# STOCKHOLM 1.0          BACTERIAL Ala
#=GC CS                                                                             ...23553..2.22..........22.2.44436.......63444.....4532.........235435532......
#=GC BP                                                                             .+++++++..++++..........++++.+++++.......+++++.....+++++.......++++++++++++....
tdbD29|Acetobacter_aceti|435|Ala|TGC                                                -GGGGGCATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGGTCGTCGGTTCGAACCCGTCTGCCTCCACCA
tdbD36|Acholeplasma_laidlawii|2148|Ala|TGC                                          -GGGGCTTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGAT-CCGCTAAGCTCCACCA
tdbD63|Acidithiobacillus_ferrooxidans|920|Ala|TGC                                   -GGGGCTGTAGCTCAGTT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGGTCATCGGTTCGAGACCGGTCAGCTCCACCA
tdbD4078|Acinetobacter_sp._ADP1|62977|Ala|TGC                                       -GGGGACTTAGCTTAGTT-GGT-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGGAGTTCGACTCTCCTAGTCTCCACCA
tdbD71|Aeromonas_hydrophila|644|Ala|TGC                                             -GGGGCTATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCA
tdbD3787|Agrobacterium_tumefaciens_str._C58|176299|Ala|TGC                          -GGGGCTGTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTCAGCTCCACCA
tdbD3755|Aquifex_aeolicus_VF5|224324|Ala|TGC                                        -GGGGGTGTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCAAGCAGGAGGTCGTGGGTTCGAGTCCCACCACCTCC----
tdbD4012|Bacillus_anthracis_str._Ames|198094|Ala|TGC                                -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCA---
tdbD4032|Bacillus_anthracis_str._Sterne|260799|Ala|TGC                              -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCA---
tdbD4060|Bacillus_cereus_ATCC_10987|222523|Ala|TGC                                  -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCA---
tdbD3989|Bacillus_cereus_ATCC_14579|226900|Ala|TGC                                  -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCA---
tdbD3961|Bacillus_halodurans_C-125|272558|Ala|TGC                                   -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCA
tdbD3692|Bacillus_subtilis_subsp._subtilis_str._168|224308|Ala|TGC                  -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCA---
tdbD4079|Bacillus_thuringiensis_serovar_konkukian_str._97-27|281309|Ala|TGC         -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCA---
tdbD4007|Bacteroides_thetaiotaomicron_VPI-5482|226186|Ala|TGC                       -GGGGGATTAGCTCAGCT-GGCTAGAGCATCTGCCTTGCACGCAGAGGGTCAACGGTTCGAATCCGTTATTCTCCA---
tdbD25|Bartonella_elizabethae|807|Ala|TGC                                           -GGGGCCGTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGGTCGTCGGTTCGATCCCGTCCGGCTCCACCA
tdbD4013|Bartonella_henselae_str._Houston-1|283166|Ala|GGC                          -GGGGCTATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCA
tdbD4084|Bartonella_quintana_str._Toulouse|283165|Ala|GGC                           -GGGGCTATAGCTCAGTT-GGG-AGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCA
tdbD4016|Bdellovibrio_bacteriovorus_HD100|264462|Ala|TGC                            -GGGGGCATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCATCTGATTTGCATTCAGAAGGTCGCAGGTTCGATCCCTGTTGCCTCCACCA
tdbD3938|Bifidobacterium_longum_NCC2705|206672|Ala|TGC                              -GGGGCTATAGCGCAGCT-GGT-AGCGCATCTGCTTTGCAAGCAGAGGGTCGCCGGTTCGAACCCGGCTAGCTCCA---
tdbD44|Bordetella_sp.|28081|Ala|TGC                                                 -GGGGGTGTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCAAGCAGATGT-CATCGGTCAGATCCCGTTCACCTCCACCA
tdbD3727|Borrelia_burgdorferi_B31|224326|Ala|TGC                                    -GGGGGTTTAGCTCAGTT-GGCTAGAGCATCGGCTTTGCAAGCCGAGGGTCAAGGGTTCGAGTCCCTTAACCTCCA---
tdbD4033|Borrelia_garinii_PBi|290434|Ala|TGC                                        -GGGGGTTTAGCTCAGTT-GGCTAGAGCATCGGCTTTGCAAGCCGAGGGTCAAGGGTTCGAGTCCCTTAACCTCCA---
tdbD3963|Bradyrhizobium_japonicum_USDA_110|224911|Ala|GGC                           -GGGGCCATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGGCGGTTCGATCCCGCCTGGCTCCACCA
tdbD83|Brucella_abortus|235|Ala|TGC                                                 -GGGGCCGTAGCTCAGCT-GG--AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGGTCGTCGGTTCGATCCCGTCCGGCTCCACCA
tdbD3769|Brucella_melitensis_16M|224914|Ala|CGC                                     -GGGGCTGTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCGTCGTTCGCAATGACGAGGTCAGGGGTTCGATCCCCCTCAGCTCCACCA
tdbD3941|Brucella_suis_1330|204722|Ala|GGC                                          -GGGGCCATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCA
tdbD3694|Buchnera_aphidicola_str._APS_(Acyrthosiphon_pisum)|107806|Ala|GGC          -GGGGCTATAGCTCATTT-GGT-AGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGATGTCAGCGGTTCGATTCCGCTTAGCTCCA---
tdbD3990|Buchnera_aphidicola_str._Bp_(Baizongia_pistaciae)|224915|Ala|GGC           -GGGGTTATAGCTCAATT-GGT-AGAGCGTTTGCATGGCATGCAAAGGGTTAGCGGTTCAAATCCGCTTAACTCCA---
tdbD3903|Buchnera_aphidicola_str._Sg_(Schizaphis_graminum)|198804|Ala|TGC           -GGGGCTATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCAATCCCGCTTAGCTCCA---
tdbD73|Burkholderia_cepacia|292|Ala|TGC                                             -GGGGGCATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGT-CGTCGGTTCGATCCCGTCTGCCTCCACCA
tdbD75|Burkholderia_gladioli|28095|Ala|TGC                                          -GGGGGCATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGT-CGTCGGTTCGATCCCGTCTGCCTCCACCA
tdbD77|Burkholderia_mallei|13373|Ala|TGC                                            -GGGGGCATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGT-CGTCGGTTCGATCCCGTCTGCCTCCACCA
tdbD3729|Campylobacter_jejuni_subsp._jejuni_NCTC_11168|192222|Ala|TGC               -GGGGAATTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTATTCTCCACCA
tdbD4086|Candidatus_Blochmannia_floridanus|203907|Ala|TGC                           -GGGGCTATAGCTCAATT-GGG-AGAGCATCTGTTTTGCACACAGAAGGTTAGCGGTTCGATTCCGCTTAGCTCCA---
tdbD4023|Candidatus_Protochlamydia_amoebophila_UWE25|264201|Ala|GGC                 -GGGGCGTTAGCTCAGTT-GGT-AGAGCGCAACAATGGCATTGTTGAGGTCAACGGTTCGACTCCGTTACGCTCCA---
tdbD3732|Caulobacter_crescentus_CB15|190650|Ala|TGC                                 -GGGGCCATAGCTCAGTT-GGT-AGAGCGCCTGCTTTGCAAGCAGGATGTCGTCGGTTCGAATCCGTCTGGCTCCACCA
tdbD3763|Chlamydia_muridarum_Nigg|243161|Ala|TGC                                    -GGGGACTTAGCTTAGTT-GGT-AGAGCGTCTGATTTGCATTCAGAAGGTCAGGAGTTCGAATCTCCTAGTCTCCA---
tdbD3688|Chlamydia_trachomatis_D/UW-3/CX|272561|Ala|TGC                             -GGGGACTTAGCTTAGTT-GGT-AGAGCATCTGATTTGCATTCAGAAGGTCAGGAGTTCGAATCTCCTAGTCTCCA---
tdbD3684|Chlamydophila_pneumoniae_AR39|115711|Ala|TGC                               -GGGGACTTAGCTTAGTT-GGT-AGAGCGTCTGATTTGCATTCAGAAGGTCAGGAGTTCGAATCTCCTAGTCTCCA---
tdbD3686|Chlamydophila_pneumoniae_CWL029|115713|Ala|TGC                             -GGGGACTTAGCTTAGTT-GGT-AGAGCGTCTGATTTGCATTCAGAAGGTCAGGAGTTCGAATCTCCTAGTCTCCA---
tdbD3714|Chlamydophila_pneumoniae_J138|138677|Ala|TGC                               -GGGGACTTAGCTTAGTT-GGT-AGAGCGTCTGATTTGCATTCAGAAGGTCAGGAGTTCGAATCTCCTAGTCTCCA---
tdbD3896|Chlorobium_tepidum_TLS|194439|Ala|TGC                                      -GGGGCTTTAGCTCAGTT-GGT-AGAGCATCTGCTTTGCAAGCAGAGGGTCAACGGTTCGAGTCCGTTAAGCTCCA---
tdbD3766|Clostridium_acetobutylicum_ATCC_824|272562|Ala|TGC                         -GGGGGATTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCCTTGCACGCAGGGGGTCAAGAGTTCGAATCTCTTATTCTCCACCA
tdbD3761|Clostridium_perfringens_str._13|195102|Ala|TGC                             -GGGGGTATAGCTCAGTT-GGG-AGAGCACCTGCCTTGCACGCAGGGGGTCAGGAGTTCGAATCTCCTTACCTCCACCA
tdbD3966|Clostridium_tetani_E88|212717|Ala|TGC                                      -GGGGGTATAGCTCAGTT-GGG-AGAGCACCTGCCTTGCAAGCAGGGGGTCAGGAGTTCGAATCTCCTTATCTCCACCA
tdbD4017|Corynebacterium_diphtheriae_NCTC_13129|257309|Ala|TGC                      -GGGGCATTAGCTCAATT-GGT-AGAGCATCTGCTTTGCAAGCAGAAGGTCAGGAGTTCGATTCTCCTATGCTCCA---
tdbD3942|Corynebacterium_efficiens_YS-314|196164|Ala|TGC                            -GGGGCATTAGCTCAGTT-GGT-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGATGTCAGGAGTTCGATTCTCCTATGCTCCA---
tdbD3906|Corynebacterium_glutamicum_ATCC_13032|196627|Ala|TGC                       -GGGGCATTAGCTCAGTT-GGT-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGATGTCAGGAGTTCGATTCTCCTATGCTCCA---
tdbD3986|Coxiella_burnetii_RSA_493|227377|Ala|GGC                                   -GGGGCTATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCA---
tdbD3735|Deinococcus_radiodurans_R1|243230|Ala|TGC                                  -GGGGGCTTAGCTCAGC--GGG-AGAGCATCCGCTTTGCAAGCGGAGGGTCTAGGGTTCGAATCCCTAAGCCTCCACCA
tdbD4061|Desulfovibrio_vulgaris_subsp._vulgaris_str._Hildenborough|882|Ala|GGC      -GGGGCTGTAGCTCAGTT-GGG-AGAGCGCTTGAATGGCATTCAAGAGGTCAGGAGTTCAATTCTCCTCAGCTCCACCA
tdbD3967|Enterococcus_faecalis_V583|226185|Ala|TGC                                  -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCA---
tdbD48|Enterococcus_hirae|1354|Ala|TGC                                              -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCA---
tdbD3994|Escherichia_coli_CFT073|199310|Ala|TGC                                     -GGGGCTATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCA
tdbD3716|Escherichia_coli_K12|83333|Ala|TGC                                         -GGGGCTATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCA
tdbD3718|Escherichia_coli_O157:H7|83334|Ala|TGC                                     -GGGGCTATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCA
tdbD3720|Escherichia_coli_O157:H7_EDL933|155864|Ala|TGC                             -GGGGCTATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCA
tdbD3898|Fusobacterium_nucleatum_subsp._nucleatum_ATCC_25586|190304|Ala|TGC         -GGGGATATAGCTCAGTTTGGG-AGAGCGACGCACTTGCACTGCGTAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTATCTCCACCA
tdbD4034|Geobacter_sulfurreducens_PCA|243231|Ala|CGC                                -GGGGACGTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGATGCGTTCGCAACGCATAGGTCGAGGGTTCGATCCCCTTCGTCTCCACCA
tdbD30|Gluconacetobacter_europaeus|33995|Ala|TGC                                    -GGGGGCGTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGGTCGTCGGTTCGATCCCGTCCGCCTCCACCA
tdbD32|Gluconacetobacter_hansenii|436|Ala|TGC                                       -GGGGGCGTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGGTCGTCGGTTCGATCCCGTCCGCCTCCACCA
tdbD34|Gluconacetobacter_liquefaciens|89584|Ala|TGC                                 -GGGGGCGTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGGTCGTCGGTTCGAACCCGTCCGCCTCCACCA
tdbD38|Gluconacetobacter_xylinus|28448|Ala|TGC                                      -GGGGGCGTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGGTCGTCGGTTCGATCCCGTCCGCCTCCACCA
tdbD47|Gluconobacter_oxydans|442|Ala|TGC                                            -GGGGGCATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGGTCGTCGGTTCGAACCCGTCTGCCTCCACCA
tdbD3682|Haemophilus_influenzae_Rd_KW20|71421|Ala|TGC                               -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCA---
tdbD3981|Helicobacter_hepaticus_ATCC_51449|235279|Ala|GGC                           -GGGGTGTTAGCTCAGTT-GGG-AGAGCGCAACGCTGGCAGCGTTGAGGTCAGGGGTTCGAACCCCCTACACTCCACCA
tdbD3722|Helicobacter_pylori_26695|85962|Ala|TGC                                    -GGGGAATTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTATTCTCCACCA
tdbD3724|Helicobacter_pylori_J99|85963|Ala|TGC                                      -GGGGAATTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTATTCTCCACCA
tdbD59|Lactobacillus_acidophilus|1579|Ala|TGC                                       -GGGGGCTTAGCTCAGTT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCATCGGTTCGAACCCGTTAGCCTCCA---
tdbD60|Lactobacillus_casei|1582|Ala|TGC                                             -GGGGGATTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCAAGCAGGAGGTCATCGGTTCGATCCCGTTATCCTCCA---
tdbD62|Lactobacillus_curvatus|28038|Ala|TGC                                         -GGGGGATTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCAAGCAGGAGGTCATCGGTTCGATCCCGTTATCCTCCA---
tdbD50|Lactobacillus_delbrueckii_subsp._bulgaricus|1585|Ala|TGC                     -GGGGGCATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGAGGTCATCGGTTCGATCCCGTTTGCCTCCA---
tdbD64|Lactobacillus_helveticus|1587|Ala|TGC                                        -GGGGGCTTAGCTCAGTT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCATCGGTTCGAACCCGTTAGCCTCCA---
tdbD4037|Lactobacillus_johnsonii_NCC_533|257314|Ala|TGC                             -GGGGGCTTAGCTCAGAT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCATCGGTTCGATCCCGTTAGCCTCCA---
tdbD3969|Lactobacillus_plantarum_WCFS1|220668|Ala|CGC                               -GGGCCCTTAGCTCAGTT-GGG-AGAGCGCCTGCTTCGCATGCAGGAGGTCGTCGGTTCAAATCCGGTAGGGTCCA---
tdbD55|Lactococcus_lactis|1358|Ala|TGC                                              -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCA---
tdbD4038|Leifsonia_xyli_subsp._xyli_str._CTCB07|281090|Ala|TGC                      -GGGGCCTTAGCTCAGTT-GGT-AGAGCGCCTGCTTTGCAAGCAGGATGTCAGGAGTTCGAATCTCCTAGGCTCCA---
tdbD3944|Leptospira_interrogans_serovar_Lai_str._56601|189518|Ala|GGC               -GGGGACGTAGCTCAGTT-GGG-AGAGCATTTGAATGGCATTCAAAAGGTCGGGGGTTCGATTCCCCTCGTCTCCA---
tdbD65|Leuconostoc_lactis|1246|Ala|TGC                                              -GGGGAATTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTATTCTCCA---
tdbD68|Leuconostoc_mesenteroides|1245|Ala|TGC                                       -GGGGAATTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTATTCTCCA---
tdbD3758|Listeria_innocua_Clip11262|272626|Ala|TGC                                  -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCA
tdbD3760|Listeria_monocytogenes_EGD-e|169963|Ala|TGC                                -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCA---
tdbD4065|Listeria_monocytogenes_str._4b_F2365|265669|Ala|TGC                        -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCA---
tdbD4066|Mesoplasma_florum_L1|265311|Ala|TGC                                        -GGGCCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCCTTGCACGCAGGGGGTCGTCGGTTCGATCCCGATAGGGTCCACCA
tdbD3773|Mesorhizobium_loti_MAFF303099|266835|Ala|GGC                               -GGGGCCATAGCTCAGTT-GGG-AGAGCGCTTGAATGGCATTCAAGAGGTCGTCGGTTCGATTCCGATTGGCTCCACCA
tdbD3982|Mycobacterium_bovis_AF2122/97|233413|Ala|TGC                               -GGGGCCTTAGCTCAGTT-GGT-AGAGCACTGCCTTTGCAAGGCAGGGGTCAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGCTCCA---
tdbD3711|Mycobacterium_leprae_TN|272631|Ala|TGC                                     -GGGGCCTTAGCTCAGTC-GGT-AGAGCACTGCCTTTGCAAGGCAGATGTCAGGGGTTCGATTCCCCTAGGCTCCA---
tdbD3698|Mycobacterium_tuberculosis_CDC1551|83331|Ala|TGC                           -GGGGCCTTAGCTCAGTT-GGT-AGAGCACTGCCTTTGCAAGGCAGGGGTCAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGCTCCA---
tdbD4020|Mycobacterium_tuberculosis_H37Rv|83332|Ala|TGC                             -GGGGCCTTAGCTCAGTT-GGT-AGAGCACTGCCTTTGCAAGGCAGGGGTCAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGCTCCA---
tdbD27|Mycoplasma_capricolum|2095|Ala|TGC                                           -GGGCCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCCTTGCACGCAGGGGGTCGACGGTTCGATCCCGTTAGGGTCCACCA
tdbD3980|Mycoplasma_gallisepticum_R|233150|Ala|TGC                                  -GGGGACGTAGCTCAATT-GAT-AGAGCACCTGATTTGCACTCAGGAGGTCGAGGGTTTGACCCCCTTCGTCTCCACCA
tdbD3736|Mycoplasma_genitalium_G37|243273|Ala|TGC                                   -GGGGATGTAGCTCAACT-GAT-AGAGCACCTGATTTGCACTCAGGAGGTTGAGGGTTTGAGACCCTTCATCTCCACCA
tdbD31|Mycoplasma_mycoides|2102|Ala|TGC                                             -GGGCCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCCTTGCACGCAGGGGGTCGACGGTTCGATCCCGTTAGGGTCCACCA
tdbD3737|Mycoplasma_pneumoniae_M129|272634|Ala|TGC                                  -GGGGATGTAGCTCAACT-GAT-AGAGCACCTGATTTGCACTCAGGAGGTTGAGGGTTTGAGACCCTTCATCTCCACCA
tdbD3786|Mycoplasma_pulmonis_UAB_CTIP|272635|Ala|TGC                                -GGGGGGGTAGCTCACCT-GGCTAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTAGAGGGTTCGACTCCCTTCCTCTCCACCA
tdbD3699|Neisseria_meningitidis_MC58|122586|Ala|GGC                                 -GGGGGTATAGCTCAGTT-GGT-AGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTACCTCCACCA
tdbD3702|Neisseria_meningitidis_Z2491|122587|Ala|GGC                                -GGGGGTATAGCTCAGTT-GGT-AGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCAGCGGTTCGATTCCGCTTACCTCCACCA
tdbD4005|Nitrosomonas_europaea_ATCC_19718|228410|Ala|TGC                            -GGGGGTGTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGGTCATCGGTTCGATCCCGTTCACCTCCACCA
tdbD3783|Nostoc_sp._PCC_7120|103690|Ala|TGC                                         -GGGGGTTTAGCTCAGTT-GGT-AGAGCGCCTGCTTTGCAAGCAGGATGTCAGCGGTTCGAGTCCGCTAACCTCCA---
tdbD3947|Oceanobacillus_iheyensis_HTE831|221109|Ala|TGC                             -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCA---
tdbD85|Ochrobactrum_anthropi|529|Ala|TGC                                            -GGGGCCATAGCTCAGCTGGG--AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGGTCGTCGGTTCGATCCCGTCTGGCTCCACCA
tdbD4019|Onion_yellows_phytoplasma_OY-M|262768|Ala|TGC                              -GGGGCTTTAGCTCAGCT-GGA-AGAGCATCTGTCTTGCACACAGAAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAAGCTCCACCA
tdbD3739|Pasteurella_multocida_subsp._multocida_str._Pm70|272843|Ala|TGC            -GGGGATATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTATCTCCACCA
tdbD4024|Photorhabdus_luminescens_subsp._laumondii_TTO1|243265|Ala|TGC              -GGGGCTATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCA
tdbD4043|Porphyromonas_gingivalis_W83|242619|Ala|TGC                                -GGGGGATTAGCTCAGCT-GGATAGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGGTCATCGGTTCGAATCCGATATTCTCCA---
tdbD72|Prevotella_ruminicola|839|Ala|TGC                                            -GGGGCTATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCA
tdbD4067|Propionibacterium_acnes_KPA171202|267747|Ala|TGC                           -GGGGCATTGGCGCAGTT-GGT-AGCGCGGCTGCTTTGCAAGCAGTAGGTCAGGGGTTCGAGTCCCCTATGCTCCA---
tdbD3744|Pseudomonas_aeruginosa_PAO1|208964|Ala|TGC                                 -GGGGCCATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGGAGTTCGATCCTCCTTGGCTCCACCA
tdbD76|Pseudomonas_fluorescens|294|Ala|TGC                                          -GGGGCCATAGCTCAGCTGGGG-AGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAACGGTTCGATCCCGTTTGGCTCCACCA
tdbD79|Pseudomonas_mendocina|300|Ala|TGC                                            -CGGGCCATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCA
tdbD87|Pseudomonas_pseudoalcaligenes|330|Ala|TGC                                    -GGGGGCATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGT-CGTCGGTTCGATCCCGTCTGCCTCCACCA
tdbD4009|Pseudomonas_syringae_pv._tomato_str._DC3000|223283|Ala|TGC                 -GGGGCCATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCA
tdbD86|Ralstonia_pickettii|329|Ala|TGC                                              -GGGGGATTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGT-CGTCGGTTCGATCCCGTCATCCTCCACCA
tdbD3780|Ralstonia_solanacearum_GMI1000|267608|Ala|TGC                              -GGGTCTGTAGCTCAGGT-GGTTAGAGCACCGTCTTGATAAGGCGGGGGTCGTAGGTTCAAGTCCTACCAGACCCACCA
tdbD4002|Rhodopirellula_baltica_SH_1|243090|Ala|TGC                                 -GGGGGTATAGCTCAGTT-GGG-AGAGCGTCTGCTTTGCAAGCAGAATGTCGTCGGTTCGAGTCCGTCTACCTCCA---
tdbD4026|Rhodopseudomonas_palustris_CGA009|258594|Ala|GGC                           -GGGGCCATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGGCGGTTCGATCCCGCCTGGCTCCACCA
tdbD61|Rhodothermus_marinus|29549|Ala|TGC                                           -GGGGTTATAGCTCAGTT-GGT-AGAGCGCCGGCTTTGCAAGCCGGAGGTCGTCGGTTCGAATCCGACTAACTCCACCA
tdbD3768|Rickettsia_conorii_str._Malish_7|272944|Ala|TGC                            -GGGGGCATAGCTCAGG--GGT-AGAGCATCTGCTTTGCACGCAGAGGGTCAAGGGTTCGATTCCCTTTGCCTCCACCA
tdbD3904|Rickettsia_prowazekii_str._Madrid_E|272947|Ala|GGC                         -GGGGTCATAGCTCAGTT-GGT-AGAGTATTTGAATGGCATTCAAAAGGTTAGGGGTTCGATTCCCCTTGACTCCACCA
tdbD4045|Rickettsia_typhi_str._Wilmington|257363|Ala|TGC                            -GGGGGCATAGCTCAGG--GGT-AGAGCATCTGCTTTGCACGCAGAGTGTCAAGGGTTCGATTCCCTTTGCCTCCACCA
tdbD3790|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhi_str._CT18|220341|Ala|TGC -GGGGCTATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCA
tdbD3999|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhi_str._Ty2|209261|Ala|TGC  -GGGGCTATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCA
tdbD3777|Salmonella_typhimurium_LT2|99287|Ala|TGC                                   -GGGGCTATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCA
tdbD3954|Shewanella_oneidensis_MR-1|211586|Ala|GGC                                  -GGGGCTATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCA
tdbD3956|Shigella_flexneri_2a_str._301|198214|Ala|TGC                               -GGGGCTATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCA
tdbD3791|Sinorhizobium_meliloti_1021|266834|Ala|TGC                                 -GGGGCTGTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTCAGCTCCACCA
tdbD39|Spiroplasma_melliferum|2134|Ala|TGC                                          -GGGCCCGTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCCTTGCACGCAGGGGGTCGACGGTTCGATCCCGTTCGGGTCCACCA
tdbD4029|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_MRSA252|282458|Ala|TGC                 -GGGGGCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGTCTCCACCA
tdbD3908|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_MW2|196620|Ala|TGC                     -GGGGGCTTAGCTCAGCT-GGT-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGTCTCCACCA
tdbD3708|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_N315|158879|Ala|TGC                    -GGGGGCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGTCTCCACCA
tdbD3970|Staphylococcus_epidermidis_ATCC_12228|176280|Ala|TGC                       -GGGGGCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGTCTCCACCA
tdbD90|Stenotrophomonas_maltophilia|40324|Ala|TGC                                   -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGT-CGTCGGTTCGATCCCGACAGGCTCCACCA
tdbD3958|Streptococcus_agalactiae_2603V/R|208435|Ala|TGC                            -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCA---
tdbD3910|Streptococcus_agalactiae_NEM316|211110|Ala|TGC                             -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCA---
tdbD3959|Streptococcus_mutans_UA159|210007|Ala|TGC                                  -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCA---
tdbD3765|Streptococcus_pneumoniae_TIGR4|170187|Ala|TGC                              -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCA---
tdbD3764|Streptococcus_pyogenes_M1_GAS|160490|Ala|TGC                               -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCA---
tdbD3911|Streptococcus_pyogenes_MGAS315|198466|Ala|TGC                              -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCA---
tdbD3985|Streptococcus_pyogenes_SSI-1|193567|Ala|TGC                                -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCA---
tdbD95|Streptococcus_salivarius|1304|Ala|TGC                                        -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGGTGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCA---
tdbD3997|Streptomyces_avermitilis_MA-4680|227882|Ala|AGC                            -GGGGCTATAGCTCAGTT-GGT-AGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGGAGTTCAATTCTCCTTAGCTCCA---
tdbD3952|Streptomyces_coelicolor_A3(2)|100226|Ala|GGC                               -GGGGCTATAGCTCAGTT-GGT-AGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGGAGTTCAATTCTCCTTAGCTCCA---
tdbD4046|Symbiobacterium_thermophilum_IAM_14863|292459|Ala|GGC                      -GGGGCTATAGCTCAGTT-GGG-AGAGCGCTTGAATGGCATTCAAGAGGTCAGGGGTTCGAATCCCCTTAGCTCCACCA
tdbD91|Synechococcus_elongatus_PCC_6301|269084|Ala|TGC                              -GGGGGTTTAGCTCAGTT-GGT-AGAGCGCCTGCTTTGCAAGCAGGATGTCAGCGGTTCGAGTCCGCTAACCTCCACCA
tdbD3747|Synechocystis_sp._PCC_6803|1148|Ala|TGC                                    -GGGGGTTTAGCTCAGTT-GGT-AGAGCGCCTGCTTTGCAAGCAGGATGTCAGCGGTTCGAGTCCGCTAATCTCCA---
tdbD3919|Thermoanaerobacter_tengcongensis_MB4|273068|Ala|TGC                        -GGGGACGTAGCTCAGTT-GGG-AGAGCACCTGCCTTGCAAGCAGGGGGTCGGGAGTTCGAATCTCCTCGTCTCCACCA
tdbD3914|Thermosynechococcus_elongatus_BP-1|197221|Ala|TGC                          -GGGGGTATAGCTCAGTT-GGT-AGAGCACCTGCTTTGCACGCAGGGGGTCAGCGGTTCGAGTCCGCTTACCTCCA---
tdbD3750|Thermotoga_maritima_MSB8|243274|Ala|TGC                                    -GGGGACGTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCTTTGCAAGCAGGAGGTCAGGGGTTCGAATCCCCTCGTCTCCACCA
tdbD4072|Thermus_thermophilus_HB27|262724|Ala|CGC                                   -GGGGCCGTGGCGCAGTT-GGG-AGCGCGCCTGAATCGCACTCAGGAGGTCAGGGGTTCGAATCCCCTCGGCTCCACCA
tdbD4075|Treponema_denticola_ATCC_35405|243275|Ala|GGC                              -GGGGATATAGCTCAATT-GGT-AGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCAGGGGTTCAATTCCCCTTATCTCCA---
tdbD3741|Treponema_pallidum_subsp._pallidum_str._Nichols|243276|Ala|GGC             -GGGGATGTAGCTCAGTT-GGTTAGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCAGGGGTTCGATTCCCCTCATCTCCA---
tdbD3973|Tropheryma_whipplei_str._Twist|203267|Ala|CGC                              -GGGGCTATGGCGCAGGCTGGT-AGCGCGTCTCGTTCGCAATGAGAAGGTCAGGGGTTCGAATCCCCTTAGCTCCA---
tdbD3975|Tropheryma_whipplei_TW08/27|218496|Ala|CGC                                 -GGGGCTATGGCGCAGGCTGGT-AGCGCGTCTCGTTCGCAATGAGAAGGTCAGGGGTTCGAATCCCCTTAGCTCCA---
tdbD3712|Ureaplasma_parvum_serovar_3|38504|Ala|TGC                                  -GGGGACGTAGCTCAAT--TGATAGAGCACCTGATTTGCACTCAGGAGGTCGTGGGTTTGACCCCCATCGTCTCCACCA
tdbD3707|Vibrio_cholerae_O1_biovar_El_Tor_str._N16961|243277|Ala|TGC                -GGGGTTATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAACTCCACCA
tdbD4076|Wolbachia_endosymbiont_of_Drosophila_melanogaster|163164|Ala|TGC           -GGGGGTATAGCTCAGCT-GGT-AGAGCATCTGTTTTGCACGCAGAAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGCCTCCACCA
tdbD3927|Xanthomonas_axonopodis_pv._citri_str._306|190486|Ala|TGC                   CCACTGGATAGCTCAATT-GGT-AGAGCAGCAGATTTGCAATCTGTTAGTCGCGGGTTCGAATCCCGCTCCATGCA---
tdbD3923|Xanthomonas_campestris_pv._campestris_str._ATCC_33913|190485|Ala|TGC       -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGG-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGGTCGTCGGTTCGATCCCGACAGGCTCCACCA
tdbD3753|Xylella_fastidiosa_9a5c|160492|Ala|TGC                                     -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGT-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGGTCGTCGGTTCGATCCCGACAGGCTCCACCA
tdbD3977|Xylella_fastidiosa_Temecula1|183190|Ala|TGC                                -GGGGCCTTAGCTCAGCT-GGT-AGAGCACCTGCTTTGCAAGCAGGGGGTCGTCGGTTCGATCCCGACAGGCTCCACCA
tdbD4052|Yersinia_pestis_biovar_Microtus_str._91001|229193|Ala|TGC                  -GGGGCTATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCA
tdbD3775|Yersinia_pestis_CO92|214092|Ala|TGC                                        -GGGGCTATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCA
tdbD3931|Yersinia_pestis_KIM|187410|Ala|TGC                                         -GGGGCTATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCA
tdbD4054|Yersinia_pseudotuberculosis_IP_32953|273123|Ala|TGC                        -GGGGCTATAGCTCAGCT-GGG-AGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCA
#=GC SS_cons                                                                        .(((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
#=GC SN                                                                             .0000000..1111..........1111.22222.......22222.....33333.......333330000000....

#=GF CS                                                                             79 columns, 21 paired, 17 covariant; 4 stems
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