| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 9,411,355 – 9,411,467 |
| Length | 112 |
| Max. P | 0.515490 |
| Location | 9,411,355 – 9,411,467 |
|---|---|
| Length | 112 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 88.10 |
| Shannon entropy | 0.25593 |
| G+C content | 0.48128 |
| Mean single sequence MFE | -37.07 |
| Consensus MFE | -21.50 |
| Energy contribution | -20.75 |
| Covariance contribution | -0.75 |
| Combinations/Pair | 1.21 |
| Mean z-score | -2.18 |
| Structure conservation index | 0.58 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.04 |
| SVM RNA-class probability | 0.515490 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 9411355 112 + 27905053 UUGAGAGCAGGAGACACACGUACAAGUGCAGGUCCAUUUAUCUUCUGUCAUUGUGCGAGUGUUUCCGUUUUUGUAAUGAAUGUCCAGCUGUGUGCAUUGCCCUGCGGACAAG-------- ..((((((.((((((((.(((((((..(((((...........)))))..))))))).))))))))))))))........(((((.((.(.((.....)).).)))))))..-------- ( -39.90, z-score = -3.05, R) >droSim1.chr2R 4613590 112 + 19596830 UUGAGAGCAGGAGACACACGUACAAGUGCAGGUCCAUUUAUCUUCUGUCAUUGUGCGAGUGUUUCCGUUUUUGUAAUGAAUGUCCAGCUGUGUGCAUUGCCCUGCGGACAAG-------- ..((((((.((((((((.(((((((..(((((...........)))))..))))))).))))))))))))))........(((((.((.(.((.....)).).)))))))..-------- ( -39.90, z-score = -3.05, R) >droSec1.super_0 8524716 112 - 21120651 UUGAGAGCAGGAGACACACGUACAAGUGCAGGUCCAUUUAUCUUCUGUCAUUGUGCGAGUGUUUCCGUUUUUGUAAUGAAUGUCCAGCUGUGUGCAUUGCCCUGCGGACAAG-------- ..((((((.((((((((.(((((((..(((((...........)))))..))))))).))))))))))))))........(((((.((.(.((.....)).).)))))))..-------- ( -39.90, z-score = -3.05, R) >droYak2.chr3R 13720180 112 + 28832112 UUGAGAGCAGGAGACACACGUACAAGUGCAGGUCCAUUUAUCUUCUGUCAUUGUGCGAGUGUUUCCGUUUUUGUAAUGAAUGUCCAGCUGUGUGCAUUGCCCUGCGGACAAG-------- ..((((((.((((((((.(((((((..(((((...........)))))..))))))).))))))))))))))........(((((.((.(.((.....)).).)))))))..-------- ( -39.90, z-score = -3.05, R) >droEre2.scaffold_4770 5515579 112 - 17746568 UUGAGAGCAGGAGACACACGUACAAGUGCAGGUCCAUUUAUCUUCUGUCAUUGUGCGAGUGUUUCCGUUUUUGUAAUGAAUGUCCAGCUGUGUGCAUUGCCCUGCGGACAAG-------- ..((((((.((((((((.(((((((..(((((...........)))))..))))))).))))))))))))))........(((((.((.(.((.....)).).)))))))..-------- ( -39.90, z-score = -3.05, R) >droAna3.scaffold_13340 1961197 112 + 23697760 GCAGGAGCUAGAGACACACGUACAAGUGCAGGUCCAUUUAUCUUCUGUCAUUGUGCGAGUGUUUCCGUUUUUGUAAUGAAUGUCCAGCUGUGUGCAGUGCCCUGCGGACAAG-------- ((((((((..(((((((.(((((((..(((((...........)))))..))))))).))))))).))))))))......(((((.((((....))))((...)))))))..-------- ( -41.00, z-score = -3.00, R) >dp4.chr2 16850282 112 + 30794189 UUGAGAGUGGGAGAUACACGUACAAGUGCAGGUCCAUUUAUCUUCUGUCAUUGUGCGAGUGUUUCCGUUUUUGUAAUGAAUGUCCAGCUGUGUGCAUUGCCCUGCGGACAAG-------- .........((((((((.(((((((..(((((...........)))))..))))))).))))))))..............(((((.((.(.((.....)).).)))))))..-------- ( -34.40, z-score = -1.66, R) >droPer1.super_0 8280932 112 - 11822988 UUGAGAGUGGGAGAUACACGUACAAGUGCAGGUCCAUUUAUCUUCUGUCAUUGUGCGAGUGUUUCCGUUUUUGUAAUGAAUGUCCAGCUGUGUGCAUUGCCCUGCGGACAAG-------- .........((((((((.(((((((..(((((...........)))))..))))))).))))))))..............(((((.((.(.((.....)).).)))))))..-------- ( -34.40, z-score = -1.66, R) >droWil1.scaffold_181130 6481484 112 + 16660200 AUAAGAGUAGGAGACACACGUACAAGUGCAGGUCCAUUUAUCUUCUGUCAUUGUGUGAGUGUUUCCGUUUUUGUAAUGAAUGUCCAGCUGUGUGCAUUGCCCUGCGGACUAG-------- ((((((...((((((((.(((((((..(((((...........)))))..))))))).))))))))..)))))).......((((.((.(.((.....)).).))))))...-------- ( -31.80, z-score = -1.36, R) >droVir3.scaffold_13047 9192689 116 + 19223366 --ACGAGAGAGAGCCACACGUACAAGUGCAGGUCCAUUUAUCUUCUGUCACUGUACGAGUGCUUCCGUUUUUGUAAUGAAUGUCCAGCUGUGUGCAUUGCC--AUUGCCCCGCGGGGACG --(((((((.((((.((.((((((.(((((((...........)))).))))))))).))))))...))))))).......((((..(((((.(((.....--..)))..))))))))). ( -36.80, z-score = -1.29, R) >droMoj3.scaffold_6540 2703589 120 - 34148556 UAGAGCGAGAGAGCCACACGUACAAGUGCAGGUCCAUUUAUCUUCUGUCACUGUACGAGUGUUUCCGUUUUUGUAAUGAAUGUCCAGCUGUGUGCAUUGCCCCAUUGCCCCGCGGGGACG .((((((.((((..(((.((((((.(((((((...........)))).))))))))).)))))))))))))..........((((..(((((.(((.((...)).)))..))))))))). ( -36.90, z-score = -1.42, R) >droGri2.scaffold_14906 10121375 108 - 14172833 ----------GAGCCACACGUACUAGUGCAGGUCCAUUUAUCUUCUGUCACUGUACGAGUGUUUCCGUUUUUGUAAUGAAUGUCCAGCUGUGUGCCUUGCC--ACUGCCCCUUGGGGAGG ----------(((.(((((((((.((((((((...........)))).)))))))).(((.....(((((.......)))))....)))))))).)))...--.((.(((....))))). ( -30.10, z-score = -0.46, R) >consensus UUGAGAGCAGGAGACACACGUACAAGUGCAGGUCCAUUUAUCUUCUGUCAUUGUGCGAGUGUUUCCGUUUUUGUAAUGAAUGUCCAGCUGUGUGCAUUGCCCUGCGGACAAG________ ..........(((.(((.(((((.((((((((...........)))).))))))))).))).))).((....((((((.(..(......)..).))))))...))............... (-21.50 = -20.75 + -0.75)
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