Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,095,917 – 1,096,037 |
Length | 120 |
Max. P | 0.557506 |
Location | 1,095,917 – 1,096,037 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.61 |
Mean single sequence MFE | -49.62 |
Consensus MFE | -29.81 |
Energy contribution | -29.95 |
Covariance contribution | 0.14 |
Combinations/Pair | 1.32 |
Mean z-score | -1.68 |
Structure conservation index | 0.60 |
SVM decision value | 0.05 |
SVM RNA-class probability | 0.557506 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1095917 120 + 22224390 CCGCACAGCUGCUGCCGCGAGCCCAGGGAAAUGGACCUUACCGACUGGCCAUGAGGUGUUUUCCGCAGUUCGGCCACAAUUUGUGCCAACUGCGAAUGGGUGCGGCUGCAAAAGAAGAUU .........(((.(((((..((((((((((((..((((((((....))...)))))))))))))((((((.(((.((.....)))))))))))...)))))))))).))).......... ( -48.70) >DroVir_CAF1 3728 120 + 1 AUGCACAACUGCUGGCGGGAGCCGAGCGCAAUGCAGCGUGCGUGCUGGCCGUGCGGCGUCUUGCGCAGCUCGGUCACAAUCUGCGCCAGCUGCGAGUGCGUCCGGCUGCAGUAGAAGAUU ........((((((.(...(((((..((((.((((((.((.((((((((((.((.(((.....))).)).))))))......))))))))))))..))))..))))))))))))...... ( -57.50) >DroGri_CAF1 4072 120 + 1 AUGCACAGCUGGUGGCGCGAGCCGAGCGAGAUGCAGCGCACACUCUUCCCAUGCGGCGUCUUGCGCAGCUCGGCCACAAUCUGCGCCAGCUGUGCGUGCGUCCGGCUGCAGUAGAAUAUC ((((((((((((((((.(((((.(.(((((((((..((((...........))))))))))))).).)))))))).........)))))))))))))(((......)))........... ( -56.00) >DroSec_CAF1 2021 120 + 1 CUGCACAGUUGCUGCCGCGAGCCUAGGGAAAUGCACCUCACCGACUGGCCAUGAGGUGUUUUCCGCAGUUCUGUCACAAUUUGUGCCAACUGCGAGUGCGUGCGGCUGCAGAAGAAGAUU (((((.....(((((((((..(....(((((.((((((((((....))...)))))))))))))(((((..((.(((.....))).))))))))..)))).))))))))))......... ( -48.30) >DroYak_CAF1 2017 120 + 1 CCGCACAAUUGCUGACGGGAGCCGAGGGAAAUGCACCUUACCGCCUGACCAUGCGGUGUUUUCCGCAGCUCGGCUACAAUUUGUGCCAACUGCGAGUGGGUGCGGCUGCAAAAGAAUAUU ((((((..(..((..(((((((.(.(((((((.......(((((........)))))))))))).).))))(((.((.....)))))..)))..))..)))))))............... ( -40.91) >DroMoj_CAF1 4308 120 + 1 AUGCACAGCUGCUGCCGUGAGCCGAGCGCAAUGCAGCGCACAUUUUGCCCAUGCGGUGUCUUCCGCAGCUCAGCCACAAUCUGCGAGAGCUGCGAGUGCGUGCGGCUGCAGAAGAAGAUU ........((((.(((((..((((((.(((.((((..(((.....)))...)))).))).)))((((((((.((........))..)))))))).).))..))))).))))......... ( -46.30) >consensus AUGCACAGCUGCUGCCGCGAGCCGAGCGAAAUGCACCGCACCGACUGGCCAUGCGGUGUCUUCCGCAGCUCGGCCACAAUCUGCGCCAACUGCGAGUGCGUGCGGCUGCAGAAGAAGAUU ..(((.....(((((((((..(...(((((((((..((((...........)))))))))))))((((((.(((((.....)).))))))))))..)))).))))))))........... (-29.81 = -29.95 + 0.14)
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