Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,020,719 – 5,020,830 |
Length | 111 |
Max. P | 0.554290 |
Location | 5,020,719 – 5,020,830 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.83 |
Mean single sequence MFE | -46.55 |
Consensus MFE | -26.85 |
Energy contribution | -26.67 |
Covariance contribution | -0.19 |
Combinations/Pair | 1.33 |
Mean z-score | -2.39 |
Structure conservation index | 0.58 |
SVM decision value | 0.04 |
SVM RNA-class probability | 0.554290 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 5020719 111 - 22224390 CGACUG------GGACUGUGAUUGAGAUUGCGAUUGCGAUUGCGAUUCCUGAUCGUAUGAAUCACUUAUCACGCUGGCCGUGGAGGCGGUGGGCGUGGUCGUGCUGCCCAACGUCGA ((((((------((...((((((.(((((((....))))))((((((...)))))).).))))))..((((((((.(((((....))))).)))))))).......))))..)))). ( -45.60) >DroGri_CAF1 132134 111 - 1 UGAUUGCGAUUGCGAUUGGGAUUGUGAUUGCGACUGGGAUUGU---UCCUGGUCAUAGGAGUCACUGAUGACGCUCGCUGUGGAGGCGGUUGGCGUGGU---GGUGCUCAACGUCGA .(((.(((((..((((....))))..)))))(((..(((....---)))..)))....(((.((((.((.(((((.(((((....))))).))))).))---)))))))...))).. ( -46.70) >DroSec_CAF1 86630 111 - 1 CGAUUG------GGACUGCGAUUGAGAUUGCGAUUGCGAUUGCGAUUCCUGAUCGUAUGAAUCACUUAUCACGCUGGCCGUGGAGGCGGUGGGCGUGGUCGUACUGCCCAACGUCGA ((((((------((..((((((((..((((((((....))))))))..).)))))))..........((((((((.(((((....))))).)))))))).......))))..)))). ( -45.00) >DroEre_CAF1 91029 111 - 1 CGACUG------GGACUGCGAUUGCGAUUGAGACUGCGAUUGCGAUUCUUGAUCGUAUGAAUCACUUAUAACGCUGGCCGUGGAGGCGGUGGGCGUGGUCGUGCUGCCCAACGUCGA ((((((------((..((((((((((((..(((.(((....)))..)))..)))))..............(((((.(((((....))))).))))))))))))...))))..)))). ( -45.50) >DroYak_CAF1 88055 105 - 1 CGACUG------GGAUUGUGACUGCGAUUGCGAC------UGCGAUUCCUGAUCGUAUGAGUCACUUAUUACGCUGGCCGUAGAGGCGGUGGGCGUAGUCGCGCUGCCCAACGUCGA ((((((------((..(((((((((......(((------(((((((...))))))...)))).........(((.(((((....))))).))))))))))))...))))..)))). ( -46.10) >DroAna_CAF1 85653 111 - 1 GGACUG------GGACUGGGACUGGGACUGCGAUUGGGAUUGCGACUCCUGGUCGUAGGAAUCACUGAUAACGCUGGCCGUGGAGGCGGUGGGCGUGGUCGUGCUGCCCAGCGUCGA .(.(((------((.(((.(((..(((.((((((....))))))..)))..))).)))....(((.(((.(((((.(((((....))))).))))).))))))...))))))..... ( -50.40) >consensus CGACUG______GGACUGCGAUUGAGAUUGCGACUGCGAUUGCGAUUCCUGAUCGUAUGAAUCACUUAUAACGCUGGCCGUGGAGGCGGUGGGCGUGGUCGUGCUGCCCAACGUCGA ((((........((..(((((((........((((.....((((((.....))))))..)))).......(((((.(((((....))))).))))))))))))...))....)))). (-26.85 = -26.67 + -0.19)
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