Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,335,873 – 3,335,993 |
Length | 120 |
Max. P | 0.573946 |
Location | 3,335,873 – 3,335,993 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.11 |
Mean single sequence MFE | -37.58 |
Consensus MFE | -25.89 |
Energy contribution | -25.89 |
Covariance contribution | 0.00 |
Combinations/Pair | 1.30 |
Mean z-score | -1.53 |
Structure conservation index | 0.69 |
SVM decision value | 0.08 |
SVM RNA-class probability | 0.573946 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 3335873 120 - 22224390 GCAUCACGUCAUCCGGCAAGAUCGUCUAUAUGACGGCCAUAUUCCCCUAUGUGGUGCUUAUAAUAUUUUUUUUUCGGGGCAUCACCUUGAAGGGUGCUGCAGAUGGGGUGGCACACUUGU ((..(((.((((((((((.(..((((.....))))..)......((((..(((((((((..((........))...))))))))).....)))))))))..))))).)))))........ ( -38.70) >DroVir_CAF1 24247 120 - 1 GCAUAACAUCGUCUGGCAAAAUAGUCUAUAUGACGGCCAUAUUUCCCUAUGUGGUGCUCAUCAUAUUCUUCUUUCGUGGCAUCACACUGAAGGGCGCCGCCGACGGGGUUGCCCAUCUGU (((..((..((((.(((......(((.....)))(((.......((((.((((((((.(((..............)))))))))))....)))).))))))))))..)))))........ ( -36.34) >DroGri_CAF1 23068 120 - 1 GAAUUACAUCGUCCGGCAAGAUCGUCUACAUGACCGCCAUCUUUCCCUAUGUGGUGCUCAUCAUCUUCUUCUUUCGGGGCAUCACACUGAAGGGUGCCGCCGAUGGUGUGGCGCAUUUGU (..((((((((((.(((......(((.....))).(.((((((((....((((((((((.................))))))))))..)))))))).))))))))))))))..)...... ( -41.53) >DroWil_CAF1 222558 120 - 1 GCAUCACAUCGUCUGGCAAAAUUGUCUAUAUGACAGCCAUAUUUCCCUAUGUGGUCUUAAUCAUAUUCUUCUUUCGCGGCAUCACGCUUAAGGGGGCUGCAGAUGGGGUCGCCCAUUUGU ((............((((....)))).((((((.((((((((......)))))).))...)))))).((((((..(((......)))..)))))))).(((((((((....))))))))) ( -34.90) >DroMoj_CAF1 29691 120 - 1 GCAUCACGUCGUCAGGCAAAAUCGUUUACAUGACGGCCAUCUUUCCGUAUGUUGUGCUCAUUAUCUUCUUCUUCCGGGGCAUCACACUCAAAGGUGCCGCCGACGGCGUGGCUCAUCUAU ...((((((((((.(((......(((.....)))(((.((((((..(..(((.((((((.................)))))).)))..)))))))))))))))))))))))......... ( -39.93) >DroAna_CAF1 19162 120 - 1 GGAUCACAUCAUCCGGGAAAAUAGUCUACAUGACGGCCAUCUUUCCGUACGUGGUGCUCAUUAUAUUUUUCUUCAGAGGCAUCACCUUGAAGGGAGCCGCCGAUGGAGUGGCUCAUCUGU ((((......)))).(((.....(((.....)))((((((...(((((..(((((............(..(((((.(((.....))))))))..))))))..)))))))))))..))).. ( -34.10) >consensus GCAUCACAUCGUCCGGCAAAAUCGUCUACAUGACGGCCAUAUUUCCCUAUGUGGUGCUCAUCAUAUUCUUCUUUCGGGGCAUCACACUGAAGGGUGCCGCCGAUGGGGUGGCCCAUCUGU (..((((.(((((((((......(((.....)))..........((((.(((((((((...................)))))))))....)))).))))..))))).))))..)...... (-25.89 = -25.89 + 0.00)
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