| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 4,031,362 – 4,031,480 |
| Length | 118 |
| Max. P | 0.841834 |
| Location | 4,031,362 – 4,031,480 |
|---|---|
| Length | 118 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 99.30 |
| Shannon entropy | 0.01724 |
| G+C content | 0.42951 |
| Mean single sequence MFE | -33.34 |
| Consensus MFE | -31.90 |
| Energy contribution | -32.06 |
| Covariance contribution | 0.17 |
| Combinations/Pair | 1.00 |
| Mean z-score | -1.64 |
| Structure conservation index | 0.96 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.88 |
| SVM RNA-class probability | 0.841834 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 4031362 118 + 27905053 UGUGACAGGUUGGAUUUGUUUU-GUGUACGGUGCCUAAGUCUGUCAUCAUCAUCAGCAUAAGACUUGUCUGGCGCCAGCAUUAGGGACAA-UAUUUUCGACUAAAUAUUUCGUCACAGGC ((((((.(((((((.(((((((-((((..(((((((((((((..................)))))))...)))))).))))..)))))))-....))))))).........))))))... ( -33.47, z-score = -1.64, R) >droSim1.chr3R 10291198 118 - 27517382 UGUGACAGGUUGGAUUUGUUUU-GUGUACGGUGCCUAAGUCUGUCAUCAUCAUCAGCAUAAGACUUGUCUGGCGCCAGCAUUAGGGACAA-UAUUUUCGACUAAAUAUUUCGUCACAGGC ((((((.(((((((.(((((((-((((..(((((((((((((..................)))))))...)))))).))))..)))))))-....))))))).........))))))... ( -33.47, z-score = -1.64, R) >droSec1.super_0 3323214 118 - 21120651 UGUGACAGGUUGGAUUUGUUUU-GUGUACGGUGCCUAAGUCUGUCAUCAUCAUCAGCAUAAGACUUGUCUGGCGCCAGCAUUAGGGACAA-UAUUUUCGACUAAAUAUUUCGUCACAGGC ((((((.(((((((.(((((((-((((..(((((((((((((..................)))))))...)))))).))))..)))))))-....))))))).........))))))... ( -33.47, z-score = -1.64, R) >droYak2.chr3R 8105773 118 + 28832112 UGUGACAGGUUGGAUUUGUUUU-GUGUACGGUGCCUAAGUCUGUCAUCAUCAUCAGCAUAAGACUUGUCUGGCGCCAGCAUUAGGGACAA-UAUUUUCGACUAAAUAUUUCGUCACAGGC ((((((.(((((((.(((((((-((((..(((((((((((((..................)))))))...)))))).))))..)))))))-....))))))).........))))))... ( -33.47, z-score = -1.64, R) >droEre2.scaffold_4770 199795 118 - 17746568 UGUGACAGGUUGGAUUUGUUUU-GUGUACGGUGCCUAAGUCUGUCAUCAUCAUCAGCAUAAGACUUGUCUGGCGCCAGCAUUAGGGACAA-UAUUUUCGACUAAAUAUUUCGUCACAGGC ((((((.(((((((.(((((((-((((..(((((((((((((..................)))))))...)))))).))))..)))))))-....))))))).........))))))... ( -33.47, z-score = -1.64, R) >droAna3.scaffold_13340 21488058 118 + 23697760 UGUGACAGGUUGGAUUUGUUUU-GUGUACGGUGCCUAAGUCUGUCAUCAUCAUCAGCAUAAGACUUGUCUGGCGCCAGCAUUAGGGACAA-UAUUUUCGACUAAAUAUUUCGUCACAGGC ((((((.(((((((.(((((((-((((..(((((((((((((..................)))))))...)))))).))))..)))))))-....))))))).........))))))... ( -33.47, z-score = -1.64, R) >dp4.chr2 17757388 118 - 30794189 UGUGACAGGUUGGAUUUGUUUU-GUGUACGGUGCCUAAGUCUGUCAUCAUCAUCAGCAUAAGACUUGUCUGGCGCCAGCAUUAGGGACAA-UAUUUUCGACUAAAUAUUUCGUCACAGGC ((((((.(((((((.(((((((-((((..(((((((((((((..................)))))))...)))))).))))..)))))))-....))))))).........))))))... ( -33.47, z-score = -1.64, R) >droPer1.super_0 7418238 118 + 11822988 UGUGACAGGUUGGAUUUGUUUU-GUGUACGGUGCCUAAGUCUGUCAUCAUCAUCAGCAUAAGACUUGUCUGGCGCCAGCAUUAGGGACAA-UAUUUUCGACUAAAUAUUUCGUCACAGGC ((((((.(((((((.(((((((-((((..(((((((((((((..................)))))))...)))))).))))..)))))))-....))))))).........))))))... ( -33.47, z-score = -1.64, R) >droWil1.scaffold_181130 14152914 118 + 16660200 UGUGACAGGUUGGAUUUGUUUU-GUGUACGAUGCCUAAGUCUGUCAUCAUCAUCAGCAUAAGACUUGUCUGGCGCCAGCAUUAGGGACAA-UAUUUUCGACUAAAUAUUUCGUCACAGGC ((((((..((..(((..(((((-((((..((((.................)))).)))))))))..)))..))............((.((-(((((......)))))))))))))))... ( -30.73, z-score = -0.94, R) >droVir3.scaffold_13047 10059784 118 + 19223366 UGUGACAGGUUGGAUUUGUUUU-GUGUACGGUGCCUAAGUCUGUCAUCAUCAUCAGCAUAAGACUUGUCUGGCGCCAGCAUUAGGGACAA-UAUUUUCGACUAAAUAUUUCGUCACAGGC ((((((.(((((((.(((((((-((((..(((((((((((((..................)))))))...)))))).))))..)))))))-....))))))).........))))))... ( -33.47, z-score = -1.64, R) >droMoj3.scaffold_6540 24851345 118 - 34148556 UGUGACAGGUUGGAUUUGUUUU-GUGUACGGUGCCUAAGUCUGUCAUCAUCAUCAGCAUAAGACUUGUCUGGCGCCAGCAUUAGGGACAA-UAUUUUCGACUAAAUAUUUCGUCACAGGC ((((((.(((((((.(((((((-((((..(((((((((((((..................)))))))...)))))).))))..)))))))-....))))))).........))))))... ( -33.47, z-score = -1.64, R) >droGri2.scaffold_14906 6774480 120 - 14172833 UGUGACAGGUUGGAUUUGUUUUUGUGUAUGGUGCAUAAGUCUGUCAUCAUCAUCAGCAUAAGACUUGUCUGGCGCCAGCAUUAGGGACAAAUAUUUUCGACUAAAUAUUUCGUCACAGGC ((((((.((((((((((((((((((((.((((((((((((((..................))))))))...))))))))).))))))))))....))))))).........))))))... ( -34.67, z-score = -2.27, R) >consensus UGUGACAGGUUGGAUUUGUUUU_GUGUACGGUGCCUAAGUCUGUCAUCAUCAUCAGCAUAAGACUUGUCUGGCGCCAGCAUUAGGGACAA_UAUUUUCGACUAAAUAUUUCGUCACAGGC ((((((.(((((((.((((((..((((..(((((((((((((..................)))))))...)))))).))))...)))))).....))))))).........))))))... (-31.90 = -32.06 + 0.17)
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