Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,706,495 – 5,706,613 |
Length | 118 |
Max. P | 0.999270 |
Location | 5,706,495 – 5,706,613 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 92.92 |
Mean single sequence MFE | -43.62 |
Consensus MFE | -40.16 |
Energy contribution | -40.89 |
Covariance contribution | 0.72 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -2.61 |
Structure conservation index | 0.92 |
SVM decision value | 3.47 |
SVM RNA-class probability | 0.999270 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 5706495 118 + 22224390 -CUAAGACCACGCCCCUGUGUU-UUUGCAUUUGCACAUUUGCGGUCAUGUUUAUGCGCGCCAGUUAAUCGAUUAUGCACGGGCUGAGUGAGCAGCGCCGGAAAUGUGCAAAUGCUGCACU -................((((.-...((((((((((((((.((((..(((((((.((.(((.((.............)).))))).)))))))..)))).)))))))))))))).)))). ( -44.62) >DroSec_CAF1 34753 118 + 1 -CAAAGCCCACGCCCCUGUGUU-UUUGCAUUUGCACAUUUGCGGUCAUGUUUAUGCGCGCCAGUUAAUCGAUUAUGCACGGGCUGAGUGAGCAGCGCCGGAAAUGUGCAAAUGCUGCACU -................((((.-...((((((((((((((.((((..(((((((.((.(((.((.............)).))))).)))))))..)))).)))))))))))))).)))). ( -44.62) >DroSim_CAF1 32320 119 + 1 UCAAAGCCCACGCCCCUGUGUU-UUUGCAUUUGCACAUUUGCGGUCAUGUUUAUGCGCGCCAGUUAAUCGAUUAUGCACGGGCUGAGUGAGCAGCGCCGGAAAUGUGCAAAUGCUGCACU .................((((.-...((((((((((((((.((((..(((((((.((.(((.((.............)).))))).)))))))..)))).)))))))))))))).)))). ( -44.62) >DroEre_CAF1 25549 119 + 1 -CACAUCCCACGCCCCUGUGUUUUUUGCAUUUGCACAUUUGCGGUCAUGUUUAUGCGCGCCAGUUAAUCGAUUAUGCACGGGCUGAGUGAGCAGCGCCGGAAAUGUGCAAAUGCUGUACU -.(((...((((....))))......((((((((((((((.((((..(((((((.((.(((.((.............)).))))).)))))))..)))).)))))))))))))))))... ( -42.02) >DroYak_CAF1 26863 118 + 1 -CAAAGCCCACGCCCCUGUGUU-UUUGCAUUUGCACAUUUGCGGUCAUGUUUAUGCGCGCCAGUUAAUCGAUUAUGCACGGGCUGAGUGAGCAGCGCCGGAAAUGUGCAAAUGCUGCACU -................((((.-...((((((((((((((.((((..(((((((.((.(((.((.............)).))))).)))))))..)))).)))))))))))))).)))). ( -44.62) >DroAna_CAF1 21701 107 + 1 -UGC--CUCCCGCCC----------UCCAUUUGCACAUUUGCGGUCAUGUUUAUGCGCGCCAGUUAAUCGAUUAUGCACGGGCUGAGUGAGCAGCGCCGGAAAUGUGCAAAUGCAGCGCU -...--.....((.(----------(.(((((((((((((.((((..(((((((.((.(((.((.............)).))))).)))))))..)))).))))))))))))).)).)). ( -41.22) >consensus _CAAAGCCCACGCCCCUGUGUU_UUUGCAUUUGCACAUUUGCGGUCAUGUUUAUGCGCGCCAGUUAAUCGAUUAUGCACGGGCUGAGUGAGCAGCGCCGGAAAUGUGCAAAUGCUGCACU .................((((.....((((((((((((((.((((..(((((((.((.(((.((.............)).))))).)))))))..)))).)))))))))))))).)))). (-40.16 = -40.89 + 0.72)
Location | 5,706,495 – 5,706,613 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 92.92 |
Mean single sequence MFE | -38.71 |
Consensus MFE | -34.28 |
Energy contribution | -34.94 |
Covariance contribution | 0.67 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.83 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | 1.28 |
SVM RNA-class probability | 0.939498 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 5706495 118 - 22224390 AGUGCAGCAUUUGCACAUUUCCGGCGCUGCUCACUCAGCCCGUGCAUAAUCGAUUAACUGGCGCGCAUAAACAUGACCGCAAAUGUGCAAAUGCAAA-AACACAGGGGCGUGGUCUUAG- ......((((((((((((((.((((((((......)))).(((((...............))))).........).))).))))))))))))))...-..(((......))).......- ( -37.26) >DroSec_CAF1 34753 118 - 1 AGUGCAGCAUUUGCACAUUUCCGGCGCUGCUCACUCAGCCCGUGCAUAAUCGAUUAACUGGCGCGCAUAAACAUGACCGCAAAUGUGCAAAUGCAAA-AACACAGGGGCGUGGGCUUUG- ...((.((((((((((((((.((((((((......)))).(((((...............))))).........).))).))))))))))))))...-..(((......))).))....- ( -38.96) >DroSim_CAF1 32320 119 - 1 AGUGCAGCAUUUGCACAUUUCCGGCGCUGCUCACUCAGCCCGUGCAUAAUCGAUUAACUGGCGCGCAUAAACAUGACCGCAAAUGUGCAAAUGCAAA-AACACAGGGGCGUGGGCUUUGA ...((.((((((((((((((.((((((((......)))).(((((...............))))).........).))).))))))))))))))...-..(((......))).))..... ( -38.96) >DroEre_CAF1 25549 119 - 1 AGUACAGCAUUUGCACAUUUCCGGCGCUGCUCACUCAGCCCGUGCAUAAUCGAUUAACUGGCGCGCAUAAACAUGACCGCAAAUGUGCAAAUGCAAAAAACACAGGGGCGUGGGAUGUG- ..((((((((((((((((((.((((((((......)))).(((((...............))))).........).))).))))))))))))))......(((......)))...))))- ( -38.26) >DroYak_CAF1 26863 118 - 1 AGUGCAGCAUUUGCACAUUUCCGGCGCUGCUCACUCAGCCCGUGCAUAAUCGAUUAACUGGCGCGCAUAAACAUGACCGCAAAUGUGCAAAUGCAAA-AACACAGGGGCGUGGGCUUUG- ...((.((((((((((((((.((((((((......)))).(((((...............))))).........).))).))))))))))))))...-..(((......))).))....- ( -38.96) >DroAna_CAF1 21701 107 - 1 AGCGCUGCAUUUGCACAUUUCCGGCGCUGCUCACUCAGCCCGUGCAUAAUCGAUUAACUGGCGCGCAUAAACAUGACCGCAAAUGUGCAAAUGGA----------GGGCGGGAG--GCA- .((.((.(((((((((((((.((((((((......)))).(((((...............))))).........).))).))))))))))))).)----------).)).....--...- ( -39.86) >consensus AGUGCAGCAUUUGCACAUUUCCGGCGCUGCUCACUCAGCCCGUGCAUAAUCGAUUAACUGGCGCGCAUAAACAUGACCGCAAAUGUGCAAAUGCAAA_AACACAGGGGCGUGGGCUUUG_ ......((((((((((((((.((((((((......)))).(((((...............))))).........).))).))))))))))))))......(((......)))........ (-34.28 = -34.94 + 0.67)
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