Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,146,459 – 7,146,632 |
Length | 173 |
Max. P | 0.658388 |
Location | 7,146,459 – 7,146,552 |
---|---|
Length | 93 |
Sequences | 5 |
Columns | 93 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 89.13 |
Mean single sequence MFE | -34.54 |
Consensus MFE | -27.98 |
Energy contribution | -30.22 |
Covariance contribution | 2.24 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -1.50 |
Structure conservation index | 0.81 |
SVM decision value | 0.26 |
SVM RNA-class probability | 0.658388 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 7146459 93 + 22224390 UGUGCACACAGCUGCAUCGGCAGAGGCAACAUUUCGUGCGCUGUUUUUGUAGUUGUUGCUGCUGGGCGAGCACGUAGGCGUCCGCUCGUCUGU .(((((.(((((((((..(((((..(((........))).)))))..)))))))))))).)).(((((((((((....)))..)))))))).. ( -38.60) >DroSec_CAF1 14232 76 + 1 UGUGCACACAGCUGCAU-----------------CGUGCGCUGUUGUUGUAGUUGUUGCUGCUGGGCGAGCACGUAGGCGUCCGCUCGUCUGU .(((((.(((((((((.-----------------((........)).)))))))))))).)).(((((((((((....)))..)))))))).. ( -29.60) >DroSim_CAF1 8583 93 + 1 UGUGCACACAGCUGCAUCGGCAGAGGCAACAUUUCGUGCGCUGUUGUUGUAGUUGCUGCUGCUGGGCGAGCACGUAGGCGUCCCCUCGUCUGU ...(((((((((((((.((((((..(((........))).)))))).)))))))).)).))).(((((((.(((....)))...))))))).. ( -36.70) >DroEre_CAF1 14709 92 + 1 UGUGCACACAGCUGCAUCGGCAGAGGCAACAU-UCGUGCGCUGUUCUUGUAGUUGUUGCUGCUGGCCGAGCACGUAGGCGUCCGCUCGUCUGU .(((((.(((((((((..(((((..(((....-...))).)))))..)))))))))))).)).((.((((((((....)))..))))).)).. ( -33.90) >DroYak_CAF1 14397 93 + 1 UGUGCACACAGCUGCAUCGGCAGAGGCAACAUUUCGUGCGCUGUUGUUGUAGUUCUUGCUGCUGGGCAAGCACGUAGGCGUCCGUUCGUCUGU .((((....(((((((.((((((..(((........))).)))))).))))))).(((((....))))))))).((((((......)))))). ( -33.90) >consensus UGUGCACACAGCUGCAUCGGCAGAGGCAACAUUUCGUGCGCUGUUGUUGUAGUUGUUGCUGCUGGGCGAGCACGUAGGCGUCCGCUCGUCUGU ...(((((((((((((..(((((..(((........))).)))))..)))))))).)).))).(((((((((((....)))..)))))))).. (-27.98 = -30.22 + 2.24)
Location | 7,146,512 – 7,146,632 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 76.40 |
Mean single sequence MFE | -38.04 |
Consensus MFE | -22.62 |
Energy contribution | -24.60 |
Covariance contribution | 1.98 |
Combinations/Pair | 1.13 |
Mean z-score | -1.60 |
Structure conservation index | 0.59 |
SVM decision value | -0.02 |
SVM RNA-class probability | 0.523169 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 7146512 120 + 22224390 UGUUGCUGCUGGGCGAGCACGUAGGCGUCCGCUCGUCUGUCUCUGUGGGCACAGACGACGCCAAGAAAAUAUAACCGUUUAUUAAAGCAGAGCUGGAAAGCUUGAGCAUCCUCAAGAAAA .(((.((((((((((((((((....)))..))))))))((((((((....))))).)))..........................)))))))).......((((((....)))))).... ( -38.20) >DroSec_CAF1 14268 120 + 1 UGUUGCUGCUGGGCGAGCACGUAGGCGUCCGCUCGUCUGUUUCUGUGAGCACAGACGCCGGCACAAAAAUAUAACCGUAUAUUAAAGCAGCGAUGGAUAGCUUGAGCAUCCUUAAAAAAA .(((((((((.((((((((((....)))..))))(((((((((...))).)))))))))........((((((....))))))..)))))))))((((.((....))))))......... ( -41.60) >DroSim_CAF1 8636 120 + 1 UGCUGCUGCUGGGCGAGCACGUAGGCGUCCCCUCGUCUGUCUCUGUGAGCACAGACGCCGCCACAAAAAUAUAACCGUAUAUUAAAGCAGCGAUGGAUAGCUUGAGCAUCCUUAAAAAAA .((((((..((((((.(((((....)))......(((((((((...))).)))))))))))).))..((((((....))))))..))))))...((((.((....))))))......... ( -40.30) >DroEre_CAF1 14761 115 + 1 UGUUGCUGCUGGCCGAGCACGUAGGCGUCCGCUCGUCUGUCGCUGUGAGCACAGACGCGGCCACGAAAAUAGCACACAACUUCUAUGCAGCGAGGUAUAGCUUGAGCGUCUUACA----- ..(((((((((((((((((((....)))..))))((((((.((.....))))))))..))))).....((((..........))))))))))).(((..((....))....))).----- ( -40.80) >DroYak_CAF1 14450 92 + 1 UCUUGCUGCUGGGCAAGCACGUAGGCGUCCGUUCGUCUGUCGCUGUGAGCACAGACGCAGCCACGAAAAUAGCAGCCAAUAUCAAAGUAGGG---------------------------- ....((((((((((..((......))))))((((((((((.((.....))))))))).))).........))))))................---------------------------- ( -29.30) >consensus UGUUGCUGCUGGGCGAGCACGUAGGCGUCCGCUCGUCUGUCUCUGUGAGCACAGACGCCGCCACGAAAAUAUAACCGUAUAUUAAAGCAGCGAUGGAUAGCUUGAGCAUCCUUAA_AAAA ...((((((((((((((((((....)))..))))))))((.(((((....))))).))...........................)))))))..((((.((....))))))......... (-22.62 = -24.60 + 1.98)
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