Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,435,129 – 4,435,241 |
Length | 112 |
Max. P | 0.913579 |
Location | 4,435,129 – 4,435,241 |
---|---|
Length | 112 |
Sequences | 4 |
Columns | 112 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 87.90 |
Mean single sequence MFE | -33.10 |
Consensus MFE | -26.20 |
Energy contribution | -26.07 |
Covariance contribution | -0.13 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -2.16 |
Structure conservation index | 0.79 |
SVM decision value | 1.09 |
SVM RNA-class probability | 0.913579 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 4435129 112 - 22224390 CACAGCAGCCUCUGCCUAUGUAUAUGCAUUUAUAUGUGUGUAUCUGCUGCUGCUGCGCAGGACAGUCGAUUUGCAUGUGUGAGUGUGUGUGUGUGUGUAUAUACAUCUUAUG (((.((((...))))..(..((((((((((((((((((((.(((.((((((((...))))..)))).))).))))))))))))))))))))..))))............... ( -36.50) >DroSec_CAF1 37536 105 - 1 CACAGCAGCCUCUGCCUAUGUAUAUGCAUUUAUAUGUGUGUAUCUGCU---GCUGCGCAGGACAGUCGAUUUGCAUGUGUGAGUGUGUGUGUG----UAUAUACAUCUUAUG ....((((...)))).((..((((((((((((((((((((.(((.(((---(((.....)).)))).))).))))))))))))))))))))..----))............. ( -33.40) >DroSim_CAF1 38415 91 - 1 CACAGCAGCCUCUGCCUAUGUAUAUGCACUUAUAUGUGUGUAUCUGCU---GCUGCGCAGGACAGUCGAUUUGCAUGUGCGAGUGUGUGUGUG----U-------------- ....((((...))))..(..((((((((((..((((((((.(((.(((---(((.....)).)))).))).))))))))..))))))))))..----)-------------- ( -30.50) >DroYak_CAF1 37579 105 - 1 CACAGCAGCCUCUGCCUAUGUAUAUGCAUUUAUAUGUGUGUAUCUGCU---GCUGCGCAGGACAGUCGAUUUGCAUGUGUGGGUGUGUGUGUAU----AUAUACAUCUUAUG (((((((((....((....((((((((((....))))))))))..)).---)))))(((((.(....).))))).)))).((((((((((....----)))))))))).... ( -32.00) >consensus CACAGCAGCCUCUGCCUAUGUAUAUGCAUUUAUAUGUGUGUAUCUGCU___GCUGCGCAGGACAGUCGAUUUGCAUGUGUGAGUGUGUGUGUG____UAUAUACAUCUUAUG ....((((...)))).....((((((((((((((((((((.(((.(((....((.....))..))).))).))))))))))))))))))))..................... (-26.20 = -26.07 + -0.13)
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