# STOCKHOLM 1.0          BACTERIAL Lys
#=GC CS                                                                             .2554555..2...............2.64423.......32446.....5544.........44555554552....
#=GC BP                                                                             .+++++++..++++.........++++.+++++.......+++++.....+++++.......++++++++++++....
tdbD1349|Acholeplasma_laidlawii|2148|Lys|TTT                                        -GTCCCGTTAGCTCAGGTGGT-AGAGCACTTGACTTTTAATCAAGGTGTCGATGGTTCGAGTCCATCACGGGACACCA
tdbD6378|Acinetobacter_sp._ADP1|62977|Lys|TTT                                       -GGGTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCCCGCGTTCGAGTCGCGGACGACCCACCA
tdbD6146|Agrobacterium_tumefaciens_str._C58|176299|Lys|TTT                          -GAGAGCGTAGCTCAGCCGGT-AGAGCAACTGACTTTTAATCAGTAGGTCCAGGGTTCGAATCCCTGCGCTCTCACCA
tdbD6115|Aquifex_aeolicus_VF5|224324|Lys|TTT                                        -GAGCCGGTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAACGGCCTTTTAAGCCGTGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGCCCGGCTCACCA
tdbD1360|Azospirillum_lipoferum|193|Lys|TTT                                         -GAGCCATTAGCTCAGTTGGT-AGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCGAAGGTTCGAGTCCTTCATGGCTCACCA
tdbD6325|Bacillus_anthracis_str._Ames|198094|Lys|TTT                                -GAGCCATTAGCTCAGTTGGT-AGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCGAAGGTTCGAGTCCTTCATGGCTCA---
tdbD6343|Bacillus_anthracis_str._Sterne|260799|Lys|TTT                              -GAGCCATTAGCTCAGTTGGT-AGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCGAAGGTTCGAGTCCTTCATGGCTCA---
tdbD6363|Bacillus_cereus_ATCC_10987|222523|Lys|TTT                                  -GAGCCATTAGCTCAGTTGGT-AGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCGAAGGTTCGAGTCCTTCATGGCTCA---
tdbD6308|Bacillus_cereus_ATCC_14579|226900|Lys|TTT                                  -GAGCCATTAGCTCAGTTGGT-AGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCGAAGGTTCGAGTCCTTCATGGCTCA---
tdbD6279|Bacillus_halodurans_C-125|272558|Lys|TTT                                   -GAGCCATTAGCTCAGTTGGT-AGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCGAAGGTTCGAGTCCTTCATGGCTCACCA
tdbD6069|Bacillus_subtilis_subsp._subtilis_str._168|224308|Lys|TTT                  -GAGCCATTAGCTCAGTTGGT-AGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCGAAGGTTCGAGTCCTTCATGGCTCACCA
tdbD6380|Bacillus_thuringiensis_serovar_konkukian_str._97-27|281309|Lys|TTT         -GAGCCATTAGCTCAGTTGGT-AGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCGAAGGTTCGAGTCCTTCATGGCTCA---
tdbD6321|Bacteroides_thetaiotaomicron_VPI-5482|226186|Lys|CTT                       -GCACTCTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAACTGACTCTTAATCAGTGGGTCCAGGGTTCGAATCCCTGAGGGTGTA---
tdbD6326|Bartonella_henselae_str._Houston-1|283166|Lys|TTT                          -GAGCGCGTAGCTCAGCTGGT-AGAGCAACTGACTTTTAATCAGTAGGTCCAGGGTTCGAATCCCTGCGCGCTCACCA
tdbD6385|Bartonella_quintana_str._Toulouse|283165|Lys|TTT                           -GAGCGCGTAGCTCAGCTGGT-AGAGCAACTGACTTTTAATCAGTAGGTCCAGGGTTCAAATCCCTGCGCGCTCACCA
tdbD6328|Bdellovibrio_bacteriovorus_HD100|264462|Lys|TTT                            -GGTTCGCTAGCTCAGCTGGT-AGAGCACTTCACTTTTAATGAAGGGGTCGATGGTTCGAATCCATCGCGAGCCACCA
tdbD6259|Bifidobacterium_longum_NCC2705|206672|Lys|CTT                              -GCCCCTGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCAGCTGACTCTTAATCAGCGTGTCCAGGGTTCGAATCCCTGCGGGGGCA---
tdbD6093|Borrelia_burgdorferi_B31|224326|Lys|TTT                                    -GGGCTCATAGCTCAGGTGGT-AGAGCAGCGCCCTTTTAAGGCGTTTGTCGTAGGTTCGAGTCCTACTGAGCTCA---
tdbD6344|Borrelia_garinii_PBi|290434|Lys|TTT                                        -GGGCTCATAGCTCAGGTGGT-AGAGCAGCGCCCTTTTAAGGCGTTTGTCGTAGGTTCGAGTCCTACTGAGCTCA---
tdbD6281|Bradyrhizobium_japonicum_USDA_110|224911|Lys|CTT                           -GGGCGCATAGCTCAGTTGGT-AGAGCAGCTGACTCTTAATCAGCGGGTCCCAGGTTCGAGCCCTGGTGCGCCCACCA
tdbD6131|Brucella_melitensis_16M|224914|Lys|TTT                                     -GAGCGCGTAGCTCAGCCGGT-AGAGCAACTGACTTTTAATCAGTAGGTCCAGGGTTCGAATCCCTGCGCGCTCACCA
tdbD6261|Brucella_suis_1330|204722|Lys|TTT                                          -GAGCGCGTAGCTCAGCCGGT-AGAGCAACTGACTTTTAATCAGTAGGTCCAGGGTTCGAATCCCTGCGCGCTCACCA
tdbD6070|Buchnera_aphidicola_str._APS_(Acyrthosiphon_pisum)|107806|Lys|TTT          -GGGTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCAAATCCTGCACGACCCA---
tdbD6309|Buchnera_aphidicola_str._Bp_(Baizongia_pistaciae)|224915|Lys|TTT           -GGGTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCAAATCCTGCACGACCCA---
tdbD6232|Buchnera_aphidicola_str._Sg_(Schizaphis_graminum)|198804|Lys|TTT           -GGGTCGTTAGCTCAGTCGGT-AGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCAAATCCTGCACGACCCA---
tdbD6094|Campylobacter_jejuni_subsp._jejuni_NCTC_11168|192222|Lys|TTT               -GTCTCGTTAGCTCAGCCGGT-AGAGCATCTCCCTTTTAAGGAGGGGGCCGTTGGTTCGAATCCAACACGGGACACCA
tdbD6387|Candidatus_Blochmannia_floridanus|203907|Lys|TTT                           -GGGTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCAAGTCCTGCACGACCCA---
tdbD6334|Candidatus_Protochlamydia_amoebophila_UWE25|264201|Lys|TTT                 -GAGTCTTTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCTCACTTTTAATGAGGGGGTCGATGGTTCGAGTCCATCAAGACTCA---
tdbD6096|Caulobacter_crescentus_CB15|190650|Lys|TTT                                 -GGGCCGGTAGCTCAGT-GGT-AGAGCATTCGACTTTTAATCGAATGGTCCTGGGTTCGAGTCCCAGCCGGCCTACCA
tdbD6122|Chlamydia_muridarum_Nigg|243161|Lys|TTT                                    -GGGTCTTTAGCTCAGC-GGTTAGAGCATCTCACTTTTAATGAGAGGGTCGCAGGTTCGAATCCTTCAAGACCCA---
tdbD6067|Chlamydia_trachomatis_D/UW-3/CX|272561|Lys|TTT                             -GGGTCTTTAGCTCAGC-GGTTAGAGCATCTCACTTTTAATGAGAGGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCAAGACCCA---
tdbD6065|Chlamydophila_pneumoniae_AR39|115711|Lys|TTT                               -GGGTCTTTAGCTCAGC-GGTTAGAGCACCTCACTTTTAATGAGGGGGTCGAAGGTTCAAATCCTTCAAGACCCA---
tdbD6066|Chlamydophila_pneumoniae_CWL029|115713|Lys|TTT                             -GGGTCTTTAGCTCAGC-GGTTAGAGCACCTCACTTTTAATGAGGGGGTCGAAGGTTCAAATCCTTCAAGACCCA---
tdbD6084|Chlamydophila_pneumoniae_J138|138677|Lys|TTT                               -GGGTCTTTAGCTCAGC-GGTTAGAGCACCTCACTTTTAATGAGGGGGTCGAAGGTTCAAATCCTTCAAGACCCA---
tdbD6226|Chlorobium_tepidum_TLS|194439|Lys|TTT                                      -GAGAATATAGCTCAGTCGGT-AGAGCAACTGCCTTTTAAGCAGTGGGTCGAAGGTTCGAGTCCTTCTATTCTCA---
tdbD6127|Clostridium_acetobutylicum_ATCC_824|272562|Lys|TTT                         -GGTTTATTAGCTCAGTTGGT-AGAGCACATGACTTTTAATCATGGTGTCCGGGGTTCGACTCCCCGATAAGCCA---
tdbD6121|Clostridium_perfringens_str._13|195102|Lys|CTT                             -GCACCATTAGCTCAGTTGGT-AGAGCACCTGACTCTTAATCAGGGAGTCCAGGGTTCGAATCCCTGATGGTGCACCA
tdbD6282|Clostridium_tetani_E88|212717|Lys|TTT                                      -GATCCACTAGCTCAGTCGGT-AGAGCACATGACTTTTAATCATGGTGTCCGGGGTTCGATTCCCCGGTGGATCACCA
tdbD6329|Corynebacterium_diphtheriae_NCTC_13129|257309|Lys|CTT                      -GCGCCATTAGCTCAATTGGC-AGAGCAACTGACTCTTAATCAGTGGGTTCGGGGTTCAAGTCCCTGATGGCGCA---
tdbD6263|Corynebacterium_efficiens_YS-314|196164|Lys|CTT                            -GCGTCATTAGCTCAATTGGT-AGAGCATCTGACTCTTAATCAGAGGGTTCGGGGTTCGATTCCCTGATGACGCA---
tdbD6236|Corynebacterium_glutamicum_ATCC_13032|196627|Lys|TTT                       -GGGCCTATAGCTCAGTTGGT-AGAGCTACGGACTTTTAATCCGCAGGTCTTGGGTTCGAGTCCCAATGGGCCCA---
tdbD6305|Coxiella_burnetii_RSA_493|227377|Lys|CTT                                   -GGGCCGTTAGCTCAGTCGGT-AGAGCAGCTGACTCTTAATCAGCGGGTCCACGGTTCGAGCCCGTGACGGCCCA---
tdbD6097|Deinococcus_radiodurans_R1|243230|Lys|CTT                                  -GGGTCGTTAGCTCAATTGGC-AGAGCAGCTGACTCTTAATCAGCGGGTTGTAGGTTCGATTCCTACACGACCCACCA
tdbD6365|Desulfovibrio_vulgaris_subsp._vulgaris_str._Hildenborough|882|Lys|TTT      -GGGTCGTTAACTCAGTCGGT-AGAGTACCTGCCTTTTAAGCAGAGAGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCA
tdbD6284|Enterococcus_faecalis_V583|226185|Lys|TTT                                  -GAGCCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCACAGGTTCGAGCCCTGTACGGCTCA---
tdbD6310|Escherichia_coli_CFT073|199310|Lys|TTT                                     -GGGTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCA
tdbD6085|Escherichia_coli_K12|83333|Lys|TTT                                         -GGGTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCA
tdbD6086|Escherichia_coli_O157:H7|83334|Lys|TTT                                     -GGGTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCA
tdbD6087|Escherichia_coli_O157:H7_EDL933|155864|Lys|TTT                             -GGGTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCA
tdbD6228|Fusobacterium_nucleatum_subsp._nucleatum_ATCC_25586|190304|Lys|TTT         -GCGTCATTAGCTCAGTTGGT-AGAGCACACGACTTTTAATCGTGTTGTCACAAGTTCAAATCTTGTATGACGCACCA
tdbD6346|Geobacter_sulfurreducens_PCA|243231|Lys|TTT                                -GAGCCGCTAGCTCAGATGGT-AGAGCACCTGACTTTTAATCAGGTGGTCGTTGGTTCGATCCCAACGCGGCTCACCA
tdbD6091|Haemophilus_influenzae_Rd_KW20|71421|Lys|TTT                               -GGGTCGTTAGCTCAGTCGGT-AGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA
tdbD6298|Helicobacter_hepaticus_ATCC_51449|235279|Lys|CTT                           -GGACGTGTAGCTCAGCTGGT-AGAGCAACTGACTCTTAATCAGTGGGTCCAGAGTTCGATCCTCTGCGCGTCCACCA
tdbD6088|Helicobacter_pylori_26695|85962|Lys|TTT                                    -GACCCGTTAGCTCAGCTGGT-AGAGCAATTCCCTTTTAAGGAATGGGCCGTTGGTTCAAATCCAACACGGGTCACCA
tdbD6089|Helicobacter_pylori_J99|85963|Lys|TTT                                      -GACCCGTTAGCTCAGCTGGT-AGAGCAATTCCCTTTTAAGGAATGGGCCGTTGGTTCAAATCCAACACGGGTCACCA
tdbD6348|Lactobacillus_johnsonii_NCC_533|257314|Lys|TTT                             -GAGTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCGGCAGTTCGAGCCTGCCACGACTCA---
tdbD6287|Lactobacillus_plantarum_WCFS1|220668|Lys|TTT                               -GAGCCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCGACAGTTCGAGACTGTCACGGCTCA---
tdbD6349|Leifsonia_xyli_subsp._xyli_str._CTCB07|281090|Lys|CTT                      -GCGCCTCTAGCTCAATCGGC-AGAGCAATTGACTCTTAATCAATGGGTTCAGGGTTCAAGTCCCTGGGGGCGCA---
tdbD6266|Leptospira_interrogans_serovar_Lai_str._56601|189518|Lys|TTT               -GAGTCGTTAGCTCAGCTGGT-AGAGCAATTCCCTTTTAAGGAATGGGTCCGGGGTTCGAATCCCCGACGACTCA---
tdbD6117|Listeria_innocua_Clip11262|272626|Lys|TTT                                  -GAGCCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCGCTGGTTCGAACCCAGCACGGCTCA---
tdbD6119|Listeria_monocytogenes_EGD-e|169963|Lys|TTT                                -GAGCCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCGCTGGTTCGAACCCAGCACGGCTCA---
tdbD6369|Listeria_monocytogenes_str._4b_F2365|265669|Lys|TTT                        -GAGCCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCGCTGGTTCGAACCCAGCACGGCTCA---
tdbD6370|Mesoplasma_florum_L1|265311|Lys|TTT                                        -GACTCGCTAGCTCAGTCGGT-AGAGCAACTGGCTTTTAACCAGTGGGTCCGGAGTTCGAGCCTCCGGCGAGTCACCA
tdbD6132|Mesorhizobium_loti_MAFF303099|266835|Lys|TTT                               -GAGCGCGTAGCTCAGCCGGT-AGAGCAACTGACTTTTAATCAGTAGGTCATGGGTTCGAATCCCATCGCGCTCACCA
tdbD6299|Mycobacterium_bovis_AF2122/97|233413|Lys|TTT                               -GCCCCTATAGCTCAGTTGGT-AGAGCTACGGACTTTTAATCCGCAGGTCCCAGGTTCGAGTCCTGGTGGGGGCA---
tdbD6081|Mycobacterium_leprae_TN|272631|Lys|TTT                                     -GCCCCTATAGCTCAGTTGGT-AGAGCTACGGACTTTTAATCCGCAGGTCCTAGGTTCGAGTCCTAGTGGGGGCA---
tdbD6072|Mycobacterium_tuberculosis_CDC1551|83331|Lys|TTT                           -GCCCCTATAGCTCAGTTGGT-AGAGCTACGGACTTTTAATCCGCAGGTCCCAGGTTCGAGTCCTGGTGGGGGCA---
tdbD6332|Mycobacterium_tuberculosis_H37Rv|83332|Lys|TTT                             -GCCCCTATAGCTCAGTTGGT-AGAGCTACGGACTTTTAATCCGCAGGTCCCAGGTTCGAGTCCTGGTGGGGGCA---
tdbD1341|Mycoplasma_capricolum|2095|Lys|TTT                                         -GACTCGTTAGCTCAGCCGGT-AGAGCAACTGGCTTTTAACCAGTGGGTCCGGGGTTCGAATCCCCGACGAGTCACCA
tdbD6297|Mycoplasma_gallisepticum_R|233150|Lys|TTT                                  -GACTCACTAGCTCAGC-GGT-AGAGCATTTGACTTTTAATCAAAGGGTCCCGGGTTCGATCCCCGGGTGGGTCACCA
tdbD6100|Mycoplasma_genitalium_G37|243273|Lys|TTT                                   -GACTCACTAGCTCAGC-GGT-AGAGCATTTGACTTTTAATCAAAGGGTCCCGAGTTCGATCCTCGGGTGGGTCACCA
tdbD6102|Mycoplasma_pneumoniae_M129|272634|Lys|TTT                                  -GACTCACTAGCTCAGC-GGT-AGAGCATTTGACTTTTAATCAAAGGGTCCCGAGTTCGATCCTCGGGTGAGTCACCA
tdbD6144|Mycoplasma_pulmonis_UAB_CTIP|272635|Lys|TTT                                -GCGCCTTTAGCTCAGCAGGT-AGAGCAAATGGCTTTTAACCATTGGGTCAGAGGTTCAAATCCTCTAAGGCGTACCA
tdbD1347|Mycoplasma_sp._PG50|2126|Lys|TTT                                           -GACTCGTTAGCTCAGCCGGT-AGAGCAACTGGCTTTTAACCAGTGGGTCCGGGGTTCGAATCCCCGACGAGTCACCA
tdbD6073|Neisseria_meningitidis_MC58|122586|Lys|TTT                                 -GGGTCGTTAGCTCAGTCGGT-AGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAGCGTTCGAATCGCTCACGACCCACCA
tdbD6075|Neisseria_meningitidis_Z2491|122587|Lys|TTT                                -GGGTCGTTAGCTCAGTCGGT-AGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAGCGTTCGAATCGCTCACGACCCACCA
tdbD6320|Nitrosomonas_europaea_ATCC_19718|228410|Lys|TTT                            -GGGTCGTTAGCTCAGCCGGT-AGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGCGCGTTCGAATCGCGCACGGCCTACCA
tdbD6142|Nostoc_sp._PCC_7120|103690|Lys|TTT                                         -GGGTCGCTAACTCAAC-GGT-AGAGTACTCGGCTTTTAACCGATTAGTTCCGGGTTCGAATCCCGGGCGACCCA---
tdbD6268|Oceanobacillus_iheyensis_HTE831|221109|Lys|TTT                             -GAGCCATTAGCTCAGTCGGT-AGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCATGGCTCA---
tdbD6331|Onion_yellows_phytoplasma_OY-M|262768|Lys|TTT                              -GTCCCGTTAGCTCAGCTGGT-AGAGCACTTGACTTTTAATCAAGGTGTCGAAGGTTCGACTCCTTCACGGGATACCA
tdbD6103|Pasteurella_multocida_subsp._multocida_str._Pm70|272843|Lys|TTT            -GGGTCGTTAGCTCAGTCGGT-AGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA
tdbD6335|Photorhabdus_luminescens_subsp._laumondii_TTO1|243265|Lys|TTT              -GGGTCGTTAGCTCAGTCGGT-AGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCA
tdbD6352|Porphyromonas_gingivalis_W83|242619|Lys|CTT                                -GACTCCGTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAAATGACTCTTAATCATTGGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACCGGGGTCA---
tdbD6372|Propionibacterium_acnes_KPA171202|267747|Lys|TTT                           -GCCCCCGTAGCTCAGATGGTTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGCGGGTCCTGGGTTCGAGTCCCAGTGGGGGCA---
tdbD6106|Pseudomonas_aeruginosa_PAO1|208964|Lys|TTT                                 -GGGTCGTTAGCTCAGTCGGT-AGAGCAGTTGGCTTTTAACCAATTGGTCGTAGGTTCGAATCCTACACGACCCACCA
tdbD6323|Pseudomonas_syringae_pv._tomato_str._DC3000|223283|Lys|TTT                 -GGGTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAGTTGGCTTTTAACCAATTGGTCGTAGGTTCGAATCCCACACGACCCACCA
tdbD6139|Ralstonia_solanacearum_GMI1000|267608|Lys|TTT                              -GGGTCGTTAGCTCAGTCGGT-AGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGTCGCGTGTTCGAGTCACGCACGACCCACCA
tdbD6317|Rhodopirellula_baltica_SH_1|243090|Lys|TTT                                 -GAGAGTGTAGCTCAGTTGGC-AGAGCATTCGACTTTTAATCGAATGGTCCTGGGTTCGAGTCCCAGCACTCTCA---
tdbD6338|Rhodopseudomonas_palustris_CGA009|258594|Lys|TTT                           -GAGCGCGTAGCTCAGCCGGT-AGAGCACGTGACTTTTAATCATGGGGTCGAGGGTTCGAGTCCCTCCGCGCTCACCA
tdbD6129|Rickettsia_conorii_str._Malish_7|272944|Lys|TTT                            -GAGCTCGTAGCTCAGTCGGT-AGAGCATTTGACTTTTAATCAAAGGGTCCCGGGTTCAAATCCCGGCGAGCTCACCA
tdbD6233|Rickettsia_prowazekii_str._Madrid_E|272947|Lys|TTT                         -GAGCTCGTAGCTCAGTTGGT-AGAGCATTTGACTTTTAATCAAAGGGTCCCGGGTTCGAATCCCGGCGAGCTCACCA
tdbD6353|Rickettsia_typhi_str._Wilmington|257363|Lys|TTT                            -GAGCTCGTAGCTCAGTTGGT-AGAGCATTTGACTTTTAATCAAAGGGTCCCGGGTTCAAATCCCGGCGAGCTCACCA
tdbD6147|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhi_str._CT18|220341|Lys|TTT -GGGTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCA---
tdbD6314|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhi_str._Ty2|209261|Lys|TTT  -GGGTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCA
tdbD6138|Salmonella_typhimurium_LT2|99287|Lys|TTT                                   -GGGTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCA
tdbD6272|Shewanella_oneidensis_MR-1|211586|Lys|TTT                                  -GGGTCGTTAGCTCAGTCGGT-AGAGCAGTTGGCTTTTAACCAATTGGTCGAAGGTTCGAATCCTTCACGACCCACCA
tdbD6273|Shigella_flexneri_2a_str._301|198214|Lys|TTT                               -GGGTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCA
tdbD6149|Sinorhizobium_meliloti_1021|266834|Lys|TTT                                 -GAGCGCGTAGCTCAGCCGGT-AGAGCAACTGACTTTTAATCAGTAGGTCCAGGGTTCGAATCCCTGCGCGCTCACCA
tdbD6339|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_MRSA252|282458|Lys|TTT                 -GAGCCATTAGCTCAGCTGGT-AGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCAGAGGTTCGAATCCTCTATGGCTCA---
tdbD6237|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_MW2|196620|Lys|TTT                     -GAGCCATTAGCTCAGCTGGT-AGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCAGAGGTTCGAATCCTCTATGGCTCA---
tdbD6078|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_N315|158879|Lys|TTT                    -GAGCCATTAGCTCAGTTGGT-AGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCAGAGGTTCGAATCCTCTATGGCTCA---
tdbD6289|Staphylococcus_epidermidis_ATCC_12228|176280|Lys|TTT                       -GAGCCATTAGCTCAGTTGGT-AGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCAGAGGTTCGAATCCTCTATGGCTCA---
tdbD6275|Streptococcus_agalactiae_2603V/R|208435|Lys|TTT                            -GACTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAATTGACTTTTAATCAATGGGTCACTGGTTCGAGCCCAGTACGGGTCA---
tdbD6240|Streptococcus_agalactiae_NEM316|211110|Lys|TTT                             -GACTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAATTGACTTTTAATCAATGGGTCACTGGTTCGAGCCCAGTACGGGTCA---
tdbD6277|Streptococcus_mutans_UA159|210007|Lys|TTT                                  -GACTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCATTTGACTTTTAATCAAAGGGTCACTGGTTCGAGCCCAGTACGGGTCA---
tdbD6126|Streptococcus_pneumoniae_TIGR4|170187|Lys|TTT                              -GACTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAATTGACTTTTAATCAATGGGTCACTGGTTCGAGCCCAGTACGGGTCA---
tdbD6123|Streptococcus_pyogenes_M1_GAS|160490|Lys|TTT                               -GACTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAATTGACTTTTAATCAATGGGTCACTGGTTCGAGCCCAGTACGGGTCA---
tdbD6243|Streptococcus_pyogenes_MGAS315|198466|Lys|TTT                              -GACTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAATTGACTTTTAATCAATGGGTCACTGGTTCGAGCCCAGTACGGGTCA---
tdbD6301|Streptococcus_pyogenes_SSI-1|193567|Lys|TTT                                -GACTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAATTGACTTTTAATCAATGGGTCACTGGTTCGAGCCCAGTACGGGTCA---
tdbD6311|Streptomyces_avermitilis_MA-4680|227882|Lys|TTT                            -GGACCCTTAGCTCAATTGGC-AGAGCAGTGGACTTTTAATCCATTGGTTGTGGGTTCGAGTCCCACAGGGTCTA---
tdbD6269|Streptomyces_coelicolor_A3(2)|100226|Lys|TTT                               -GGGCCCTTAGCTCAATTGGC-AGAGCAGTGGACTTTTAATCCATTGGTTGTGGGTTCGAGTCCCACAGGGCCTA---
tdbD1354|Streptomyces_lividans|1916|Lys|CTT                                         -GCGCCGCTAGCTCAGTTGGTTAGAGCAGCTGACTCTTAATCAGCGGGTCCGGGGTTCGAGTCCCTGGCGGCGCA---
tdbD6355|Symbiobacterium_thermophilum_IAM_14863|292459|Lys|TTT                      -GGGCCATTAGCTCAGT-GGC-AGAGCATCCGCCTTTTAAGCGGGGTGTCGTTGGTTCGAATCCAACATGGCCCACCA
tdbD6107|Synechocystis_sp._PCC_6803|1148|Lys|TTT                                    -GGGTCGCTAGCTCAGC-GGT-AGAGCACTCGGCTTTTAACCGATTGGTCTTGGGTTCGAATCCCAGGCGACCCA---
tdbD6249|Thermoanaerobacter_tengcongensis_MB4|273068|Lys|TTT                        -GACCCATTAGCTCAGGAGGT-AGAGCACCTGCCTTTTAAGCAGGGTGTCCCGCGTTCGAATCGCGGATGGGTCACCA
tdbD6244|Thermosynechococcus_elongatus_BP-1|197221|Lys|TTT                          -GGGTCGCTAGCTCAGC-GGT-AGAGCACTCGGCTTTTAACCGATTGGTCTTGGGTTCGAATCCCAGGCGACCCA---
tdbD6109|Thermotoga_maritima_MSB8|243274|Lys|TTT                                    -GACCCGGTAGCTCAGCAGGC-AGAGCACCTGACTTTTAATCAGGGGGTCGTGGGTTCGAATCCCACCCGGGTCACCA
tdbD6374|Thermus_thermophilus_HB27|262724|Lys|TTT                                   TGGGCCGTTAGCTCAGCTGGC-AGAGCAACCGACTTTTAATCGGTAGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGGCCCACCA
tdbD6375|Treponema_denticola_ATCC_35405|243275|Lys|TTT                              -GGGCTATTAGCTCAGTAGGT-AGAGCAACGCCCTTTTAAGGCGTGGGTCTCAGGTTCGAATCCTGAATAGCTCA---
tdbD6104|Treponema_pallidum_subsp._pallidum_str._Nichols|243276|Lys|CTT             -GGGCCATTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAACAGACTCTTAATCTGTGGGTCGCAGGTTCGAAGCCTGCATGGCTCA---
tdbD6291|Tropheryma_whipplei_str._Twist|203267|Lys|TTT                              -GGGCCTGTAGCTCAGCTGGA-AGAGCATCGGACTTTTAATCCGCTGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACCGGGCCCA---
tdbD6293|Tropheryma_whipplei_TW08/27|218496|Lys|TTT                                 -GGGCCTGTAGCTCAGCTGGA-AGAGCATCGGACTTTTAATCCGCTGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACCGGGCCCA---
tdbD6083|Ureaplasma_parvum_serovar_3|38504|Lys|TTT                                  -GCCTCATTAGCTCAGT-GGT-AGAGCATTTCACTTTTAATGAAGGGGTCAAAGGTTCGAAACCTTTATGGGGCACCA
tdbD6076|Vibrio_cholerae_O1_biovar_El_Tor_str._N16961|243277|Lys|TTT                -GGGTCGTTAGCTCAGT-GGT-AGAGCAGTTGGCTTTTAACCAATTGGTCATAGGTTCAAATCCTATACGACCCACCA
tdbD6377|Wolbachia_endosymbiont_of_Drosophila_melanogaster|163164|Lys|TTT           -GATCCCGTAGCTCAGCCGGT-AGAGCAACTGACTTTTAATCAGTGGGTCACGCGTTCGAATCGCGTCGGGATCA---
tdbD6253|Xanthomonas_axonopodis_pv._citri_str._306|190486|Lys|TTT                   -GGGCCGTTAGCTCAGTCGGT-AGAGCAGAAGACTTTTAATCTTTTGGTCGATGGTTCGAATCCATCACGGCCCACCA
tdbD6251|Xanthomonas_campestris_pv._campestris_str._ATCC_33913|190485|Lys|TTT       -GGGCCGTTAGCTCAGTCGGT-AGAGCAGAAGACTTTTAATCTTTTGGTCGATGGTTCGAATCCATCACGGCCCACCA
tdbD6113|Xylella_fastidiosa_9a5c|160492|Lys|TTT                                     -GGGTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCA
tdbD6295|Xylella_fastidiosa_Temecula1|183190|Lys|CTT                                -GGGCCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAGTTGACTCTTAATCAATAGGTCCAAGGTTCGAATCCTTGACGGCCCACCA
tdbD6357|Yersinia_pestis_biovar_Microtus_str._91001|229193|Lys|CTT                  -GGGTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAGTTGACTCTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAACCCTGCACGACCCACCA
tdbD6135|Yersinia_pestis_CO92|214092|Lys|CTT                                        -GGGTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAGTTGACTCTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAACCCTGCACGACCCACCA
tdbD6257|Yersinia_pestis_KIM|187410|Lys|CTT                                         -GGGTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAGTTGACTCTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAACCCTGCACGACCCACCA
tdbD6359|Yersinia_pseudotuberculosis_IP_32953|273123|Lys|CTT                        -GGGTCGTTAGCTCAGTTGGT-AGAGCAGTTGACTCTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAACCCTGCACGACCCACCA
#=GC SS_cons                                                                        .(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
#=GC SN                                                                             .0000000..1111.........1111.22222.......22222.....33333.......333330000000....

#=GF CS                                                                             78 columns, 21 paired, 17 covariant; 4 stems
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