| Sequence ID | dm3.chr2L |
|---|---|
| Location | 7,353,922 – 7,354,054 |
| Length | 132 |
| Max. P | 0.716622 |
| Location | 7,353,922 – 7,354,018 |
|---|---|
| Length | 96 |
| Sequences | 11 |
| Columns | 96 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 96.82 |
| Shannon entropy | 0.06138 |
| G+C content | 0.42071 |
| Mean single sequence MFE | -26.60 |
| Consensus MFE | -24.92 |
| Energy contribution | -24.26 |
| Covariance contribution | -0.66 |
| Combinations/Pair | 1.14 |
| Mean z-score | -1.28 |
| Structure conservation index | 0.94 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.25 |
| SVM RNA-class probability | 0.614530 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2L 7353922 96 + 23011544 AGAUUCCAGUGGCUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGCAGAUGCGUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUGUGG .....((((((.((.......)).)))((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))))..))) ( -27.60, z-score = -1.38, R) >droSim1.chr2L 7141956 96 + 22036055 AGAUUCCAGUGGCUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGCAGAUGCGUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUGUGG .....((((((.((.......)).)))((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))))..))) ( -27.60, z-score = -1.38, R) >droSec1.super_3 2868902 96 + 7220098 AGAUUCCAGUGGCUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGCAGAUGCGUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUGUGG .....((((((.((.......)).)))((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))))..))) ( -27.60, z-score = -1.38, R) >droYak2.chr2L 16773000 96 - 22324452 AGAUUCCAGUGGCUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGCAGAUGCAUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUGUGG .....((((((.((.......)).)))((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))))..))) ( -28.30, z-score = -1.64, R) >droEre2.scaffold_4929 16268257 96 + 26641161 AGAUUCCAGUGGCUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGCAGAUGCGUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUGUGG .....((((((.((.......)).)))((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))))..))) ( -27.60, z-score = -1.38, R) >droAna3.scaffold_12916 15255696 96 + 16180835 AGAUUCCAGUGGCUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGUAGAUGCGUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUGUGG .....((((((.((.......)).)))((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))))..))) ( -26.20, z-score = -1.31, R) >dp4.chr4_group3 10957807 96 - 11692001 AGAUUCCAGUGGCUUUAUCUUGGGCUCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGCGGAUUUCAAUUAAUUGUGG .....(((..(((((......))))).(((((((((((((((((((((((...(((....))))))))))....)))))))))).))))))..))) ( -26.70, z-score = -1.48, R) >droPer1.super_1 8072200 96 - 10282868 AGAUUCCAGUGGCUUUAUCUUGGGCUCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGCGGAUUUCAAUUAAUUGUGG .....(((..(((((......))))).(((((((((((((((((((((((...(((....))))))))))....)))))))))).))))))..))) ( -26.70, z-score = -1.48, R) >droVir3.scaffold_12963 4689128 95 - 20206255 AGAUUC-AGUGGCUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGGAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGUGGGUUUCAAUUAAUUGUGG ......-.(((.((.......)).)))((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))))..... ( -25.00, z-score = -0.97, R) >droMoj3.scaffold_6500 13852059 95 - 32352404 AGAUUC-AGUGGCUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGGAGCCAUUCGGUAGAUGCGUAUCAGUGGGUUUCAAUUAAUUGUGG ......-.(((.((.......)).)))((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))))..... ( -24.30, z-score = -0.68, R) >droGri2.scaffold_15126 4924570 95 + 8399593 AGAUUC-AGUGGCUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGGAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGUGGGUUUCAAUUAAUUGUGG ......-.(((.((.......)).)))((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))))..... ( -25.00, z-score = -0.97, R) >consensus AGAUUCCAGUGGCUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGUAGAUGCGUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUGUGG ........(((.((.......)).)))(((((((((((..((((((((((...(((....))))))))))....)))..))))).))))))..... (-24.92 = -24.26 + -0.66)
| Location | 7,353,934 – 7,354,054 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 96.46 |
| Shannon entropy | 0.07520 |
| G+C content | 0.39375 |
| Mean single sequence MFE | -30.58 |
| Consensus MFE | -28.51 |
| Energy contribution | -27.96 |
| Covariance contribution | -0.55 |
| Combinations/Pair | 1.16 |
| Mean z-score | -1.45 |
| Structure conservation index | 0.93 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.49 |
| SVM RNA-class probability | 0.716622 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2L 7353934 120 + 23011544 CUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGCAGAUGCGUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUGUGGCGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACA .((((..((((.(((((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))).)))).)(((........)))..........)))..)))).. ( -31.00, z-score = -1.45, R) >droSim1.chr2L 7141968 120 + 22036055 CUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGCAGAUGCGUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUGUGGCGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACA .((((..((((.(((((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))).)))).)(((........)))..........)))..)))).. ( -31.00, z-score = -1.45, R) >droSec1.super_3 2868914 120 + 7220098 CUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGCAGAUGCGUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUGUGGCGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACA .((((..((((.(((((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))).)))).)(((........)))..........)))..)))).. ( -31.00, z-score = -1.45, R) >droYak2.chr2L 16773012 120 - 22324452 CUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGCAGAUGCAUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUGUGGCGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACA .((((..((((.(((((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))).)))).)(((........)))..........)))..)))).. ( -31.70, z-score = -1.88, R) >droEre2.scaffold_4929 16268269 120 + 26641161 CUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGCAGAUGCGUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUGUGGCGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACA .((((..((((.(((((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))).)))).)(((........)))..........)))..)))).. ( -31.00, z-score = -1.45, R) >droAna3.scaffold_12916 15255708 120 + 16180835 CUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGUAGAUGCGUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUGUGGCGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACA .((((..((((.(((((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))).)))).)(((........)))..........)))..)))).. ( -29.60, z-score = -1.15, R) >dp4.chr4_group3 10957819 120 - 11692001 CUUUAUCUUGGGCUCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGCGGAUUUCAAUUAAUUGUGGCGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACA ........((((((.(((((((((((((((((((((((...(((....))))))))))....)))))))))).))))))...)))(((........)))..)))................ ( -30.90, z-score = -2.09, R) >droPer1.super_1 8072212 120 - 10282868 CUUUAUCUUGGGCUCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGCGGAUUUCAAUUAAUUGUGGCGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACA ........((((((.(((((((((((((((((((((((...(((....))))))))))....)))))))))).))))))...)))(((........)))..)))................ ( -30.90, z-score = -2.09, R) >droWil1.scaffold_180772 3544323 120 - 8906247 CUUUAUCUGGGCAGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUGUGGCGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAAUGAACAAAAAA ..(((..(((((.((((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))).))).))(((........)))..)))..)))........... ( -30.50, z-score = -1.40, R) >droVir3.scaffold_12963 4689139 120 - 20206255 CUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGGAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGUGGGUUUCAAUUAAUUGUGGCGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACU .((((..((((.(((((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))).)))).)(((........)))..........)))..)))).. ( -29.80, z-score = -1.06, R) >droMoj3.scaffold_6500 13852070 120 - 32352404 CUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGGAGCCAUUCGGUAGAUGCGUAUCAGUGGGUUUCAAUUAAUUGUGGCGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACU .((((..((((.(((((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))).)))).)(((........)))..........)))..)))).. ( -29.10, z-score = -0.65, R) >droGri2.scaffold_15126 4924581 120 + 8399593 CUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGGAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGUGGGUUUCAAUUAAUUGUGGUGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACU ........(((.(((((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).))))).))))(((((........))))))))................ ( -30.40, z-score = -1.34, R) >consensus CUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUGUGGCGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACA .((((..((((.((((((((((((((..((((((((((...(((....))))))))))....)))..))))).))))).)))).)(((........)))..........)))..)))).. (-28.51 = -27.96 + -0.55)
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