Sequence ID | dm3.chr2L |
---|---|
Location | 6,745,620 – 6,745,761 |
Length | 141 |
Max. P | 0.813986 |
Location | 6,745,620 – 6,745,761 |
---|---|
Length | 141 |
Sequences | 6 |
Columns | 144 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 74.10 |
Shannon entropy | 0.46971 |
G+C content | 0.44685 |
Mean single sequence MFE | -41.27 |
Consensus MFE | -20.90 |
Energy contribution | -23.05 |
Covariance contribution | 2.15 |
Combinations/Pair | 1.36 |
Mean z-score | -1.75 |
Structure conservation index | 0.51 |
Background model | dinucleotide |
Decision model | sequence based alignment quality |
SVM decision value | 0.77 |
SVM RNA-class probability | 0.813986 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2L 6745620 141 + 23011544 AUGGAUCGGCCU---UCAAGGCAGACUAGAUGAUUUAGUCUCGGCUAAUACUACCCAUCCAUUUGGGUGCUCAUCUCUUUCGUCAGUGGCCUAUUAGAUCUCUAAGGUUAAACCAAUUUGUUUGGCAUCGGUCGAAUGGGAAUC .(((.(..(((.---...((((..(((.(((((.(((((....)))))...((((((......))))))..........)))))))).)))).((((....)))))))..).))).((..((((((....))))))..)).... ( -40.90, z-score = -1.27, R) >droAna3.scaffold_12916 8325325 134 + 16180835 GUUGAUGUGUUUCGAUCCAGGGGGUCUUUAUGGC-------GAACCGAUUCUUCCCAUCACAUCUAAUUCGCAUCUCUCUCGUCGGGGGCCAAUUAGAUCUCCGAGGCUAAAAUAAUUUAUUGGCCAACACGGGAAAAAUG--- ...((((((....(((((...)))))...((((.-------(((.......))))))))))))).............(((((((((((..(.....)..))))))((((((.........))))))....)))))......--- ( -36.50, z-score = -0.57, R) >droEre2.scaffold_4929 15663126 120 + 26641161 AUGGAGCUGCCU---UCAAGGCAGACUAGAUGAU------------------AGCCAUCAAUUUGGGUGCUCAUCCCUUUCGUCAGUGGCCUAUUAGAUCUCUAAGGCUGAACUAAUUUGUUUGGCAUCGGUCAGAUAGGA--- ..(((((((((.---....))))).)).((((((------------------(.(((......))).)).)))))))............((((((.((((......((..(((......)))..))...)))).)))))).--- ( -38.70, z-score = -1.21, R) >droYak2.chr2L 16160068 119 - 22324452 AUGGAGCUGCCU---UCAAGGCAGACUAGAUGAU------------------AUCCAUCAAUGUGGGUGCUCAUCGCUUUCGUCAGUGGCCUAUUAGAUCUCUUAGGCAGAACUAAUUUGUUUGGCAUGGGUCUGAUAGG---- (((((((((((.---....)))))....((((((------------------((((((....))))))).)))))..))))))......((((((((((((.....((.((((......)))).))..))))))))))))---- ( -42.00, z-score = -2.32, R) >droSec1.super_3 2284510 141 + 7220098 AUGGAUCUGCCU---UCAAGGCAGACUAGAUGAUUUAGUCUGGGCUAAUACUACCCAUCAAUUUGGGUGAUCAUCUCUUUCGUCAGUGGCCUAUUAGAUCUCUAAGGUUGAACCAAUUUGUUUGGCAUCGGUCGAAUGGAAAUC .(((.((((((.---....)))))))))(((((((((((....)))))...((((((......))))))))))))..((((((...(((((..((((....)))).((..(((......)))..))...))))).))))))... ( -45.10, z-score = -2.48, R) >droSim1.chr2L 6545664 141 + 22036055 AUGGAUCUGCCU---UCAAGGCAGACUAGAUGAUUUAGUCUGGGCUAAUACUACCCAUCAAUUUGGGUGCUCAUCUCUUUCGUCAGUGGCCUAUUAGAUCUCUAAGGUUGAACCAAUUUGUUUGGCAUCGGUCGAAUGAAAAUC .(((.((((((.---....)))))))))(((((.(((((....)))))...((((((......)))))).)))))..((((((...(((((..((((....)))).((..(((......)))..))...))))).))))))... ( -44.40, z-score = -2.66, R) >consensus AUGGAUCUGCCU___UCAAGGCAGACUAGAUGAU_______GGGCUAAUACUACCCAUCAAUUUGGGUGCUCAUCUCUUUCGUCAGUGGCCUAUUAGAUCUCUAAGGCUGAACCAAUUUGUUUGGCAUCGGUCGAAUAGGA___ .(((..((((((......))))))(((.(((((.(((((....)))))....(((((......)))))...........))))))))(((((..(((....))))))))...))).((((((((((....)))))))))).... (-20.90 = -23.05 + 2.15)
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