Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 982,244 – 982,360 |
Length | 116 |
Max. P | 0.646160 |
Location | 982,244 – 982,360 |
---|---|
Length | 116 |
Sequences | 5 |
Columns | 119 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.14 |
Mean single sequence MFE | -33.66 |
Consensus MFE | -22.38 |
Energy contribution | -23.26 |
Covariance contribution | 0.88 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -1.68 |
Structure conservation index | 0.66 |
SVM decision value | 0.23 |
SVM RNA-class probability | 0.646160 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 982244 116 - 22224390 UCAGUAUUUUUAUUUCA--UGCAACUGAUCAGCCGGAUCAACGAGAUCAGAUCAAGUGCAGUGCAAA-ACAUUACCAUCAUUACCAUCUCGUCGAGAUUGAUCUCGUUGAGUCGUGGCU (((((............--....)))))..((((((((((((((((((((((...(((..((.....-))..))).)))......(((((...))))))))))))))))).)).))))) ( -31.89) >DroSec_CAF1 64981 117 - 1 UCAGGAUUUCUAUUGCA--UGCAACUGAUCAGCCGGAUCAACGAGAUCAGAUCAAGUGCAGUGCAGAGUCAUUACCAUCAUUACCAUCUCGUCGAGAUCGAUCUCGUUGAGUCGUGGCU ....(((((....((((--((((..(((((.....((((.....)))).)))))..)))).))))))))).............((((((((.(((((....))))).))))..)))).. ( -34.00) >DroSim_CAF1 44203 117 - 1 UCAGUAUUUCUAUUGCA--UGCAACUGAUCAGCCGGAUCAACGAGAUCAGAUCAAGUGCAGUGCAGAGUCAUUACCAUCAUUACCAUCUCGUCGAGAUCGAUCUCGUUGAGUCGUGGCU ...(((...((.(((((--((((..(((((.....((((.....)))).)))))..)))).)))))))....)))........((((((((.(((((....))))).))))..)))).. ( -33.90) >DroEre_CAF1 78352 118 - 1 UCGGUAUGUGUGUUGUAUGUGCAACUGAUCAGCCGGUUCAACGAGAUCAGAUCAAGUGCAGUGCAGAGUCAUUAUCAGAGUGA-GAUCUGCUCGAGAUCGAUCUUGUUGAGUCGCGGCU (((((.((..(((...)))..)))))))..((((((((((((((((((.((((...((....(((((.(((((.....)))))-..))))).)).)))))))))))))))).).))))) ( -44.10) >DroYak_CAF1 70542 96 - 1 U------------UAUAUUUGCAACUGAUCAGCCGGAUCAACGAGUUCAGAUCAGGUGCAGUGCAGAGUCAUCAUCAGAGUGA-GUUCUUCGCGAGAUCGAUCUUGUUG---------- .------------.....(((((.(((((((((((......)).)))..)))))).))))).((..((...((((....))))-...))..))((((....))))....---------- ( -24.40) >consensus UCAGUAUUUCUAUUGCA__UGCAACUGAUCAGCCGGAUCAACGAGAUCAGAUCAAGUGCAGUGCAGAGUCAUUACCAUCAUUACCAUCUCGUCGAGAUCGAUCUCGUUGAGUCGUGGCU ..............................(((((..(((((((((((.((((...(((...))).....................((.....)))))))))))))))))....))))) (-22.38 = -23.26 + 0.88)
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