Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,689,045 – 5,689,157 |
Length | 112 |
Max. P | 0.971246 |
Location | 5,689,045 – 5,689,157 |
---|---|
Length | 112 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 85.29 |
Mean single sequence MFE | -27.86 |
Consensus MFE | -19.88 |
Energy contribution | -21.04 |
Covariance contribution | 1.16 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -2.81 |
Structure conservation index | 0.71 |
SVM decision value | 1.67 |
SVM RNA-class probability | 0.971246 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 5689045 112 - 22224390 UCAG--CUU------UGUGCGUAAUUUAAUUUAUGGUCAGCAUUUUCAAUCAUUCGAUUAUUUGAUUAAAAUGUUGACGGCUUACAUAAAAUGCAAUAUAAAUUGAUAUGCACACAGCAG ...(--((.------((((((((..(((((((((((((((((((((.(((((..........)))))))))))))))).((...........))..)))))))))))))))))).))).. ( -37.80) >DroSec_CAF1 9280 120 - 1 UCGGGGCUUCAAAGCCGAGCGUAAUUUAAUUUAUGGUCAGCAUUUUCAAUUAUUCGAUUAUUUGAUUAAAAUGUUGACGGCUUACAUAAAAUUCAAUAUAAAUUGAUAUGCACACAGCAG ....((((....))))..(((((..(((((((((((((((((((((.(((((..........))))))))))))))))(.....)...........)))))))))))))))......... ( -28.90) >DroSim_CAF1 10043 112 - 1 UCGG--CUU------UGAGCGUAAUUUAAUUUAUGGUCAGCAUUUUCAAUCAUUCGAUUAUUUGAUUAAAAUGUUGACGGCUUACAUAAAAUUCAAUAUAAAUUGAUAUGCACACAGCAG ...(--((.------((.(((((..(((((((((((((((((((((.(((((..........))))))))))))))))(.....)...........))))))))))))))).)).))).. ( -31.20) >DroEre_CAF1 8992 102 - 1 CCAG--CUU------UGAGCGUAAUUUAAUUUAUGGUCAGCACUUGCAAUCAUUCGAUUAUUUGAUUAAAAUGAUGGCGGCUUACAUGAAAUUCGAUGUAAAUUGAAUGG---------- ((((--(((------(((.(((((......))))).)))).....((.((((((.((((....))))..)))))).))))))........(((((((....)))))))))---------- ( -21.10) >DroYak_CAF1 10482 109 - 1 UCAG--CUU------UGGGCGUAAUUCAAUUUAUGGUCAGCAUUUUCAAUCAUUCGAUUAUUUGAUUAAACUGAUGACGGCUUACAUAAAUUUCGAUAUAAAUUGAUAUGCACAUUG--- ....--...------((.(((((..((((((((((((((.((.(((.(((((..........)))))))).)).))))(.....)...........))))))))))))))).))...--- ( -20.30) >consensus UCAG__CUU______UGAGCGUAAUUUAAUUUAUGGUCAGCAUUUUCAAUCAUUCGAUUAUUUGAUUAAAAUGUUGACGGCUUACAUAAAAUUCAAUAUAAAUUGAUAUGCACACAGCAG ..................(((((..(((((((((((((((((((((.(((((..........))))))))))))))))(.....)...........)))))))))))))))......... (-19.88 = -21.04 + 1.16)
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