Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 995,812 – 995,929 |
Length | 117 |
Max. P | 0.996687 |
Location | 995,812 – 995,929 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 5 |
Columns | 117 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 96.58 |
Mean single sequence MFE | -40.56 |
Consensus MFE | -35.68 |
Energy contribution | -36.00 |
Covariance contribution | 0.32 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -2.33 |
Structure conservation index | 0.88 |
SVM decision value | 2.73 |
SVM RNA-class probability | 0.996687 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 995812 117 + 22224390 CCACUUAAAGCCAAGCCCGAAUCGGAAUUGGAGUCAGUCAAUGGUAUUUUAAUAGAGGCUAAUGGGCAUUUUAAUUGCUGGGCAAGGCCGCAAAAUGGGUGGCCACACGUGGGUGGG (((((((..(((.((((((...)))(((((((((..(((..((((.(((....))).))))...))))))))))))))).)))..((((((.......)))))).....))))))). ( -38.40) >DroSec_CAF1 78367 117 + 1 CCACUUAAAGCCAAGCCCGAAUUGGAAUUGGAGCCAGUCAAUGGUAUUUUAAUAGAGGCUAAUGGGCAUUUUAAUUGCUGGGCAAGGCCGCAAAAUGGGUGGCCACACGUGGGUGGG (((((((..(((.(((((..((((((((....((((.....)))))))))))).).))))....((((.......)))).)))..((((((.......)))))).....))))))). ( -41.40) >DroSim_CAF1 57868 117 + 1 CCACUUAAAGCCAAGCCCGAAUUGGAAUUGGAGCCAGUCAAUGGUAUUUUAAUAGAGGCUAAUGGGCAUUUUAAUUGCUGGGCAAGGCCGCAAAAUGGGUGGCCACACGUGGGUGGG (((((((..(((.(((((..((((((((....((((.....)))))))))))).).))))....((((.......)))).)))..((((((.......)))))).....))))))). ( -41.40) >DroEre_CAF1 91881 117 + 1 CCACUUAAAGCCGAGCCCGAAUUGGAAUUGGAGUCAGUCAAUGGUAUUUUAAUAGAGGCUAAUGGCCAUUUUAAUUGCUGGGCAAGGCCGCAAAAUGGGCGGACACACGUGGGUGGG (((((((..(((..(((((....(.(((((((((..((((.((((.(((....))).)))).)))).))))))))).))))))..)))(((.......)))........))))))). ( -37.10) >DroYak_CAF1 84880 117 + 1 CCACUUAAAGCCGAGCCCGAAUUGGAAUUGGAGCCAGUCAAUGGUAUUUUAAUAGAGGCUAAUGGCCAUUUUAAUUGCUGGGCAAGGCCGCAAAGUGGGCGGCCACACGUGGGUGGA (((((((..(((.(((...(((((((((....((((.....))))...........(((.....))))))))))))))).)))..((((((.......)))))).....))))))). ( -44.50) >consensus CCACUUAAAGCCAAGCCCGAAUUGGAAUUGGAGCCAGUCAAUGGUAUUUUAAUAGAGGCUAAUGGGCAUUUUAAUUGCUGGGCAAGGCCGCAAAAUGGGUGGCCACACGUGGGUGGG (((((((..(((.(((((..((((((((....((((.....)))))))))))).).))))....((((.......)))).)))..((((((.......)))))).....))))))). (-35.68 = -36.00 + 0.32)
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