Energy contribution | -26.60 |
Covariance contribution | 2.86 |
Combinations/Pair | 1.34 |
Mean z-score | -2.04 |
Structure conservation index | 0.51 |
SVM decision value | 0.87 |
SVM RNA-class probability | 0.870257 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 10443074 116 + 22224390 UC----AGGAUUACAGCGGUGAGAUUCUCACCCGGAAGCACUUACUGGGUGAGAGAAAGGCUGCGGAUGACCAGCUGGUCACAGUGGUUAUCGUUAUUGCCGGCUGGAACAACGUAAUCC ..----.(((((((.(((((....(((((((((((((....)).)))))))))))....)))))......((((((((...((((((......))))))))))))))......))))))) ( -50.10) >DroPse_CAF1 1621 119 + 1 UC-CGCAGGACUACAGCGGUGUGAUCCUCACCAGGCGACAUCUGCUCGGCGCUGACAGGGAGCACGAUGAGCAUCUGGCCACCGUGAUCGUGGUGGUUGCCGGAUGGAACAAUGUGAUAC ..-(((((((.((((....)))).)))...((..((..(((((((((............))))).)))).))((((((((((((......)))))...))))))))).....)))).... ( -38.40) >DroSec_CAF1 1618 116 + 1 UC----AGGAUUACAGCGGUGAGAUUCUCACCCGGAGGCACUUACUGGGUGAGAGGAGGGCUGCGGAUGACCAGCUGGUCACCGUGAUUAUCGUUAUUGCCGGCUGGAACAACGUAAUCC ..----.(((((((.(((((....(((((((((((.........)))))))))))....)))))......((((((((.((..(((((....)))))))))))))))......))))))) ( -50.90) >DroEre_CAF1 1941 116 + 1 UC----AGGAUUACAGCGGAGAGAUUCUCACCCGGAAGCACUUACUUGGUGAGAGCAGGUCUGCAGAUGACCAGCUGGCCACGGUGGUAAUCGUUAUUGCCGGCUGGAACAACGUAAUCC ..----.(((((((.(((((....((((((((.((((....)).)).))))))))....)))))......(((((((((.(((((....)))))....)))))))))......))))))) ( -49.50) >DroAna_CAF1 1631 120 + 1 GCACGGAGGACUACAGUGGCGUCAUCCUGACCAGGAGGCAUCUGCUGGGCGAGAUCAGGGCUGCAGACGAUCAAAUAGCCACUGUGGUGAUGGUUAUAGCCGGCUGGAAUAAUGUUAUCC ...(((...((((((((((((((.((((....))))))).(((((.((.(........).)))))))..........)))))))))))..((((....)))).))).............. ( -41.20) >DroPer_CAF1 505 119 + 1 UC-CGCAGGACUACAGCGGUGUGAUCCUCACCAGGCGGCAUCUGCUCGGUGCUGACAGCUGGCACGAUGAGCAUCUGGCCACCGUGAUCGUGGUGGUGGCCGGCUGGAACAAUGUGAUAC ..-(((((((.((((....)))).)))...((((.((((...(((((((((((.......)))))..))))))....(((((((......))))))).)))).)))).....)))).... ( -49.40) >consensus UC____AGGACUACAGCGGUGAGAUCCUCACCAGGAGGCACCUACUGGGUGAGAGCAGGGCUGCAGAUGACCAGCUGGCCACCGUGAUCAUCGUUAUUGCCGGCUGGAACAACGUAAUCC .......(((.(((.(((((....((((((((.((.........)).))))))))....)))))......(((((((((.(((((....)))))....)))))))))......))).))) (-23.74 = -26.60 + 2.86)
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