| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 4,847,502 – 4,847,614 |
| Length | 112 |
| Max. P | 0.571443 |
| Location | 4,847,502 – 4,847,614 |
|---|---|
| Length | 112 |
| Sequences | 13 |
| Columns | 118 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 73.94 |
| Shannon entropy | 0.59692 |
| G+C content | 0.62219 |
| Mean single sequence MFE | -45.37 |
| Consensus MFE | -22.06 |
| Energy contribution | -22.05 |
| Covariance contribution | -0.01 |
| Combinations/Pair | 1.56 |
| Mean z-score | -0.91 |
| Structure conservation index | 0.49 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.16 |
| SVM RNA-class probability | 0.571443 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 4847502 112 - 27905053 CUACGACUGCGCCAUCGAGCAGUGGCGCGGAGUGGGUGGUGGCCAGUGCCCACUGUGCCGGGCGGUGAUCCGGGACGUCAUCCGCACCUACACCACGUAGAAAGGUCGCGGG------ (..((((((((((((......)))))))((.((((((..((((((((....)))).)))).((((((((.......)))).)))))))))).)).........)))))..).------ ( -51.40, z-score = -0.69, R) >droSim1.chr3R 11049990 112 + 27517382 CUACGAUUGCGCCAUCGAGCAGUGGCGCGGAGUGGGCGGUGGCCAGUGCCCACUGUGCCGGGCGGUGAUCCGGGACGUCAUCCGCACCUACACCACGUAGAAAGGUCGUGGG------ ((((((((..(((((......)))))((((((((((((.(....).))))))).((.(((((......))))).))....)))))..((((.....))))...)))))))).------ ( -51.40, z-score = -0.96, R) >droSec1.super_0 4088261 112 + 21120651 CUACGACUGCGCCAUCGAGCAGUGGCGCGGAGUGGGCGGUGGCCAGUGCCCACUGUGCCGGGCGGUGAUCCGGGACGUCAUCCGCACCUACACCACGUAGAAAGAUCGUGGG------ (((((((((((((((......))))))))).((((...(((((((((....)))).)))((((((((((.......)))).)))).)).)).)))).........)))))).------ ( -51.80, z-score = -1.21, R) >droYak2.chr3R 8894019 112 - 28832112 CUACGACUGCGCCAUCGAGCAGUGGCGGGGAGUGGGCGGUGGCCAGUGCCCACUGUGCCGGGCGGUGAUCCGGGACGUCAUCCGCACCUACACCACGUAGAAAGGGCGUAGG------ ......(((((((.((..((.((((.((.(((((((((.(....).)))))))).).))((((((((((.......)))).)))).))....)))))).))...))))))).------ ( -49.30, z-score = -0.29, R) >droEre2.scaffold_4770 991729 112 + 17746568 CUACGACUGCGCCAUCGAGCAGUGGCGGGGAGUGGGCGGUGGCCAGUGCCCACUGUGCCGCGCGGUGAUCCGGGAUGUCAUCCGCACCUACACCACGUAGAAAGGGCGUGGG------ ......((.((((((......)))))).)).(((((..(((((((((....)))).)))))((((((((.......)))).)))).))))).((((((.......)))))).------ ( -51.20, z-score = -0.55, R) >droAna3.scaffold_13340 8991409 118 + 23697760 CUACAACUGCGCCAUCGAGCAGUGGCGGGGAGUGGGCGGCGGCCAGUGCCCGCUCUGCCGUGCGGUCAUCCGCGACGUAAUCCGUACCUACACCACGUAGGAUCUACGAAGAAGCAAG .(((.(((((........))))).((((((((((((((.(.....))))))))))).))))((((....))))...)))...(((((((((.....)))))...)))).......... ( -46.60, z-score = -0.63, R) >droWil1.scaffold_181089 2269400 117 - 12369635 CUACGACUGUGCCAUCGAGCAAUGGCGUGGUGUGGGCGGUGGUCAAUGUCCAUUAUGUCGGGCUGUUAUUCGUGAUGUCAUCAGGACCUACACAACGUAAAAUACCAAAAUUGGAAG- .((((((..((((((......))))))..))(((((...........((((........))))......((.((((...)))).)))))))....)))).....(((....)))...- ( -31.00, z-score = 0.52, R) >droVir3.scaffold_12855 4857322 112 + 10161210 CUACGAUUGCGCCAUCGAGCAGUGGCGCGGCGUUGGCGGCGGUCAGUGUCCGCUCUGCCGAGCAGUCAUACGCGAUGUAAUACGCACCUACACGACGUAGGCAGUCAAAGCA------ ....((((((((..(((.((((.((((.(((((((((....)))))))))))))))))))))).....((((((.((((.........)))))).)))).))))))......------ ( -41.50, z-score = 0.21, R) >droMoj3.scaffold_6540 11577001 112 + 34148556 CUACGAUUGCGCCAUCGAGCAGUGGCGUGGCGUUGGAGGUGGACAAUGUCCGCUCUGUCGAGCGGUCAUUCGCGAUGUCAUCCGCACCUACACCACGUAGGAAAAAAAAAGA------ (((((...(((((((......)))))))((.((.((..(((((.((((.((((((....)))))).))))...(....).))))).)).)).)).)))))............------ ( -43.20, z-score = -2.21, R) >droGri2.scaffold_14906 9198877 112 - 14172833 CUACGACUGCGCCAUCGAGCAGUGGCGCGGCGUUGGCGGCGGUCAGUGUCCUCUGUGUCGAGCGGUUAUACGCGAUGUUAUCCGCACCUACACCACGUAGGCAACCAACCAA------ ....(.(((((((((......))))))))))(((((..((((..((..((.((......))(((......)))))..))..)))).(((((.....)))))...)))))...------ ( -42.30, z-score = -0.41, R) >anoGam1.chr2R 49366726 112 + 62725911 CUACGACUGUGCGAUCAAGCAGUGGCGCGGCAUCGGCGGUGGGCACUGCCCACUGUGCCGCGCGGUCAUCCGCGACGUCAUCCGGACGUACAAGUCGUAGGGCGUGUGCAGG------ (((((((((((((.((.....((((((((((....(((((((((...))))))))))))))((((....))))...)))))...))))))).)))))))).((....))...------ ( -57.80, z-score = -2.41, R) >triCas2.ChLG2 11890902 101 - 12900155 UUACGAAUGUGCGCUGCAACAAUGGCGGGGCAAAGGUGGAGGGCACUGCCCUUUGUGCAGGGCCGUAAUUAGGGACGUGAUUCGUACGUACAAGUCGUAGA----------------- ((((((.((((((.(((....(((((.(.(((((((.(.((....)).)))))))).)...)))))......(((.....))))))))))))..)))))).----------------- ( -35.20, z-score = -1.12, R) >apiMel3.GroupUn 355994917 92 + 399230636 CUAUCCCUGCGCCACCCAACAGUGGCGCGGCAAAGGUGGCGGACAUUGCCCACUUUGUCGAGCGACCAUCAGGGACGUGAUCCGGAUCUACA-------------------------- ...((((((((((((......)))))))(((((((..((((.....))))..)))))))...........))))).(((((....))).)).-------------------------- ( -37.10, z-score = -2.13, R) >consensus CUACGACUGCGCCAUCGAGCAGUGGCGCGGAGUGGGCGGUGGCCAGUGCCCACUGUGCCGGGCGGUCAUCCGGGACGUCAUCCGCACCUACACCACGUAGAAAGGCCGAAGG______ (((((.((.((((((......)))))).))....((((((((.......)))))..)))..((((................))))..........))))).................. (-22.06 = -22.05 + -0.01)
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