| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 8,587,291 – 8,587,435 |
| Length | 144 |
| Max. P | 0.854612 |
| Location | 8,587,291 – 8,587,408 |
|---|---|
| Length | 117 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 98.87 |
| Shannon entropy | 0.02759 |
| G+C content | 0.32552 |
| Mean single sequence MFE | -26.08 |
| Consensus MFE | -25.37 |
| Energy contribution | -25.46 |
| Covariance contribution | 0.09 |
| Combinations/Pair | 1.03 |
| Mean z-score | -1.20 |
| Structure conservation index | 0.97 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.34 |
| SVM RNA-class probability | 0.651904 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 8587291 117 + 27905053 CAAAGUGCAUUAAAAAAUAUUGUUGCUGCAUGGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU---CAUGUUAC ......(((.(((......))).))).((((((...((((((.......))))))..((((((((((.((((((((..........))))))))))))))))))....)---)))))... ( -26.30, z-score = -1.27, R) >droPer1.super_0 8915217 117 + 11822988 CAAAGUGCAUUAAAAAAUAUUGUUGCUGCAUGGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU---CAUGUUAC ......(((.(((......))).))).((((((...((((((.......))))))..((((((((((.((((((((..........))))))))))))))))))....)---)))))... ( -26.30, z-score = -1.27, R) >dp4.chr2 19189597 117 - 30794189 CAAAGUGCAUUAAAAAAUAUUGUUGCUGCAUGGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU---CAUGUUAC ......(((.(((......))).))).((((((...((((((.......))))))..((((((((((.((((((((..........))))))))))))))))))....)---)))))... ( -26.30, z-score = -1.27, R) >droAna3.scaffold_13340 14127645 117 - 23697760 CAAAGUGCAUUAAAAAAUAUUGUUGCUGCAUGGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU---CAUGUUAC ......(((.(((......))).))).((((((...((((((.......))))))..((((((((((.((((((((..........))))))))))))))))))....)---)))))... ( -26.30, z-score = -1.27, R) >droEre2.scaffold_4770 4683824 117 - 17746568 CAAAGUGCAUUAAAAAAUAUUGUUGCUGCAUGGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU---CAUGUUAC ......(((.(((......))).))).((((((...((((((.......))))))..((((((((((.((((((((..........))))))))))))))))))....)---)))))... ( -26.30, z-score = -1.27, R) >droYak2.chr3R 12877827 117 + 28832112 CAAAGUGCAUUAAAAAAUAUUGUUGCUGCAUGGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU---CAUGUUAC ......(((.(((......))).))).((((((...((((((.......))))))..((((((((((.((((((((..........))))))))))))))))))....)---)))))... ( -26.30, z-score = -1.27, R) >droSec1.super_0 7719184 117 - 21120651 CAAAGUGCAUUAAAAAAUAUUGUUGCUGCAUGGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU---CAUGUUAC ......(((.(((......))).))).((((((...((((((.......))))))..((((((((((.((((((((..........))))))))))))))))))....)---)))))... ( -26.30, z-score = -1.27, R) >droSim1.chr3R 14684593 117 - 27517382 CAAAGUGCAUUAAAAAAUAUUGUUGCUGCAUGGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU---CAUGUUAC ......(((.(((......))).))).((((((...((((((.......))))))..((((((((((.((((((((..........))))))))))))))))))....)---)))))... ( -26.30, z-score = -1.27, R) >droWil1.scaffold_181089 11307104 120 + 12369635 CAAAGUGCAUUAAAAAAUAUUGUUGCUGCAUGGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUAAAUUUAUCCAAGUUUUUUUCCAUGCAAC ......(((.(((......))).)))(((((((...((((((.......))))))......((((((.((.(((((..........))))))).))))))...........))))))).. ( -22.40, z-score = -0.24, R) >droVir3.scaffold_12855 5891615 117 - 10161210 CAAAGUGCAUUAAAAAAUAUUGUUGCUGCAUGGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU---CAUGUUAC ......(((.(((......))).))).((((((...((((((.......))))))..((((((((((.((((((((..........))))))))))))))))))....)---)))))... ( -26.30, z-score = -1.27, R) >droMoj3.scaffold_6540 25524548 117 - 34148556 CAAAGUGCAUUAAAAAAUAUUGUUGCUGCAUGGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU---CAUGUUAC ......(((.(((......))).))).((((((...((((((.......))))))..((((((((((.((((((((..........))))))))))))))))))....)---)))))... ( -26.30, z-score = -1.27, R) >droGri2.scaffold_14906 7318074 117 - 14172833 CAAAGUGCAUUAAAAAAUAUUGUUGCUGCAUGGUCGGAUACGAGCAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU---CAUGUUAC ......((((.(((((....((.((((((.((.(((....))).))))).))).)).((((((((((.((((((((..........)))))))))))))))))))))))---.))))... ( -27.50, z-score = -1.42, R) >consensus CAAAGUGCAUUAAAAAAUAUUGUUGCUGCAUGGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU___CAUGUUAC ......(((.(((......))).))).(((((....((((((.......))))))..((((((((((.((((((((..........))))))))))))))))))........)))))... (-25.37 = -25.46 + 0.09)
| Location | 8,587,322 – 8,587,435 |
|---|---|
| Length | 113 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 119 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 90.33 |
| Shannon entropy | 0.20800 |
| G+C content | 0.36314 |
| Mean single sequence MFE | -24.81 |
| Consensus MFE | -22.01 |
| Energy contribution | -22.26 |
| Covariance contribution | 0.25 |
| Combinations/Pair | 1.00 |
| Mean z-score | -1.56 |
| Structure conservation index | 0.89 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.93 |
| SVM RNA-class probability | 0.854612 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 8587322 113 + 27905053 GGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU---CAUGUUACGCACAAAACUUUGCCAAAGCCAACCAC--- (((.((.........(.(((((.(((((((((((((.((((((((..........)))))))))))))))))).....---.))).))))).)....(((.....))))).)))..--- ( -26.00, z-score = -1.72, R) >droPer1.super_0 8915248 112 + 11822988 GGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU---CAUGUUACGCACAAACUUUGGC--AAGCUAACAGAA-- (.(((....))).)((((((((.(((((((((((((.((((((((..........)))))))))))))))))).....---.))).))))).((.....))..--..))).......-- ( -25.10, z-score = -1.28, R) >dp4.chr2 19189628 112 - 30794189 GGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU---CAUGUUACGCACAAACUUUGGC--AAGCUAACAGAA-- (.(((....))).)((((((((.(((((((((((((.((((((((..........)))))))))))))))))).....---.))).))))).((.....))..--..))).......-- ( -25.10, z-score = -1.28, R) >droAna3.scaffold_13340 14127676 114 - 23697760 GGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU---CAUGUUACGCACAAAACUUUGCCAAAGCCAACACAC-- (((.((.........(.(((((.(((((((((((((.((((((((..........)))))))))))))))))).....---.))).))))).).........))...))).......-- ( -24.77, z-score = -1.28, R) >droEre2.scaffold_4770 4683855 113 - 17746568 GGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU---CAUGUUACGCACAAAACUUUGCCAAAGCCAACCAC--- (((.((.........(.(((((.(((((((((((((.((((((((..........)))))))))))))))))).....---.))).))))).)....(((.....))))).)))..--- ( -26.00, z-score = -1.72, R) >droYak2.chr3R 12877858 113 + 28832112 GGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU---CAUGUUACGCACAAAACUUUUCCAAAGCCAACCAC--- (((.(((........(.(((((.(((((((((((((.((((((((..........)))))))))))))))))).....---.))).))))).)........)))...)))......--- ( -26.19, z-score = -2.20, R) >droSec1.super_0 7719215 113 - 21120651 GGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU---CAUGUUACGCACAAAACUUUGCCAAAGCCAACCAC--- (((.((.........(.(((((.(((((((((((((.((((((((..........)))))))))))))))))).....---.))).))))).)....(((.....))))).)))..--- ( -26.00, z-score = -1.72, R) >droSim1.chr3R 14684624 113 - 27517382 GGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU---CAUGUUACGCACAAAACUUUGCCAAAGCUAACCAC--- (((((....)))..((((((((.(((((((((((((.((((((((..........)))))))))))))))))).....---.))).))))).(((....))).....)))..))..--- ( -26.50, z-score = -1.99, R) >droWil1.scaffold_181089 11307135 119 + 12369635 GGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUAAAUUUAUCCAAGUUUUUUUCCAUGCAACGCAGAAAACUUUUUGCCAACAGACAACCAC .(((.((((((.......)))))).....(((......)))((((((..((((...((((((((((....)))))).............)))).))))...))))))...)))...... ( -19.51, z-score = 0.01, R) >droVir3.scaffold_12855 5891646 101 - 10161210 GGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU---CAUGUUACGCACAAAACUUUGCC--------------- (.(((....))).).(.(((((.(((((((((((((.((((((((..........)))))))))))))))))).....---.))).))))).)...........--------------- ( -23.50, z-score = -1.67, R) >droMoj3.scaffold_6540 25524579 101 - 34148556 GGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU---CAUGUUACGCACAAAACUUUGCC--------------- (.(((....))).).(.(((((.(((((((((((((.((((((((..........)))))))))))))))))).....---.))).))))).)...........--------------- ( -23.50, z-score = -1.67, R) >droGri2.scaffold_14906 7318105 100 - 14172833 GGUCGGAUACGAGCAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU---CAUGUUACGCACAAAACUUUGC---------------- (.(((....))).).(.(((((.(((((((((((((.((((((((..........)))))))))))))))))).....---.))).))))).)..........---------------- ( -25.60, z-score = -2.20, R) >consensus GGUCGGAUACGAACAGCGCGUAUCAUUUUUGAUAAAAUUCAUGGUAAUUGUUUCAACUGUGAAUUUAUCGAAGUUUUU___CAUGUUACGCACAAAACUUUGCCAAAGCCAACCAC___ (.(((....))).)...(((((.(((((((((((((.((((((((..........)))))))))))))))))).........))).)))))............................ (-22.01 = -22.26 + 0.25)
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