Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,021,124 – 5,021,222 |
Length | 98 |
Max. P | 0.861297 |
Location | 5,021,124 – 5,021,222 |
---|---|
Length | 98 |
Sequences | 6 |
Columns | 114 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 74.47 |
Mean single sequence MFE | -36.37 |
Consensus MFE | -20.08 |
Energy contribution | -22.33 |
Covariance contribution | 2.25 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -1.80 |
Structure conservation index | 0.55 |
SVM decision value | 0.83 |
SVM RNA-class probability | 0.861297 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 5021124 98 + 22224390 GGCGGU----------GAGAUACC---AUCCAGUCUCUUCGAUCAGCCGGGACA---ACCGGCUGUGGUUGUGCCACCACUGCAAUUGCAACCCUCAUCACCGCUAUUUGUGGA ((((((----------(((((...---.....)))))...((((((((((....---.))))))).((((((((.......))....))))))...)))))))))......... ( -34.80) >DroPse_CAF1 116479 99 + 1 ---GGUGCCCCCCACCGAGGCAUCGUCCUCGAGCCUCUUCGAC-UGCCAG--CC---CCCGGCUGUGGCG------CCGCACCAGCUGCAGGCACCCUCCCCGCUGCUCCUGGA ---((((((.......(((((.(((....))))))))......-...(((--((---...))))).))))------))...((((..((((............))))..)))). ( -40.70) >DroSec_CAF1 87035 98 + 1 GGCGGU----------GAGAUACC---AUCCAGUCUCUUCGAUCAGCCGGGACA---ACCGGCUGUGGUGGUGCCACCACUGCAACUGCAACCCUCAUCACCACUAUUUGUGGA .(((((----------(((((...---.....))))).......((((((....---.))))))((((((....))))))....)))))...........((((.....)))). ( -38.50) >DroEre_CAF1 91434 98 + 1 GGCGGU----------GAGAUACC---AUCCAGUCUCUUCGAUCAGCCGGGACA---ACCGGCUGUUGUGGUUCCACCACUGCAACUGCAACCCUCAUCACCACUAUUUGUGGA .(((((----------(((((...---.....)))))......(((((((....---.)))))))..((((.....))))....)))))...........((((.....)))). ( -35.50) >DroYak_CAF1 88454 98 + 1 GGCGGU----------GAGAUACC---AUCUAGCCUCUUCGAUCAGCCGGGACA---AGCGGCUGUGGUGGUGCCACCAGUGCAACUGCAACCCUCAUCACCACUAUUUGUGGA ...(((----------(((.((((---((((((((.(((.(.((......))))---)).))))).))))))).......(((....)))...)))))).((((.....)))). ( -34.10) >DroAna_CAF1 86052 92 + 1 G---GU----------GAGCUGCC---ACCCAGCCUGUUCGAUCAGCCCGGACAGCCACCGGCUGUGGG---U---CCAUUGCAGCUGCAGCCCUCAUCCCCGCUGUUCGUGGA (---((----------(((((((.---.....(.(((((((.......))))))).)...(((((..(.---.---...)..))))))))))..))))).((((.....)))). ( -34.60) >consensus GGCGGU__________GAGAUACC___AUCCAGCCUCUUCGAUCAGCCGGGACA___ACCGGCUGUGGUGGUGCCACCACUGCAACUGCAACCCUCAUCACCACUAUUUGUGGA .(((((..........(((((...........)))))........(((((........)))))((((((((.....)))))))))))))...........((((.....)))). (-20.08 = -22.33 + 2.25)
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