| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 4,450,405 – 4,450,517 |
| Length | 112 |
| Max. P | 0.576419 |
| Location | 4,450,405 – 4,450,517 |
|---|---|
| Length | 112 |
| Sequences | 10 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 74.78 |
| Shannon entropy | 0.49179 |
| G+C content | 0.48269 |
| Mean single sequence MFE | -34.89 |
| Consensus MFE | -15.23 |
| Energy contribution | -15.86 |
| Covariance contribution | 0.63 |
| Combinations/Pair | 1.32 |
| Mean z-score | -1.66 |
| Structure conservation index | 0.44 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.17 |
| SVM RNA-class probability | 0.576419 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 4450405 112 - 27905053 AGGGAUCGGGAUGCUCGGUGCUGCCAAGACGCAGGAUAAGGAUGUCAG--CUCAUUAUGCAUCCUUCGCGUU-UUUGAUUUG-UUUGCACGAGA--CGUGCGCAUAAAUUGAGAUGCG-- .......(((((((..((((((((......))))((((....))))..--..))))..))))))).((((((-.(..(((((-(.((((((...--)))))).))))))..)))))))-- ( -37.90, z-score = -1.27, R) >droEre2.scaffold_4770 608496 112 + 17746568 AGGGAUCGGGGUGCUCGGUGCUGCCAAGACGCAGGAUAAGGAUGUCAG--CUCAUUAUGCAUCCUUCGCGUU-UUUGAUUUG-UGUGCACGAGA--CGUGCGCAUAAAUUGAGAUGCG-- .......(((((((..((((((((......))))((((....))))..--..))))..))))))).((((((-.(..(((((-((((((((...--)))))))))))))..)))))))-- ( -43.60, z-score = -2.52, R) >droYak2.chr3R 8510717 106 - 28832112 ------AGGGAUGCUCGGUGCUGCCAAGACGCAGGAUAAGGAUGUCAG--CUCAUUAUGCAUCCUUCGCGUU-UUUGAUUUG-UGUGCACGAGA--CGUGCGCAUAAAUUGAGAUGCG-- ------((((((((..((((((((......))))((((....))))..--..))))..))))))))((((((-.(..(((((-((((((((...--)))))))))))))..)))))))-- ( -44.50, z-score = -3.79, R) >droSec1.super_0 3716379 112 + 21120651 AGGGAUCGGGAUGCUCGGUGCUGCCAAGACGCAGGAUAAGGAUGUCAG--CUCAUUAUGCAUCCUUCGCGUU-UUUGAUUUG-UGUGCACGAGA--CGUGCGCAUAAAUUGAGAUGCG-- .......(((((((..((((((((......))))((((....))))..--..))))..))))))).((((((-.(..(((((-((((((((...--)))))))))))))..)))))))-- ( -44.20, z-score = -2.86, R) >droSim1.chr3R 10680879 112 + 27517382 AGGGAUCGGGAUGCACGGUGCUGCCAAGACGCAGGAUAAGGAUGUCAG--CUCAUUAUGCAUCCUUCGCGUU-UUUGAUUUG-UGUGCACGAGA--CGUGCGCAUAAAUUGAGAUGCG-- .......((((((((..(((((((......))))((((....))))..--..)))..)))))))).((((((-.(..(((((-((((((((...--)))))))))))))..)))))))-- ( -47.30, z-score = -3.96, R) >dp4.chr2 13551677 97 + 30794189 ---------------AGGCAUUAGGAAGAUGGGGGAUAAAGAUGUCGG--CUCAUUAUGCAUCCUUCGCGUU-UUUGAUUUG-UUUGCACAAGA--CGUGCGCAUAAAUUGAGAUGCG-- ---------------...............(((((((.(.((((....--..)))).)..)))))))(((((-.(..(((((-(.(((((....--.))))).))))))..)))))).-- ( -27.20, z-score = -1.21, R) >droPer1.super_0 736913 97 + 11822988 ---------------AGGCAUUAGGAAGAAGGGGGAUAAAGAUGUCGG--CUCAUUAUGCAUCCUUCGCGUU-UUUGAUUUG-UUUGCACAAGA--CGUGCGCAUAAAUUGAGAUGCG-- ---------------............(((((((.((((.((.(....--))).)))).).))))))(((((-.(..(((((-(.(((((....--.))))).))))))..)))))).-- ( -28.70, z-score = -1.89, R) >droAna3.scaffold_13340 18684673 99 - 23697760 ---------------AGAGGAGCCCAGGACGCUGGAUAAGGAUGUCGG--CUCAUUAUGCAUCCUUGGCGUU-UUUGAUUUG-UUUGCACGAGA--CGUGCGCAUAAAUUGAGAUGUGAA ---------------........((((....)))).((((((((.((.--.......))))))))))(((((-.(..(((((-(.((((((...--)))))).))))))..))))))... ( -30.80, z-score = -1.48, R) >droWil1.scaffold_181130 7854098 92 + 16660200 --------------------AGGGAAAUUGAAAAGAGGAAGGUCUUAG--CUCAUUAUGCAGUCUCCGCGUU-UUUGAUUUG-UUUGCAAGGGA--CGUGCGCAUAAAUUGUGAUGCG-- --------------------..(((.((((....(((.((....))..--)))......)))).)))(((((-..(((((((-(.((((.....--..)))).)))))))).))))).-- ( -19.50, z-score = 0.85, R) >droVir3.scaffold_12855 1955358 101 + 10161210 -------------------GUGUCUGUGCCAGUUGCGAGCAUUGCCAGCUCUCAUUGUGCAUCCUUGAAGCUGUCUGACUUGUUUUGCGUGAGACGCGCGCGCAUAAAUUGAGAUUUGAA -------------------((((.(((((.((((.((((...((((((......))).)))..)))).))))((((.((.........)).))))))))).))))............... ( -25.20, z-score = 1.50, R) >consensus _______________CGGUGCUGCCAAGACGCAGGAUAAGGAUGUCAG__CUCAUUAUGCAUCCUUCGCGUU_UUUGAUUUG_UUUGCACGAGA__CGUGCGCAUAAAUUGAGAUGCG__ ................................(((((...((((........))))....)))))..(((((..((((((((...((((((.....))))))..)))))))))))))... (-15.23 = -15.86 + 0.63)
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