# STOCKHOLM 1.0          BACTERIAL Ile
#=GC CS                                                                             3234654..2.................2.45435.......53454.....55542.......245554564323....
#=GC BP                                                                             +++++++..++++...........++++.+++++.......+++++.....+++++.......++++++++++++....
tdbD1132|Acetobacter_aceti|435|Ile|GAT                                              GGGCTAGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCACACGCTTGATAAGCGTGGGGTCGGAGGTTCAAGTCCTCCCTGGCCCACCA
tdbD1140|Acholeplasma_laidlawii|2148|Ile|CAT                                        GGACCCGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCTACCGGCTCATAACCGGTCGGTCGTTGGTTCGAGTCCAACCGGGTCCACCA
tdbD1161|Acidithiobacillus_ferrooxidans|920|Ile|GAT                                 GGGCCTATAGCTCAGCT-GGCT-AGAGCACACGCCTGATAAGCGTGAGGTCAGTGGTTCGAGTCCACTTGGGCCCACCA
tdbD6034|Acinetobacter_sp._ADP1|62977|Ile|GAT                                       GGGTCTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCACACGCTTGATAAGCGTGGGGTCACAAGTTCAAGTCTTGTCAGACCCACCA
tdbD1169|Aeromonas_hydrophila|644|Ile|GAT                                           GGGTCTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCAGACCCACCA
tdbD5896|Agrobacterium_tumefaciens_str._C58|176299|Ile|GAT                          GGGCCCGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCACACGCTTGATAAGCGTGGGGTCGGTAGTTCGAGTCTACCCGGGCCCACCA
tdbD5876|Aquifex_aeolicus_VF5|224324|Ile|GAT                                        GGGCCTCTAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGTGCCCCTGATAAGGGCAAGGTCCCAGGTTCGAGTCCTGGGAGGCCCA---
tdbD1184|Azoarcus_sp._BH72|62928|Ile|CAT                                            GGGCCTCTAGCTCATGCTTGGTTAGAGCAGCGGACTCATAATCCGTTGGTGCTGGGTTCGACTCCCAGGGGGCCCACCA
tdbD5999|Bacillus_anthracis_str._Ames|198094|Ile|GAT                                GGGCCTATAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGGCCCACCA
tdbD6009|Bacillus_anthracis_str._Sterne|260799|Ile|GAT                              GGGCCTATAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGGCCCACCA
tdbD6026|Bacillus_cereus_ATCC_10987|222523|Ile|GAT                                  GGGCCTATAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGGCCCACCA
tdbD5988|Bacillus_cereus_ATCC_14579|226900|Ile|GAT                                  GGGCCTATAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGGCCCACCA
tdbD5972|Bacillus_halodurans_C-125|272558|Ile|GAT                                   GGGCCTGTAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCCACCA
tdbD5845|Bacillus_subtilis_subsp._subtilis_str._168|224308|Ile|GAT                  GGGCCTGTAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTCAGGCCCACCA
tdbD6035|Bacillus_thuringiensis_serovar_konkukian_str._97-27|281309|Ile|GAT         GGGCCTATAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGGCCCACCA
tdbD5997|Bacteroides_thetaiotaomicron_VPI-5482|226186|Ile|GAT                       AGTCCTATAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCTACACTGATAATGTAGAGGTCGGCAGTTCAACTCTGCCTGGGACTA---
tdbD1124|Bartonella_bacilliformis|774|Ile|GAT                                       GGGCTTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCGCGCTTGATAAGCGTGAGGTCGGAGGTTCAAGTCCTCCCAGGCCCACCA
tdbD1125|Bartonella_elizabethae|807|Ile|GAT                                         GGGCTTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCGCGCTTGATAAGCGTGAGGTCGGAGGTTCAAGTCCTCCCAGGCCCACCA
tdbD6001|Bartonella_henselae_str._Houston-1|283166|Ile|GAT                          GGGCTTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCGCGCTTGATAAGCGTGAGGTCGGAGGTTCAAGTCCTCCCAGGCCCACCA
tdbD6038|Bartonella_quintana_str._Toulouse|283165|Ile|GAT                           GGGCTTGTAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCGCGCTTGATAAGCGTGAGGTCGGAGGTTCAAGTCCTCCCAGGCCCACCA
tdbD6002|Bdellovibrio_bacteriovorus_HD100|264462|Ile|GAT                            GGGCCTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCACACGCTTGATAAGCGTGGGGTCGGAAGTTCGAGTCTTCCCAGGCCCACCA
tdbD5962|Bifidobacterium_longum_NCC2705|206672|Ile|GAT                              GGGCCCGTAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCATCCCTGATAAGGATGAGGTCGGAGGTTCAAGTCCTCCCGGGCCCA---
tdbD5864|Borrelia_burgdorferi_B31|224326|Ile|GAT                                    GGGATCATAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCAGGTCTGATAAACCTGAGGTCGGATGTTCAACTCATCCTGGTCCCA---
tdbD6011|Borrelia_garinii_PBi|290434|Ile|GAT                                        GGGATCATAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCAGGTCTGATAAACCTGAGGTCGGATGTTCAACTCATCCTGGTCCCA---
tdbD5974|Bradyrhizobium_japonicum_USDA_110|224911|Ile|GAT                           GGGCTTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCGCGCTTGATAAGCGTGAGGTCGGAAGTTCAAGTCTTCCCAGGCCCACCA
tdbD1183|Brucella_abortus|235|Ile|GAT                                               GGGCTTGTAGCTCAGTT-GGT--AGAGCACACGCTTGATAAGCGTGGGGTCGGAGGTTCAAGTCCTCCCAGGCCCACCA
tdbD5886|Brucella_melitensis_16M|224914|Ile|GAT                                     GGGCTTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCACACGCTTGATAAGCGTGGGGTCGGAGGTTCAAGTCCTCCCAGGCCCACCA
tdbD5963|Brucella_suis_1330|204722|Ile|GAT                                          GGGCTTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCACACGCTTGATAAGCGTGGGGTCGGAGGTTCAAGTCCTCCCAGGCCCACCA
tdbD5847|Buchnera_aphidicola_str._APS_(Acyrthosiphon_pisum)|107806|Ile|GAT          AGGCTTGTAGCTCAGAT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAATTCCACTCAGGCCTACCA
tdbD5989|Buchnera_aphidicola_str._Bp_(Baizongia_pistaciae)|224915|Ile|GAT           AGGCTTGTAGCTCAGCTTGGTC-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAATTCCACTCAGGCCTA---
tdbD5947|Buchnera_aphidicola_str._Sg_(Schizaphis_graminum)|198804|Ile|GAT           AGGCTTGTAGCTCAGAT-GGTA-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAACTCCACTCAGGCCTACCA
tdbD1171|Burkholderia_cepacia|292|Ile|GAT                                           GGGTCTGTAGCTCAGTC-GGTT-AGAGCACCGTCTTGATAAGGCGGGGGTCGTTGGTTCGAATCCAACCAGACCCACCA
tdbD1174|Burkholderia_gladioli|28095|Ile|GAT                                        GGGTCTGTAGCTCAGTC-GGTT-AGAGCACCGTCTTGATAAGGCGGGGGTCGTTGGTTCGAATCCAACCAGACCCACCA
tdbD1176|Burkholderia_mallei|13373|Ile|GAT                                          GGGTCTGTAGCTCAGTC-GGTT-AGAGCACCGTCTTGATAAGGCGGGGGTCGTTGGTTCGAATCCAACCAGACCCACCA
tdbD5865|Campylobacter_jejuni_subsp._jejuni_NCTC_11168|192222|Ile|GAT               GGGCCTATAGCTCAGCT-GGTT-AGAGTGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCACAAGTTCAAGTCTTGTTAGGCCCACCA
tdbD6039|Candidatus_Blochmannia_floridanus|203907|Ile|GAT                           AGGCTTGTAGCTCAGCC-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTA---
tdbD5866|Caulobacter_crescentus_CB15|190650|Ile|GAT                                 AGGCCTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGTACGCCTGATAAGCGTAAGGTCGGCAGTTCGAGTCTGCCCAGGCCTACCA
tdbD5880|Chlamydia_muridarum_Nigg|243161|Ile|GAT                                    GCGGTTATAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCGACACTGATAATGTCGAGGTCCCAAGTTCAAGTCTTGGTAACCGCA---
tdbD5843|Chlamydia_trachomatis_D/UW-3/CX|272561|Ile|GAT                             GCGGTTATAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCGACACTGATAATGTCGAGGTCCCAAGTTCAAGTCTTGGTAACCGCA---
tdbD5841|Chlamydophila_pneumoniae_AR39|115711|Ile|GAT                               GCGGTTATAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCGACACTGATAATGTCGAGGTCCCAAGTTCAAGTCTTGGTAACCGCA---
tdbD5842|Chlamydophila_pneumoniae_CWL029|115713|Ile|GAT                             GCGGTTATAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCGACACTGATAATGTCGAGGTCCCAAGTTCAAGTCTTGGTAACCGCA---
tdbD5857|Chlamydophila_pneumoniae_J138|138677|Ile|GAT                               GCGGTTATAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCGACACTGATAATGTCGAGGTCCCAAGTTCAAGTCTTGGTAACCGCA---
tdbD5943|Chlorobium_tepidum_TLS|194439|Ile|GAT                                      GGGCCTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCAGTGGTTCAAATCCACTCAGGCCCACCA
tdbD5879|Clostridium_perfringens_str._13|195102|Ile|GAT                             GGGTCTATAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGACCCACCA
tdbD5975|Clostridium_tetani_E88|212717|Ile|GAT                                      GGGCTTATAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAAGCCCACCA
tdbD6003|Corynebacterium_diphtheriae_NCTC_13129|257309|Ile|GAT                      GGGCCTATAGCTCAGTC-GGTT-AGAGCGCATCGCTGATAACGATGAGGTCGCAAGTTCGATTCTTGCTAGGCCCACCA
tdbD5964|Corynebacterium_efficiens_YS-314|196164|Ile|GAT                            GGGCCTATAGCTCAGTC-GGTT-AGAGCGCATCGCTGATAACGATGAGGTCGCAAGTTCGATTCTTGCTAGGCCCACCA
tdbD5949|Corynebacterium_glutamicum_ATCC_13032|196627|Ile|GAT                       GGGCCTATAGCTCAGTC-GGTT-AGAGCGCATCGCTGATAACGATGAGGTCGCAAGTTCGATTCTTGCTAGGCCCACCA
tdbD5987|Coxiella_burnetii_RSA_493|227377|Ile|GAT                                   GGGTCTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCACACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGAAGTTCAAATCTTCCCAGACCCACCA
tdbD5867|Deinococcus_radiodurans_R1|243230|Ile|GAT                                  GCGAGTGTAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCCCCAGTTCAAGTCTGGGCATTCGCACCA
tdbD6027|Desulfovibrio_vulgaris_subsp._vulgaris_str._Hildenborough|882|Ile|GAT      GGGCCTGTAGCTCAGGT-GGCT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGAAGTTCAAGTCTTCCCAGGCCCACCA
tdbD5976|Enterococcus_faecalis_V583|226185|Ile|GAT                                  GGGCCTATAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGGCCCA---
tdbD5990|Escherichia_coli_CFT073|199310|Ile|GAT                                     AGGCTTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCA
tdbD5858|Escherichia_coli_K12|83333|Ile|GAT                                         AGGCTTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCA
tdbD5859|Escherichia_coli_O157:H7|83334|Ile|GAT                                     AGGCTTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCA
tdbD5860|Escherichia_coli_O157:H7_EDL933|155864|Ile|GAT                             AGGCTTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCA
tdbD5944|Fusobacterium_nucleatum_subsp._nucleatum_ATCC_25586|190304|Ile|GAT         GCGTTTGTAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCACACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAAACGCACCA
tdbD6012|Geobacter_sulfurreducens_PCA|243231|Ile|GAT                                GGGCTTGTAGCTCAGTT-GGCT-AGAGCACACGACTGATAATCGTGAGGTCGCTGGTTCGAGTCCAGCCAGGCCCACCA
tdbD1133|Gluconacetobacter_europaeus|33995|Ile|GAT                                  GGGCTAGTATCTCAGTT-GGTT-AGAGCACACGCTTGATAAGCGTGGGGTCGGCGGTTCAACTCCTCCCTGGCCCACCA
tdbD1135|Gluconacetobacter_hansenii|436|Ile|GAT                                     GGGCTAGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCACACGCTTGATAAGCGTGGGGTCGGAGGTTCAAGTCCTCCCTGGCCCACCA
tdbD1138|Gluconacetobacter_liquefaciens|89584|Ile|GAT                               GGGCTAGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCACACGCTTGATAAGCGTGGGGTCGGAGGTTCAAGTCCTCCCTGGCCCACCA
tdbD1142|Gluconacetobacter_xylinus|28448|Ile|GAT                                    GGGCTAGTAGCTCATGT-GGTT-AGAGCACACGCTTGATAAGCGTGGGGTCGGAGGTTCAAGTCCTCCCTGGCCCACCA
tdbD1149|Gluconobacter_oxydans|442|Ile|GAT                                          GGGCTAGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCACACGCTTGATAAGCGTGGGGTCGGAGGTTCAAGTCCTCCCTGGCCCACCA
tdbD5863|Haemophilus_influenzae_Rd_KW20|71421|Ile|GAT                               GGGTCTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGACCCACCA
tdbD5861|Helicobacter_pylori_26695|85962|Ile|GAT                                    GGGCTTATAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGAGGTTCAACTCCTCCTAAGCCCACCA
tdbD5862|Helicobacter_pylori_J99|85963|Ile|GAT                                      GGGCTTATAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGAGGTTCAACTCCTCCTAAGCCCACCA
tdbD1158|Lactobacillus_casei|1582|Ile|GAT                                           GGGCCTATAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCACGCTTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCAAGTCCATCTAGGCCCA---
tdbD1160|Lactobacillus_curvatus|28038|Ile|GAT                                       GGGCCTATAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCACGCTTGATCCGCGTGAGGTCGATGGTTCAAGTCCATCTAGGCCCA---
tdbD1151|Lactobacillus_delbrueckii_subsp._bulgaricus|1585|Ile|GAT                   GGGCCTGTAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACGCTTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCAAGTCCATCCAGGCCCA---
tdbD1162|Lactobacillus_helveticus|1587|Ile|GAT                                      GGGCCTATAGCTCAGCT-GGTTTAGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCAAGTCCATTTAGGCCCA---
tdbD6013|Lactobacillus_johnsonii_NCC_533|257314|Ile|GAT                             GGGCCTATAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCAAGTCCATTTAGGCCCA---
tdbD5977|Lactobacillus_plantarum_WCFS1|220668|Ile|GAT                               GGGCCTATAGCTCAGCT-GGTTTAGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCAAGTCCATTTAGGCCCA---
tdbD1153|Lactococcus_lactis|1358|Ile|GAT                                            GGGAGTTTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCACTGTGTTGATAACGCAGGGGTCCCAGGTTCGAATCCTGGAATTCCCA---
tdbD6014|Leifsonia_xyli_subsp._xyli_str._CTCB07|281090|Ile|GAT                      GGGGATATAGCTCAGGC-GGTT-AGAGCGCTTCGCTGATAACGAAGAGGTCCGAGGTTCAAGTCCTCGTATCCCCACCA
tdbD5965|Leptospira_interrogans_serovar_Lai_str._56601|189518|Ile|GAT               GGGCCTGTAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCACACGCTTGATAAGCGTGGGGTCATGTGTTCAAATCACATCAGGCCCA---
tdbD5877|Listeria_innocua_Clip11262|272626|Ile|GAT                                  GGGCCTATAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGGCCCA---
tdbD5878|Listeria_monocytogenes_EGD-e|169963|Ile|GAT                                GGGCCTATAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGGCCCA---
tdbD6028|Listeria_monocytogenes_str._4b_F2365|265669|Ile|GAT                        GGGCCTATAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGGCCCA---
tdbD6029|Mesoplasma_florum_L1|265311|Ile|GAT                                        CGGAATATAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCACTCCGCTGATAACGGAGAGGTCGTTGGTTCAAGTCCAATTATTCCGACCA
tdbD5888|Mesorhizobium_loti_MAFF303099|266835|Ile|GAT                               GGGCTTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCGCGCTTGATAAGCGTGAGGTCGGAGGTTCAAGTCCTCCCAGGCCCACCA
tdbD5985|Mycobacterium_bovis_AF2122/97|233413|Ile|GAT                               GGGCCTATAGCTCAGGC-GGTT-AGAGCGCTTCGCTGATAACGAAGAGGTCGGAGGTTCGAGTCCTCCTAGGCCCA---
tdbD5855|Mycobacterium_leprae_TN|272631|Ile|GAT                                     GGGCCTATAGCTCAGGC-GGTT-AGAGCACTTCGCTGATAACGAAGAGGTCGGAGGTTCGAGTCCTCCTAGGCCCA---
tdbD5848|Mycobacterium_tuberculosis_CDC1551|83331|Ile|GAT                           GGGCCTATAGCTCAGGC-GGTT-AGAGCGCTTCGCTGATAACGAAGAGGTCGGAGGTTCGAGTCCTCCTAGGCCCA---
tdbD6005|Mycobacterium_tuberculosis_H37Rv|83332|Ile|GAT                             GGGCCTATAGCTCAGGC-GGTT-AGAGCGCTTCGCTGATAACGAAGAGGTCGGAGGTTCGAGTCCTCCTAGGCCCA---
tdbD1128|Mycoplasma_capricolum|2095|Ile|CAT                                         GGACCTTTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCATCCGGCTCATAACCGGACGGTCATTGGTTCAAGTCCAATAAGGTCCACCA
tdbD5984|Mycoplasma_gallisepticum_R|233150|Ile|GAT                                  GGAAGTATAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCACACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGATGGTTCAAGTCCATTTACTTCCACCA
tdbD5868|Mycoplasma_genitalium_G37|243273|Ile|GAT                                   GGAAGTATAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCACACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGATGGTTCAAGTCCATTTACTTCCACCA
tdbD1134|Mycoplasma_mycoides|2102|Ile|CAT                                           GGACCTTTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCATCCGGCTCATAACCGGACGGTCATTGGTTCAAGTCCAATAAGGTCCACCA
tdbD5869|Mycoplasma_pneumoniae_M129|272634|Ile|GAT                                  GGAAGTATAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCACACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGATGGTTCAAGTCCATTTACTTCCACCA
tdbD5895|Mycoplasma_pulmonis_UAB_CTIP|272635|Ile|GAT                                GGGAGCATAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCACACGACTGATAATCGTGAGGTCGATGGTTCAAGTCCATTTGTTCCCACCA
tdbD1167|Mycoplasma_sp.|2108|Ile|GAT                                                GGGCCTATAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCACACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCGCTTAGGCCCACCA
tdbD5850|Neisseria_meningitidis_MC58|122586|Ile|GAT                                 GGGTTTGTAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCACACGCTTGATAAGCGTGGGGTCGGAGGTTCAAGTCCTCCCAGACCCACCA
tdbD5852|Neisseria_meningitidis_Z2491|122587|Ile|GAT                                GGGTTTGTAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCACACGCTTGATAAGCGTGGGGTCGGAGGTTCAAGTCCTCCCAGACCCACCA
tdbD5996|Nitrosomonas_europaea_ATCC_19718|228410|Ile|GAT                            GGGTCTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCACACGCTTGATAAGCGTGGGGTCGGTGGTTCAAATCCACCCAGACCCACCA
tdbD5894|Nostoc_sp._PCC_7120|103690|Ile|GAT                                         GGGCTATTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCCCTGGTTCGAGTCCAGGATGGCCCA---
tdbD5966|Oceanobacillus_iheyensis_HTE831|221109|Ile|GAT                             GGGCCTGTAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCAGGCCCACCA
tdbD1185|Ochrobactrum_anthropi|529|Ile|GAT                                          GGGCTTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCACACGCTTGATAAGCGTGGGGTCGGAGGTTCAAGTCCTCCCAGGCCCACCA
tdbD6004|Onion_yellows_phytoplasma_OY-M|262768|Ile|GAT                              GGGCCTATAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCACACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCATTTAGGCCCACCA
tdbD5870|Pasteurella_multocida_subsp._multocida_str._Pm70|272843|Ile|GAT            GGGTCTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGACCCACCA
tdbD6006|Photorhabdus_luminescens_subsp._laumondii_TTO1|243265|Ile|GAT              AGGCTTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCA
tdbD1168|Phytoplasma_sp.|2155|Ile|GAT                                               GGGCCTATAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCACACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCATTTAGGCCCACCA
tdbD6015|Porphyromonas_gingivalis_W83|242619|Ile|GAT                                AGTCCTATAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCTACACTGATAATGTAGAGGTCGGCAGTTCAACTCTGCCTGGGACTA---
tdbD1170|Prevotella_ruminicola|839|Ile|GAT                                          AGGCTTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCA
tdbD6030|Propionibacterium_acnes_KPA171202|267747|Ile|GAT                           GGGCCTATAGCTCAGTC-GGTT-AGAGCGCCGCCCTGATAAGGCGGAGGTCACTGGTTCAAGTCCAGTTAGGCCCA---
tdbD5872|Pseudomonas_aeruginosa_PAO1|208964|Ile|GAT                                 GGGTCTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCCAGACCCACCA
tdbD1175|Pseudomonas_fluorescens|294|Ile|GAT                                        GGGTCTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCCAGACCCACCA
tdbD1178|Pseudomonas_mendocina|300|Ile|GAT                                          AGGTCTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCA
tdbD1187|Pseudomonas_pseudoalcaligenes|330|Ile|GAT                                  GGGTCTGTAGCTCAGTC-GGTT-AGAGCACCGTCTTGATAAGGCGGGGGTCGTTGGTTCGAATCCAACCAGACCCACCA
tdbD5998|Pseudomonas_syringae_pv._tomato_str._DC3000|223283|Ile|GAT                 GGGTCTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCGAATCTGCCCAGACCCACCA
tdbD1186|Ralstonia_pickettii|329|Ile|GAT                                            GGGTCTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCACCGTCTTGATAAGGCGGGGGTCGTAGGTTCAAGTCCTACCAGACCCACCA
tdbD5892|Ralstonia_solanacearum_GMI1000|267608|Ile|GAT                              GGGTCTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCACCGTCTTGATAAGGCGGGGGTCGTAGGTTCAAGTCCTACCAGACCCACCA
tdbD5994|Rhodopirellula_baltica_SH_1|243090|Ile|GAT                                 GGGCGTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCGTCGCTGATAACGACGAGGTCCCAGATTCGAGTTCTGGCACGCCCA---
tdbD6007|Rhodopseudomonas_palustris_CGA009|258594|Ile|GAT                           GGGCTTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCGCGCTTGATAAGCGTGAGGTCGGAAGTTCAAGTCTTCCCAGGCCCACCA
tdbD1159|Rhodothermus_marinus|29549|Ile|GAT                                         GGGGCTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCAACTCCACCCAGCCCCA---
tdbD5884|Rickettsia_conorii_str._Malish_7|272944|Ile|GAT                            GGGTTTGTAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCACACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGAAGTTCAAGTCTTCTCAAACCCACCA
tdbD5948|Rickettsia_prowazekii_str._Madrid_E|272947|Ile|GAT                         GGGTTTGTAGCTCAGAT-GGTT-AGAGCACACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGAAGTTCAAGTCTTCTCAAACCCACCA
tdbD6016|Rickettsia_typhi_str._Wilmington|257363|Ile|GAT                            GGGTTTGTAGCTCAGAT-GGTT-AGAGCACACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGAAGTTCAAGTCTTCTCAAACCCACCA
tdbD5897|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhi_str._CT18|220341|Ile|GAT AGGCTTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCA
tdbD5992|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhi_str._Ty2|209261|Ile|GAT  AGGCTTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCA
tdbD1190|Salmonella_enteritidis|592|Ile|GAT                                         AGGCTTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCA
tdbD5890|Salmonella_typhimurium_LT2|99287|Ile|GAT                                   AGGCTTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCA
tdbD5968|Shewanella_oneidensis_MR-1|211586|Ile|GAT                                  GGGTCTGTAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCTGACCCACCA
tdbD5969|Shigella_flexneri_2a_str._301|198214|Ile|GAT                               AGGCTTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCA
tdbD5898|Sinorhizobium_meliloti_1021|266834|Ile|GAT                                 GGGCCCGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGCAGTTCGAGTCTGCCCGGGCCCACCA
tdbD1143|Spiroplasma_melliferum|2134|Ile|CAT                                        GGACCCTTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCATCCGGCTCATAACCGGATGGTCACTGGTTCAAGTCCAGTAGGGTCCACCA
tdbD6008|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_MRSA252|282458|Ile|GAT                 GGGCCTATAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTTAGGCCCACCA
tdbD5950|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_MW2|196620|Ile|GAT                     GGGCCTATAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTTAGGCCCACCA
tdbD5854|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_N315|158879|Ile|GAT                    GGGCCTATAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTTAGGCCCACCA
tdbD5980|Staphylococcus_epidermidis_ATCC_12228|176280|Ile|GAT                       GGGCCTATAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTTAGGCCCACCA
tdbD1191|Stenotrophomonas_maltophilia|40324|Ile|GAT                                 GGGTCTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCCACCCTGATAAGGTGGAGGTCGGTAGTTCGAGTCTACCCAGACCCACCA
tdbD5970|Streptococcus_agalactiae_2603V/R|208435|Ile|GAT                            GGGCGCGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGTGCCCA---
tdbD5951|Streptococcus_agalactiae_NEM316|211110|Ile|GAT                             GGGCGCGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGTGCCCA---
tdbD5971|Streptococcus_mutans_UA159|210007|Ile|GAT                                  GGGCGCGTAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGTGCCCA---
tdbD5883|Streptococcus_pneumoniae_TIGR4|170187|Ile|GAT                              GGGCGCGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGTGCCCA---
tdbD5881|Streptococcus_pyogenes_M1_GAS|160490|Ile|GAT                               GGGCGCGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGTGCCCA---
tdbD5952|Streptococcus_pyogenes_MGAS315|198466|Ile|GAT                              GGGCGCGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGTGCCCA---
tdbD5986|Streptococcus_pyogenes_SSI-1|193567|Ile|GAT                                GGGCGCGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGTGCCCA---
tdbD5991|Streptomyces_avermitilis_MA-4680|227882|Ile|GAT                            GGGGCTATAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCATCCCTGATAAGGATGAGGCCACAGGTTCAAATCCTGTTAGCCCCACCA
tdbD5967|Streptomyces_coelicolor_A3(2)|100226|Ile|GAT                               GGGGCTATAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCATCCCTGATAAGGATGAGGCCACAGGTTCAAATCCTGTTAGCCCCACCA
tdbD6017|Symbiobacterium_thermophilum_IAM_14863|292459|Ile|GAT                      GCGAGGGTAGCTCAGTA-GGCC-AGAGCACTCGGCTGATAACCGAGAGGTCCCGGGTTCGAATCCCGGCCCTCGCACCA
tdbD1193|Synechococcus_elongatus_PCC_6301|269084|Ile|GAT                            GGGCTATTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCCCTGGTTCAAGTCCAGGATGGCCCA---
tdbD5873|Synechocystis_sp._PCC_6803|1148|Ile|GAT                                    GGGCTATTAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCTCTGGTTCAAGTCCAGAATGGCCCA---
tdbD5955|Thermoanaerobacter_tengcongensis_MB4|273068|Ile|GAT                        GGGCTTATAGCTCAGTT-GGTC-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAATCCATCTAAGCCCACCA
tdbD5953|Thermosynechococcus_elongatus_BP-1|197221|Ile|GAT                          GGGCTATTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCCCTGGTTCGAGTCCAGGATGGCCCA---
tdbD5874|Thermotoga_maritima_MSB8|243274|Ile|GAT                                    GGGCTCGTAGCTCAGTC-GGTC-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACCCGAGCCCACCA
tdbD6031|Thermus_thermophilus_HB27|262724|Ile|GAT                                   GGGCGATTAGCTCAGCT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACCATCGCCCACCA
tdbD6032|Treponema_denticola_ATCC_35405|243275|Ile|GAT                              GGGCCTGTAGCTCAGTC-GGTT-AGAGCACTTCTCTGATAAGGAAGGGGTCATTAGTTCAACTCTAATCAGGCCCA---
tdbD5871|Treponema_pallidum_subsp._pallidum_str._Nichols|243276|Ile|GAT             GGGCTTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCACTTCTCTGATAAGGAAGGGGTCATTAGTTCAACTCTAATCAAGCCCA---
tdbD1166|Trichodesmium_sp.|1207|Ile|GAT                                             GGGCTATTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCCCTGGTTCAAGTCCAGGATAGCCCA---
tdbD5981|Tropheryma_whipplei_str._Twist|203267|Ile|GAT                              GGGGTTATAGCTCAGAT-GGTT-AGAGCGCTTCACTGATAATGAAGAGGCCCCAGGTTCAAGTCCTGGTAACCCCA---
tdbD5982|Tropheryma_whipplei_TW08/27|218496|Ile|GAT                                 GGGGTTATAGCTCAGAC-GGTT-AGAGCGCTTCACTGATAATGAAGAGGCCCCAGGTTCAAGTCCTGGTAACCCCA---
tdbD5856|Ureaplasma_parvum_serovar_3|38504|Ile|GAT                                  GGAAGTATAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCACACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCGAGCCCACTTATTTCCACCA
tdbD5853|Vibrio_cholerae_O1_biovar_El_Tor_str._N16961|243277|Ile|GAT                GGGTCTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGTACGCCTGATAAGCGTAAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCAGACCCACCA
tdbD6033|Wolbachia_endosymbiont_of_Drosophila_melanogaster|163164|Ile|GAT           GGGTCTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGGAGGTTCAACTCTTCCCAGACCCACCA
tdbD5957|Xanthomonas_axonopodis_pv._citri_str._306|190486|Ile|GAT                   GGGTCTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCTCCCAGACCCACCA
tdbD5956|Xanthomonas_campestris_pv._campestris_str._ATCC_33913|190485|Ile|GAT       GGGTCTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTAGTTCGAGTCTACCCAGACCCACCA
tdbD5875|Xylella_fastidiosa_9a5c|160492|Ile|GAT                                     GGGTCTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCTCCCAGACCCACCA
tdbD5983|Xylella_fastidiosa_Temecula1|183190|Ile|GAT                                GGGTCTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCTCCCAGACCCACCA
tdbD6020|Yersinia_pestis_biovar_Microtus_str._91001|229193|Ile|GAT                  GGGTCTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGACCCACCA
tdbD5889|Yersinia_pestis_CO92|214092|Ile|GAT                                        GGGTCTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGACCCACCA
tdbD5960|Yersinia_pestis_KIM|187410|Ile|GAT                                         GGGTCTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGACCCACCA
tdbD6021|Yersinia_pseudotuberculosis_IP_32953|273123|Ile|GAT                        GGGTCTGTAGCTCAGGT-GGTT-AGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGACCCACCA
#=GC SS_cons                                                                        (((((((..((((...........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
#=GC SN                                                                             0000000..1111...........1111.22222.......22222.....33333.......333330000000....

#=GF CS                                                                             79 columns, 21 paired, 18 covariant; 4 stems
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