| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 3,828,341 – 3,828,461 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.802986 |
| Location | 3,828,341 – 3,828,461 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 76.36 |
| Shannon entropy | 0.52858 |
| G+C content | 0.54097 |
| Mean single sequence MFE | -43.83 |
| Consensus MFE | -20.11 |
| Energy contribution | -19.17 |
| Covariance contribution | -0.93 |
| Combinations/Pair | 1.70 |
| Mean z-score | -1.66 |
| Structure conservation index | 0.46 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.74 |
| SVM RNA-class probability | 0.802986 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 3828341 120 + 27905053 CACUUCGUGGUCGCCGGACAAUCCAUGUGGAUAGCUGUAGCGGGCUAUCUGAGUAGCUUUCUUGGCGCCCUGCAGGUGCCGGUAUUUCUACUGGUUAUGACCUAUGUAACAGCAUCUACG .........(((....))).......((((((.(((((.((((((...(..((.......))..).)))).))(((((((((((....)))))))....)))).....))))))))))). ( -40.20, z-score = -0.87, R) >droSim1.chr3R 3870835 120 + 27517382 CACUUCGUGGUCGCCGGACAAUCCAUGUGGAUAGCUGUGGCGGGCUAUCUGAGUAGCUUUCUGGGCGCCCUGCAGGUGCCGGUAUUUUUACUGGUUAUGGCAUAUGUAACAGCGUCUACG .....(((((.(((...(((((((....)))).(((((((((((((((....)))))))....((((((.....))))))((((....)))).))))))))...)))....))).))))) ( -42.90, z-score = -0.83, R) >droSec1.super_6 3896343 120 + 4358794 CACUUCGUGGUCGCCGGACAGUCCAUGUGGAUAGCUGUUGCGGGCUAUCUGAGUAGCUUUCUUGGCGCCCUGCAGGUGCCGGUAUUUCUACUGGUUAUGGCCUAUGUAACAGCAUCUACG ......((((.(........).))))((((((.(((((((((((((((.(.(((((.....((((((((.....)))))))).....))))).)..)))))))..)))))))))))))). ( -49.70, z-score = -2.98, R) >droYak2.chr3R 22389775 120 - 28832112 CACUUUGUGGUCGCCGGACAGUCCAUGUGGAUAGCUGUGGCAGGCUAUCUAAGUAGCUUUCUUGGCGCCCUUCAGGUGCCGGUAUUUCUACUGGUUAUGGCCUAUGUAACAGCAUCUACG ......((((.(........).))))((((((.(((((.(((((((((...(((((.....((((((((.....)))))))).....)))))....))))))..))).))))))))))). ( -46.30, z-score = -2.68, R) >droEre2.scaffold_4770 4067052 120 + 17746568 CACUUCGUGAUCGCCGGACAGUCCAUGUGGAUAGCUGUGGCAGGCUAUCUAAGUAGUUUUCUUGGCGCCCUGCAGGUGCCGGUAUUUCUACUGAUUAUGGCCUAUGUAACAGCAUCUACG ...............((.....))..((((((.(((((.(((((((((...(((((.....((((((((.....)))))))).....)))))....))))))..))).))))))))))). ( -44.30, z-score = -2.47, R) >droAna3.scaffold_13340 10536854 120 + 23697760 CACUUUGUUGUUGCUGGCCAAACCAUGUGGGUAGCCAUCGCUGGCUACUUGAGCAGUUUUCUGGGUGCCCUUCAGGUGCCCGUUUUCCUGCUGGUUAUGGCAUAUGUUACGGCAUCGACG ......((((.(((((((((((((....(((((((((....))))))))).(((((.....((((..((.....))..)))).....))))))))).))))........))))).)))). ( -50.10, z-score = -3.39, R) >dp4.chr2 20736036 120 - 30794189 CGCUUUGUUGUCGCCGGUCAGUCCAUGUGGAUAGCGAUAGCCGGGUACUUGAGCAGCUUCCUGGGCGCCCUCCAAGUGCCCGUCUUCCUGCUGGUGAUGGCCUACGUCACCGCCUCCACA .((...((((((((......((((....)))).))))))))((((((((((((..(((.....)))...)).)))))))))).......)).(((((((.....)))))))......... ( -45.90, z-score = -1.25, R) >droPer1.super_0 10423463 120 + 11822988 CGCUUUGUUGUCGCCGGUCAGUCCAUGUGGAUAGCGAUAGCCGGGUACUUGAGCAGCUUCCUGGGCGCCCUCCAAGUGCCCGUGUUCCUGCUAGUGAUGGCCUACGUCACCGCCUCCACA ...............((.....)).(((((((((((..(((((((((((((((..(((.....)))...)).)))))))))).)))..)))))((((((.....))))))....)))))) ( -44.90, z-score = -1.24, R) >droWil1.scaffold_181130 5704972 120 - 16660200 CAUUUUGUAGUUGCCGGUCAAUCCAUGUGGAUAGCCAUAGCCGGAUAUCUGUGCAGCUUUUUAGGAGCUCUUCAAGUACCAGUAUUCCUGCUGGUUAUGGCCUAUGUAACGGCCUCGACG .........((((..((((.((((....)))).(((((((((((.((..((...(((((.....)))))...))..))))((((....))))))))))))).........)))).)))). ( -38.10, z-score = -1.67, R) >droMoj3.scaffold_6540 11637934 120 + 34148556 CACUUCGUAGUUGCCGGGCAGUCUAUGUGGAUAGCCAUUGCCAGCUAUUUGUGCAGCUUUCUGGGCGCCCUUCAGGUGCCGGCUCUGCUGCUUGUCAUGAGCUACGUCAUUGCAUCCACA ......((((((((...)))).))))((((((.((.((.((.((((...((.(((((....(.((((((.....)))))).)....)))))....))..))))..)).)).)))))))). ( -41.60, z-score = -0.19, R) >droGri2.scaffold_14624 1719132 120 - 4233967 CAUUUCGUUAUCGCUGGCCAAACUAUGUGGAUAGCCAUUGCUGGCUAUUUGUGCAGCUUUUUGGGCGCUCUUCAAGUGCCCGUCUUUCUGCUGGUGAUGGGCUACGUUUGCGUCUCAACG .....(((...((.(((((..((((.(..((((((((....))))))))..)((((.....((((((((.....)))))))).....))))))))....)))))))...)))........ ( -44.80, z-score = -3.38, R) >anoGam1.chr2R 23557014 120 - 62725911 CCCUUCCUGGUGAUUGGACAGUUUCUGUGGAUGGUUAUCGUCGGGUACGGGAGCAGCUUCCUCGGAGCACUGCAGGUGCCCGUAUUUCUCGGCCUACUAACCUACGGCUUGAUAGGGUUG (((((((........)))(((...((((((.((((....((((((((((((.(((((((.....))))..))).....))))))...))))))..)))).)).)))).)))..))))... ( -37.20, z-score = 0.97, R) >consensus CACUUCGUGGUCGCCGGACAGUCCAUGUGGAUAGCUAUAGCCGGCUAUCUGAGCAGCUUUCUGGGCGCCCUGCAGGUGCCGGUAUUUCUGCUGGUUAUGGCCUAUGUAACAGCAUCUACG ....(((((((((((((.(.((((....)))).))))..))...........((((.....((((((((.....)))))))).....)))).)))))))).................... (-20.11 = -19.17 + -0.93)
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