| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 3,829,228 – 3,829,348 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.696860 |
| Location | 3,829,228 – 3,829,348 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 13 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 81.34 |
| Shannon entropy | 0.41841 |
| G+C content | 0.49451 |
| Mean single sequence MFE | -40.89 |
| Consensus MFE | -17.09 |
| Energy contribution | -16.19 |
| Covariance contribution | -0.90 |
| Combinations/Pair | 1.67 |
| Mean z-score | -2.25 |
| Structure conservation index | 0.42 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.44 |
| SVM RNA-class probability | 0.696860 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 3829228 120 - 27905053 UUCAACUUGGUGGCGUGCACCUUAUCGGCGUCUGCCAGCCAGUCGUCUAUGUAGGUUUCAAUCUUACGGCGACCAUAAUGGUGUGCGUUAUCAAGAGCAUCCUCGAUGGACGAUUGCAUG .....((((((((((..((((((((.(((........))).((((((...(((((.......))))))))))).)))).))))..)))))))))).((((((.....)))....)))... ( -46.20, z-score = -3.33, R) >droSim1.chr3R 3871721 120 - 27517382 UUCAACUUGGUGGCGUGCACCUUAUCGGCGUCUGCCAGCCAGUCGUCUAUGUAGGUUUCAAUCUUACGGCGACCAUAAUGGUGAGCGUUAUCAAGAGCAUCCUCGAUGGACGAUUGCAUG .....(((((((((((.((((((((.(((........))).((((((...(((((.......))))))))))).)))).)))).))))))))))).((((((.....)))....)))... ( -42.70, z-score = -2.34, R) >droSec1.super_6 3897229 120 - 4358794 UUCAACUUGGUGGCGUGCACCUUAUCGGCGUCUGCCAGCCAGUCGUCUAUGUAGGUUUCAAUCUUACGGCGACCAUAAUGAUGUGCGUUAUCAAGAGCAUCCUCGAUGGACGAUUGCAUG .....((((((((((..(((.((((.(((........))).((((((...(((((.......))))))))))).)))).).))..)))))))))).((((((.....)))....)))... ( -39.70, z-score = -1.66, R) >droYak2.chr3R 22390659 120 + 28832112 UUCAACUUGGUGGCGUGCACCUUAUCGGCGUCUGCCAGCCAGUCGUCUAUGUAGGUUUCAAUCUUACGGCGACCAUAAUGGUGUGCGUUAUCUAGAGCAUCCUCGAUGGACGAUUGCAUG .....((.(((((((..((((((((.(((........))).((((((...(((((.......))))))))))).)))).))))..))))))).)).((((((.....)))....)))... ( -42.10, z-score = -2.11, R) >droEre2.scaffold_4770 4067936 120 - 17746568 UUCAACUUGGUGGCAUGCACCUUAUCGGCGUCUGCCAGCCAGUCGUCUAUGUAGGUUUCAAUCUUACGGCGACCAUAAUGGUGUGCGUUAUCUAGUGCAUCCUCGAUGGACGAUUGCAUG ........(.(((((.((.((.....)).)).))))).)((((((((((((((((.......)))))............((((..(........)..))))....))))))))))).... ( -38.20, z-score = -1.15, R) >droAna3.scaffold_13340 10537743 120 - 23697760 UUCAAUUUGGUGGCAUGGACUUUGUCUGCAUCCGCCAGCCAGUCAUCUAUAUACGUCUCGAUCUUUCGGCGACCAUAAUGGUGCGCAUUAUCCAGCGCAUCAUCAAUGGACGCCUGCAUG .......((((((.((((((...)))..)))))))))((....................((....))((((.((((.(((((((((........)))))))))..)))).)))).))... ( -38.40, z-score = -1.88, R) >dp4.chr2 20736915 120 + 30794189 UUGAGCUUGGCGGCAUGCACCUUAUCGGCAUCUGCAAGCCAAUCGUCAAUGUAGGUUUCUAUCUUACGGCGACCAUAAUGGUGCGCAUUGUCGAGCGCAUCAUCAAUGGACGCCUGCAUA (((.(((((.(((.((((.........)))))))))))))))........(((((.......)))))((((.((((.(((((((((........)))))))))..)))).))))...... ( -43.90, z-score = -2.10, R) >droPer1.super_0 10424342 120 - 11822988 UUGAGCUUGGCGGCAUGCACCUUAUCGGCAUCUGCAAGCCAAUCGUCAAUGUAGGUUUCUAUCUUACGGCGACCAUAAUGGUGCGCAUUGUCGAGCGCAUCAUCAAUGGACGCCUGCAUA (((.(((((.(((.((((.........)))))))))))))))........(((((.......)))))((((.((((.(((((((((........)))))))))..)))).))))...... ( -43.90, z-score = -2.10, R) >droWil1.scaffold_181130 5705805 120 + 16660200 UUUAGCUUGGUGGCAUGCACCUUGUCCGCAUCGGCCAGCCAAUCAUCAAUAUAUGUCUCAAUUUUACGGCGUCCAUAAUGGUGAGCAUUGUCCAGCGCAUCAUCUAUGGACGCCUGCACA ....((((((((((((((.........))))..)))).)))).........................((((((((((((((((.((........)).)))))).)))))))))).))... ( -41.70, z-score = -2.80, R) >droVir3.scaffold_12822 2628255 120 + 4096053 UUUAAUUUGGUGGCAUGCACCUUGUCGGCAUCGGCUAGCCAAUCAUCUAUAUAGGUCUCAAUCUUACGGCGACCAUAAUGAUGCGCAUUGUCGAGCGCAUCAUCAAUGGACGCCUGUAUA ......(((((((((.......))))(((....))).)))))......................(((((((.((((.(((((((((........)))))))))..)))).)))).))).. ( -37.30, z-score = -1.60, R) >droMoj3.scaffold_6540 11638810 120 - 34148556 UUCAACUUGGUGGCAUGCACCUUGUCCGCAUCGGCCAACCAAUCAUCAAUGUAGGUCUCAAUCUUACGGCGCCCAUAAUGAUGCGCAUUAUCGAGCGCAUCAUCAAUGGACGCUUGUAUA ......((((((((((((.........))))..))).)))))........(((((.......)))))((((.((((.(((((((((........)))))))))..)))).))))...... ( -39.80, z-score = -2.78, R) >droGri2.scaffold_14624 1720196 120 + 4233967 UUCAGCUUGGUCGCAUGCACUUUGUCCGCAUCCACGAGCCAAUCAUCAAUGUAGGUCUCAAUCUUACGUCGUCCAUAAUGGUGCGCAUUAUCAAGCGCAUCAUCAAUGGACGCUUGUAUA ........((..((..((.....))..))..))((((((.........(((((((.......))))))).((((((.(((((((((........)))))))))..))))))))))))... ( -39.70, z-score = -4.14, R) >anoGam1.chr2R 23557940 117 + 62725911 UUCAGCUUGAUUGCCUGUGUCGGAUCGGUAUCGUUGAAGAUACCAUCGACGUACUGUUCGAUAUGUGAGCGACCGUACUUGUACGCGUUGUCGAUGAUGUUGUCCAU---CGAUUGCAUG ....((..(.((((((((((((((.(((((.((((((.(....).)))))))))))))))))))).).)))).)(((....)))))((.(((((((........)))---)))).))... ( -38.00, z-score = -1.29, R) >consensus UUCAACUUGGUGGCAUGCACCUUAUCGGCAUCUGCCAGCCAAUCGUCUAUGUAGGUUUCAAUCUUACGGCGACCAUAAUGGUGCGCAUUAUCGAGCGCAUCAUCAAUGGACGCUUGCAUG ......((((((((((((.........))))..))).)))))........................(((((.((((...(((((.(........).)))))....)))).)).))).... (-17.09 = -16.19 + -0.90)
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