Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,479,576 – 5,479,681 |
Length | 105 |
Max. P | 0.982594 |
Location | 5,479,576 – 5,479,681 |
---|---|
Length | 105 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 75.89 |
Mean single sequence MFE | -34.10 |
Consensus MFE | -24.34 |
Energy contribution | -24.57 |
Covariance contribution | 0.22 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -2.15 |
Structure conservation index | 0.71 |
SVM decision value | 1.92 |
SVM RNA-class probability | 0.982594 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 5479576 105 - 22224390 UUGGGGU-------A----UC-CUUUCGCAGGACAUCGCUGUUCAUCGUGACCAGUCUGGUGUACGCGAUCCUUCUGAUCGUCGUGUGCAUUGCAUACGUUAUCAGCGAUGUAACCA ....(((-------.----.(-((.....)))(((((((((.....((((..((((...(..(((((((((.....))))).))))..)))))..))))....))))))))).))). ( -36.80) >DroVir_CAF1 13489 114 - 1 --UUAUUUUGUUU-GACAUUCGAUUUCACAGGACAUCGCUGUUCAUUGUGACCAGCCUGGUUUAUGCGAUUCUCUUGAUUGUAGUAUGCAUUGCAUAUGUGAUCAGCGAUGUGACCA --...........-................(((((((((((.((((...((((.....))))..(((((((.....)))))))((((((...)))))))))).)))))))))..)). ( -29.90) >DroEre_CAF1 13467 105 - 1 UCGCGUU-------A----UC-CUUUCGCAGGACAUCGCUGUUCAUCGUCACCAGUCUGGUGUACGCGAUCCUCCUGAUCGUCGUGUGCAUCGCCUACGUCAUCAGCGAUGUAACCA ..(((..-------.----..-....))).(((((((((((.....(((....((..(((((((((((((..........))))))))))))).)))))....)))))))))..)). ( -36.30) >DroMoj_CAF1 7269 117 - 1 UAACAUUCUGUUGACACAUUCGCUUUGACAGGACAUCGCUCUUCAUUGUGACCAGCUUGGUGUAUGCGAUUCUCUUGAUUGUCGUAUGCAUUGCGUAUGUGAUCAGCGAUGUGACCA ...(((..(((((((((((.(((.....((((...((((........))))....))))(((((((((((((....))..))))))))))).))).))))).))))))..))).... ( -39.30) >DroAna_CAF1 4882 113 - 1 UCCCGCC--AAUU-GCCCUUC-GAUUCGCAGGACAUCGCUCUUCAUUGUGACCAGCCUGGUGUACGCGAUCCUCCUGAUCGUCGUCUGCAUCGCUUACGUAAUCAGUGACGUAACCA (((.((.--((((-(.....)-)))).)).)))..((((........)))).......(((((((((((((.....))))).)))..)))))(.((((((........)))))).). ( -28.20) >DroPer_CAF1 4001 100 - 1 UCCCGGC--CAU---------------ACAGGACAUCGCUAUUCAUCGUGACCAGCCUGGUGUACGCAAUCCUCCUGAUCGUCGUAUGCAUUGCAUACGUGAUCAGCGAUGUGACCA ....(((--(..---------------...))((((((((......(((((((.....))).))))..........(((((.(((((((...))))))))))))))))))))..)). ( -34.10) >consensus UCCCGUU____U__A____UC_CUUUCACAGGACAUCGCUGUUCAUCGUGACCAGCCUGGUGUACGCGAUCCUCCUGAUCGUCGUAUGCAUUGCAUACGUGAUCAGCGAUGUAACCA ..............................((((((((((....(((((((((.....)))...))))))......(((...(((((((...)))))))..)))))))))))..)). (-24.34 = -24.57 + 0.22)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:23:46 2006