Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,232,127 – 5,232,242 |
Length | 115 |
Max. P | 0.998821 |
Location | 5,232,127 – 5,232,242 |
---|---|
Length | 115 |
Sequences | 5 |
Columns | 115 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 95.08 |
Mean single sequence MFE | -41.12 |
Consensus MFE | -38.90 |
Energy contribution | -39.14 |
Covariance contribution | 0.24 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -1.98 |
Structure conservation index | 0.95 |
SVM decision value | 3.24 |
SVM RNA-class probability | 0.998821 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 5232127 115 + 22224390 GCUACGGCAUUUAGUGGCCACAUCUCUAGGGCUUCAGGUGGCAAGCCUCUUCAGGUGGAACAGCAGGCUAUCACGGGGAAGCUCUCUCUGCUGGGCCAUUUUAGUCGAUUUGCAU ((..((((....(((((((.(((((..(((((((........))))).))..)))))...(((((((((.((....)).))).....)))))))))))))...))))....)).. ( -41.20) >DroSec_CAF1 8451 113 + 1 GCUUCGGCAUUUAGUGGCCACAUCUCUAGGGCUUCAGGUGUUAAGCCUCUUCAGUUGGAACAGCAGGUUAUCACGGGGAAGCUC--UCUGUUGGGCCAUUUUAGUCGAUUUGCAU ((.(((((....(((((((.((.(...((((((((..(((...(((((((((.....))..)).)))))..)))...)))))))--)..).)))))))))...)))))...)).. ( -40.50) >DroSim_CAF1 6329 113 + 1 GCUUCGGCAUUUAGUGGCCACAUCUCUAGGGCUUCAGGUGGUAAGCCUCUUCAGGUGGAACAGCAGGUUAUCACGGGGAAGCUC--UCUGUUGGGCCAUUUUAGUCGAUUUGCAU ((.(((((....(((((((.((.(...((((((((..(((((((.(((((((.....))..)).))))))))))...)))))))--)..).)))))))))...)))))...)).. ( -43.20) >DroEre_CAF1 8520 113 + 1 GCUUCAGCAUUUAGUGGCCACAUCUCUAGGGCUUCAGGUGGUAAGCCUCUGCAGGUGGAACAGCGGGUUAUCACGGGGAAACUC--UCUGUUGGGCCAUUUUAGUCGAUUUGCAU ((.((.((....(((((((.(((((.((((((((........))))).))).)))))...((((((((....))(((....)))--.)))))))))))))...)).))...)).. ( -39.90) >DroYak_CAF1 8718 113 + 1 GCUUCAGCAUUUAGUGGCCACAUCUCUAGGGCUUCAGGUGGUAAGCCUCUUCAGGUGGAACAGCGGGUUAUCACGGGGAAGCUC--UUUGUUGGGCCAUUUUAGUCGAUUUGCAU ((.((.((....(((((((.((.(...((((((((..(((((((.((.((((.....))..)).)).)))))))...)))))))--)..).)))))))))...)).))...)).. ( -40.80) >consensus GCUUCGGCAUUUAGUGGCCACAUCUCUAGGGCUUCAGGUGGUAAGCCUCUUCAGGUGGAACAGCAGGUUAUCACGGGGAAGCUC__UCUGUUGGGCCAUUUUAGUCGAUUUGCAU ((.(((((....(((((((.(((((..(((((((........))))).))..)))))...(((((((.......(((....)))..))))))))))))))...)))))...)).. (-38.90 = -39.14 + 0.24)
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