# STOCKHOLM 1.0          BACTERIAL Thr
#=GC CS                                                                              ..26555....3.............3...66423.......32466.....5563.........365555562......
#=GC BP                                                                              +++++++..++++...........++++.+++++.......+++++.....+++++.......++++++++++++....
tdbD2940|Acholeplasma_laidlawii|2148|Thr|TGT                                         GCCGAAATAGCTCAATC-GGT--AGAGCAACTGATTTGTAATCAGTAGGTTGCGGGTTCAATTCCTGTTTTCGGCACCA
tdbD10760|Acinetobacter_sp._ADP1|62977|Thr|GGT                                       GCTCTTATAGCTCAGT--GGT--AGAGCACTCCCTTGGTAAGGGAGAGGTCTCGAGTTCAAATCTCGATAAGAGCTCCA
tdbD10432|Agrobacterium_tumefaciens_str._C58|176299|Thr|GGT                          GCTGCTATAGCTCAGG--GGT--AGAGCACTCCCTTGGTAAGGGAGAGGCCGAGAGTTCAAATCTCTCTAGCAGCACCA
tdbD10386|Aquifex_aeolicus_VF5|224324|Thr|CGT                                        GCCGGCGTAGCTCAGC--GGT--AGAGCGCGGGCTTCGTAAGCCTGAGGTCGTGGGTTCGAATCCCACCGCCGGCT---
tdbD2963|Azospirillum_lipoferum|193|Thr|TGT                                          GCCGGTTTAGCTCAGCA-GGT--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTCGTGGGTTCGATTCCTATAGCCGGCACCA
tdbD10762|Bacillus_anthracis_str._A2012|191218|Thr|TGT                               GCCGGCTTAGCTCAATT-GGT--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTTGGGGGTTCAAGTCCTCTAGCCGGCACCA
tdbD10672|Bacillus_anthracis_str._Ames|198094|Thr|TGT                                GCCGGCTTAGCTCAATT-GGT--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTTGGGGGTTCAAGTCCTCTAGCCGGCA---
tdbD10700|Bacillus_anthracis_str._Sterne|260799|Thr|TGT                              GCCGGCTTAGCTCAATT-GGT--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTTGGGGGTTCAAGTCCTCTAGCCGGCA---
tdbD10737|Bacillus_cereus_ATCC_10987|222523|Thr|TGT                                  GCCGACTTAGCTCAATT-GGT--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTTGGGGGTTCAAGTCCTCTAGTCGGCA---
tdbD10643|Bacillus_cereus_ATCC_14579|226900|Thr|TGT                                  GCCGGCTTAGCTCAATT-GGT--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTTGGGGGTTCAAGTCCTCTAGCCGGCA---
tdbD10604|Bacillus_halodurans_C-125|272558|Thr|GGT                                   GCTTCCATAGCTCAGTC-GGT--AGAGCACTACCATGGTAAGGTAGGGGTCAGCGGTTCAAGTCCGCTTGGAAGCT---
tdbD10302|Bacillus_subtilis_subsp._subtilis_str._168|224308|Thr|GGT                  GCTTCCATAGCTCAGCA-GGT--AGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGAGGTCAGCGGTTCGAGCCCGCTTGGAAGCT---
tdbD10764|Bacillus_thuringiensis_serovar_konkukian_str._97-27|281309|Thr|TGT         GCCGGCTTAGCTCAATT-GGT--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTTGGGGGTTCAAGTCCTCTAGCCGGCA---
tdbD10666|Bacteroides_thetaiotaomicron_VPI-5482|226186|Thr|GGT                       GCTGTTATAGCTCAGC--GGT--AGAGCACTTCCTTGGTAAGGAAGAGGTCCCGGGTTCAAGTCCCGGTAACAGCT---
tdbD10676|Bartonella_henselae_str._Houston-1|283166|Thr|GGT                          GCTGCGGTAGCTCAGT--GGT--AGAGCACTCCCTTGGTAAGGGAGAGGTCGAGAGTTCAATCCTCTCTCGCAGCACCA
tdbD10770|Bartonella_quintana_str._Toulouse|283165|Thr|CGT                           GCCGCATTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCACATCATTCGTAATGATGGGGTCGCTGGTTCGAACCCGGCATGCGGCA---
tdbD10678|Bdellovibrio_bacteriovorus_HD100|264462|Thr|TGT                            GCTGGTTTAGCTCAATT-GGT--AGAGCAGCTGATTTGTAATCAGCAGGTTGCGGGTTCGAGTCCCATAACCAGCTCCA
tdbD10572|Bifidobacterium_longum_NCC2705|206672|Thr|GGT                              GCCCCGATAGCTCAGT--GGT--AGAGCACTTCCTTGGTAAGGAAGAGGTCGTGAGTCCAATTCTCACTCGGGGCT---
tdbD10348|Borrelia_burgdorferi_B31|224326|Thr|GGT                                    GCCCTTATAGCTCAGTT-GGT--AGAGCACCACCATGGTAAGGTGGGGGTCGTCGGTTCAAGTCCGATTGAGGGCT---
tdbD10703|Borrelia_garinii_PBi|290434|Thr|TGT                                        GCCGACTTAGCTCAGCT-GGCC-AGAGCAGCGGTCTTGTAAACCGCAGGTCGTCGGTTCGACTCCGACAGTCGGCT---
tdbD10607|Bradyrhizobium_japonicum_USDA_110|224911|Thr|CGT                           GCCGCAATAGCTCAGTC-GGT--AGAGCACGTCATTCGTAATGACGGGGTCGGGGGTTCGAATCCCTCTTGCGGCACCA
tdbD10412|Brucella_melitensis_16M|224914|Thr|GGT                                     GCTGCGGTAGCTCAGT--GGT--AGAGCACTCCCTTGGTAAGGGAGAGGTCGAGAGTTCAATCCTCTCTCGCAGCACCA
tdbD10574|Brucella_suis_1330|204722|Thr|CGT                                          GCCGCTTTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCACATCATTCGTAATGATGGGGTCGCGTGTTCGAGTCACGCAAGCGGCACCA
tdbD10306|Buchnera_aphidicola_str._APS_(Acyrthosiphon_pisum)|107806|Thr|GGT          GCTGATATGGCTCAGTA-GGT--AGAGCACACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCCCCAGTTCAATCCTGGGTATCAGCA---
tdbD10645|Buchnera_aphidicola_str._Bp_(Baizongia_pistaciae)|224915|Thr|TGT           GCCGGCTTAGCTCAGCA-GGC--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTCACCAGTTCGATTCCGGTAGCCGGCA---
tdbD10535|Buchnera_aphidicola_str._Sg_(Schizaphis_graminum)|198804|Thr|TGT           GCCGGCTTAGCTCAGCA-GGT--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTCACCAGTTCGATTCCGGTAGCCGGCA---
tdbD10350|Campylobacter_jejuni_subsp._jejuni_NCTC_11168|192222|Thr|GGT               GCTCGTATGGCTCAGA--GGT--AGAGCACTCCCTTGGTAAGGGAGAGGTCGCGGGTTCAATTCCCGCTATGAGCTCCA
tdbD10775|Candidatus_Blochmannia_floridanus|203907|Thr|TGT                           GCCGGTGTAGCTCAAT--GGT--AGAGCAACTGATTTGTAATCAGTGGGTTAAGGGTTCAAATCCTTTTGCCGGCA---
tdbD10687|Candidatus_Protochlamydia_amoebophila_UWE25|264201|Thr|GGT                 GCCCAGATAGCTCAGT--GGT--AGAGCATTTGCATGGTAAGCAAAAGGTCGTAGGTTCAATTCCTATTCTGGGCA---
tdbD10352|Caulobacter_crescentus_CB15|190650|Thr|CGT                                 GCCGCCTTAGCTCAGCC-GGT--AGAGCGGCGCATTCGTAATGCGTAGGTCAGGTGTTCGAGTCACCTAGGCGGCACCA
tdbD10399|Chlamydia_muridarum_Nigg|243161|Thr|GGT                                    GCCCAGGTAGCTCAGT--GGT--AGAGCACTTGCATGGTAAGCAAGTGGCCGTAGGTTCAATTCCTATTCTGGGCA---
tdbD10297|Chlamydia_trachomatis_D/UW-3/CX|272561|Thr|GGT                             GCCCAGGTAGCTCAGT--GGT--AGAGCACTTGCATGGTAAGCAAGTGGCCGTAGGTTCAATTCCTATTCTGGGCA---
tdbD10291|Chlamydophila_pneumoniae_AR39|115711|Thr|GGT                               GCCCAGATAGCTCAGT--GGT--AGAGCACTTGCATGGTAAGCAAGCGGTCGTAGGTTCAATTCCTATTCTGGGCA---
tdbD10294|Chlamydophila_pneumoniae_CWL029|115713|Thr|GGT                             GCCCAGATAGCTCAGT--GGT--AGAGCACTTGCATGGTAAGCAAGCGGTCGTAGGTTCAATTCCTATTCTGGGCA---
tdbD10327|Chlamydophila_pneumoniae_J138|138677|Thr|GGT                               GCCCAGATAGCTCAGT--GGT--AGAGCACTTGCATGGTAAGCAAGCGGTCGTAGGTTCAATTCCTATTCTGGGCA---
tdbD10528|Chlorobium_tepidum_TLS|194439|Thr|GGT                                      GCTGATGTAGCTCAGTC-GGT--AGAGCACTTCCTTGGTAAGGAAGAGGTCATCGGTTCAAGTCCGATCATCAGCT---
tdbD10404|Clostridium_acetobutylicum_ATCC_824|272562|Thr|TGT                         GCTGGCATAGCTCAATT-GGT--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTTGTGGGTTCAATTCCTACTGCCAGCACCA
tdbD10395|Clostridium_perfringens_str._13|195102|Thr|TGT                             GCTGGTGTGGCTCAATT-GGC--AGAGCAGCTGACTTGTAATCAGCAGGTTATCGGTTCAAGTCCGATCATCAGCTCCA
tdbD10610|Clostridium_tetani_E88|212717|Thr|TGT                                      GCTGGCATGGCTCAATT-GGC--AGAGCAGCTGACTTGTAATCAGCAGGTTGTAGGTTCAAGTCCTATTGCCAGCTCCA
tdbD10681|Corynebacterium_diphtheriae_NCTC_13129|257309|Thr|TGT                      GCTGGAGTGGCGCAATT-GGT--AGCGCAACGCACTTGTAATGCGTAGGTTGTGGGTTCAAGTCCCATCTCCAGCT---
tdbD10578|Corynebacterium_efficiens_YS-314|196164|Thr|TGT                            GCTGGAGTGGCGCAATC-GGT--AGCGCAACGCACTTGTAATGCGTAGGTTGCGAGTTCAAGTCTCGTCTCCAGCT---
tdbD10540|Corynebacterium_glutamicum_ATCC_13032|196627|Thr|GGT                       GCCCCCTTAGCTCAGTC-GGT--AGAGCGTTTCCATGGTAAGGAAAAGGTCAACAGTTCGATTCTGTTAGGGGGCT---
tdbD10638|Coxiella_burnetii_RSA_493|227377|Thr|TGT                                   GCTGGCGTAGCTCAGTC-GGT--AGAGCAGCTGATTTGTAATCAGCCGGTCGTAGGTTCGATTCCTATCGCCAGCT---
tdbD10356|Deinococcus_radiodurans_R1|243230|Thr|GGT                                  GCTCCTGTAGCTCAGC--GGT--AGAGCACTCCCTTGGTAAGGGAGAGGTCATCGGTTCAAGTCCGATCAGGAGCTCCA
tdbD10743|Desulfovibrio_vulgaris_subsp._vulgaris_str._Hildenborough|882|Thr|GGT      GCCCACATAGCTCAGGC-GGT--AGAGCACTTCCTTGGTAAGGAAGAGGTCATGAGTTCAAGTCTCATTGTGGGCTCCA
tdbD10614|Enterococcus_faecalis_V583|226185|Thr|CGT                                  GCCAGCTTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCAACGCACTCGTAACGCGTAGGTCGTAGGTTCGAACCCTATAGCTGGCA---
tdbD10647|Escherichia_coli_CFT073|199310|Thr|TGT                                     GCCGACTTAGCTCAGTA-GGT--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTCACCAGTTCGATTCCGGTAGTCGGCACCA
tdbD10332|Escherichia_coli_K12|83333|Thr|GGT                                         GCTGATATAGCTCAGTT-GGT--AGAGCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCA
tdbD10336|Escherichia_coli_O157:H7|83334|Thr|GGT                                     GCTGATATAGCTCAGTT-GGT--AGAGCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCA
tdbD10340|Escherichia_coli_O157:H7_EDL933|155864|Thr|GGT                             GCTGATATAGCTCAGTT-GGT--AGAGCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCA
tdbD10530|Fusobacterium_nucleatum_subsp._nucleatum_ATCC_25586|190304|Thr|TGT         GCCGCTTTAGCTCATCT-GGT--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTGATTGGTTCGACTCCGATAAGCGGCACCA
tdbD10705|Geobacter_sulfurreducens_PCA|243231|Thr|GGT                                GCCCACATAGCTCAGGA-GGT--AGAGCACTTCCTTGGTAAGGAAGAGGTCACCGGTTCGAGTCCGGTTGTGGGCTCCA
tdbD10346|Haemophilus_influenzae_Rd_KW20|71421|Thr|GGT                               GCTGATATAGCTCAGTT-GGT--AGAGCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCGGTTCAAATCCGCCTATCAGCACCA
tdbD10343|Helicobacter_pylori_26695|85962|Thr|TGT                                    GCTGGCTTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCAGCTGCCTTGTAAGCAGCAGGTCGGGGGTTCAAGTCCCTTAGCCAGCTCCA
tdbD10345|Helicobacter_pylori_J99|85963|Thr|TGT                                      GCTGGCTTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCAGCTGCCTTGTAAGCAGCAGGTCGGGGGTTCAAGTCCCTTAGCCAGCTCCA
tdbD10711|Lactobacillus_johnsonii_NCC_533|257314|Thr|TGT                             GCCGATTTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCATCTGTCTTGTAAACAGGGGGTCGAAGGTTCGAGTCCTTTAATCGGCA---
tdbD10616|Lactobacillus_plantarum_WCFS1|220668|Thr|AGT                               GCCGACTTAGCTCAGTT-GGC--AGAGCATCTCACTAGTAATGAGGAGGTCGGAGGTTCGAATCCTCTAGTCGGCA---
tdbD10714|Leifsonia_xyli_subsp._xyli_str._CTCB07|281090|Thr|TGT                      GCCGACTTAGCTCAGCT-GGT--AGAGCACTCGCCTTGTAAGCGAGCGGTCGCGGGTTCGAACCCCGCAGTCGGCT---
tdbD10579|Leptospira_interrogans_serovar_Lai_str._56601|189518|Thr|TGT               GCTGCCTTAGCTCAATT-GGT--AGAGCATCTGATTTGTAATCAGACGGTTGTGGGTTCGATTCCTATAGGCAGCT---
tdbD10390|Listeria_innocua_Clip11262|272626|Thr|CGT                                  GCCGACTTAGCTCAATCTGGT--AGAGCAACTGAATCGTAATCAGTAGGTTGCGGGTTCAATTCCTGCAGTCGGCA---
tdbD2961|Listeria_ivanovii|1638|Thr|GGT                                              GCCGCTTTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGGGGTCGTCGGTTCAAATCCGACAAGTGGCT---
tdbD10393|Listeria_monocytogenes_EGD-e|169963|Thr|CGT                                GCCGACTTAGCTCAATCTGGT--AGAGCAACTGAATCGTAATCAGTAGGTTGCGGGTTCAATTCCTGCAGTCGGCA---
tdbD10745|Listeria_monocytogenes_str._4b_F2365|265669|Thr|CGT                        GCCGACTTAGCTCAATCTGGT--AGAGCAACTGAATCGTAATCAGTAGGTTGCGGGTTCAATTCCTGCAGTCGGCA---
tdbD10747|Mesoplasma_florum_L1|265311|Thr|TGT                                        GCTGACTTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTCGGGGGTTCAAATCCTCTAGTCAGCACCA
tdbD10416|Mesorhizobium_loti_MAFF303099|266835|Thr|GGT                               GCTGCGGTAGCTCAGT--GGT--AGAGCACTCCCTTGGTAAGGGAGAGGTCGAGAGTTCAATCCTCTCTCGCAGCACCA
tdbD10633|Mycobacterium_bovis_AF2122/97|233413|Thr|TGT                               GCCTCCTTAGCTCAGT--GGT--AGAGCACTCGCCTTGTAAGCGAGCGGTCGTCAGTTCAATCCTGACAGGGGGCT---
tdbD10322|Mycobacterium_leprae_TN|272631|Thr|CGT                                     GCCGCCTTAGCTCAATC-GGT--AGAGCGATTCACTCGTAATGAATAGGTCGGGGGTTCGATTCCCCCAGGCGGCT---
tdbD10310|Mycobacterium_tuberculosis_CDC1551|83331|Thr|TGT                           GCCTCCTTAGCTCAGT--GGT--AGAGCACTCGCCTTGTAAGCGAGCGGTCGTCAGTTCAATCCTGACAGGGGGCT---
tdbD10685|Mycobacterium_tuberculosis_H37Rv|83332|Thr|TGT                             GCCTCCTTAGCTCAGT--GGT--AGAGCACTCGCCTTGTAAGCGAGCGGTCGTCAGTTCAATCCTGACAGGGGGCT---
tdbD2931|Mycoplasma_capricolum|2095|Thr|AGT                                          GCTGACTTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCAATTGACTAGTAATCAATAGGTCGAAGGTTCAAATCCTTTAGTCAGCACCA
tdbD10630|Mycoplasma_gallisepticum_R|233150|Thr|TGT                                  GCCGACTTAGCTCAATC-GGC--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTTGTAGGTTCAATTCCTATAGTCGGCACCA
tdbD10360|Mycoplasma_genitalium_G37|243273|Thr|TGT                                   GCCGACTTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCAATTGACTTGTAATCAATAGGTCGTAGGTTCAAATCCTATAGTCGGCACCA
tdbD2936|Mycoplasma_mycoides|2102|Thr|TGT                                            GCTGACTTAGCTCAGCA-GGC--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTCGTAGGTTCGATTCCTATAGTCAGCACCA
tdbD10363|Mycoplasma_pneumoniae_M129|272634|Thr|TGT                                  GCCGACTTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCAATTGACTTGTAATCAGTAGGTCGTAGGTTCGAATCCTATAGTCGGCACCA
tdbD10430|Mycoplasma_pulmonis_UAB_CTIP|272635|Thr|TGT                                GCCGACTTAGCTCAGCA-GGC--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTCGTAGGTTCGATTCCTATAGTCGGCACCA
tdbD10312|Neisseria_meningitidis_MC58|122586|Thr|GGT                                 GCCCATGTAGCTCAGG--GGT--AGAGCACTCCCTTGGTAAGGGAGAGGTCGGCAGTTCAAATCTGCCCATGGGCACCA
tdbD10315|Neisseria_meningitidis_Z2491|122587|Thr|GGT                                GCCCATGTAGCTCAGG--GGT--AGAGCACTCCCTTGGTAAGGGAGAGGCCGGCAGTTCAAATCTGCCCATGGGCACCA
tdbD10661|Nitrosomonas_europaea_ATCC_19718|228410|Thr|GGT                            GCCCATGTAGCTCAGT--GGT--AGAGCACTCCCTTGGTAAGGGAGAGGTCGCCAGTTCAATCCTGGCCATGGGCACCA
tdbD10428|Nostoc_sp._PCC_7120|103690|Thr|TGT                                         GCCAGCATAGCACAGT--GGT--AGTGCATCCGACTTGTAATCGGAAGGTCGTCGGTTCAAATCCGACTGCTGGCT---
tdbD10583|Oceanobacillus_iheyensis_HTE831|221109|Thr|GGT                             GCTTCCATAGCTCAGTTCGGT--AGAGCACTTCCATGGTAAGGAAGGGGTCAGCGGTTCAAGTCCGCTTGGAAGCT---
tdbD10682|Onion_yellows_phytoplasma_OY-M|262768|Thr|TGT                              GCCAAAATAGCTCAATA-GGT--AGAGCAACTGATTTGTAATCAGTAGGTTACGGGTTCGATTCCTGTTTTTGGCACCA
tdbD10364|Pasteurella_multocida_subsp._multocida_str._Pm70|272843|Thr|GGT            GCTGATATAGCTCAGTT-GGT--AGAGCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCGGTTCAAATCCGCCTATCAGCACCA
tdbD10691|Photorhabdus_luminescens_subsp._laumondii_TTO1|243265|Thr|TGT              GCCGGCATAGCTCAGTT-GGT--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTCCCGAGTTCGATTCTTGGTGCCGGCACCA
tdbD10717|Porphyromonas_gingivalis_W83|242619|Thr|CGT                                GCCGAAATAGCTCAGTT-GGT--AGAGCAATTCATTCGTAATGAATAGGTCGCCGGTTCGAGTCCGGCTTTCGGCT---
tdbD10751|Propionibacterium_acnes_KPA171202|267747|Thr|GGT                           GCCCCTATAGCTCAGTA-GGC--AGAGCGTCTCCATGGTAAGGAGAAGGTCAGCAGTTCGATTCTGCTTGGGGGCT---
tdbD10370|Pseudomonas_aeruginosa_PAO1|208964|Thr|GGT                                 GCTCATGTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCACACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCAGCGGTTCAAATCCGCTCATGAGCTCCA
tdbD10668|Pseudomonas_syringae_pv._tomato_str._DC3000|223283|Thr|GGT                 GCTCTTGTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCACACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCAGCGGTTCGAATCCGCTCAAGAGCTCCA
tdbD10425|Ralstonia_solanacearum_GMI1000|267608|Thr|GGT                              GCCCATGTGGCTCAGT--GGT--AGAGCACTCCCTTGGTAAGGGAGAGGTCGGCAGTTCGATCCTGCCCATGGGCACCA
tdbD2970|Rhizobium_leguminosarum|384|Thr|GGT                                         GCTGCCGTAGCTCAGT--GGT--AGAGCACACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAATCCCACTCGGCAGCACCA
tdbD10658|Rhodopirellula_baltica_SH_1|243090|Thr|TGT                                 GCCAACGTAGCTCAGTT-GGC--AGAGCAGCTGATTTGTAATCAGCCGGTCGTGGGTTCGAATCCCTCCGTTGGCT---
tdbD10695|Rhodopseudomonas_palustris_CGA009|258594|Thr|GGT                           GCTGCCGTAGCTCAGT--GGT--AGAGCACTCCCTTGGTAAGGGAGAGGTCGACAGTTCAATCCTGTCCGGCAGCACCA
tdbD10408|Rickettsia_conorii_str._Malish_7|272944|Thr|GGT                            GCTACTATAGCTCAGG--GGT--AGAGCACTTCATTGGTAATGAAGAGGTCGGGGGTTCGATTCCCCCTAGTAGCACCA
tdbD10537|Rickettsia_prowazekii_str._Madrid_E|272947|Thr|GGT                         GCTACTATAGCTCAGG--GGT--AGAGCACTTCATTGGTAATGAAGAGGCCGTGGGTTCAATTCCCACTAGTAGCACCA
tdbD10718|Rickettsia_typhi_str._Wilmington|257363|Thr|GGT                            GCTACTATAGCTCAGA--GGT--AGAGCACTTCATTGGTAATGAAGAGGTCGTGGGTTCAATTCCCACTAGTAGCACCA
tdbD10436|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhi_str._CT18|220341|Thr|GGT GCTGATATAGCTCAGTT-GGT--AGAGCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCA
tdbD10655|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhi_str._Ty2|209261|Thr|GGT  GCTGATATAGCTCAGTT-GGT--AGAGCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCA
tdbD10422|Salmonella_typhimurium_LT2|99287|Thr|GGT                                   GCTGATATAGCTCAGTT-GGT--AGAGCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCA
tdbD10588|Shewanella_oneidensis_MR-1|211586|Thr|TGT                                  GCCGGCATAGCTCAGTT-GGT--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTCCCGAGTTCGACTCTTGGTGCCGGCACCA
tdbD10596|Shigella_flexneri_2a_str._301|198214|Thr|GGT                               GCTGATATAGCTCAGTT-GGT--AGAGCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCA
tdbD10439|Sinorhizobium_meliloti_1021|266834|Thr|GGT                                 GCTGCTATAGCTCAGG--GGT--AGAGCACTCCCTTGGTAAGGGAGAGGCCGAGAGTTCAAATCTCTCTAGCAGCACCA
tdbD10697|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_MRSA252|282458|Thr|TGT                 GCCGGCCTAGCTCAATT-GGT--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTTGGGGGTTCAAGTCCTCTGGCCGGCACCA
tdbD10542|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_MW2|196620|Thr|TGT                     GCCGGCCTAGCTCAATT-GGT--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTTGGGGGTTCAAGTCCTCTGGCCGGCACCA
tdbD10321|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_N315|158879|Thr|TGT                    GCCGGCCTAGCTCAATT-GGT--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTTGGGGGTTCAAGTCCTCTGGCCGGCACCA
tdbD10619|Staphylococcus_epidermidis_ATCC_12228|176280|Thr|TGT                       GCCGGCCTAGCTCAATT-GGT--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTTGGGGGTTCAAGTCCTCTGGCCGGCACCA
tdbD2954|Stigmatella_aurantiaca|41|Thr|TGT                                           GCCGGTGTAGCTCAGCT-GGT--AGAGCAACTGATTTGTAATCAGTAGGTCGCGGGTTCAAGTCCCGCCGCCGGCC---
tdbD10599|Streptococcus_agalactiae_2603V/R|208435|Thr|TGT                            GCCGGCTTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCATCTGATTTGTAATCAGAGGGTCGCGTGTTCAAGTCATGTAGCCGGCA---
tdbD10543|Streptococcus_agalactiae_NEM316|211110|Thr|TGT                             GCCGGCTTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCATCTGATTTGTAATCAGAGGGTCGCGTGTTCAAGTCATGTAGCCGGCA---
tdbD10602|Streptococcus_mutans_UA159|210007|Thr|TGT                                  GCCGGCTTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCATCTGATTTGTAATCAGAGGGTCGCGTGTTCAAGTCATGTAGCCGGCA---
tdbD10403|Streptococcus_pneumoniae_TIGR4|170187|Thr|TGT                              GCCGGCTTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCATCTGATTTGTAATCAGAGGGTCGCGTGTTCAAGTCATGTAGCCGGCA---
tdbD10400|Streptococcus_pyogenes_M1_GAS|160490|Thr|TGT                               GCCGGCTTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCATCTGATTTGTAATCAGAGGGTCGCGTGTTCAAGTCATGTAGCCGGCA---
tdbD10546|Streptococcus_pyogenes_MGAS315|198466|Thr|TGT                              GCCGGCTTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCATCTGATTTGTAATCAGAGGGTCGCGTGTTCAAGTCATGTAGCCGGCA---
tdbD10635|Streptococcus_pyogenes_SSI-1|193567|Thr|TGT                                GCCGGCTTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCATCTGATTTGTAATCAGAGGGTCGCGTGTTCAAGTCATGTAGCCGGCA---
tdbD10651|Streptomyces_avermitilis_MA-4680|227882|Thr|CGT                            GCCGCCTTAGCTCAGAT-GGCC-AGAGCAACGCACTCGTAATGCGTAGGTCTCGGGTTCGAATCCCGAAGGCGGCT---
tdbD10586|Streptomyces_coelicolor_A3(2)|100226|Thr|GGT                               GCCCCAATAGCTCAGTC-GGC--AGAGCGTCTCCATGGTAAGGAGAAGGTCAACGGTTCGATTCCGTTTTGGGGCT---
tdbD10721|Symbiobacterium_thermophilum_IAM_14863|292459|Thr|CGT                      GCTGGTGTAGCTCAGCC-GGT--AGAGCAGCTGATTCGTAATCAGCAGGTCGCCGGTTCGAGTCCGGCCACCAGCT---
tdbD10373|Synechocystis_sp._PCC_6803|1148|Thr|GGT                                    GCCCTTGTAGCTCAGT--GGT--AGAGCACACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCACGAGTTCAATCCTCGTCAAGGGCT---
tdbD10555|Thermoanaerobacter_tengcongensis_MB4|273068|Thr|TGT                        GCTGGCGTAGCTCAATA-GGT--AGAGCAGCTGACTTGTAATCAGCAGGTTGAAGGTTCGAGTCCTTTCGCCAGCTCCA
tdbD10549|Thermosynechococcus_elongatus_BP-1|197221|Thr|TGT                          GCTGGTGTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTCGTCGGTTCGAGTCCGACCATCAGCT---
tdbD10377|Thermotoga_maritima_MSB8|243274|Thr|TGT                                    GCCAGCGTAGCTCAACC-GGT--AGAGCGACTGATTTGTAATCAGTAGGTTGTGGGTTCGAGTCCCACCGCTGGCTCCA
tdbD10752|Thermus_thermophilus_HB27|262724|Thr|CGT                                   -CCGGTGTAGCTCAGC--GGT--AGAGCAACCGCCTCGTAAGCGGTAGGCCGCCGGTTCAAATCCGGCCACCGGCTCCA
tdbD10757|Treponema_denticola_ATCC_35405|243275|Thr|GGT                              GCTCCTGTAGCTCAGTC-GGC--AGAGCACAACCATGGTAAGGTTGGGGTCAGCAGTTCAATTCTGCTCGGGAGCT---
tdbD10368|Treponema_pallidum_subsp._pallidum_str._Nichols|243276|Thr|TGT             GCCAACTTAGCTCAGTC-GGTCTAGAGCGCGTGATTTGTAATCTCGAGGTCTAGGGTTCGAATCCCTAAGTTGGCT---
tdbD10622|Tropheryma_whipplei_str._Twist|203267|Thr|TGT                              GCCAGCTTGGCGCAATT-GGT--AGCGCACCCGACTTGTAATCGGGCGGTTATGGGTTCGAGTCCCATAGCTGGCT---
tdbD10625|Tropheryma_whipplei_TW08/27|218496|Thr|TGT                                 GCCAGCTTGGCGCAATT-GGT--AGCGCACCCGACTTGTAATCGGGCGGTTATGGGTTCGAGTCCCATAGCTGGCT---
tdbD10325|Ureaplasma_parvum_serovar_3|38504|Thr|TGT                                  GCCGACTTAGCTCAATA-GGT--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTTGTGGGTTCAATTCCTATAGTCGGCACCA
tdbD10320|Vibrio_cholerae_O1_biovar_El_Tor_str._N16961|243277|Thr|TGT                GCCGGCTTAGCTCAGTA-GGT--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTCGCCAGTTCGATTCCGGCAGCCGGCACCA
tdbD10758|Wolbachia_endosymbiont_of_Drosophila_melanogaster|163164|Thr|TGT           GCCGGCTTAGCTCAATT-GGT--AGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTTGTCAGTTCAAGTCCGACAGCCGGCA---
tdbD10559|Xanthomonas_axonopodis_pv._citri_str._306|190486|Thr|GGT                   GCTCACGTAGCTCAGTC-GGT--AGAGCACCTCCTTGGTAAGGAGGAGGTCGAAGGTTCGATTCCTTTCGTGAGCACCA
tdbD10556|Xanthomonas_campestris_pv._campestris_str._ATCC_33913|190485|Thr|GGT       GCTCACGTAGCTCAGTC-GGT--AGAGCACCTCCTTGGTAAGGAGGAGGTCGAAGGTTCGATTCCTTTCGTGAGCACCA
tdbD10380|Xylella_fastidiosa_9a5c|160492|Thr|TGT                                     GCCGCTTTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCAACTGATTTGTAATCAGTAGGTCCACAGTTCGAATCTGTGAAGCGGCACCA
tdbD10627|Xylella_fastidiosa_Temecula1|183190|Thr|TGT                                GCCGCTTTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCAACTGATTTGTAATCAGTAGGTCCACAGTTCGAATCTGTGAAGCGGCACCA
tdbD10728|Yersinia_pestis_biovar_Microtus_str._91001|229193|Thr|GGT                  GCTGATATAGCTCAGTT-GGT--AGAGCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCA
tdbD10419|Yersinia_pestis_CO92|214092|Thr|GGT                                        GCTGATATAGCTCAGTT-GGT--AGAGCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCA
tdbD10567|Yersinia_pestis_KIM|187410|Thr|GGT                                         GCTGATATAGCTCAGTT-GGT--AGAGCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCA
tdbD10730|Yersinia_pseudotuberculosis_IP_32953|273123|Thr|GGT                        GCTGATATAGCTCAGTT-GGT--AGAGCGCACCCTTGGTAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCTATCAGCACCA
#=GC SS_cons                                                                         (((((((..((((...........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
#=GC SN                                                                              0000000..1111...........1111.22222.......22222.....33333.......333330000000....

#=GF CS                                                                              79 columns, 21 paired, 15 covariant; 4 stems
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