# STOCKHOLM 1.0          BACTERIAL Val
#=GC CS                                                                              2445664..2.2............2.2.54425.......52445.....36422.......224634665442....
#=GC BP                                                                              +++++++..++++..........++++.+++++.......+++++.....+++++.......++++++++++++....
tdbD3106|Acholeplasma_laidlawii|2148|Val|TAC                                         GGAGGATTAGCTCAGTTGGG--AGAGCACCTGCCTTACAAGCAGGGGGTCGGCGGTTCAAGCCCGTCATCCTCCACCA
tdbD11228|Acinetobacter_sp._ADP1|62977|Val|TAC                                       GGGCGCTTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGTCTGCCTTACAAGCAGAATGTCGGCGGTTCGATCCCGTCAGCGCCCACCA
tdbD10940|Agrobacterium_tumefaciens_str._C58|176299|Val|TAC                          GGGCGATTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGCCTCGTTTACACCGAGGATGTCGGGAGTTCGAGTCTCTCATCGCCCACCA
tdbD10906|Aquifex_aeolicus_VF5|224324|Val|TAC                                        AGGCGGGTAGCTCAGTTGGG--AGAGCGCCGCCCTTACAAGGCGGAGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGCCCCGCCTACCA
tdbD3124|Azospirillum_lipoferum|193|Val|TAC                                          GGAGGATTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAGCCCGCCATCCTCCACCA
tdbD11229|Bacillus_anthracis_str._A2012|191218|Val|GAC                               GATCCCGTAGCTCAGCAGGG--AGAGCGCCACCTTGACAGGGTGGAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCTCCGGGATCA---
tdbD11159|Bacillus_anthracis_str._Ames|198094|Val|GAC                                GATCCCGTAGCTCAGCAGGG--AGAGCGCCACCTTGACAGGGTGGAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCTCCGGGATCA---
tdbD11180|Bacillus_anthracis_str._Sterne|260799|Val|GAC                              GATCCCGTAGCTCAGCAGGG--AGAGCGCCACCTTGACAGGGTGGAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCTCCGGGATCA---
tdbD11208|Bacillus_cereus_ATCC_10987|222523|Val|GAC                                  GATCCCGTAGCTCAGCAGGG--AGAGCGCCACCTTGACAGGGTGGAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCTCCGGGGTCA---
tdbD11130|Bacillus_cereus_ATCC_14579|226900|Val|GAC                                  GATCCCGTAGCTCAGCAGGG--AGAGCGCCACCTTGACAGGGTGGAGGTCGCTGGTTCGAGACCAGTCGGGGTCA---
tdbD11099|Bacillus_halodurans_C-125|272558|Val|GAC                                   GATCCGTTAGCTCAGTTGGG--AGAGCGCTACCTTGACAGGGTAGAGGTCACTGGTTCGAGCCCAGTACGGGTCA---
tdbD3120|Bacillus_sp._PS3|2334|Val|TAC                                               GGAGGATTAGCTCAGCTGGG--AGAGCACTTGCCTTACAAGCAAGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCCTCCACCA
tdbD10836|Bacillus_subtilis_subsp._subtilis_str._168|224308|Val|GAC                  GATTCCGTAGCTCAGCTGGG--AGAGCGCTACCTTGACAGGGTAGAGGTCGCTGGTTCGAGCCCAGTCGGAATCA---
tdbD11230|Bacillus_thuringiensis_serovar_konkukian_str._97-27|281309|Val|GAC         GATCCCGTAGCTCAGCAGGG--AGAGCGCCACCTTGACAGGGTGGAGGTCGTGAGTTCGAACCTCTCCGGGGTCA---
tdbD11155|Bacteroides_thetaiotaomicron_VPI-5482|226186|Val|TAC                       GGGCGCTTAGCTCAGCTGGTTCAGAGCATCTGGTTTACACCCAGAGGGTCGGGGGTTCGAATCCCTCAGCGCCCA---
tdbD11160|Bartonella_henselae_str._Houston-1|283166|Val|GAC                          GGGCGTGTAGCTCAGC-GGG--AGAGCACTACGTTGACATCGTAGGGGTCACAGGTTCAATCCCTGTCACGCCCACCA
tdbD11234|Bartonella_quintana_str._Toulouse|283165|Val|GAC                           GGGCGTGTAGCTCAGC-GGG--AGAGCACTACGTTGACATCGTAGGGGTCACAGGTTCGATCCCTGTCACGCCCACCA
tdbD11163|Bdellovibrio_bacteriovorus_HD100|264462|Val|TAC                            AGGGAGTTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGCCACCCTTACAAGGTGGATGTCGCAGGTTCGAATCCTGTACTCCCTACCA
tdbD11074|Bifidobacterium_longum_NCC2705|206672|Val|TAC                              GGGCAATTAGCTCAGTTGGTT-AGAGCGCCACCTTTACACGGTGGATGTCGGGGGTTCGAGTCCCTCATTGCCCA---
tdbD10876|Borrelia_burgdorferi_B31|224326|Val|TAC                                    GGGCTCATAGCTCAGTTGGTC-AGAGCGCCTGCCTTACAAGCAGGATGTCGGGAGTTCGAATCTCTCTGGGCCCA---
tdbD11181|Borrelia_garinii_PBi|290434|Val|TAC                                        GGGCTCATAGCTCAGTTGGTC-AGAGCGCCTGCCTTACAAGCAGGATGTCGGGAGTTCGAATCTCTCTGGGCCCA---
tdbD11105|Bradyrhizobium_japonicum_USDA_110|224911|Val|GAC                           GGGCACGTAGCTCAGC-GGG--AGAGCACTACCTTGACATGGTAGGGGTCACAGGTTCGATCCCTGTCGTGCCCACCA
tdbD10923|Brucella_melitensis_16M|224914|Val|TAC                                     GGGCGATTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGCTTCGTTTACACCGAAGATGTCGGGAGTTCGAGTCTCTCATCGCCCACCA
tdbD11078|Brucella_suis_1330|204722|Val|TAC                                          GGGCGATTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGCTTCGTTTACACCGAAGATGTCGGGAGTTCGAGTCTCTCATCGCCCACCA
tdbD10839|Buchnera_aphidicola_str._APS_(Acyrthosiphon_pisum)|107806|Val|GAC          ACGTTCGTAGCTCAATTGGTT-AGAGCGCTACCATGACATGGTAGAAGTTAGTGGTTCAAGTCCACTCGAACGTA---
tdbD11131|Buchnera_aphidicola_str._Bp_(Baizongia_pistaciae)|224915|Val|TAC           GGGTGATTAGCTCAATTGGT--AGAGCATCTCCTTTACACGGAGAAGGTCGGCGGTTCGAGACCGTCATCACCCA---
tdbD11039|Buchnera_aphidicola_str._Sg_(Schizaphis_graminum)|198804|Val|GAC           ACGTTCGTAGCTCAATAGGTT-AGAGCATTACCATGACATGGTAGAGGTTAGTGGTTCAAGTCCACTCGAACGTA---
tdbD10878|Campylobacter_jejuni_subsp._jejuni_NCTC_11168|192222|Val|TAC               GGTCGCTTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGCCACCCTTACAAGGTGGATGTCATAAGTTCGAGTCTTATAGTGACCACCA
tdbD11237|Candidatus_Blochmannia_floridanus|203907|Val|TAC                           AGGTGATTAGCTCAATAGGT--AGAGTATCTCTCTTACAAGGAGAAGGTCGGCGGTTCAAATCCGCCATCACCTA---
tdbD11172|Candidatus_Protochlamydia_amoebophila_UWE25|264201|Val|TAC                 GGGCGTATAGCTCAGTTGGT--AGAGCTCCTGTCTTACACACAGGTGGTCATAGGTTCGAGTCCTTTTGCGCCCA---
tdbD10880|Caulobacter_crescentus_CB15|190650|Val|GAC                                 GGACGCGTAGCTCAGC-GGG--AGAGCACTACGTTGACATCGTAGGGGTCACAGGTTCAATCCCTGTCGCGTCCACCA
tdbD10915|Chlamydia_muridarum_Nigg|243161|Val|TAC                                    GGATGCGTAGCTCAGC-GGTT-AGAGCACCTGTCTTACACACAGGGGGTCATAGGTTCAAATCCTGTCGTGTCCA---
tdbD10833|Chlamydia_trachomatis_D/UW-3/CX|272561|Val|TAC                             GGATGCGTAGCTCAGC-GGTT-AGAGCACCTGTCTTACACACAGGGGGTCATAGGTTCAAATCCTGTCGTGTCCA---
tdbD10829|Chlamydophila_pneumoniae_AR39|115711|Val|TAC                               GGATGCGTAGCTCAGC-GGTT-AGAGCACCTGTCTTACACACAGGGGGTCATAGGTTCAAATCCTGTCGTGTCCA---
tdbD10831|Chlamydophila_pneumoniae_CWL029|115713|Val|TAC                             GGATGCGTAGCTCAGC-GGTT-AGAGCACCTGTCTTACACACAGGGGGTCATAGGTTCAAATCCTGTCGTGTCCA---
tdbD10858|Chlamydophila_pneumoniae_J138|138677|Val|TAC                               GGATGCGTAGCTCAGC-GGTT-AGAGCACCTGTCTTACACACAGGGGGTCATAGGTTCAAATCCTGTCGTGTCCA---
tdbD11031|Chlorobium_tepidum_TLS|194439|Val|GAC                                      GGGCGGTTAGCTCAGTTGGTT-AGAGCGCTACCTTGACACGGTAGAGGTCAGAAGTTCGAATCTTCTATCGCCCA---
tdbD10919|Clostridium_acetobutylicum_ATCC_824|272562|Val|TAC                         GGGCGTTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCACAGGTTCGAGCCCTGTAATGCCCA---
tdbD10913|Clostridium_perfringens_str._13|195102|Val|TAC                             GGTCGCATAGCTCAGCTGGG--AGAGCACCTGCCTTACAAGCAGGGGGTCACAGGTTCGATCCCTGTTGCGACCACCA
tdbD11106|Clostridium_tetani_E88|212717|Val|TAC                                      GGGCGCATAGCTCAGCTGGG--AGAGCACCTGCCTTACAAGCAGGGGGTCACAGGTTCGAGCCCTGTTGTGCCCACCA
tdbD11164|Corynebacterium_diphtheriae_NCTC_13129|257309|Val|CAC                      GGTCCTATGGCTCAGT-GGA--AGAGCGTTCCGTTCACACCGGAAAGGTCGCTGGTTCGATCCCAGCTAGGACCA---
tdbD11081|Corynebacterium_efficiens_YS-314|196164|Val|CAC                            GGTCCTATGGCTCAGT-GGA--AGAGCGTTCCGTTCACACCGGAAAGGTCGCTGGTTCGAACCCAGCTAGGACCA---
tdbD11043|Corynebacterium_glutamicum_ATCC_13032|196627|Val|CAC                       GGTCCTATGGCTCAGT-GGA--AGAGCGTTCCGTTCACACCGGAAAGGTCGCTGGTTCGAACCCAGCTAGGACCA---
tdbD11127|Coxiella_burnetii_RSA_493|227377|Val|TAC                                   GGGTGCTTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGTCGCCCTTACAAGGCGAATGTCGGGGGTTCGAATCCCTCAGCACCCA---
tdbD10882|Deinococcus_radiodurans_R1|243230|Val|CAC                                  GGGCGGTTAGCTCAGT-GGT--AGAGCATTCGCTTCACACGCGAAGGGTCGTAGGTTCAAGTCCTATACCGCCCACCA
tdbD11212|Desulfovibrio_vulgaris_subsp._vulgaris_str._Hildenborough|882|Val|TAC      GGGCGGTTAGCTCAGCTGGT--AGAGCGTCGGCCTTACAAGCCGAATGCCGGGGGTTCGATCCCCTCACCGCCCACCA
tdbD11107|Enterococcus_faecalis_V583|226185|Val|TAC                                  GGAGGTTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCACCTGCCTTACAAGCAGGGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCA---
tdbD11134|Escherichia_coli_CFT073|199310|Val|GAC                                     GCGTTCATAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCA
tdbD10859|Escherichia_coli_K12|83333|Val|GAC                                         GCGTTCATAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCA
tdbD10862|Escherichia_coli_O157:H7|83334|Val|GAC                                     GCGTTCATAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCA
tdbD10866|Escherichia_coli_O157:H7_EDL933|155864|Val|GAC                             GCGTTCATAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCA
tdbD11034|Fusobacterium_nucleatum_subsp._nucleatum_ATCC_25586|190304|Val|TAC         GGTCGCATAGCTCAGTTGGG--AGAGCACCTGCCTTACAAGCAGGGGGTCATAGGTTCAAGTCCTATTGCGACCACCA
tdbD11184|Geobacter_sulfurreducens_PCA|243231|Val|TAC                                GGGCGAATAGCTCAGCTGGG--AGAGCGCCAGCCTTACAAGCTGGATGTCGGGGGTTCGATCCCCTCTTCGCCCACCA
tdbD10874|Haemophilus_influenzae_Rd_KW20|71421|Val|GAC                               GCGACTATAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCACTGGTTCGAGTCCAGCTAGTCGCACCA
tdbD10871|Helicobacter_pylori_26695|85962|Val|TAC                                    GGTCGCTTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGCTACCCTTACAAGGTAGATGTCATAAGTTCGAGTCTTATAGCGACCACCA
tdbD10873|Helicobacter_pylori_J99|85963|Val|TAC                                      GGTCGCTTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGCTACCCTTACAAGGTAGATGTCATAAGTTCGAGTCTTATAGCGACCACCA
tdbD3116|Lactobacillus_delbrueckii_subsp._bulgaricus|1585|Val|TAC                    GGAGGATTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCACAGGTTCGAGCCCTGTATCCTCCA---
tdbD11185|Lactobacillus_johnsonii_NCC_533|257314|Val|TAC                             GGAGGATTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGGAGGTCACAGGTTCGAGCCCTGTATCCTCCA---
tdbD11109|Lactobacillus_plantarum_WCFS1|220668|Val|TAC                               GGAGGATTAGCTCAGTTGGG--AGAGCGTCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCACAGGTTCGAGCCCTGTATCCTCCA---
tdbD11188|Leifsonia_xyli_subsp._xyli_str._CTCB07|281090|Val|TAC                      GGGCCTTTAGCTCAGCTGGT--AGAGCGCCACGTTTACACCGTGGATGTCGTCGGTTCGAACCCGGCAAGGCCCA---
tdbD11083|Leptospira_interrogans_serovar_Lai_str._56601|189518|Val|TAC               GGGCGATTAGCTCAGCTGGT--AGAGCGCCTGCCTTACAAGCAGGATGTCGGCAGTTCGATCCTGTCATCGCCCA---
tdbD10907|Listeria_innocua_Clip11262|272626|Val|TAC                                  GGAGGTTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCA---
tdbD10910|Listeria_monocytogenes_EGD-e|169963|Val|TAC                                GGAGGTTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCA---
tdbD11213|Listeria_monocytogenes_str._4b_F2365|265669|Val|TAC                        GGAGGTTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCA---
tdbD11216|Mesoplasma_florum_L1|265311|Val|TAC                                        GGAGTGCTAGCTCAGTTGGG--AGAGCTCCTGCCTTACAAGCAGGCGGTCAGCGGTTCGAGCCCGTTGCACTCCACCA
tdbD10926|Mesorhizobium_loti_MAFF303099|266835|Val|GAC                               GGGCGTGTAGCTCAGC-GGG--AGAGCACTGCATTGACATTGCAGGGGTCACAGGTTCAATCCCTGTCACGCCCACCA
tdbD11123|Mycobacterium_bovis_AF2122/97|233413|Val|CAC                               GGTCCCGTGGCTCAGT-GGG--AGAGCGTCCGCTTCACACGCGGAAGGTCGCTGGTTCGATCCCAGCCGGGACCA---
tdbD10855|Mycobacterium_leprae_TN|272631|Val|TAC                                     GGGCGCGTAGCTCAGT-GGT--AGAGCTCTGGTTTTACACACCAGCGGTCGGCGGTTCGATACCGTCCGCGCCCACCA
tdbD10841|Mycobacterium_tuberculosis_CDC1551|83331|Val|CAC                           GGTCCCGTGGCTCAGT-GGG--AGAGCGTCCGCTTCACACGCGGAAGGTCGCTGGTTCGATCCCAGCCGGGACCA---
tdbD11169|Mycobacterium_tuberculosis_H37Rv|83332|Val|CAC                             GGTCCCGTGGCTCAGT-GGG--AGAGCGTCCGCTTCACACGCGGAAGGTCGCTGGTTCGATCCCAGCCGGGACCA---
tdbD3103|Mycoplasma_capricolum|2095|Val|TAC                                          GGAGTGTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCTCCTGCCTTACAAGCAGGCGGTCATAGGTTCAAGTCCTATACACTCCACCA
tdbD11121|Mycoplasma_gallisepticum_R|233150|Val|TAC                                  GGAGTGTTAGCTCAGGTGGG--AGAGCATATGCCTTACAAGCATAGGGTCGGGGGTTCGATCCCCTCACACTCCACCA
tdbD10885|Mycoplasma_genitalium_G37|243273|Val|TAC                                   GGATTGTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATATGCCTTACAAGCATAGGGTCGGGGGTTCGATCCCCTCACAATCCACCA
tdbD3104|Mycoplasma_mycoides|2102|Val|TAC                                            GGAGTGTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCTCCTGCCTTACAAGCAGGCGGTCATAGGTTCAAGTCCTATACACTCCACCA
tdbD10886|Mycoplasma_pneumoniae_M129|272634|Val|TAC                                  GGATTGTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATATGCCTTACAAGCATAGGGTCGGGGGTTCGATCCCCTCACAATCCACCA
tdbD10939|Mycoplasma_pulmonis_UAB_CTIP|272635|Val|TAC                                GGAAGATTAGCTCAGTTGGG--AGAGCATCGCCCTTACAAGGCGAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCTCATCTTCCACCA
tdbD10846|Neisseria_meningitidis_MC58|122586|Val|TAC                                 GGGTGATTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGTCTGCCTTACAAGCAGAATGTCGGCGGTTCGACTCCGTCATCACCCACCA
tdbD10848|Neisseria_meningitidis_Z2491|122587|Val|TAC                                GGGTGATTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGTCTGCCTTACAAGCAGAATGTCGGCGGTTCGACTCCGTCATCACCCACCA
tdbD11152|Nitrosomonas_europaea_ATCC_19718|228410|Val|TAC                            GGGTGCTTAGCTCAGCTGGT--AGAGCGTCGCCCTTACAAGGCGAATGTCGGGGGTTCGATCCCCTCAGCACCCACCA
tdbD10938|Nostoc_sp._PCC_7120|103690|Val|GAC                                         GGACGTATAGCTCAGTTGGTT-AGAGCGCTACGTTGACATCGTAGAGGTCACTGGTTCGAATCCAGTTACGTCCA---
tdbD11086|Oceanobacillus_iheyensis_HTE831|221109|Val|GAC                             GATTCCGTAGCTCAGTTGGG--AGAGCGCCACCTTGACAGGGTGGAGGTCGTTGGTTCGAGCCCAATCGGAATCA---
tdbD11167|Onion_yellows_phytoplasma_OY-M|262768|Val|TAC                              AGAGGATTAGCTCAGTTGGG--AGAGCGTCTGCCTTACAAGCAGAATGTCGGGGGTTCAAGTCCCTCATCCTCTACCA
tdbD10887|Pasteurella_multocida_subsp._multocida_str._Pm70|272843|Val|GAC            GCGACTATAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCACTGGTTCGAGTCCAGCTAGTCGCACCA
tdbD11174|Photorhabdus_luminescens_subsp._laumondii_TTO1|243265|Val|GAC              GCGTCCGTAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCA
tdbD11190|Porphyromonas_gingivalis_W83|242619|Val|TAC                                GGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCATAGGTTCGAATCCTATTGGGCCCA---
tdbD11217|Propionibacterium_acnes_KPA171202|267747|Val|GAC                           GGGCGGTTGGCGCAGT-GGT--AGCGCGCTTCCCTGACACGGAAGAGGTCGCCAGTTCAAACCTGGCATCGCCCA---
tdbD10892|Pseudomonas_aeruginosa_PAO1|208964|Val|GAC                                 AGGCACGTAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAATCCAATCGTGCCTACCA
tdbD11157|Pseudomonas_syringae_pv._tomato_str._DC3000|223283|Val|TAC                 GGGTGATTAGCTCAGCTGGG--AGAGCAGCTGCCTTACAAGCAGCGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA
tdbD10934|Ralstonia_solanacearum_GMI1000|267608|Val|TAC                              GGGTGCTTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGGCGCCCTTACAAGGCGTAGGTCGGGAGTTCGAGCCTCTCAGCACCCACCA
tdbD11150|Rhodopirellula_baltica_SH_1|243090|Val|GAC                                 GGGCGATTAGCTCAGTTGGTT-AGAGCGCCACGTTGACATCGTGGAGGTCACAGATTCGAGTTCTGTATCGCCCA---
tdbD11175|Rhodopseudomonas_palustris_CGA009|258594|Val|GAC                           GGGCGCGTAGCTCAGC-GGG--AGAGCACCTCGTTGACATCGAGGGGGTCACAGGTTCGATCCCTGTCGCGCCCACCA
tdbD10920|Rickettsia_conorii_str._Malish_7|272944|Val|GAC                            GGGTGATTAGCTCAGTTGGTT-AGAGCATTACGTTGACATCGTAAAGGTCGGTGGTTCGAGCCCACTATCACTCACCA
tdbD11041|Rickettsia_prowazekii_str._Madrid_E|272947|Val|GAC                         GGGTGATTAGCTCAGTTGGTT-AGAGCATTACGTTGACATCGTAAAGGTCAGTGGTTCGAGTCCACTATCACCCACCA
tdbD11192|Rickettsia_typhi_str._Wilmington|257363|Val|TAC                            GGGCGATTAGCTCAGTTGGT--AGAGTATCTCGTTTACACCGAGAATGTCGGCGGTTCAAGTCCGTCATCGCCCACCA
tdbD10942|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhi_str._CT18|220341|Val|GAC GCGTTCATAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCA
tdbD11145|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhi_str._Ty2|209261|Val|GAC  GCGTTCATAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCA
tdbD10932|Salmonella_typhimurium_LT2|99287|Val|TAC                                   GGGTGATTAGCTCAGCTGGG--AGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA
tdbD11094|Shewanella_oneidensis_MR-1|211586|Val|TAC                                  GGTCGCTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCACTGGTTCGATCCCAGTAGCGACCACCA
tdbD11095|Shigella_flexneri_2a_str._301|198214|Val|TAC                               GGGTGATTAGCTCAGCTGGG--AGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA
tdbD10946|Sinorhizobium_meliloti_1021|266834|Val|TAC                                 GGGCGATTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGCCTCGTTTACACCGAGGATGTCGGGAGTTCGAGTCTCTCATCGCCCACCA
tdbD11178|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_MRSA252|282458|Val|TAC                 GGAGAATTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACCA
tdbD11045|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_MW2|196620|Val|TAC                     GGAGAATTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACCA
tdbD10852|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_N315|158879|Val|TAC                    GGAGAATTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACCA
tdbD11110|Staphylococcus_epidermidis_ATCC_12228|176280|Val|TAC                       GGAGAATTAGCTCAGTTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACCA
tdbD11097|Streptococcus_agalactiae_2603V/R|208435|Val|TAC                            GGGAGTTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACTCCCA---
tdbD11046|Streptococcus_agalactiae_NEM316|211110|Val|TAC                             GGGAGTTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACTCCCA---
tdbD11098|Streptococcus_mutans_UA159|210007|Val|TAC                                  GGGAGTTTAGCTCAGTTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGAGCCCGTTAACTCCCA---
tdbD10917|Streptococcus_pneumoniae_TIGR4|170187|Val|TAC                              GGGAGTTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACTCCCA---
tdbD10916|Streptococcus_pyogenes_M1_GAS|160490|Val|TAC                               GGGAGTTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACTCCCA---
tdbD11047|Streptococcus_pyogenes_MGAS315|198466|Val|TAC                              GGGAGTTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACTCCCA---
tdbD11125|Streptococcus_pyogenes_SSI-1|193567|Val|TAC                                GGGAGTTTAGCTCAGCTGGG--AGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACTCCCA---
tdbD11142|Streptomyces_avermitilis_MA-4680|227882|Val|CAC                            GGGCGATTAGCTCAGT-GGG--AGAGCGCTTCGTTCACACCGAAGAGGTCACTGGTTCGAACCCAGTATCGCCCA---
tdbD11087|Streptomyces_coelicolor_A3(2)|100226|Val|CAC                               GGGCGATTAGCTCAGT-GGG--AGAGCGCTTCGTTCACACCGAAGAGGTCACTGGTTCGAACCCAGTATCGCCCA---
tdbD3112|Streptomyces_lividans|1916|Val|GAC                                          GCGCGATTAGCTCAGC-GGG--AGAGCGCTTCCCTGACACGGAAGAGGTCACTGGTTCAATCCCAGTATCGCGCA---
tdbD11196|Symbiobacterium_thermophilum_IAM_14863|292459|Val|TAC                      GGTCGCTTAGCTCAGTTGGT--AGAGCACGTGCTTTACACGCATGGGGTCGGGGGTTCGAGTCCCTCAGCGACCACCA
tdbD10895|Synechocystis_sp._PCC_6803|1148|Val|TAC                                    GGGCGATTAGCTCAGTTGGT--AGAGCGCCTGCCTTACAAGCAGGATGTCGGCGGTTCGAGCCCGTCATCGCCCA---
tdbD11057|Thermoanaerobacter_tengcongensis_MB4|273068|Val|GAC                        GGGGTCATAGCTCAGCTGGTT-AGAGCGCTACGTTGACATCGTAGAGGCCACAGGTTCAAGTCCTGTTGACCCCACCA
tdbD11050|Thermosynechococcus_elongatus_BP-1|197221|Val|GAC                          GGACGCATAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACGTTGACATCGTGGGGGTCACTGGTTCGAGTCCAGTTGTGTCCA---
tdbD10898|Thermotoga_maritima_MSB8|243274|Val|TAC                                    GGGAGCGTAGCTCAGG-GGA--AGAGCGCCTGCCTTACAAGCAGGAGGTCGTAGGTTCAAGTCCTGCCGCTCCCACCA
tdbD11220|Thermus_thermophilus_HB27|262724|Val|GAC                                   GGGCGCGTAGCTCAGGTGGCT-AGAGCACTACCTTGACACGGTAGGGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCGCGCCCACCA
tdbD11223|Treponema_denticola_ATCC_35405|243275|Val|GAC                              GGGCAATTAGCTCAGTTGGTT-AGAGTACAAGCATGACACGCTTGGGGTCACTGGTTCGATTCCAGTATTGCCCA---
tdbD10891|Treponema_pallidum_subsp._pallidum_str._Nichols|243276|Val|TAC             GGGCGCTTAGCTCAGC-GGGC-AGAGCGCTTGGTTTACACCCAAGAGGTCAGCGGTTCAAACCCGTTAGCGCCCA---
tdbD11113|Tropheryma_whipplei_str._Twist|203267|Val|GAC                              GGGCGATTGGCGCAGT-GGT--AGCGCGCTTCCTTGACACGGAAGAGGTCACTGGTTCGAGTCCAGTATCGCCCA---
tdbD11116|Tropheryma_whipplei_TW08/27|218496|Val|GAC                                 GGGCGATTGGCGCAGT-GGT--AGCGCGCTTCCTTGACACGGAAGAGGTCACTGGTTCGAGTCCAGTATCGCCCA---
tdbD10856|Ureaplasma_parvum_serovar_3|38504|Val|TAC                                  GGAGTGCTAGCTCAGTTGGG--AGAGCATTTGCCTTACAAGCAAAGGGTCAGGGGTTCGAGTCCCTTGCACTCCACCA
tdbD10849|Vibrio_cholerae_O1_biovar_El_Tor_str._N16961|243277|Val|GAC                GCGTCTATAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTTAGACGCACCA
tdbD11226|Wolbachia_endosymbiont_of_Drosophila_melanogaster|163164|Val|TAC           GGGCAATTAGCTCAGCTGGT--AGAGCATCTCGTTTACACCGAGGAGGTCGGCAGTTCAAGTCTGTCATTGCCCA---
tdbD11063|Xanthomonas_axonopodis_pv._citri_str._306|190486|Val|GAC                   GGGCGGTTAGCTCAGC-GGT--AGAGCACTACCTTGACATGGTAGGGGTCACAGGTTCGAACCCTGTACCGCCCACCA
tdbD11060|Xanthomonas_campestris_pv._campestris_str._ATCC_33913|190485|Val|GAC       GGGCGGTTAGCTCAGC-GGT--AGAGCACTACCTTGACATGGTAGGGGTCACAGGTTCGAACCCTGTACCGCCCACCA
tdbD10900|Xylella_fastidiosa_9a5c|160492|Val|GAC                                     GGGCGGTTAGCTCAGT-GGT--AGAGCACTACCTTGACATGGTAGGGGTCACAGGTTCGAACCCTGTACCGCCCACCA
tdbD11118|Xylella_fastidiosa_Temecula1|183190|Val|TAC                                GGGTGCTTAGCTCAGC-GGT--AGAGCGTCTCCCTTACAAGGAGAGGGCCGGGGGTTCGAAACCCTCAGCACCCACCA
tdbD11197|Yersinia_pestis_biovar_Microtus_str._91001|229193|Val|GAC                  GCGTCCGTAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGATGGTTCGAGTCCATTCGGACGCACCA
tdbD10928|Yersinia_pestis_CO92|214092|Val|GAC                                        GCGTCCGTAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGATGGTTCGAGTCCATTCGGACGCACCA
tdbD11069|Yersinia_pestis_KIM|187410|Val|GAC                                         GCGTCCGTAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGATGGTTCGAGTCCATTCGGACGCACCA
tdbD11200|Yersinia_pseudotuberculosis_IP_32953|273123|Val|GAC                        GCGTCCGTAGCTCAGTTGGTT-AGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGATGGTTCGAGTCCATTCGGACGCACCA
#=GC SS_cons                                                                         (((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
#=GC SN                                                                              0000000..1111..........1111.22222.......22222.....33333.......333330000000....

#=GF CS                                                                              78 columns, 21 paired, 19 covariant; 4 stems
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