Locus 9313

Sequence ID	dm3.chr3R
Location	5,830,446 – 5,830,540
Length	94
Max. P	0.709485

overview

Window 1

Location	5,830,446 – 5,830,540
Length	94
Sequences	12
Columns	103
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.68
Shannon entropy	0.42425
G+C content	0.67735
Mean single sequence MFE	-44.57
Consensus MFE	-27.61
Energy contribution	-28.18
Covariance contribution	0.57
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-1.41
Structure conservation index	0.62
Background model	dinucleotide
Decision model	sequence based alignment quality
SVM decision value	0.47
SVM RNA-class probability	0.709485
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 5830446 94 + 27905053
ACCCGCCGCAUCCGAUAUUGUGGGCGUGCCGCUGCUGCUGGUGCCUGGUCGCUCUGACUGUUCAGAGUGGACGGCAGCCACAGCGCCGCCCUGC---------
...(((((((........))).)))).((.((.((((.(((((((.(..((((((((....))))))))..))))).))))))))).)).....--------- ( -41.80, z-score =  -0.85, R)
>droGri2.scaffold_15074 4089538 91 + 7742996
---UCCCGCAUCGGAGAUCGUGGGCGUGCCGCUGCUGCUUGUGCCUGGACGCUCUGCAUGCUCAGAGUAGCUGGCAGCUACAGCGACGCCCUGU---------
---(((((...))).))....((((((..(((((..(((...(((.((..((((((......))))))..))))))))..)))))))))))...--------- ( -38.00, z-score =   0.01, R)
>droMoj3.scaffold_6540 31115014 91 + 34148556
---GCCUGCGUCGGAGAUCGUGGGCGUGCCGCUGCUGCUAGUGCCCGGACGCUCUGCAUGCUCAGAGUGACAGGCAGCUACAGCGCCGCCCAGC---------
---(((..((........))..)))(.((.((.((((.(((((((.(..(((((((......))))))).).)))).))))))))).)).)...--------- ( -40.50, z-score =   0.22, R)
>droVir3.scaffold_13047 13064993 91 + 19223366
---GCCUCCGUCGGAGAUCGUGGGCGUGCCGCUGCUGCUUGUGCCCGGACGCUCUGCAUGCUCAGAGUGGCUGGCAGCUACAGCGCCGCCCAUU---------
---..((((...))))...(((((((.((.((((..(((...(((.((.(((((((......))))))).))))))))..))))))))))))).--------- ( -43.60, z-score =  -1.12, R)
>droWil1.scaffold_181089 6821232 97 - 12369635
------UGCAUCAGAGAUUGGCGGGGUGGCGCUGCUUCUGGUGCCGGGUCGCUCUGCUUGGUCAGAGAGACUGGCAGAGGCAGCUGCGACGGCGGCGCCUUGC
------..............((((((((.((((((((((...(((((.((.(((((......))))).)))))))))))))))).((....))).)))))))) ( -46.10, z-score =  -0.92, R)
>droPer1.super_19 1026954 94 - 1869541
ACCUCCUCCAUCAGAGAUGGUGGGCGUGCCACUGCUGCUGGUGCCGGGACGCUCUGACUGUUCAGAGUGGCUGGCAGCCACAGGGACGCCCUGC---------
(((..(((.....)))..)))((((((.((.(((....(((((((((..((((((((....)))))))).)))))).))))))))))))))...--------- ( -47.50, z-score =  -2.12, R)
>dp4.chr2 25660063 94 - 30794189
ACCUCCUCCAUCGGAGAUGGUGGGCGUGCCACUGCUGCUGGUGCCGGGACGCUCUGACUGCUCAGAGUGGCUGGCAGCCACAGGGACGCCCUGC---------
(((..((((...))))..)))((((((.((.(((....(((((((((..((((((((....)))))))).)))))).))))))))))))))...--------- ( -49.70, z-score =  -2.42, R)
>droAna3.scaffold_13340 6391082 94 + 23697760
GCCUGCCCCCUCUGAGAUGGUGGGCGUGCCACUGCUGCUGGUGCCAGGACGCUCUGAUGGCUCAGAGUGACCUCCAACAGCUGGUAUGCCCUGA---------
....(((..(.....)..)))((((((((((..((((.(((....(((.((((((((....)))))))).)))))).))))))))))))))...--------- ( -42.90, z-score =  -2.58, R)
>droEre2.scaffold_4770 1974374 94 - 17746568
ACCCGCCGCAUCCGAGAUUGUGGGCGUGCCGCUGCUGCUGGUGCCGGGACGCUCUGACUGUUCAGAGUGACCGGCAGCCACAGCGCCGCCCUGC---------
...(((((((........))).)))).((.((.((((.(((((((((..((((((((....)))))))).)))))).))))))))).)).....--------- ( -46.40, z-score =  -2.12, R)
>droYak2.chr3R 9878903 94 + 28832112
ACCAGCCGCAUCCGAGAUUGUGGGCGUGCCGCUGCUGCUGGUGCCGGGUCGCUCUGAAUGUUCAGAGUGACCGGCAGCCACAGUGCCGCCCUGC---------
.......(((........)))(((((.((....((((.(((((((((.(((((((((....))))))))))))))).))))))))))))))...--------- ( -46.90, z-score =  -2.46, R)
>droSec1.super_0 5032845 94 - 21120651
ACCCGCCGCAUCCGAGAUUGUGGGCGUGCCGCUGCUGCUGGUGCCGGGUCGCUCUGACUGUUCAGAGUGGACGGCAGCCACAGCGCCGCCCUGC---------
...(((((((........))).)))).((.((.((((.((((((((..(((((((((....))))))))).))))).))))))))).)).....--------- ( -44.40, z-score =  -0.92, R)
>droSim1.chr3R 11981787 94 - 27517382
ACCCGCCGCAUCCGAGAUUGUGGGCGUGCCGCUGCUGCUGGUGCCGGGUCGCUCUGACUGUUCAGAGUGGCCGGCAGCUACAGCGCCGCCCUGC---------
.......(((........)))(((((.((.((((..(((...(((((.(((((((((....)))))))))))))))))..)))))))))))...--------- ( -47.00, z-score =  -1.59, R)
>consensus
ACCCGCCGCAUCCGAGAUUGUGGGCGUGCCGCUGCUGCUGGUGCCGGGACGCUCUGACUGUUCAGAGUGGCCGGCAGCCACAGCGCCGCCCUGC_________
.....................(((((.......(((((((((.......(((((((......))))))))))))))))........)))))............ (-27.61 = -28.18 +   0.57)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	5,830,446 – 5,830,540
Length	94
Sequences	12
Columns	103
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.68
Shannon entropy	0.42425
G+C content	0.67735
Mean single sequence MFE	-42.02
Consensus MFE	-27.40
Energy contribution	-27.36
Covariance contribution	-0.04
Combinations/Pair	1.27
Mean z-score	-1.25
Structure conservation index	0.65
Background model	dinucleotide
Decision model	sequence based alignment quality
SVM decision value	0.36
SVM RNA-class probability	0.659558
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 5830446 94 - 27905053
---------GCAGGGCGGCGCUGUGGCUGCCGUCCACUCUGAACAGUCAGAGCGACCAGGCACCAGCAGCAGCGGCACGCCCACAAUAUCGGAUGCGGCGGGU
---------((.((((((((((((.(((((((((..((((((....)))))).)))..)))...))).))))).)).))))).......((....)))).... ( -40.50, z-score =  -0.61, R)
>droGri2.scaffold_15074 4089538 91 - 7742996
---------ACAGGGCGUCGCUGUAGCUGCCAGCUACUCUGAGCAUGCAGAGCGUCCAGGCACAAGCAGCAGCGGCACGCCCACGAUCUCCGAUGCGGGA---
---------...((((((.(((((.(((((......(((((......))))).((....))....))))).)))))))))))......((((...)))).--- ( -38.50, z-score =  -0.77, R)
>droMoj3.scaffold_6540 31115014 91 - 34148556
---------GCUGGGCGGCGCUGUAGCUGCCUGUCACUCUGAGCAUGCAGAGCGUCCGGGCACUAGCAGCAGCGGCACGCCCACGAUCUCCGACGCAGGC---
---------(((((((((((((((.((((((((.(.(((((......))))).)..)))))...))).))))).)).))))))((.....))..))....--- ( -42.30, z-score =  -0.55, R)
>droVir3.scaffold_13047 13064993 91 - 19223366
---------AAUGGGCGGCGCUGUAGCUGCCAGCCACUCUGAGCAUGCAGAGCGUCCGGGCACAAGCAGCAGCGGCACGCCCACGAUCUCCGACGGAGGC---
---------..((((((..(((((.(((((..(((.(((((......)))))......)))....))))).))))).))))))...(((((...))))).--- ( -42.10, z-score =  -1.38, R)
>droWil1.scaffold_181089 6821232 97 + 12369635
GCAAGGCGCCGCCGUCGCAGCUGCCUCUGCCAGUCUCUCUGACCAAGCAGAGCGACCCGGCACCAGAAGCAGCGCCACCCCGCCAAUCUCUGAUGCA------
((..((((.....((.((.(((((.((((((.(((.(((((......))))).)))..)))...))).))))))).))..)))).(((...))))).------ ( -35.80, z-score =  -1.52, R)
>droPer1.super_19 1026954 94 + 1869541
---------GCAGGGCGUCCCUGUGGCUGCCAGCCACUCUGAACAGUCAGAGCGUCCCGGCACCAGCAGCAGUGGCACGCCCACCAUCUCUGAUGGAGGAGGU
---------...((((((((((((.((((...(((.((((((....))))))......)))..)))).)))).)).))))))(((..(((.....)))..))) ( -43.10, z-score =  -1.58, R)
>dp4.chr2 25660063 94 + 30794189
---------GCAGGGCGUCCCUGUGGCUGCCAGCCACUCUGAGCAGUCAGAGCGUCCCGGCACCAGCAGCAGUGGCACGCCCACCAUCUCCGAUGGAGGAGGU
---------...((((((((((((.((((...(((.((((((....))))))......)))..)))).)))).)).))))))(((..((((...))))..))) ( -44.40, z-score =  -1.81, R)
>droAna3.scaffold_13340 6391082 94 - 23697760
---------UCAGGGCAUACCAGCUGUUGGAGGUCACUCUGAGCCAUCAGAGCGUCCUGGCACCAGCAGCAGUGGCACGCCCACCAUCUCAGAGGGGGCAGGC
---------...((.....)).(((((((((((.(.((((((....)))))).).)))....))))))))....((..((((.((........))))))..)) ( -40.50, z-score =  -1.60, R)
>droEre2.scaffold_4770 1974374 94 + 17746568
---------GCAGGGCGGCGCUGUGGCUGCCGGUCACUCUGAACAGUCAGAGCGUCCCGGCACCAGCAGCAGCGGCACGCCCACAAUCUCGGAUGCGGCGGGU
---------...((((((((((((.((((((((.(.((((((....)))))).)..)))))...))).))))).)).))))).....((((.......)))). ( -45.70, z-score =  -1.31, R)
>droYak2.chr3R 9878903 94 - 28832112
---------GCAGGGCGGCACUGUGGCUGCCGGUCACUCUGAACAUUCAGAGCGACCCGGCACCAGCAGCAGCGGCACGCCCACAAUCUCGGAUGCGGCUGGU
---------((..((((((......))))))((((.((((((....)))))).))))..))((((((.((((((...)))((........)).))).)))))) ( -44.40, z-score =  -2.01, R)
>droSec1.super_0 5032845 94 + 21120651
---------GCAGGGCGGCGCUGUGGCUGCCGUCCACUCUGAACAGUCAGAGCGACCCGGCACCAGCAGCAGCGGCACGCCCACAAUCUCGGAUGCGGCGGGU
---------...((((((((((((.(((((((..(.((((((....)))))).)...))))...))).))))).)).))))).....((((.......)))). ( -41.80, z-score =  -0.36, R)
>droSim1.chr3R 11981787 94 + 27517382
---------GCAGGGCGGCGCUGUAGCUGCCGGCCACUCUGAACAGUCAGAGCGACCCGGCACCAGCAGCAGCGGCACGCCCACAAUCUCGGAUGCGGCGGGU
---------...((((((((((((.((((((((.(.((((((....)))))).)..)))))...))).))))).)).))))).....((((.......)))). ( -45.20, z-score =  -1.54, R)
>consensus
_________GCAGGGCGGCGCUGUGGCUGCCGGCCACUCUGAACAGUCAGAGCGUCCCGGCACCAGCAGCAGCGGCACGCCCACAAUCUCGGAUGCGGCAGGU
............(((((...((((.(((((..(((.(((((......)))))......)))....))))).))))..)))))..................... (-27.40 = -27.36 +  -0.04)

alignment

secondary structure

dotplot

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