| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 3,634,755 – 3,634,865 |
| Length | 110 |
| Max. P | 0.500000 |
| Location | 3,634,755 – 3,634,865 |
|---|---|
| Length | 110 |
| Sequences | 13 |
| Columns | 110 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 88.74 |
| Shannon entropy | 0.27404 |
| G+C content | 0.47171 |
| Mean single sequence MFE | -31.46 |
| Consensus MFE | -26.20 |
| Energy contribution | -25.92 |
| Covariance contribution | -0.27 |
| Combinations/Pair | 1.41 |
| Mean z-score | -1.10 |
| Structure conservation index | 0.83 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.02 |
| SVM RNA-class probability | 0.500000 |
| Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 3634755 110 - 27905053 AGUGCCUUAUAUCAUUUGAUAAUAAUCCACAAGGUGUCUACUAUGCCGGACAGGAGCUAUCCGGCGUUGUUGAUCUCAGCGUCGACGCCACGAAGCGCAUUAAAGGUGAG ((((((((.((((....))))...........((((((.((.((((((((.((...)).)))))))).((((....)))))).))))))...))).)))))......... ( -35.00, z-score = -2.09, R) >droGri2.scaffold_14906 2736820 110 - 14172833 AGUGCCUUAUAUCAUUUGAUAAUAAUCCACAAGGUGUCUACUAUGCCGGACAGGAGCUAUCUGGCGUUGUUGAUCUUAGCGUCGAUGCCAACAAGCGCAUUAAAGGUAUG .(((((((.((((....))))...........((((((.((.((((((((.((...)).)))))))).((((....)))))).)))))).............))))))). ( -28.80, z-score = -0.68, R) >droMoj3.scaffold_6540 6922461 110 - 34148556 AGUGCCUUAUAUCAUUUGAUAAUAAUCCACAAGGUGUCUACUAUGCCGGACAGGAACUAUCUGGCGUUGUUGAUCUCAGCGUCGAUGCGACCAAGCGCAUUAAAGGUAAA ..((((((.((((....))))...........(..(((.((.((((((((.((...)).)))))))).)).)))..)......((((((......)))))).)))))).. ( -29.80, z-score = -1.23, R) >droVir3.scaffold_12855 6553989 110 - 10161210 AGUGCCUUAUAUCAUUUGAUAAUAAUCCACAAGGUGUCUACUAUGCCGGACAGGAGCUAUCUGGCGUUGUUGAUCUUAGCGUCGAUGCCACCAAGCGCAUUAAAGGUAAG ..((((((.((((....))))...........((((((.((.((((((((.((...)).)))))))).((((....)))))).)))))).............)))))).. ( -27.40, z-score = -0.28, R) >droWil1.scaffold_181089 7512520 110 - 12369635 AGUGCCUUAUAUCAUUUGAUAAUAAUCCACAAGGUGUCUACUAUGCCGGACAAGAGCUAUCUGGCGUUGUUGAACUUAGCGUUGAUGCCACCAAGCGCAUUAAGGGUAAG .(((..(((((((....))).))))..)))......((.((.((((((((.........)))))))).)).)).((((.(.((((((((.....).))))))).).)))) ( -29.10, z-score = -0.84, R) >droPer1.super_6 2325422 110 - 6141320 AGUGCCUUAUAUCAUUUGAUAAUAAUCCACAAGGUGUCUACUAUGCCGGACAGGAGCUAUCUGGCGUUGUUGAUCUCAGCGUCGAUGCCACCAAGCGGAUCAAAGGUGAG ...(((((.((((....))))...((((.(..((((((.((.((((((((.((...)).)))))))).((((....)))))).)))))).....).))))..)))))... ( -30.70, z-score = -0.66, R) >dp4.chr2 27038415 110 - 30794189 AGUGCCUUAUAUCAUUUGAUAAUAAUCCACAAGGUGUCUACUAUGCCGGACAGGAGCUAUCUGGCGUUGUUGAUCUCAGCGUCGAUGCCACCAAGCGGAUCAAAGGUGAG ...(((((.((((....))))...((((.(..((((((.((.((((((((.((...)).)))))))).((((....)))))).)))))).....).))))..)))))... ( -30.70, z-score = -0.66, R) >droAna3.scaffold_12911 2079398 110 - 5364042 AGUGCCUUAUAUCAUUCGAUCAUAAUUCACAAGGUGUCUAUUAUGCCGGACAGGAGCUAUCGGGCGUUGUUGAUCUCAGUGUCGACGUUACCAAGCGCAUUAAAGGUAAG ..((((((...((.((((..((((((.(((...)))...)))))).))))...))(((....((((((((((....)))...)))))))....)))......)))))).. ( -23.60, z-score = 0.59, R) >droEre2.scaffold_4770 3874877 110 - 17746568 AGUGCCUUAUAUCAUUUGAUAACAAUCCACAAGGUGUCUACUAUGCCGGACAGGAGCUAUCCGGCGUUGUUGAUCUCAGCGUCGACGCCACGAAGCGCAUUAAAGGUGAG ((((((((.((((....))))...........((((((.((.((((((((.((...)).)))))))).((((....)))))).))))))...))).)))))......... ( -35.00, z-score = -2.00, R) >droYak2.chr3R_random 1136727 110 - 3277457 AGUGCCUUAUAUCAUUUGAUAAUAAUCCACAAGGUGUCUACUAUGCCGGACAGGAGCUAUCCGGCGUUGUUGAUCUCAGCGUCGACGCCACGAAGCGCAUUAAAGGUGAG ((((((((.((((....))))...........((((((.((.((((((((.((...)).)))))))).((((....)))))).))))))...))).)))))......... ( -35.00, z-score = -2.09, R) >droSec1.super_6 3705816 110 - 4358794 AGUGCCUUAUAUCAUUUGAUAAUAAUCCACAAGGUGUCUACUAUGCCGGACAGGAGCUAUCCGGCGUUGUUGAUCUCAGCGUCGACGCCACGAAGCGCAUUAAAGGUGAG ((((((((.((((....))))...........((((((.((.((((((((.((...)).)))))))).((((....)))))).))))))...))).)))))......... ( -35.00, z-score = -2.09, R) >droSim1.chr3R 3671291 110 - 27517382 AGUGCCUUAUAUCAUUUGAUAAUAAUCCACAAGGUGUCUACUAUGCCGGACAGGAGCUAUCCGGCGUUGUUGAUCUCAGCGUCGACGCCACGAAGCGCAUUAAAGGUGAG ((((((((.((((....))))...........((((((.((.((((((((.((...)).)))))))).((((....)))))).))))))...))).)))))......... ( -35.00, z-score = -2.09, R) >anoGam1.chr2R 50807982 102 + 62725911 AGUGUCAGAUACGGUUCGAUAAUAACCCGUGCGGGGUCUACUUCCCCGGCCAGUCCCUGUCCGGGUACGUGGAGCUGCGCGU-------ACUGGAAGCGUUCAAAGUAA- .((.((((.(((((((.......)))).(((((.(.(((((...(((((.(((...))).)))))...))))).))))))))-------)))))..))...........- ( -33.90, z-score = -0.19, R) >consensus AGUGCCUUAUAUCAUUUGAUAAUAAUCCACAAGGUGUCUACUAUGCCGGACAGGAGCUAUCCGGCGUUGUUGAUCUCAGCGUCGACGCCACCAAGCGCAUUAAAGGUGAG ..((((((.((((....))))...........((((((.((.((((((((.((...)).)))))))).((((....)))))).)))))).............)))))).. (-26.20 = -25.92 + -0.27)
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