Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,345,672 – 5,345,764 |
Length | 92 |
Max. P | 0.819114 |
Location | 5,345,672 – 5,345,764 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 6 |
Columns | 93 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.15 |
Mean single sequence MFE | -41.60 |
Consensus MFE | -24.12 |
Energy contribution | -27.78 |
Covariance contribution | 3.67 |
Combinations/Pair | 1.07 |
Mean z-score | -2.21 |
Structure conservation index | 0.58 |
SVM decision value | 0.67 |
SVM RNA-class probability | 0.819114 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 5345672 92 + 22224390 GGCCGCACUGGCACCCGGAUGCAAUUCUGCGGCUUAUCGCCCAGCUGCAGCUGUCCACAACGCCGC-CUGUCGGUGCGCAGCCAGUCUAAAAA (((((((((((((..(((.((..((.((((((((........))))))))..))...))...))).-.))))))))))..))).......... ( -36.60) >DroPse_CAF1 95754 83 + 1 --------CGGCAGGUUAAUGCAGGGCCGCUGCUUGUCGCCCACCUGCAUGUCUCCGCAGCGACGC-UUGGCCGUGCGCAGCCAGUCUGAAA- --------.(((.((((..((((.(((((..((..(((((.....(((........))))))))))-.))))).)))).)))).))).....- ( -32.10) >DroSec_CAF1 21077 91 + 1 GGCCGGACUGGCACACGGAUGCAAUUCUGCGGCUUAUCGCCCAGCUGCAGACGGCCACAACGCCGC-CUGUCUGUGCGCAGCCAGUCUGGAA- ..((((((((((.(((((((((...(((((((((........))))))))).(((......)))))-..)))))))....))))))))))..- ( -47.30) >DroSim_CAF1 18532 92 + 1 GGCCGGACUGGCACCCGGAUGCAAUUCUGCGGCUUAUCGCCCAGCUGCAGACGGCCACAACGCCGCCCUGUCGGUGCGCAGCCAGUCUGGAA- ..((((((((((..(((..((((...(((.(((.....)))))).))))..))).......((((((.....)))).)).))))))))))..- ( -46.20) >DroEre_CAF1 21453 90 + 1 GGCCGGACCUGCACCCGGAGGCAGCCCUGCGGCUUAUCGCCCAGCUGCAGCCGGCCACAACGACGC-CUAUCGGUGCGGAGCCAGUCUGGA-- ..((((((..((..((((..(((((..((.(((.....))))))))))..))))......((.(((-(....))))))..))..)))))).-- ( -41.20) >DroYak_CAF1 21728 91 + 1 GGCCGGACUGGCAACCGGAUGCAAACCUGCGGCUUAUCGCCCAGCUGCAGUUGGCCACAGCGCCGG-CUGUCGGUGCGCAGCCAGUCUGGAU- ..((((((((((..((((.((((...(((.(((.....)))))).)))).)))).....((((((.-....))))))...))))))))))..- ( -46.20) >consensus GGCCGGACUGGCACCCGGAUGCAAUUCUGCGGCUUAUCGCCCAGCUGCAGACGGCCACAACGCCGC_CUGUCGGUGCGCAGCCAGUCUGGAA_ ..((((((((((..(((..((((...(((.(((.....)))))).))))..)))......(((((......)))))....))))))))))... (-24.12 = -27.78 + 3.67)
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