# STOCKHOLM 1.0          BACTERIAL Ser
#=GC CS                                                                             .3354565..4443...........3444.56544.......44565........................5532.........23555654533....
#=GC BP                                                                             .+++++++..+++6...........6+++.+++++.......+++++........................+++++.......++++++++++++....
tdbD2627|Acholeplasma_laidlawii|2148|Ser|TGA                                        -GGAGGAATACCCAAGA--GGCTGAAGGGATCGGTCTTGAAAACCGACAGGGTG---TAA---AAGCCG-CGGGGGTTCAAATCCCTCTTCCTCCGCCA
tdbD10208|Acinetobacter_sp._ADP1|62977|Ser|GCT                                      -GGTGAGATGGGTGAGT--GGCTTAAACCACATCCCTGCTAAGGATGCGTACGG---GTAA--CTGTAC-CGAGGGTTCGAATCCCTCTCTCACCGCCA
tdbD9766|Agrobacterium_tumefaciens_str._C58|176299|Ser|CGA                          -GGAGAGGTGGCAGAGT--GGTCGAATGCACCGCACTCGAAATGCGGCATACCT---GCAA--GGGTAT-CGTGGGTTCGAATCCCACCCTCTCCGCCA
tdbD9699|Aquifex_aeolicus_VF5|224324|Ser|CGA                                        -GACGGGGTGGCCGAGC--GGACGAAGGCGGGGGACTCGAAATCCCTTGGCGGGTT-ACC-AGCCCGCC-CGTGGGTTCGAATCCCACCCCCGTCG---
tdbD10212|Bacillus_anthracis_str._A2012|191218|Ser|TGA                              -GGAGGTATACCCAAGTCTGGCTGAAGGGATCGGTCTTGAAAACCGACAGGCGGC--GAG--AGTCGCG-CGGGGGTTCGAATCCCTCTACCTCCTCCA
tdbD10093|Bacillus_anthracis_str._Ames|198094|Ser|TGA                               -GGAGGTATACCCAAGCTCGGCTGAAGGGATCGGTCTTGAAAACCGACAGGCGGC--GAG--AGTCGCG-CGAGGGTTCGAATCCCTCTACCTCCTCCA
tdbD10133|Bacillus_anthracis_str._Sterne|260799|Ser|TGA                             -GGAGGTATACCCAAGCTCGGCTGAAGGGATCGGTCTTGAAAACCGACAGGCGGC--GAG--AGTCGCG-CGAGGGTTCGAATCCCTCTACCTCCTCCA
tdbD10180|Bacillus_cereus_ATCC_10987|222523|Ser|TGA                                 -GGAGGTATACCCAAGTTCGGCTGAAGGGATCGGTCTTGAAAACCGACAGGCGGT--GAG--AATCGCG-CGGGGGTTCGAATCCCTCTACCTCCTCCA
tdbD10054|Bacillus_cereus_ATCC_14579|226900|Ser|TGA                                 -GGAGGTATACCCAAGTTCGGCTGAAGGGATCGGTCTTGAAAACCGACAGGCGGT--GAG--AATCGCG-CGGGGGTTCGAATCCCTCTACCTCCTCCA
tdbD10003|Bacillus_halodurans_C-125|272558|Ser|GCT                                  -GGAGAAGTACCCAAGT--GGCTGAAGGGGCTCCCCTGCTAAGGGAGTAGGTCGT--GTG--AGCGGCG-CGAGGGTTCAAATCCCTCCTTCTCCGCCA
tdbD2651|Bacillus_sp._PS3|2334|Ser|GGA                                              -GGAGAGCTGTCCGAGT--GGTCGAAGGAGCACGATTGGAAATCGTGTAGGCGTG--AAT--AGCGCCT-CAAGGGTTCGAATCCCTTGCTCTCCGCCA
tdbD9593|Bacillus_subtilis_subsp._subtilis_str._168|224308|Ser|TGA                  -GGAGGAATACCCAAGTCTGGCTGAAGGGATCGGTCTTGAAAACCGACAGGGTG---TCAA--AGCCCG-CGGGGGTTCGAATCCCTCTTCCTCCGCCA
tdbD10215|Bacillus_thuringiensis_serovar_konkukian_str._97-27|281309|Ser|TGA        -GGAGGTATACCCAAGTTCGGCTGAAGGGATCGGTCTTGAAAACCGACAGGCGGT--GAG--AATCGCG-CGGGGGTTCGAATCCCTCTACCTCCTCCA
tdbD10080|Bacteroides_thetaiotaomicron_VPI-5482|226186|Ser|GGA                      -GGAGAGATGCTCGAGT--GGTTGAAGAGGCACGCCTGGAAAGCGTGTATACGCC--AAA--AGTGTAT-CGCGGGTTCGAATCCCGCTCTCTCCG---
tdbD10097|Bartonella_henselae_str._Houston-1|283166|Ser|TGA                         -GGAGGGGTGGCCGAGC--GGTTTAAGGCACCGGTCTTGAAAACCGGCGTGCAG---GAGA--CTGTAC-CGTGGGTTCGAATCCCACCCCCTCCGCCA
tdbD10222|Bartonella_quintana_str._Toulouse|283165|Ser|CGA                          -GGAGAGATGGCTGAGT--GGTTGAAAGCACCGCACTCGAAATGCGGCATAGGG---GCAA--CTCTAT-CGGGGGTTCAAATCCCTCTCTCTCCGCCA
tdbD10099|Bdellovibrio_bacteriovorus_HD100|264462|Ser|TGA                           -GGAGAGTTGGTAGAGC--GGTTGAATACACCAGTCTTGAAAACTGGCAGCCCT---TCGC--GGGGCT-CGAGGGTTCGAATCCCTCACTCTCCGCCA
tdbD9967|Bifidobacterium_longum_NCC2705|206672|Ser|TGA                              -GGACAGGTGTCTGAGC--GGCCTAAAGAGACGGTCTTGAAAACCGTTGAGGG----GCAA---CCCTC-CGCGAGTTCGAATCTCGCCCTGTCCG---
tdbD9651|Borrelia_burgdorferi_B31|224326|Ser|TGA                                    -GGAGAGGTGGCAGAGT--GGTTTAATGCTACGGTCTTGAAAACCGTTGTAGGT---GTAA--GCCTAC-CGTGAGTTCGAATCTCACCCTCTCCG---
tdbD10136|Borrelia_garinii_PBi|290434|Ser|TGA                                       -GGAGAGGTGGCAGAGT--GGTTTAATGCTACGGTCTTGAAAACCGTTGTAGGT---GTAA--GCCTAC-CGTGAGTTCGAATCTCACCCTCTCCG---
tdbD10008|Bradyrhizobium_japonicum_USDA_110|224911|Ser|TGA                          -GGAAGGGTGGCCGAGT--GGTTTAAGGCACCGGTCTTGAAAACCGGCGTGCCT---GCAA--GGGTAC-CGTGGGTTCGAATCCCACCCCTTCCGCCA
tdbD9735|Brucella_melitensis_16M|224914|Ser|CGA                                     -GGAGAGGTGGCTGAGT--GGTTGAAAGCACCGCACTCGAAATGCGGCATGGGG---GCAA--CTCCAT-CGGGGGTTCGAATCCCTCCCTCTCCGCCA
tdbD9973|Brucella_suis_1330|204722|Ser|CGA                                          -GGAGAGGTGGCTGAGT--GGTTGAAAGCACCGCACTCGAAATGCGGCATGGGG---GCAA--CTCCAT-CGGGGGTTCGAATCCCTCCCTCTCCGCCA
tdbD9596|Buchnera_aphidicola_str._APS_(Acyrthosiphon_pisum)|107806|Ser|TGA          -GGAGAGGTGGCCGAGC--GGTTTAAGGCAGCGGTCTTGAAAACCGCCGACGA----GAAA---TCGTC-CGAGAGTTCGAATCTCTCTCTCTCCG---
tdbD10058|Buchnera_aphidicola_str._Bp_(Baizongia_pistaciae)|224915|Ser|GCT          -GGTGAGATGGCCGAGA--GGCTGAAGGCACTCCCCTGCTAAGGGAGTATGTAAA--ATAA-ATTGCAT-CGAGGGTTCGAATCCCTCTCTCACCA---
tdbD9914|Buchnera_aphidicola_str._Sg_(Schizaphis_graminum)|198804|Ser|TGA           -GGAGAGGTGGCCGAGT--GGTTTAAGGCAGCGGTCTTGAAAACCGCCGATGA----GCAA---TCATC-CGAGAGTTCGAATCTCTCTCTCTCCG---
tdbD9654|Campylobacter_jejuni_subsp._jejuni_NCTC_11168|192222|Ser|TGA               -CGGGAGATGGCTGAGT--GGTCGAAAGCGGCGGTCTTGAAAACCGTTGAGGG----TCAC---ACCTC-CAGGGGTTCGAATCCCTTTCTCCCGGCCA
tdbD10227|Candidatus_Blochmannia_floridanus|203907|Ser|GCT                          -AGTGAGGTGGCCGAGA--GGCTAAAGGCACTCCCCTGCTAAGGGAGTATATAGT--CTAA-ATACTGTTCGAGGGTTCGAATCCCTCCCTCACTG---
tdbD10113|Candidatus_Protochlamydia_amoebophila_UWE25|264201|Ser|TGA                -GGAAGAGTGGCAGAGT--GGCCGAATGCGTCTGTCTTGAAAACAGAAGTCGGGC--AGC--CCCCGAC-CGTGGGTTCGAATCCTACCTCTTCCG---
tdbD9658|Caulobacter_crescentus_CB15|190650|Ser|TGA                                 -GGACAGGTGGCCGAGT--GGTTTAAGGCAGCGGTCTTGAAAACCGCCGTAGGT---GGAA--GCCTAC-CGTGGGTTCGAATCCCACCCTGTCCGCCA
tdbD9717|Chlamydia_muridarum_Nigg|243161|Ser|TGA                                    -GGAAGAATGGCAGAGC--GGTTTAATGCACCTGTCTTGAAAACAGGAGACCT----GAAA---GGGTC-CGGGGGTTCGAATCCCTCTTCTTCCG---
tdbD9581|Chlamydia_trachomatis_D/UW-3/CX|272561|Ser|TGA                             -GGAAGAATGGCAGAGC--GGTTTAATGCACCTGTCTTGAAAACAGGAGACCT----GAAA---GGGTC-CGGGGGTTCGAATCCCTCTTCTTCCG---
tdbD9576|Chlamydophila_pneumoniae_AR39|115711|Ser|TGA                               -GGAAGAATGGCAGAGC--GGTTTAATGCACCTGTCTTGAAAACAGGAGACCT----GAAA---GGGTC-CGGGGGTTCGAATCCCTCTTCTTCCG---
tdbD9580|Chlamydophila_pneumoniae_CWL029|115713|Ser|TGA                             -GGAAGAATGGCAGAGC--GGTTTAATGCACCTGTCTTGAAAACAGGAGACCT----GAAA---GGGTC-CGGGGGTTCGAATCCCTCTTCTTCCG---
tdbD9627|Chlamydophila_pneumoniae_J138|138677|Ser|TGA                               -GGAAGAATGGCAGAGC--GGTTTAATGCACCTGTCTTGAAAACAGGAGACCT----GAAA---GGGTC-CGGGGGTTCGAATCCCTCTTCTTCCG---
tdbD9906|Chlorobium_tepidum_TLS|194439|Ser|TGA                                      -GGAGGATTAGCCTAATT-GGT--AAGGCAGCAGTCTTGAAAACTGCCGGGT-----TTGC----GCCCTTGGGGGTTCGAGTCCCTCATCCTCCG---
tdbD9728|Clostridium_acetobutylicum_ATCC_824|272562|Ser|TGA                         -GGAAAGATGGTCGAGTT-GGTTTAAGGCACCGGTCTTGAAAACCGGCGTGCGG---GTAA--CCGCAC-CTAGGGTTCGAATCCCTATCTTTCCGCCA
tdbD9713|Clostridium_perfringens_str._13|195102|Ser|TGA                             -GGAGAGATGGTCGAGTT-GGTTTAAGGCACCGGTCTTGAAAACCGGCGTGCGT---GTGA--GCGTAC-CATGGGTTCGAATCCCATTCTCTCCGCCA
tdbD10013|Clostridium_tetani_E88|212717|Ser|TGA                                     -GGAAAGATGGTCGAGTT-GGTTTAAGGCACCGGTCTTGAAAACCGGCGTACGG---GTGA--CCGTAC-CGTGGGTTCGAATCCCACTCTTTCCGCCA
tdbD10102|Corynebacterium_diphtheriae_NCTC_13129|257309|Ser|TGA                     -GGAGATGTGGCAGAGC--GGCCGAATGCACTGGTCTTGAAAACCAGCGATGG----GAAA---CCATC-CCAGGGTTCAAATCCCTGCGTCTCCG---
tdbD9975|Corynebacterium_efficiens_YS-314|196164|Ser|TGA                            -GGAGACGTGACAGAGC--GGCCGAATGTACTGGTCTTGAAAACCAGCGATGG----GAAA---CCATC-CGAGGGTTCAAATCCCTCCGTCTCCG---
tdbD9920|Corynebacterium_glutamicum_ATCC_13032|196627|Ser|TGA                       -GGAGACGTGACAGAGC--GGCCGAATGTACTGGTCTTGAAAACCAGCGATGG----GAAA---CCATC-CGAGGGTTCAAATCCCTCCGTCTCCG---
tdbD10049|Coxiella_burnetii_RSA_493|227377|Ser|TGA                                  -GGAGAGGTGGCAGAGC--GGTTGAATGCGACGGTCTTGAAAACCGTTGAGGGG---GCAA--CTCCTC-CGAGGGTTCGAATCCCTCCCTCTCCGCCA
tdbD9662|Deinococcus_radiodurans_R1|243230|Ser|TGA                                  -GGGGGGTTGGCCGAGT--GGTTGAAGGCAACGGTCTTGAAAACCGTAGTGGG----GCAA---CCTAC-CGGGGGTTCGAATCCCTCACCCCTCGCCA
tdbD10187|Desulfovibrio_vulgaris_subsp._vulgaris_str._Hildenborough|882|Ser|CGA     -GGAGAGGTAGCGAAGCTGGCCGTAACGCGCTCGACTCGAAATCGAGTTACGGGTT-AAT-AGCCCGTA-CGTGGGTTCGAATCCCACCCTCTCCGCCA
tdbD10014|Enterococcus_faecalis_V583|226185|Ser|TGA                                 -GGAGGATTACCCAAGTCCGGCTGAAGGGAACGGTCTTGAAAACCGTCAGGCGGG--TAA--AACCGTG-CAAGGGTTCGAATCCCTTATCCTCCT---
tdbD10061|Escherichia_coli_CFT073|199310|Ser|TGA                                    -GGAAGTGTGGCCGAGC--GGTTGAAGGCACCGGTCTTGAAAACCGGCGACCC----GAAA---GGGTT-CCAGAGTTCGAATCTCTGCGCTTCCGCCA
tdbD9631|Escherichia_coli_K12|83333|Ser|TGA                                         -GGAAGTGTGGCCGAGC--GGTTGAAGGCACCGGTCTTGAAAACCGGCGACCC----GAAA---GGGTT-CCAGAGTTCGAATCTCTGCGCTTCCGCCA
tdbD9635|Escherichia_coli_O157:H7|83334|Ser|TGA                                     -GGAAGTGTGGCCGAGC--GGTTGAAGGCACCGGTCTTGAAAACCGGCGACCC----GAAA---GGGTT-CCAGAGTTCGAATCTCTGCGCTTCCGCCA
tdbD9639|Escherichia_coli_O157:H7_EDL933|155864|Ser|TGA                             -GGAAGTGTGGCCGAGC--GGTTGAAGGCACCGGTCTTGAAAACCGGCGACCC----GAAA---GGGTT-CCAGAGTTCGAATCTCTGCGCTTCCGCCA
tdbD9909|Fusobacterium_nucleatum_subsp._nucleatum_ATCC_25586|190304|Ser|GCT         -GGTGAGATGGCAGAGT--GGCCTAATGCACTGACCTGCTAAGTCAGAGTACCG---TCT---CGGTAC-CGAGGGTTCAAATCCCTCTCTCACCGCCA
tdbD10139|Geobacter_sulfurreducens_PCA|243231|Ser|GCT                               -GGAGAGATGGCCGAGTA-GGTCGAAGGCGCTCGCCTGCTAAGCGAGTATACGGGC-AAA-ACCTGTAT-CGAGGGTTCGAATCCCTCTCTCTCCGCCA
tdbD9647|Haemophilus_influenzae_Rd_KW20|71421|Ser|GGA                               -GGTGAGATGTCCGAGT--GGTTGAAGGAGCACGCCTGGAAAGCGTGTATGTGG---GAAA--CTGCAT-CAAGGGTTCAAATCCCTTTCTCACCGCCA
tdbD9642|Helicobacter_pylori_26695|85962|Ser|TGA                                    -CGGGAGATGGCTGAGT--GGTTGAAAGCGGCGGTCTTGAAAACCGTTGAGGG----TCAT---ACCTC-CGGGGGTTCGAATCCCTCTCTCCCGGCCA
tdbD9645|Helicobacter_pylori_J99|85963|Ser|TGA                                      -CGGGAGATGGCTGAGT--GGTTGAAAGCGGCGGTCTTGAAAACCGTTGAGGG----TCAT---ACCTC-CGGGGGTTCGAATCCCTCTCTCCCGGCCA
tdbD2642|Lactobacillus_delbrueckii_subsp._bulgaricus|1585|Ser|CGA                   -GGAGAGTTGGCAGAGC--GGT--AATGCAGCGGACTCGAAATCCGCCGAACCAAT-GTTGAATTGGTG-CGCAGGTTCAAATCCTGTACTCTCCT---
tdbD10144|Lactobacillus_johnsonii_NCC_533|257314|Ser|CGA                            -GGAGAGTTGGCAGAGT--GGT--AATGCACCGGACTCGAAATCCGGCGAACCGGC-TTA-TACCGGCG-CGCAGGTTCAAATCCTGTACTCTCCT---
tdbD10019|Lactobacillus_plantarum_WCFS1|220668|Ser|CGA                              -GGAGAGTTGGCAGAGT--GGT--AATGCACCGGACTCGAAATCCGGCGAACCGGC-TAA-TACCGGCG-CGCAGGTTCAAATCCTGTACTCTCCT---
tdbD2647|Lactococcus_lactis|1358|Ser|TGA                                            -GGAGGATTACCCAAGTCCGGCTGAAGGGAACGGTCTTGAAAACCGTCAGGCGT---GTAA--AAGCGTGCGTGGGTTCGAATCCCACATCCTCCT---
tdbD10147|Leifsonia_xyli_subsp._xyli_str._CTCB07|281090|Ser|GCT                     -GGAGACGTCGCATAGTCAGGCCTAGTGCACCACCCTGCTAAGGTGGAGTCCCC---GTAA--GGGGAC-CGAGGGTTCAAATCCCTCCGTCTCCG---
tdbD9980|Leptospira_interrogans_serovar_Lai_str._56601|189518|Ser|TGA               -GGAGAAGTGGCTGAGT--GGTCTAAAGCAGCGGTCTTGAAAACCGTCGTGGT----AAT----CCCAC-CGTGGGTTCGAATCCTACCTTCTCCG---
tdbD9706|Listeria_innocua_Clip11262|272626|Ser|TGA                                  -GGAGGAATACCCAAGTCTGGCTGAAGGGATCGGTCTTGAAAACCGACAGGCGGG--TAA--TACCGCG-CGGGGGTTCGAATCCCTCTTCCTCCG---
tdbD9711|Listeria_monocytogenes_EGD-e|169963|Ser|TGA                                -GGAGGAATACCCAAGTCTGGCTGAAGGGATCGGTCTTGAAAACCGACAGGCGGG--TAA--TACCGCG-CGGGGGTTCGAATCCCTCTTCCTCCG---
tdbD10191|Listeria_monocytogenes_str._4b_F2365|265669|Ser|TGA                       -GGAGGAATACCCAAGTCTGGCTGAAGGGATCGGTCTTGAAAACCGACAGGCGGG--TAA--TACCGCG-CGGGGGTTCGAATCCCTCTTCCTCCG---
tdbD10193|Mesoplasma_florum_L1|265311|Ser|GCT                                       -GGGTTAATACTCAAGTT-GGTG-AAGAGGACACCCTGCTAAGGTGTTAGGTCG---GTTT--CCGGCG-CAAGAGTTCGAGTCTCTTTTAACCCGCCA
tdbD9739|Mesorhizobium_loti_MAFF303099|266835|Ser|TGA                               -GGAGGGATGGCCGAGC--GGTTTAAGGCACCGGTCTTGAAAACCGGCGTGGGC---GCAA--GTTCAC-CGTGGGTTCGAATCCCACTCCCTCCGCCA
tdbD10043|Mycobacterium_bovis_AF2122/97|233413|Ser|TGA                              -GGTGGCGTGGCAGAGC--GGCCTAATGCACTCGCCTTGAAAGCGAGAGACGGC---TAAC--ACCGTC-CGGGGGTTCAAATCCCTCCGCCACCG---
tdbD9621|Mycobacterium_leprae_TN|272631|Ser|TGA                                     -GGTGGCGTGGCAGAGC--GGCCTAATGCGCTCGTCTTGAAAGCGAGAGACGGC---TAAA--ATCGTC-CGGGGGTTCAAATCCCTCCGCCACCG---
tdbD9600|Mycobacterium_tuberculosis_CDC1551|83331|Ser|TGA                           -GGTGGCGTGGCAGAGC--GGCCTAATGCACTCGCCTTGAAAGCGAGAGACGGC---TAAC--ACCGTC-CGGGGGTTCAAATCCCTCCGCCACCG---
tdbD10112|Mycobacterium_tuberculosis_H37Rv|83332|Ser|TGA                            -GGTGGCGTGGCAGAGC--GGCCTAATGCACTCGCCTTGAAAGCGAGAGACGGC---TAAC--ACCGTC-CGGGGGTTCAAATCCCTCCGCCACCG---
tdbD2616|Mycoplasma_capricolum|2095|Ser|GCT                                         -GGGTTAATACTCAAGTT-GGTG-AAGAGGACACCCTGCTAAGGTGTTAGGTCG---GTCT--CCGGCG-CGAGGGTTCGAGTCCCTCTTAACCCGCCA
tdbD10039|Mycoplasma_gallisepticum_R|233150|Ser|GCT                                 -GGGAGCATACTCAAGT--GGTT-AAGAGGACACCCTGCTAAGGTGTTAGATCA---GCA---ATGGTG-CGTGGGTTCGAATCCCACTGCTTCCGCCA
tdbD9664|Mycoplasma_genitalium_G37|243273|Ser|GCT                                   -GGGAGCGTACTCAAGT--GGTT-AAGAGGACACCCTGCTAAGGTGTTATCGT----TCT----ACGGTGCGTGGGTTCGAATCCCACCGCTTCCGCC-
tdbD2621|Mycoplasma_mycoides|2102|Ser|TGA                                           -GGAAGATTACCCAAGTCCGGCTGAAGGGATCGGTCTTGAAAACCGAGAGTCGGG--GAA--ACCCGAG-CGGGGGTTCGAATCCCTCATCTTCCGCCA
tdbD9669|Mycoplasma_pneumoniae_M129|272634|Ser|GCT                                  -GGGAGCGTACTCAAGT--GGTT-AAGAGGACACCCTGCTAAGGTGTTATCGT----TCT----ACGGTGCGTGGGTTCGAATCCCACCGCTTCCGCC-
tdbD9762|Mycoplasma_pulmonis_UAB_CTIP|272635|Ser|GCT                                -GGGTCAGTACTCAAGT--GGCTGAAGAGGCGTCCCTGCTAAGGATGTAGGGGA---GGCA--ACTCCCGCGGAGGTTCAAATCCTCTCTGACCCGCCA
tdbD9604|Neisseria_meningitidis_MC58|122586|Ser|TGA                                 -GGAAGCGTGGCAGAGT--GGTTTAATGCAACGGTCTTGAAAACCGTCGAGGGTT--GAT--AGCCCTC-CGTGAGTTCGAATCTCACCGCTTCCGCCA
tdbD9608|Neisseria_meningitidis_Z2491|122587|Ser|TGA                                -GGAAGCGTGGCAGAGC--GGTTTAATGCAACGGTCTTGAAAACCGTCGAGGGTT--GAT--AGCCCTC-CGTGAGTTCGAATCTCACCGCTTCCGCCA
tdbD10076|Nitrosomonas_europaea_ATCC_19718|228410|Ser|TGA                           -GGAAGCGTGGCCGAGC--GGTTTAAGGCACTGGTCTTGAAAACCAGCGATGG----GCAA---CCATC-CGTGAGTTCGAATCTCACCGCTTCCGCCA
tdbD9757|Nostoc_sp._PCC_7120|103690|Ser|GCT                                         -GGAGAGGTGGCTGAGT--GGTCGAAAGCGGCAGATTGCTAATCTGTTGTACGGCAGGCAACTCCGTAC-CGAGGGTTCGAATCCCTCCCTCTCCG---
tdbD9982|Oceanobacillus_iheyensis_HTE831|221109|Ser|TGA                             -GGAGGTATACCCAAGTCCGGCTGAAGGGATCGGTCTTGAAAACCGAGAGGCGGG--TCA--AACCGCG-CGGGGGTTCGAATCCCTCTACCTCCTCCA
tdbD10107|Onion_yellows_phytoplasma_OY-M|262768|Ser|GCT                             -GGAGTAGTACTCAAGT--GGCATAAGAGGCGTCCCTGCTAAGGACGTAGTCCGA--GAA--ATCGGTG-CAAGGGTTCGAATCCCTTCTGCTCCG---
tdbD9673|Pasteurella_multocida_subsp._multocida_str._Pm70|272843|Ser|GGA            -GGTGAGATGTCCGAGT--GGTTGAAGGAGCACGCCTGGAAAGCGTGTATATGC---GAAA--GTGTAT-CGAGGGTTCGAATCCCTCTCTCACCGCCA
tdbD10116|Photorhabdus_luminescens_subsp._laumondii_TTO1|243265|Ser|GCT             -GGTGAGATGGCCGAGA--GGCTGAAGGCGCTCCCCTGCTAAGGGAGTATGCGGTC-AAA-AGCTGCAT-CGAGGGTTCGAATCCCTCTCTCACCGCCA
tdbD10153|Porphyromonas_gingivalis_W83|242619|Ser|TGA                               -GGAGAGATGGCAGAGT--GGTCGATTGCGGCGGTCTTGAAAACCGTTGAACT----GCGA---GGTTC-CGGGGGTTCGAATCCCTCTCTCTCCG---
tdbD10197|Propionibacterium_acnes_KPA171202|267747|Ser|GCT                          -GGAGGTGTCGCCTAGTCAGGTCTATGGCGCCCGCCTGCTAAGCGGGTTTGGGAG--GTA--ATCCCAT-CGCGGGTTCAAATCCCGCCACCTCCG---
tdbD9682|Pseudomonas_aeruginosa_PAO1|208964|Ser|TGA                                 -GGAGGTGTGGCCGAGT--GGTTTAAGGCAACGGTCTTGAAAACCGTCGAAGGG---GAGA--CTCTTC-CGTGAGTTCGAATCTCACCGCCTCCGCCA
tdbD10087|Pseudomonas_syringae_pv._tomato_str._DC3000|223283|Ser|TGA                -GGAGGTATGGCCGAGT--GGTTTAAGGCAGCAGTCTTGAAAACTGCCGACTG----TAA----CAGGTCCTAGAGTTCGAATCTCTATGCCTCCGCCA
tdbD9755|Ralstonia_solanacearum_GMI1000|267608|Ser|TGA                              -GGAAGCGTGGCCGAGT--GGTTTAAGGCAGCAGTCTTGAAAACTGCCGATGGG---GTAA--CCCATC-CGTGAGTTCGAATCTCACCGCTTCCGCCA
tdbD10074|Rhodopirellula_baltica_SH_1|243090|Ser|TGA                                -GGATGGGTGGCCGAGT--GGACGAAGGCTCTAGTCTTGAAAACTAGCGTAGGG---GAGA--CCTTAC-CGTGGGTTCGAATCCCACCCCATCCG---
tdbD10121|Rhodopseudomonas_palustris_CGA009|258594|Ser|TGA                          -GGAAGGGTGGCCGAGT--GGTTTAAGGCACCGGTCTTGAAAACCGGCGTGCCC---GCAA--GGGTAC-CGTGGGTTCGAATCCCACCCCTTCCGCCA
tdbD9732|Rickettsia_conorii_str._Malish_7|272944|Ser|GGA                            -GGAGAGATGGCCGAGT--GGTTTAAGGCGCACGCCTGGAAAGCGTGTTCACG----GCAA---CGTGT-CGGGGGTTCGAATCCCCCTCTCTCCGCCA
tdbD9919|Rickettsia_prowazekii_str._Madrid_E|272947|Ser|TGA                         -GGATAGGTGGCCGAGC--GGTTTAAGGCACTAGTCTTGAAAACTGGCGTATGG---GCAA--CTGTAC-CGTGGGTTCGAATCCCACCCTATCCGCCA
tdbD10155|Rickettsia_typhi_str._Wilmington|257363|Ser|TGA                           -GGATAGGTGGCCGAGC--GGTTTAAGGCACTAGTCTTGAAAACTGGCGTACGGG--CAA--CCCGTAC-CGTGGGTTCGAATCCCACCCTATCCGCCA
tdbD9768|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhi_str._CT18|220341|Ser|TGA -GGAAGTGTGGCCGAGC--GGTTGAAGGCACCGGTCTTGAAAACCGGCGACCC----GAAA---GGGTT-CCAGAGTTCGAATCTCTGCGCTTCCGCCA
tdbD10070|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhi_str._Ty2|209261|Ser|TGA -GGAAGTGTGGCCGAGC--GGTTGAAGGCACCGGTCTTGAAAACCGGCGACCC----GAAA---GGGTT-CCAGAGTTCGAATCTCTGCGCTTCCGCCA
tdbD9749|Salmonella_typhimurium_LT2|99287|Ser|TGA                                   -GGAAGTGTGGCCGAGC--GGTTGAAGGCACCGGTCTTGAAAACCGGCGACCC----GAAA---GGGTT-CCAGAGTTCGAATCTCTGCGCTTCCGCCA
tdbD9990|Shewanella_oneidensis_MR-1|211586|Ser|TGA                                  -GGAGGGGTGGCAGAGT--GGTTTAATGCACCGGTCTTGAAAACCGGCGTGGGTT--TAT--AGCCCAC-CCAGGGTTCAAATCCCTGCTCCTCCGCCA
tdbD9992|Shigella_flexneri_2a_str._301|198214|Ser|TGA                               -GGAAGTGTGGCCGAGC--GGTTGAAGGCACCGGTCTTGAAAACCGGCGACCC----GAAA---GGGTT-CCAGAGTTCGAATCTCTGCGCTTCCGCCA
tdbD9773|Sinorhizobium_meliloti_1021|266834|Ser|TGA                                 -GGACAGGTGGCCGAGT--GGTTTAAGGCTCTGGTCTTGAAAACCAGCGTACGG---GAAA--CCGTAC-CGTGGGTTCGAATCCCACCCTGTCCGCCA
tdbD2629|Spiroplasma_melliferum|2134|Ser|TGA                                        -GGAAGATTACCCAAGTCTGGTTGAAGGGATCGGTCTTGAAAATTGACAGGCGGT--GAA--AGCCGCG-CGGGGGTTCGAATCCCTCATCTTCCGCCA
tdbD10128|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_MRSA252|282458|Ser|TGA                -GGAGGAATACCCAAGTCCGGCTGAAGGGATCGGTCTTGAAAACCGACAGGGGCT--TAA--CGGCTCG-CGGGGGTTCGAATCCCTCTTCCTCCG---
tdbD9928|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_MW2|196620|Ser|TGA                     -GGAGGAATACCCAAGTCCGGCTGAAGGGATCGGTCTTGAAAACCGACAGGGGCT--TAA--CGGCTCG-CGGGGGTTCGAATCCCTCTTCCTCCG---
tdbD9615|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_N315|158879|Ser|TGA                    -GGAGGAATACCCAAGTCCGGCTGAAGGGATCGGTCTTGAAAACCGACAGGGGCT--TAA--CGGCTCG-CGGGGGTTCGAATCCCTCTTCCTCCG---
tdbD10025|Staphylococcus_epidermidis_ATCC_12228|176280|Ser|TGA                      -GGAGGAATACCCAAGTCCGGCTGAAGGGATCGGTCTTGAAAACCGACAGGAGCT--TAA--CGGCTCG-CGGGGGTTCGAATCCCTCTTCCTCCG---
tdbD9997|Streptococcus_agalactiae_2603V/R|208435|Ser|TGA                            -GGAGGATTACCCAAGTCCGGCTGAAGGGAACGGTCTTGAAAACCGTCAGGCGT---GTAA--AAGCGTGCGTGGGTTCGAATCCCACATCCTCCT---
tdbD9929|Streptococcus_agalactiae_NEM316|211110|Ser|TGA                             -GGAGGATTACCCAAGTCCGGCTGAAGGGAACGGTCTTGAAAACCGTCAGGCGT---GTAA--AAGCGTGCGTGGGTTCGAATCCCACATCCTCCT---
tdbD9999|Streptococcus_mutans_UA159|210007|Ser|CGA                                  -GGAAAGGTGGCTCAGCTTGGT--ACAGCACCGGACTCGAAATCCGGCAAGTGGA--CAT--TGTTCATGCGCGGGTTCAAATCCCGTCCTTTCCT---
tdbD9727|Streptococcus_pneumoniae_TIGR4|170187|Ser|TGA                              -GGAGGATTACCCAAGTCCGGCTGAAGGGAACGGTCTTGAAAACCGTCAGGCGT---GTAA--AAGCGTGCGTGGGTTCGAATCCCACATCCTCCT---
tdbD9723|Streptococcus_pyogenes_M1_GAS|160490|Ser|TGA                               -GGAGGATTACCCAAGTCCGGCTGAAGGGAACGGTCTTGAAAACCGTCAGGCGT---GTAA--AAGCGTGCGTGGGTTCGAATCCCACATCCTCCT---
tdbD9932|Streptococcus_pyogenes_MGAS315|198466|Ser|TGA                              -GGAGGATTACCCAAGTCCGGCTGAAGGGAACGGTCTTGAAAACCGTCAGGCGT---GTAA--AAGCGTGCGTGGGTTCGAATCCCACATCCTCCT---
tdbD10044|Streptococcus_pyogenes_SSI-1|193567|Ser|TGA                               -GGAGGATTACCCAAGTCCGGCTGAAGGGAACGGTCTTGAAAACCGTCAGGCGT---GTAA--AAGCGTGCGTGGGTTCGAATCCCACATCCTCCT---
tdbD10066|Streptomyces_avermitilis_MA-4680|227882|Ser|GCT                           -GGAGGCGTCGCCTAGTCCGGTCTATGGCGCCGCACTGCTAATGCGGTTTGGGAC--TTCA-ATCCCAT-CGAGGGTTCAAATCCCTCCGCCTCCG---
tdbD9986|Streptomyces_coelicolor_A3(2)|100226|Ser|GCT                               -GGAGGCGTCGCCTAGTCCGGTCTATGGCGCCGCACTGCTAATGCGGTTTGGGTC--TTAA-AGCCCAT-CGAGGGTTCAAATCCCTCCGCCTCCG---
tdbD2638|Streptomyces_griseus|1911|Ser|TGA                                          -GGAGGGTTGCCCGAGC--GGCCTAAGGGAACGGTCTTGAAAACCGTCGTGGTG---GCGA--CATCAC-CGTGGGTTCAAATCCCACACCCTCCG---
tdbD2639|Streptomyces_lividans|1916|Ser|GCT                                         -GGAGGCGTCGCCTAGTCCGGTCTATGGCGCCGCACTGCTAATGCGGTTTGGGTC--TTAA-AGCCCAT-CGAGGGTTCAAATCCCTCCGCCTCCG---
tdbD10161|Symbiobacterium_thermophilum_IAM_14863|292459|Ser|GCT                     -GGAGAGATACCCAAGT--GGTTGAAGGGGCGGCTTTGCTAAAGCTGTAGGGGGC--GCA--AGCCCCG-CGAGGGTTCGAATCCCTCTCTCTCCGCCA
tdbD9686|Synechocystis_sp._PCC_6803|1148|Ser|TGA                                    -GGAGAGGTGGCAGAGT--GGTCGAATGCGCCCGACTTGAAATCGGGTTTGGG----GAAA---CTCAA-CGTGGGTTCGAATCCCACCCTCTCCG---
tdbD9945|Thermoanaerobacter_tengcongensis_MB4|273068|Ser|CGA                        -GGAGAGATGGCTGAGT--GGTCGAAAGCGCTCGCCTCGAAAGCGAGTGGGCGAA--TTT--TTCGCCT-CGAGGGTTCAAATCCCTCTCTCTCCGCCA
tdbD9938|Thermosynechococcus_elongatus_BP-1|197221|Ser|CGA                          -GGAGAGGTGGCAGAGT--GGTTGAATGCGCTTGACTCGAAATCAAGTTTAGGG---TAAC--ACCTAA-CGGGGGTTCGAATCCCCCCCTCTCCG---
tdbD9688|Thermotoga_maritima_MSB8|243274|Ser|GCT                                    -GGAGAGGTGGCCGAGC--GGCCTAAGGCGCTTGCCTGCTAAGCAAGTGTGGGG---GTTT--CCCCAC-CGTGGGTTCGAATCCCACCCTCTCCGCCA
tdbD10201|Thermus_thermophilus_HB27|262724|Ser|GCT                                  TGGAGAGGTGGCCGAGT--GGTCGAAGGCGGCACCCTGCTAAGGTGTTGCACCGGG-AAA-ACCGGTGC-CGCGGGTTCGAATCCCGCCCTCTCCGCCA
tdbD10204|Treponema_denticola_ATCC_35405|243275|Ser|TGA                             -GGAGCGATGGCCGAGC--GGTTGAAGGCGGCGGTCTTGAAAACCGTTGTGCT----GAGA---GGTAC-CGGGGGTTCGAATCCCTCTCGCTCCG---
tdbD9675|Treponema_pallidum_subsp._pallidum_str._Nichols|243276|Ser|CGA             -GGAGAGATGCGAGAGC--GGTCGAATCGGACGGTCTCGAAAACCGTAGCGCTCT--TGCA-AGGGCGC-CGAGGGTTCGAATCCCTCTCTCTCCG---
tdbD10028|Tropheryma_whipplei_str._Twist|203267|Ser|GCT                             -GGAGACGTCGCATAGCCAGGTCTAGTGCGCCACCCTGCTAAGGTGGAGTGCCC---GAAA--GGGTAC-CGTGGGTTCAAATCCCACCGTCTCCG---
tdbD10032|Tropheryma_whipplei_TW08/27|218496|Ser|GCT                                -GGAGACGTCGCATAGCCAGGTCTAGTGCGCCACCCTGCTAAGGTGGAGTGCCC---GAAA--GGGTAC-CGTGGGTTCAAATCCCACCGTCTCCG---
tdbD9622|Ureaplasma_parvum_serovar_3|38504|Ser|GCT                                  -GGAAACATACTCAAGT--GGTT-AAGAGGGCACCCTGCTAAGGTGTTAGGTCG---TTC---TGCGGCGCGTGGGTTCGAATCCCACTGTTTCCGCCA
tdbD9612|Vibrio_cholerae_O1_biovar_El_Tor_str._N16961|243277|Ser|TGA                -GGAGAGATGGCTGAGT--GGTTGAAAGCACCGGTCTTGAAAACCGGCGATGGTT--AAT--AGCTATC-CTAGGGTTCAAATCCCTATCTCTCCGCCA
tdbD10205|Wolbachia_endosymbiont_of_Drosophila_melanogaster|163164|Ser|GGA          -GGAAAGGTGGCTGAGT--GGTCTAAAGCACACGCTTGGAAAGCGTGCACATAT---GAAA--ATATGT-CGGGGGTTCGAATCCCCCCTTTTCCG---
tdbD9953|Xanthomonas_axonopodis_pv._citri_str._306|190486|Ser|TGA                   -GGAGAGATGGCCGAGC--GGTTTAAGGCACCGGTCTTGAAAACCGGCGAAGGG---TCAA--ACCTTC-CGTGGGTTCGAATCCCACTCTCTCCGCCA
tdbD9949|Xanthomonas_campestris_pv._campestris_str._ATCC_33913|190485|Ser|TGA       -GGAGAGATGGCCGAGC--GGTTTAAGGCACCGGTCTTGAAAACCGGCGAAGGG---TCAA--ACCTTC-CGTGGGTTCGAATCCCACTCTCTCCGCCA
tdbD9694|Xylella_fastidiosa_9a5c|160492|Ser|TGA                                     -GGAAGCGTGGCAGAGT--GGTCGATTGCACCGGTCTTGAAAACCGGCAACGG----GCAA---CCGTT-CGTGAGTTCGAATCTCACCGCTTCCGCCA
tdbD10037|Xylella_fastidiosa_Temecula1|183190|Ser|TGA                               -GGTGGGTTGGCAGAGC--GGTTGAATGCACTAGTCTTGAAAACTAGCAAGGGG---GTAA--CCCCTT-CCAGGGTTCGAATCCCTGACCCACCGCCA
tdbD10164|Yersinia_pestis_biovar_Microtus_str._91001|229193|Ser|TGA                 -GGAAGGATGGCCGAGT--GGTTTAAGGCAACGGTCTTGAAAACCGTCGACTG----TAA----CAGGTCCTAGAGTTCGAATCTCTATCCTTCCGCCA
tdbD9743|Yersinia_pestis_CO92|214092|Ser|TGA                                        -GGAAGGATGGCCGAGT--GGTTTAAGGCAACGGTCTTGAAAACCGTCGACTG----TAA----CAGGTCCTAGAGTTCGAATCTCTATCCTTCCGCCA
tdbD9963|Yersinia_pestis_KIM|187410|Ser|TGA                                         -GGAAGGATGGCCGAGT--GGTTTAAGGCAACGGTCTTGAAAACCGTCGACTG----TAA----CAGGTCCTAGAGTTCGAATCTCTATCCTTCCGCCA
tdbD10169|Yersinia_pseudotuberculosis_IP_32953|273123|Ser|TGA                       -GGAAGGATGGCCGAGT--GGTTTAAGGCAACGGTCTTGAAAACCGTCGACTG----TAA----CAGGTCCTAGAGTTCGAATCTCTATCCTTCCGCCA
#=GC SS_cons                                                                        .(((((((..((((...........)))).(((((.......)))))........................(((((.......))))))))))))....
#=GC SN                                                                             .0000000..1111...........1111.22222.......22222........................33333.......333330000000....

#=GF CS                                                                             99 columns, 21 paired, 20 covariant; 4 stems
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