| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 7,703,848 – 7,703,963 |
| Length | 115 |
| Max. P | 0.500000 |
| Location | 7,703,848 – 7,703,963 |
|---|---|
| Length | 115 |
| Sequences | 14 |
| Columns | 118 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 78.00 |
| Shannon entropy | 0.51174 |
| G+C content | 0.57529 |
| Mean single sequence MFE | -42.56 |
| Consensus MFE | -18.02 |
| Energy contribution | -18.16 |
| Covariance contribution | 0.13 |
| Combinations/Pair | 1.73 |
| Mean z-score | -1.58 |
| Structure conservation index | 0.42 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.00 |
| SVM RNA-class probability | 0.500000 |
| Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 7703848 115 - 27905053 UGCUGGUUAUACAGCGUCCAGGCAUCCGGCAGCGGAUGCUGCGGAUACUGACCCUCGUGCUGGAAGACUCCGCGCAUGAGAUUUGCGGACGAUACGAACACUGCAUCCUGGGUAC--- .((((......))))((((.((((((((....))))))))..))))....((((((((((((((....)))).))))))....(((((............)))))....))))..--- ( -46.20, z-score = -2.47, R) >droSim1.chr3R 13824668 115 + 27517382 UGCUGGUUAUACAGCGUCCAGGCAUCCGGCAGCGGAUGCUGCGGAUACUGACCCUCGUGCUGGAAGACUCCGCGCAUGAGAUUCGCUGACGACACGAACACUGCAUCCUGGGUAC--- .((((......)))).((((((((((((....)))))))(((((.........(((((((((((....)))).))))))).((((.((....))))))..)))))..)))))...--- ( -47.00, z-score = -2.69, R) >droSec1.super_0 6854611 115 + 21120651 UGCUGGUUAUACAGCGUCCAGGCAUCCGGCAGCGGAUGCUGCGGAUACUGACCCUCGUGCUGGAAGACUCCGCGCAUGAGAUUCGCUGACGACACGAACACUGCAUCCUGGGUAC--- .((((......)))).((((((((((((....)))))))(((((.........(((((((((((....)))).))))))).((((.((....))))))..)))))..)))))...--- ( -47.00, z-score = -2.69, R) >droYak2.chr3R 12115375 115 + 28832112 UGCUGGUUAUACAGCGUCCAGGCAUCCGGCAGCGGAUGCUGCGGAUACUGACCCUCGUGCUGGAAGACGGCGCGCAUCAGAUUCGCUGACGACACGAACACUGCAUCCUGGGUUC--- .((((......))))(((..((((((((....))))))))((((((.((((....(((((((.....)))))))..))))))))))....)))..((((.((.......))))))--- ( -47.10, z-score = -2.11, R) >droEre2.scaffold_4770 3829597 115 + 17746568 UGCUGGUUAUACAGCGUCCAGGCAUCUGGCAGCGGAUGCUGCGGAUACUGACCCUCGUGCUGGAAGACUGCGCGCAUCAGAUUCGCAGAGGACACGAACACUGCAUCCUGGGUUC--- .((((......))))((((.((((((((....))))))))((((((.((((....(((((.(.....).)))))..))))))))))...))))..((((.((.......))))))--- ( -45.60, z-score = -1.69, R) >droWil1.scaffold_181130 913432 118 + 16660200 AGCUGAUUGUAUAAUGUCCAAGCAUCGGGCAGCGGAUGCUGUGGAUAUUGACCCUCGUGAAGAAAGACACUACGCAUGAGAUUUGCUGAAGCGACAAAUACAGCAUACUGAGAGCCUC .((((......(((((((((((((((.(....).)))))).)))))))))...((((((.((.......))...))))))..((((....))))......)))).............. ( -33.50, z-score = -1.39, R) >droPer1.super_6 5395968 115 + 6141320 CGCUGGUUGUACAGCGUCCAGGCAUCUGGCAGCGGAUGCUGCGGAUAUUGACCCUCGUGCAGGAAGACCCCACGCAUAAGAGGGGCGGACGACACGAACACCGCAUCCUGAGUAC--- .((((......))))((((.((((((((....))))))))..)))).....(((((((((.((......))..))))..)))))((((............))))...........--- ( -42.10, z-score = -1.05, R) >dp4.chr2 5377593 115 + 30794189 CGCUGGUUGUACAGCGUCCAGGCAUCUGGCAGCGGAUGCUGCGGAUAUUGACCCUCGUGCAGGAAGACCCCACGCAUAAGAGGGGCGGACGACACGAACACCGCAUCCUGAGUAC--- .((((......))))((((.((((((((....))))))))..)))).....(((((((((.((......))..))))..)))))((((............))))...........--- ( -42.10, z-score = -1.05, R) >droMoj3.scaffold_6540 20760988 115 - 34148556 CGCUUGUUAUAGAACGUCCAGGCAUCCGGCAGCGGAUGCUGUGGAUACUGACCCUCUUGCAGAAAGAGACUUCGCAUUAGAUUCGCGGACGAUACGAACACUGCAUCCUGAGUGC--- .((.((((......(((((.((((((((....))))))))((((((.((((..(((((.....)))))........))))))))))))))).....))))..))...........--- ( -36.20, z-score = -1.19, R) >droGri2.scaffold_14906 408940 115 - 14172833 CGCUUGUUGUAGAAUGUCCAGGCAUCCGGCAACGGAUGCUGCGGAUAUUGACCCUCUUGUAGAAAGACACUGCGCAUUAGAUUCGCCGACGAAACGAACACUGCAUCCUGUGUAC--- .((.(((((((((((((((.((((((((....))))))))..))))))).....((((.....))))..))))......(.((((....)))).).))))..))...........--- ( -37.50, z-score = -2.34, R) >droVir3.scaffold_13047 3748661 115 - 19223366 CGCUUGUUGUAGAAUGUCCAGGCAUCCGGUAGCGGAUGCUUCGGAAAGUGACCCUCUUGCAAAAAGAGGCUGCGCAUUAGAUUUGCCGACGACACGAACACACAAUCCUGUGUGC--- ((.((((((..((((.((((((((((((....))))))))).)))..(((..((((((.....))))))...))).....))))..))))))..))..((((((....)))))).--- ( -41.90, z-score = -2.74, R) >droAna3.scaffold_12911 2356918 115 - 5364042 UGCUGGUUGUAGAGCGUCCAGGCAUCCGGUAGCGGAUGCUGCGGAUACUGACCCUCGUGCAGGAAAACGCCUCGCAUCAGAUUGGCGGAUGACACGAACACUGCAUCCUGAGUGC--- .(((((.(((((((..(((.((((((((....))))))))..)))..)).....(((((((......((((((......))..))))..)).)))))...))))).))..)))..--- ( -42.20, z-score = -0.82, R) >anoGam1.chrX 17030840 115 + 22145176 UUCUUGUUGAAGUACGUCCACGACUCGGGCAGCGGAUGGCGCGGGUACGCACCCUCCAGCUGGAACGUUUUGCGCAUCAGGCUCGGGUCGCGCACAAACACCGCGUUCUGCGUGC--- ...........((((((....(((((((((....((((.(((((((....))))(((....))).......)))))))..)))))))))((((.........))))...))))))--- ( -43.50, z-score = 0.01, R) >triCas2.ChLG5 8875034 114 - 18847211 AUCUGGUUGUAGGCCACCCAGGCGUCGGGCAGCACAUGCAGGGGGUGCUUGCCCUCGUGGUCGAACACCGCCCUGAUCUCGUCCGGGUCUGCGACAAAAACCGCACUCACUGGG---- ...((((.....))))(((((...((((((.((....))((((((((.(((.((....)).))).)))).))))......))))))(..((((........))))..).)))))---- ( -44.00, z-score = 0.11, R) >consensus UGCUGGUUGUACAGCGUCCAGGCAUCCGGCAGCGGAUGCUGCGGAUACUGACCCUCGUGCAGGAAGACUCCGCGCAUCAGAUUCGCGGACGACACGAACACUGCAUCCUGAGUAC___ .((........(((.((((.((((((((....))))))))..)))).)))...((..(((.............)))..))....))................................ (-18.02 = -18.16 + 0.13)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Wed Apr 20 00:07:48 2011