Publications - Supplemental material

Please find below supplemental material corresponding to publications of our group. Currently, we list 118 supplements. If you have problems accessing electronic information, please let us know:

©NOTICE: All documents are copyrighted by the authors; If you would like to use all or a portion of any paper, please contact the author.

This supplement is also available at http://www.bioinf.uni-leipzig.de/publications/supplements/08-001
You may use this URL to cite or link to us.

BIOINF 08-001: Evolution of Spliceosomal snRNA Genes in Metazoan Animals

Manuela Marz, Toralf Kirsten, Peter F. Stadler

For any question please contact manja@bioinf.uni-leipzig.de

All data at once

download ALL data (*.tgz)

Overview

Databases used for this work
Query sequences for Prediction of snRNAs
Predicted snRNAs (verified by sequence similarities, secondary structure, promoter region)
Predicted snRNAs based exclusively on sequence homology (contains pseudogenes) and their upstream regions (100nt)
Secondary structures (can be viewed with emacs ralee mode)
Phylogenetic networks

Databases used for this work

Organism Source Version Release Kind Download
Homo sapiens NCBI 36 2 September 2006 Chromosomes Download link
Pan troglodytes UCSC panTro1 November 2004 Chromosomes Download link
Bos taurus Ensembl 3.1 July 2007 Chromosomes Download link
Canis familiaris Ensembl CanFam 2.0 July 2007 Chromosomes Download link
Rattus norvegicus UCSC rn3 June 2003 Chromosomes Download link
Mus musculus UCSC mm3,Build 33 May 2004 Chromosomes Download link
Monodelphis doemstica Ensembl monDom5 July 2007 Chromosomes Download link
Ornithorhynchus anatinus Ensembl 5.0 July 2007 Chromosomes Download link
Anolis carolinensis NCBI March 2007 Traces Download link
Taeniopygia guttata NCBI March 2007 Traces Download link
Gallus gallus UCSC galGal3 May 2006 Chromosomes Download link
Xenopus tropicalis UCSC xenTro2 August 2005 Scaffolds Download link
Tetraodon nigroviridis UCSC tetNig1 February 2004 Chromosomes Download link
Fugu rubripes JGI v4.0 October 2004 Scaffolds Download link
Gasterostreus aculeatus UCSC gasAcu1 February 2006 Chromosomes Download link
Oryzias latipes Ensembl 46 September 2007 Chromosomes Download link
Danio rerio Ensembl 47 October 2007 Chromosomes Download link
Petromyzon marinus Ensembl November 2007 Traces Download link
Branchiostoma floridae JGI 1.0 December 2006 Scaffolds Download link
Oikopleura dioica NCBI July 2004 Traces Download link
Ciona intestinalis JGI 2.0 July 2005 Scaffolds Download link
Ciona savignyi Broad Inst. April 2003 Scaffolds Download link
Saccoglossus kowalevskii Ensembl October 2007 Traces Download link
Strongylocentrotus purpuratus HGSC Spur2.1 September 2006 Scaffolds Download link
Drosophila yakuba CAF1 October 2006 Chromosomes Download link
Drosophila willistoni CAF1 October 2006 Chromosomes Download link
Drosophila virilis CAF1 October 2006 Chromosomes Download link
Drosophila simulans CAF1 October 2006 Chromosomes Download link
Drosophila pseudoobscura CAF1 October 2006 Chromosomes Download link
Drosophila persimilis CAF1 October 2006 Chromosomes Download link
Drosophila mojavensis CAF1 October 2006 Chromosomes Download link
Drosophila erecta CAF1 October 2006 Chromosomes Download link
Drosophila ananassae CAF1 October 2006 Chromosomes Download link
Drosophila melanogaster CAF1 October 2006 Chromosomes Download link
Anopheles gambiae UCSC MOZ2 February 2003 Chromosomes Download link
Tribolium castaneum HGSC 1.0 January 2005 Traces Download link
Bombyx mori BGI October 2003 Scaffolds Download link
Apis mellifera HGSC 2.0 January 2005 Scaffolds Download link
Acyrthosiphum pisum Ensembl February 2007 Traces Download link
Ixodes scapularis Ensembl February 2007 Traces Download link
Nasonia vitripennis HGSC 0.5 July 2006 Contigs Download link
Pediculus humanus Ensembl November 2007 Traces Download link
Daphnia pulex Ensembl June 2007 Traces Download link
Caenorhabditis briggsae Wustl 1.0 January 2007 Chromosomes Download link
Caenorhabditis elegans Wormbase WS183 November 2007 Chromosomes Download link
Caenorhabditis brenneri Wustl 4.0 January 2007 Contigs Download link
Caenorhabditis japonica Ensembl April 2007 Traces Download link
Caenorhabditis remanei Wustl 15.0.1 July 2007 Contigs Download link
Pristionchus pacificus Ensembl June 2007 Traces Download link
Trichinella spiralis Ensembl June 2007 Traces Download link
Brugia malayi Ensembl November 2006 Traces Download link
Heterorhabditis bacteriophora Ensembl August 2007 Traces Download link
Helobdella robusta JGI 1.0 April 2007 Scaffolds Download link
Capitella capitata JGI 1.0 August 2007 Scaffolds Download link
Aplysia californica Ensembl October 2007 Traces Download link
Euprymna scolopes Ensembl November 2007 Traces Download link
Porites lobata Ensembl June 2007 Traces Download link
Biomphalaria glabrata Ensembl July 2007 Traces Download link
Lottia gigantea Ensembl June 2007 Traces Download link
Spisula solidissima Ensembl October 2006 Traces Download link
Cerebratulus lacteus Ensembl October 2006 Traces Download link
Schmidtea mediterannea Wustl 3.1 October 2006 Contigs Download link
Schistosoma mansoni Sanger 3.1 August 2006 Scaffolds Download link
Acropora palmata Ensemble June 2007 Traces Download link
Acropora millepora Ensemble June 2007 Traces Download link
Hydra magnipapillata Ensemble November 2007 Traces Download link
Nematostella vectensis JGI 1.0 May 2007 Scaffolds Download link
Trichoplax adhaerens JGI 1.0 December 1007 Scaffolds Download link
Reniera spec. Ensemble May 2007 Traces Download link
Monosiga brevicollis JGI 1.0 June 2007 Scaffolds Download link

Query sequences for Prediction of snRNAs

U1.fa
U2.fa
U4.fa
U5.fa
U6.fa
U11.fa
U12.fa
U4atac.fa
U6atac.fa

Predicted snRNAs (verified by sequence similarities, secondary structure, promoter region)

*.bl Blast file of snRNAs with chromosome, strand, start/stop position
*.fa fasta sequence of snRNAs
up.*.fa upstream region of snRNAs

Species U1 U2 U4 U5 U6 U11 U12 U4atac U6atac
M. brevicollis (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0-2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
Reniera sp (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
Trichoplax adhaerens (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
N. vectensis (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
H. magnipapillata (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1-2
A. millepora (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
A. palmata (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
S. mansoni (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
9
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
S. mediterannea (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
L. gigantea (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
8
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
11
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
B. glabrata (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
P. lobata (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
E. scolopes (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
A. californica (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
10
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
8
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
C. capitata (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
H. robusta (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
8
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
H. bacteriophora (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
B. malayi (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
--
T. spiralis (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
P. pacificus (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
C. brenneri (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
19
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
19
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
10
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
19
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
25
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
C. remanei (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
14
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
11
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
13
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
15
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
C. japonica (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
16
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
15
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
14
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
C. elegans (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
10
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
17
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
9
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
15
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
C. briggsae (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
9
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
10
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
10
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
22
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
D. pulex (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
9
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
8
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
P. humanus (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
N. vitripennis (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
I. scapularis (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
A. pisum (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
A. mellifera (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
B. mori (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
T. castaneum (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
A. gambiae (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
D. melanogaster (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
D. ananassae (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
9
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
8
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
D. erecta (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
8
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
9
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
D. grimshawi (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
D. mojavensis (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
8
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
D. persimilis (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
D. pseudoobscura (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
D. sechellia (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
D. simulans (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
8
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
8
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
D. virilis (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
8
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
D. willistoni (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
8
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
9
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
8
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
D. yakuba (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
8
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
8
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
S. purpuratus (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
9
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
8
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
S. kowalevski (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
C. savignyi (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
C. instestinalis (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
O. dioica (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
B. floridae (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
8
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
9
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
P. marinus (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
8
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
9
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
D. rerio (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
O. latipes (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
G. aculeatus (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
F. rubripes (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
T. nigroviridis (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
X. tropicalis (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
G. gallus (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
T. guttata (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
A. carolinensis (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
14
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
O. anatinus (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
M. domestica (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
M. musculus (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
R. norvegicus (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
10
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
C. familiaris (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
B. taurus (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
8
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
P. troglydotes (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
8
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
H. sapiens (*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
8
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
(up.*.fa)
1

Predicted snRNAs based exclusively on sequence homology (contains pseudogenes) and their upstream regions (100nt)

*.bl Blast file of snRNAs with chromosome, strand, start/stop position
*.fa upstream region of snRNAs
Species U1U2 U4 U5 U6 U11 U12 U4atacU6atac
M. brevicollis (*.bl) (*.fa)
0-2
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0-2
(*.bl) (*.fa)
1-4
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
-
Reniera sp (*.bl) (*.fa)
0-29
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0-27
(*.bl) (*.fa)
0-23
(*.bl) (*.fa)
11-41
(*.bl) (*.fa)
0-20
(*.bl) (*.fa)
0-15
(*.bl) (*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
7-17
T. adhaerens (*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1-2
(*.bl) (*.fa)
0-2
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
0-7
(*.bl) (*.fa)
1-5
N. vectensis (*.bl) (*.fa)
0-5
(*.bl) (*.fa)
10-26
(*.bl) (*.fa)
1-114
(*.bl) (*.fa)
16-246
(*.bl) (*.fa)
25-36
(*.bl) (*.fa)
2-3
(*.bl) (*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
3
H. magnipapillata (*.bl) (*.fa)
0-?
(*.bl) (*.fa)
0-?
(*.bl) (*.fa)
0-105
(*.bl) (*.fa)
0-?
(*.bl) (*.fa)
0-?
(*.bl) (*.fa)
0-4
(*.bl) (*.fa)
0-19
(*.bl) (*.fa)
0-6
(*.bl) (*.fa)
0-20
A. millepora (*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0-4
(*.bl) (*.fa)
0-6
(*.bl) (*.fa)
0-6
(*.bl) (*.fa)
4-6
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
0
A. palmata (*.bl) (*.fa)
0-2
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
0
S. mansoni (*.bl) (*.fa)
15-57
(*.bl) (*.fa)
6-23
(*.bl) (*.fa)
0-19
(*.bl) (*.fa)
0-17
(*.bl) (*.fa)
0-86
(*.bl) (*.fa)
0-2
(*.bl) (*.fa)
2-4
(*.bl) (*.fa)
0-8
(*.bl) (*.fa)
0-2
S. mediterannea (*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
0-9
(*.bl) (*.fa)
0-2
(*.bl) (*.fa)
1-9
(*.bl) (*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0
C. lacteus (*.bl) (*.fa)
0-5
(*.bl) (*.fa)
0-11
(*.bl) (*.fa)
0-8
(*.bl) (*.fa)
0-13
(*.bl) (*.fa)
0-2
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0-4
(*.bl) (*.fa)
0-3
(*.bl) (*.fa)
0-2
S. solidissima (*.bl) (*.fa)
0-6
(*.bl) (*.fa)
0-14
(*.bl) (*.fa)
0-2
(*.bl) (*.fa)
0-8
(*.bl) (*.fa)
0
(*.bl) (*.fa)
0-3
(*.bl) (*.fa)
0-2
(*.bl) (*.fa)
0-6
(*.bl) (*.fa)
0-1
L. gigantea (*.bl) (*.fa)
0-48
(*.bl) (*.fa)
2-?
(*.bl) (*.fa)
0-145
(*.bl) (*.fa)
0-?
(*.bl) (*.fa)
0-?
(*.bl) (*.fa)
0-26
(*.bl) (*.fa)
0-6
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0-21
B. glabrata (*.bl) (*.fa)
0-11
(*.bl) (*.fa)
3-6
(*.bl) (*.fa)
0-3
(*.bl) (*.fa)
0-9
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0-3
(*.bl) (*.fa)
0-3
(*.bl) (*.fa)
0-6
(*.bl) (*.fa)
-
P. lobata (*.bl) (*.fa)
0-3
(*.bl) (*.fa)
2-4
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0-4
(*.bl) (*.fa)
-
(*.bl) (*.fa)
0-3
(*.bl) (*.fa)
0-5
(*.bl) (*.fa)
0-10
(*.bl) (*.fa)
0-2
E. scolopes (*.bl) (*.fa)
0-3
(*.bl) (*.fa)
0-70
(*.bl) (*.fa)
0-2
(*.bl) (*.fa)
0-8
(*.bl) (*.fa)
0-4
(*.bl) (*.fa)
0-8
(*.bl) (*.fa)
0-3
(*.bl) (*.fa)
0-14
(*.bl) (*.fa)
0-1
A. californica (*.bl) (*.fa)
0-?
(*.bl) (*.fa)
250-?
(*.bl) (*.fa)
0-40
(*.bl) (*.fa)
0-?
(*.bl) (*.fa)
1-90
(*.bl) (*.fa)
0-6
(*.bl) (*.fa)
0-10
(*.bl) (*.fa)
0-2
(*.bl) (*.fa)
0-1
C. capitata (*.bl) (*.fa)
0-17
(*.bl) (*.fa)
0-30
(*.bl) (*.fa)
0-31
(*.bl) (*.fa)
0-19
(*.bl) (*.fa)
6-27
(*.bl) (*.fa)
0-6
(*.bl) (*.fa)
0-2
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0-1
H. robusta (*.bl) (*.fa)
0-32
(*.bl) (*.fa)
0-160
(*.bl) (*.fa)
0-87
(*.bl) (*.fa)
0-89
(*.bl) (*.fa)
1-48
(*.bl) (*.fa)
-
(*.bl) (*.fa)
0-11
(*.bl) (*.fa)
0-13
(*.bl) (*.fa)
0-14
H. bacteriophora (*.bl) (*.fa)
0-12
(*.bl) (*.fa)
0-12
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0-14
(*.bl) (*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
0-5
(*.bl) (*.fa)
0-7
(*.bl) (*.fa)
-
(*.bl) (*.fa)
0-1
B. malayi (*.bl) (*.fa)
1-120
(*.bl) (*.fa)
1-152
(*.bl) (*.fa)
0-47
(*.bl) (*.fa)
0-104
(*.bl) (*.fa)
0-63
(*.bl) (*.fa)
0-3
(*.bl) (*.fa)
0-3
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
-
T. spiralis (*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
1-75
(*.bl) (*.fa)
0-49
(*.bl) (*.fa)
0-95
(*.bl) (*.fa)
0-47
(*.bl) (*.fa)
-
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0-36
(*.bl) (*.fa)
0-41
P. pacificus (*.bl) (*.fa)
0-?
(*.bl) (*.fa)
0-?
(*.bl) (*.fa)
0-?
(*.bl) (*.fa)
0-?
(*.bl) (*.fa)
1-?
(*.bl) (*.fa)
0-4
(*.bl) (*.fa)
0-2
(*.bl) (*.fa)
0-2
(*.bl) (*.fa)
-
C. brenneri (*.bl) (*.fa)
2-19
(*.bl) (*.fa)
16-23
(*.bl) (*.fa)
11
(*.bl) (*.fa)
3-20
(*.bl) (*.fa)
30
(*.bl) (*.fa)
0-9
(*.bl) (*.fa)
0-6
(*.bl) (*.fa)
0-9
(*.bl) (*.fa)
0-2
C. remanei (*.bl) (*.fa)
2-16
(*.bl) (*.fa)
3-12
(*.bl) (*.fa)
4-8
(*.bl) (*.fa)
3-15
(*.bl) (*.fa)
20
(*.bl) (*.fa)
0-2
(*.bl) (*.fa)
0-5
(*.bl) (*.fa)
0-6
(*.bl) (*.fa)
0-2
C. japonica (*.bl) (*.fa)
6-99
(*.bl) (*.fa)
21-?
(*.bl) (*.fa)
4-31
(*.bl) (*.fa)
4-96
(*.bl) (*.fa)
85-?
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0-2
(*.bl) (*.fa)
0-20
(*.bl) (*.fa)
0-17
C. elegans (*.bl) (*.fa)
1-11
(*.bl) (*.fa)
9-20
(*.bl) (*.fa)
4-5
(*.bl) (*.fa)
1-12
(*.bl) (*.fa)
22
(*.bl) (*.fa)
0-40
(*.bl) (*.fa)
0-38
(*.bl) (*.fa)
0-15
(*.bl) (*.fa)
0-17
C. briggsae (*.bl) (*.fa)
1-9
(*.bl) (*.fa)
3-13
(*.bl) (*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
10
(*.bl) (*.fa)
18-34
(*.bl) (*.fa)
0-59
(*.bl) (*.fa)
0-53
(*.bl) (*.fa)
0-149
(*.bl) (*.fa)
0-13
D. pulex (*.bl) (*.fa)
0-10
(*.bl) (*.fa)
0-8
(*.bl) (*.fa)
0-4
(*.bl) (*.fa)
0-9
(*.bl) (*.fa)
0-?
(*.bl) (*.fa)
0-8
(*.bl) (*.fa)
0-11
(*.bl) (*.fa)
0-3
(*.bl) (*.fa)
0-6
P. humanus (*.bl) (*.fa)
0-13
(*.bl) (*.fa)
9-18
(*.bl) (*.fa)
0-5
(*.bl) (*.fa)
0-27
(*.bl) (*.fa)
3-6
(*.bl) (*.fa)
0-6
(*.bl) (*.fa)
0-16
(*.bl) (*.fa)
-
(*.bl) (*.fa)
0-14
N. vitripennis (*.bl) (*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
4-13
(*.bl) (*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
3
I. scapularis (*.bl) (*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
3-21
(*.bl) (*.fa)
1-19
(*.bl) (*.fa)
1-26
(*.bl) (*.fa)
18-28
(*.bl) (*.fa)
-
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
-
(*.bl) (*.fa)
2
A. pisum (*.bl) (*.fa)
1-3
(*.bl) (*.fa)
3-5
(*.bl) (*.fa)
-
(*.bl) (*.fa)
2-3
(*.bl) (*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
0-8
(*.bl) (*.fa)
0-2
(*.bl) (*.fa)
0-61
(*.bl) (*.fa)
0-1
A. mellifera (*.bl) (*.fa)
1-5
(*.bl) (*.fa)
1-5
(*.bl) (*.fa)
1-2
(*.bl) (*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
1-4
(*.bl) (*.fa)
1-7
(*.bl) (*.fa)
0-8
(*.bl) (*.fa)
1
B. mori (*.bl) (*.fa)
5-7
(*.bl) (*.fa)
3-26
(*.bl) (*.fa)
2-4
(*.bl) (*.fa)
4-11
(*.bl) (*.fa)
6-29
(*.bl) (*.fa)
1-5
(*.bl) (*.fa)
0-3
(*.bl) (*.fa)
0-9
(*.bl) (*.fa)
1-4
T. castaneum (*.bl) (*.fa)
2-5
(*.bl) (*.fa)
3-5
(*.bl) (*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
2-8
(*.bl) (*.fa)
3-5
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0-2
(*.bl) (*.fa)
1
A. gambiae (*.bl) (*.fa)
3-7
(*.bl) (*.fa)
8-17
(*.bl) (*.fa)
1-2
(*.bl) (*.fa)
5-9
(*.bl) (*.fa)
2-6
(*.bl) (*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
2-8
D. melanogaster (*.bl) (*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
7-9
(*.bl) (*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
1
D. ananassae (*.bl) (*.fa)
2-9
(*.bl) (*.fa)
7-8
(*.bl) (*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
D. erecta (*.bl) (*.fa)
8
(*.bl) (*.fa)
9-10
(*.bl) (*.fa)
3-4
(*.bl) (*.fa)
7-9
(*.bl) (*.fa)
7-8
(*.bl) (*.fa)
1-3
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
D. grimshawi (*.bl) (*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
7-12
(*.bl) (*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
2
D. mojavensis (*.bl) (*.fa)
6-12
(*.bl) (*.fa)
8
(*.bl) (*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
6-8
(*.bl) (*.fa)
3-5
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
D. persimilis (*.bl) (*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
7-10
(*.bl) (*.fa)
3-4
(*.bl) (*.fa)
7-8
(*.bl) (*.fa)
3-4
(*.bl) (*.fa)
1-2
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
D. pseudoobscura (*.bl) (*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
7-9
(*.bl) (*.fa)
3-4
(*.bl) (*.fa)
6-7
(*.bl) (*.fa)
3-4
(*.bl) (*.fa)
1-2
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
D. sechellia (*.bl) (*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
7-11
(*.bl) (*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
7-9
(*.bl) (*.fa)
5
(*.bl) (*.fa)
1-3
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1-3
(*.bl) (*.fa)
1
D. simulans (*.bl) (*.fa)
7
(*.bl) (*.fa)
7-8
(*.bl) (*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
7-9
(*.bl) (*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1-3
(*.bl) (*.fa)
1
D. virilis (*.bl) (*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
8-9
(*.bl) (*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
6
(*.bl) (*.fa)
5-6
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
1
D. willistoni (*.bl) (*.fa)
8-19
(*.bl) (*.fa)
10-21
(*.bl) (*.fa)
3-7
(*.bl) (*.fa)
8-11
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
1-4
(*.bl) (*.fa)
1-3
(*.bl) (*.fa)
0-3
(*.bl) (*.fa)
0
D. yakuba (*.bl) (*.fa)
11
(*.bl) (*.fa)
4-8
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
1-2
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1-2
(*.bl) (*.fa)
1
S. purpuratus (*.bl) (*.fa)
5-35
(*.bl) (*.fa)
10-37
(*.bl) (*.fa)
15
(*.bl) (*.fa)
0-59
(*.bl) (*.fa)
3-16
(*.bl) (*.fa)
1-4
(*.bl) (*.fa)
1-3
(*.bl) (*.fa)
0-3
(*.bl) (*.fa)
2-5
S. kowalevski (*.bl) (*.fa)
1-?
(*.bl) (*.fa)
8-?
(*.bl) (*.fa)
1-?
(*.bl) (*.fa)
1-?
(*.bl) (*.fa)
10-?
(*.bl) (*.fa)
0-48
(*.bl) (*.fa)
0-36
(*.bl) (*.fa)
-
(*.bl) (*.fa)
3-10
C. savignyi (*.bl) (*.fa)
2-?
(*.bl) (*.fa)
2-?
(*.bl) (*.fa)
3-?
(*.bl) (*.fa)
0-?
(*.bl) (*.fa)
0-?
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
C. instestinalis (*.bl) (*.fa)
1-8
(*.bl) (*.fa)
1-7
(*.bl) (*.fa)
1-7
(*.bl) (*.fa)
3-80
(*.bl) (*.fa)
3-34
(*.bl) (*.fa)
2-3
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
O. dioica (*.bl) (*.fa)
1-5
(*.bl) (*.fa)
1-50
(*.bl) (*.fa)
1-18
(*.bl) (*.fa)
5-47
(*.bl) (*.fa)
0-38
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0-16
(*.bl) (*.fa)
0-3
(*.bl) (*.fa)
-
B. floridae (*.bl) (*.fa)
5-26
(*.bl) (*.fa)
7-18
(*.bl) (*.fa)
4-22
(*.bl) (*.fa)
0-22
(*.bl) (*.fa)
4-11
(*.bl) (*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
0-3
(*.bl) (*.fa)
-
(*.bl) (*.fa)
1-2
P. marinus (*.bl) (*.fa)
1-?
(*.bl) (*.fa)
4-?
(*.bl) (*.fa)
1-?
(*.bl) (*.fa)
1-?
(*.bl) (*.fa)
1-?
(*.bl) (*.fa)
0-3
(*.bl) (*.fa)
15-29
(*.bl) (*.fa)
>0-1
(*.bl) (*.fa)
15-17
D. rerio (*.bl) (*.fa)
2-?
(*.bl) (*.fa)
4-64
(*.bl) (*.fa)
2-3
(*.bl) (*.fa)
2-7
(*.bl) (*.fa)
4-?
(*.bl) (*.fa)
1-2
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
2-3
O. latipes (*.bl) (*.fa)
2-8
(*.bl) (*.fa)
3-5
(*.bl) (*.fa)
1-7
(*.bl) (*.fa)
0-12
(*.bl) (*.fa)
0-9
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
G. aculeatus (*.bl) (*.fa)
3-7
(*.bl) (*.fa)
1-2
(*.bl) (*.fa)
4
(*.bl) (*.fa)
6-7
(*.bl) (*.fa)
2-3
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
F. rubripes (*.bl) (*.fa)
5-10
(*.bl) (*.fa)
9-15
(*.bl) (*.fa)
3-8
(*.bl) (*.fa)
0-18
(*.bl) (*.fa)
5-6
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
2
T. nigroviridis (*.bl) (*.fa)
2-11
(*.bl) (*.fa)
2-5
(*.bl) (*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
0-7
(*.bl) (*.fa)
2-12
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0-1
X. tropicalis (*.bl) (*.fa)
11-66
(*.bl) (*.fa)
5-39
(*.bl) (*.fa)
2-41
(*.bl) (*.fa)
31-63
(*.bl) (*.fa)
12-22
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
4-9
(*.bl) (*.fa)
1-5
(*.bl) (*.fa)
2
G. gallus (*.bl) (*.fa)
3-5
(*.bl) (*.fa)
0-9
(*.bl) (*.fa)
2-4
(*.bl) (*.fa)
6-13
(*.bl) (*.fa)
4-6
(*.bl) (*.fa)
1-2
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
3-5
T. guttata (*.bl) (*.fa)
10-29
(*.bl) (*.fa)
4-20
(*.bl) (*.fa)
1-6
(*.bl) (*.fa)
11-19
(*.bl) (*.fa)
6-14
(*.bl) (*.fa)
2-3
(*.bl) (*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
0-15
(*.bl) (*.fa)
1-5
A. carolinensis (*.bl) (*.fa)
1-?
(*.bl) (*.fa)
1-?
(*.bl) (*.fa)
3-12
(*.bl) (*.fa)
1-?
(*.bl) (*.fa)
1-?
(*.bl) (*.fa)
0-7
(*.bl) (*.fa)
0-13
(*.bl) (*.fa)
0-14
(*.bl) (*.fa)
3-4
O. anatinus (*.bl) (*.fa)
3-59
(*.bl) (*.fa)
4-10
(*.bl) (*.fa)
3
(*.bl) (*.fa)
0-6
(*.bl) (*.fa)
6-49
(*.bl) (*.fa)
1-2
(*.bl) (*.fa)
2
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
3-36
M. domestica (*.bl) (*.fa)
15-19
(*.bl) (*.fa)
3-14
(*.bl) (*.fa)
1-2
(*.bl) (*.fa)
1-7
(*.bl) (*.fa)
5-24
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
1-3
(*.bl) (*.fa)
2-21
M. musculus (*.bl) (*.fa)
5-29
(*.bl) (*.fa)
4-19
(*.bl) (*.fa)
2-5
(*.bl) (*.fa)
2-11
(*.bl) (*.fa)
33
(*.bl) (*.fa)
1-5
(*.bl) (*.fa)
1-3
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0-6
R. norvegicus (*.bl) (*.fa)
5-28
(*.bl) (*.fa)
9-32
(*.bl) (*.fa)
1-6
(*.bl) (*.fa)
1-11
(*.bl) (*.fa)
1-38
(*.bl) (*.fa)
2-7
(*.bl) (*.fa)
2-3
(*.bl) (*.fa)
0-1
(*.bl) (*.fa)
0-16
C. familiaris (*.bl) (*.fa)
5-23
(*.bl) (*.fa)
10-35
(*.bl) (*.fa)
1-7
(*.bl) (*.fa)
1-11
(*.bl) (*.fa)
1-?
(*.bl) (*.fa)
1-2
(*.bl) (*.fa)
1-4
(*.bl) (*.fa)
1-2
(*.bl) (*.fa)
1-4
B. taurus (*.bl) (*.fa)
3-46
(*.bl) (*.fa)
1-30
(*.bl) (*.fa)
2-10
(*.bl) (*.fa)
2-7
(*.bl) (*.fa)
1-?
(*.bl) (*.fa)
1-4
(*.bl) (*.fa)
1-2
(*.bl) (*.fa)
1
(*.bl) (*.fa)
1-12
P. tropicalis (*.bl) (*.fa)
4-16
(*.bl) (*.fa)
3-17
(*.bl) (*.fa)
3-25
(*.bl) (*.fa)
3-18
(*.bl) (*.fa)
10-?
(*.bl) (*.fa)
1-5
(*.bl) (*.fa)
1-2
(*.bl) (*.fa)
1-7
(*.bl) (*.fa)
1-9
H. sapiens (*.bl) (*.fa)
10-35
(*.bl) (*.fa)
2-17
(*.bl) (*.fa)
2-16
(*.bl) (*.fa)
2-7
(*.bl) (*.fa)
24-?
(*.bl) (*.fa)
1-8
(*.bl) (*.fa)
2-3
(*.bl) (*.fa)
1-16
(*.bl) (*.fa)
2-8

Secondary structures (can be viewed with emacs ralee mode)

Group U1U2U4U5U6U11U12U4atacU6atac
Tetrapoda (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk)
Teleosts (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk)
Basal Deuterostomes(*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk)
Crustaceas, Insects(*.stk)(*.stk)(*.stk)(*.stk)(*.stk)(*.stk)(*.stk)(*.stk)(*.stk)
Nematods, Annelids (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk)
Outside (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk)
ALL (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk) (*.stk)

Phylogenetic networks

PG--Paralogous Groups
Clade U1 U2 U4 U5 U6
Annelids - (*.aln)
(*.nxs)
- (*.aln)
(*.nxs)
- (*.aln) - (*.aln)
(*.nxs)
(*.eps)
= (*.aln)
Nematods - - - - =
Caenorhabditis - - - PG =
Insects - (*.aln)
(*.nxs)
(*.eps)
- (*.aln)
(*.nxs)
- (*.aln)
(*.nxs)
(*.eps)
- (*.aln)
(*.nxs)
(*.eps)
= (*.aln)
Drosophilids PG? - PG PG =
Basal Deuterostomes- (*.aln) - (*.aln) - (*.aln) - (*.aln) - (*.aln)
Teleosts - (*.aln) PG (*.aln)
(*.nxs)
(*.eps)
PG (*.aln)
(*.nxs)
(*.eps)
PG (*.aln)
(*.nxs)
(*.eps)
- (*.aln)
Tetrapoda - (*.aln) - (*.aln) - (*.aln) - (*.aln)
(*.nxs)
(*.eps)
- (*.aln)
(*.nxs)
Mammalia - - - PG -