Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,415,767 – 4,415,884 |
Length | 117 |
Max. P | 0.725479 |
Location | 4,415,767 – 4,415,884 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 96.98 |
Mean single sequence MFE | -33.64 |
Consensus MFE | -30.46 |
Energy contribution | -30.74 |
Covariance contribution | 0.28 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -1.32 |
Structure conservation index | 0.91 |
SVM decision value | 0.41 |
SVM RNA-class probability | 0.725479 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 4415767 117 - 22224390 GGUGGCAGAGGGCUAACGGAAACUGCUGACCACUUAUCCAGUUCGGUCAGCUUUCAUCUAAGUCGCAGCACCAUAUCUUUUAUGGCAAUAAAACAUAUUACGAGUU---GUUUGCUGCUG ((..(((((.((((..((((((..((((((((((.....)))..)))))))))))...............(((((.....)))))...............))))))---.)))))..)). ( -33.70) >DroSec_CAF1 18174 120 - 1 GGUGGCAGAGGGCUAACGGAAACUGCUGACCACUUAUCCAGUUCGGUCAGCUUUCAUCUAAGUCGCAGCACCAUAUCUUUUAUGGCAAUAAAACAUAUUACGAGUUGUUGUUUGCUGCUG ((..(((((.((((....((((..((((((((((.....)))..))))))))))).....))))(((((.(((((.....))))).((((.....))))....)))))..)))))..)). ( -34.80) >DroSim_CAF1 19614 120 - 1 GGUGGCAGAGGGCUAACGGAAACUGCUGACCACUUAUCCAGUUCGGUCAGCUUUCAUCUAAGUCGCAGCACCAUAUCUUUUAUGGCAAUAAAACAUAUUACGAGUUGUUGUUUGCUGCUG ((..(((((.((((....((((..((((((((((.....)))..))))))))))).....))))(((((.(((((.....))))).((((.....))))....)))))..)))))..)). ( -34.80) >DroEre_CAF1 19208 117 - 1 GGAGGCAGAGGGCUAACGGAAACUGCUGACCACUUAUCCAGUUCGGUCAGCUUUCAUCUAAGUCGCAGCACCAUAUCUUUUAUGGCAAUAAAACAUAUUACGAGUU---GUUUGCUGCUG ...(((..(((......(....).((((((((((.....)))..))))))).....)))..)))(((((.(((((.....))))).....(((((..........)---))))))))).. ( -33.00) >DroYak_CAF1 18878 117 - 1 GGAAGCAGAGGGCUAACGGAAACUGCUGACCACUUAUCCAGUUCGGUCAGCUUUCAUCUAAGUCGCAGCACCGUAUCUUUUAUGGCAAUAAAACAUAUUACGAGUU---GUUAGCUGCUG ...(((((..((((....((((..((((((((((.....)))..))))))))))).....))))(((((..((((..((((((....)))))).....)))).)))---))...))))). ( -31.90) >consensus GGUGGCAGAGGGCUAACGGAAACUGCUGACCACUUAUCCAGUUCGGUCAGCUUUCAUCUAAGUCGCAGCACCAUAUCUUUUAUGGCAAUAAAACAUAUUACGAGUU___GUUUGCUGCUG ((((((((((((((...(....).((((((((((.....)))..)))))))...............))).))((((.((((((....)))))).))))............))))))))). (-30.46 = -30.74 + 0.28)
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