Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,446,562 – 3,446,653 |
Length | 91 |
Max. P | 0.999915 |
Location | 3,446,562 – 3,446,653 |
---|---|
Length | 91 |
Sequences | 4 |
Columns | 114 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.22 |
Mean single sequence MFE | -27.40 |
Consensus MFE | -19.49 |
Energy contribution | -21.18 |
Covariance contribution | 1.69 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -2.50 |
Structure conservation index | 0.71 |
SVM decision value | 2.53 |
SVM RNA-class probability | 0.995036 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 3446562 91 + 22224390 CA---------------CACAGAUUUUUCCAGUGCAGAAAUAAGCAUGACGUAUACGUGAUAUAGUCUCCAUUUGGACCAUAUCACACAUACGCCACCAGUUAUCU-------- ..---------------...((((.......((((........))))(.(((((..(((((((.((((......)))).)))))))..))))).).......))))-------- ( -20.20) >DroSec_CAF1 18742 114 + 1 AAAGCUUAUGAUAUUUGCACAUAUUGGUACAGUGCAUAAGUAACCAAGUCGUAUACGUGAUAUAGUCUCCAAUCGGGCCAUAUCACGCACACGCCACCGGUUAUCUGCCAGGUA ...(((((((.(((((((........))).))))))))))).(((..(.(((...((((((((.((((......)))).))))))))...))).)...(((.....))).))). ( -30.60) >DroSim_CAF1 18815 114 + 1 AAAGCUUAUGAUAUUUACACAUGUUGGCACAGUGCAUAAGUAACCAUGACGUAUACGUGAUAUAGUCUCCAAUCGGGCCAUAUCACGCAUACGCCACCGGUUAUCUGCCAGGUA ...(((((((.......(((.(((....))))))))))))).(((.((.(((((.((((((((.((((......)))).)))))))).))))).))..(((.....))).))). ( -33.81) >DroYak_CAF1 19983 114 + 1 AACUCUUAUGAUAUUUUCACAUAUUUUUGCAGUGCAGAAAUAACCAUGAUGUAUACGUGAUAUAGUCUCCAUUCGGACCAUAUCACACAUACGCCACCAGUUAUCUGUCAGCUU ........(((((........(((((((((...)))))))))....((.(((((..(((((((.((((......)))).)))))))..))))).)).........))))).... ( -25.00) >consensus AAAGCUUAUGAUAUUU_CACAUAUUGGUACAGUGCAGAAAUAACCAUGACGUAUACGUGAUAUAGUCUCCAAUCGGACCAUAUCACACAUACGCCACCAGUUAUCUGCCAGGUA .................................((((..((((((..(.(((((.((((((((.((((......)))).)))))))).))))).)...))))))))))...... (-19.49 = -21.18 + 1.69)
Location | 3,446,562 – 3,446,653 |
---|---|
Length | 91 |
Sequences | 4 |
Columns | 114 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.22 |
Mean single sequence MFE | -38.95 |
Consensus MFE | -30.98 |
Energy contribution | -32.60 |
Covariance contribution | 1.62 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -4.41 |
Structure conservation index | 0.80 |
SVM decision value | 4.53 |
SVM RNA-class probability | 0.999915 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 3446562 91 - 22224390 --------AGAUAACUGGUGGCGUAUGUGUGAUAUGGUCCAAAUGGAGACUAUAUCACGUAUACGUCAUGCUUAUUUCUGCACUGGAAAAAUCUGUG---------------UG --------((((((...((((((((((((((((((((((........))))))))))))))))))))))..))))))..((((.(((....))))))---------------). ( -34.00) >DroSec_CAF1 18742 114 - 1 UACCUGGCAGAUAACCGGUGGCGUGUGCGUGAUAUGGCCCGAUUGGAGACUAUAUCACGUAUACGACUUGGUUACUUAUGCACUGUACCAAUAUGUGCAAAUAUCAUAAGCUUU .....(((((.(((((((...(((((((((((((((((((....)).).))))))))))))))))..)))))))))..((((((((....))).)))))..........))).. ( -40.80) >DroSim_CAF1 18815 114 - 1 UACCUGGCAGAUAACCGGUGGCGUAUGCGUGAUAUGGCCCGAUUGGAGACUAUAUCACGUAUACGUCAUGGUUACUUAUGCACUGUGCCAACAUGUGUAAAUAUCAUAAGCUUU .....(((((.((((((.((((((((((((((((((((((....)).).)))))))))))))))))))))))))))..((((((((....))).)))))..........))).. ( -46.70) >DroYak_CAF1 19983 114 - 1 AAGCUGACAGAUAACUGGUGGCGUAUGUGUGAUAUGGUCCGAAUGGAGACUAUAUCACGUAUACAUCAUGGUUAUUUCUGCACUGCAAAAAUAUGUGAAAAUAUCAUAAGAGUU ..((((.((((((((((.((..((((((((((((((((((.....).)))))))))))))))))..))))))))..))))))..)).......(((((.....)))))...... ( -34.30) >consensus UACCUGGCAGAUAACCGGUGGCGUAUGCGUGAUAUGGCCCGAAUGGAGACUAUAUCACGUAUACGUCAUGGUUACUUAUGCACUGUAAAAAUAUGUG_AAAUAUCAUAAGCUUU ........(((((((((.((((((((((((((((((((((.....).)))))))))))))))))))))))))))))).(((((.(((....))))))))............... (-30.98 = -32.60 + 1.62)
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