| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 3,093,443 – 3,093,557 |
| Length | 114 |
| Max. P | 0.624144 |
| Location | 3,093,443 – 3,093,557 |
|---|---|
| Length | 114 |
| Sequences | 14 |
| Columns | 119 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 78.29 |
| Shannon entropy | 0.48964 |
| G+C content | 0.63729 |
| Mean single sequence MFE | -51.60 |
| Consensus MFE | -26.77 |
| Energy contribution | -26.94 |
| Covariance contribution | 0.17 |
| Combinations/Pair | 1.70 |
| Mean z-score | -1.36 |
| Structure conservation index | 0.52 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.28 |
| SVM RNA-class probability | 0.624144 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 3093443 114 - 27905053 CUGGCCGC--UGGGCGAUCGAACGGCGGUCGGUCGCCGGGUCGGCUGGAAGGGGAACGAGGCGUCGUGCUGGCUCUGUUUCUUGUUCCGGAGGCGCAUCUGCCGGGCGCAGAUGCA--- ..((((((--(.(((((((((.......))))))))).)).)))))((((((((((((((.((......)).))).))))))).))))......((((((((.....)))))))).--- ( -56.90, z-score = -1.38, R) >anoGam1.chr2R 10604280 114 - 62725911 CUGGCCGC--UCGGCGAGCGGACCGCUUUCGGUGGCCGCGGUGGCUGGAACGGCAGCGAGGACGCCUCGUGGCCCGCCUUCUUGUGCUGGCGGCGGAAGCGCCGGGCACAGAAGCA--- (..(((((--(((((.(.((((.....)))).).)))).))))))..)...(((.((((((...)))))).))).((.((((.(((((((((.(....))))).))))))))))).--- ( -63.40, z-score = -1.17, R) >droGri2.scaffold_14906 6064137 114 + 14172833 UUGGCCAC--UCGGCGAACGAACUGCGGUCGGACGUCGUGUCGGUUGGAAUGGGAAUGAUGAAUCAUGAUGAUUCUGCUUCUUGUUCCGUAUGCGCAUCUGCUUCGCACAGAUGCA--- ..((((((--.(((((..(((.(....))))..))))).)).))))((((..((((....(((((.....)))))...))))..))))......(((((((.......))))))).--- ( -43.10, z-score = -1.99, R) >droMoj3.scaffold_6540 6252208 114 - 34148556 CUGGCCAC--UCGGCGAACGAACUGCGGUCGGACGGCGCGUCGGCUGGAACGGGAACGACGCAUCGUGCUGGUUCUGCUUCUUGUUCCGUAUGCGCAUCUGCCGGGCACAGAUGCA--- ((((((..--(((.....)))....(((.((((..((((((..((.(((((((((((((....))))((.......)).))))))))))))))))).)))))))))).))).....--- ( -44.00, z-score = 0.28, R) >droVir3.scaffold_12855 5948604 114 - 10161210 CUGGCCGC--UUGGCGAACGAACUGCGGUCGGACGUCGUGUCGGUUGGAAUGGGAAUGACGCAUCGUGUUGGUUUUGCUUCUUGUUGCGUAUGCGCAUCUGCUUGGCACAGAUGCA--- ((((((((--....(....)....))))))))..(((((..(.((....)).)..)))))(((((((((..(....((.....(.((((....)))).).)))..)))).))))).--- ( -39.50, z-score = -0.03, R) >droWil1.scaffold_181089 6969221 114 - 12369635 CUGGCCAC--UGGGUGAACGAACUGCAGUCGGACGUCGUGUGGGUUGAAACGGAAACGAGGCAUCAAGCUGGUUCUGCUUCUUAUUCCGAAUCCUCAUAUGCUUGGCACAAAUGCA--- .(((((((--(((.((.........)).))))..(.((((((((..((..(((((..((((((............))))))...)))))..))))))))))).)))).))......--- ( -30.10, z-score = 0.90, R) >droYak2.chr3R_random 840120 114 - 3277457 CUGGCCGC--UGGGCGAUCGAACGGCGGUCGGUCGCCGGGUCGGCUGGAAGGGGAACGAGGCGUCGUGCUGGCUCUGUUUCUUGUUCCGGAGGCGCAUCUGCCGGGCGCAGAUGCA--- ..((((((--(.(((((((((.......))))))))).)).)))))((((((((((((((.((......)).))).))))))).))))......((((((((.....)))))))).--- ( -56.90, z-score = -1.38, R) >droAna3.scaffold_13340 2883187 114 - 23697760 CUGGCCGC--UCGGCGAUCGAACUGCUGUCGGACGCCGCGUCGGCUGGAACGGGAACGAGACGUCGUGGUGGUUCUGCUUCUUGUUCCGGAUGCGCAUCUGCUUGGCACAGAUACA--- ((((((((--..((((.((((.(....))))).))))((((...((((((((((((((..((.........))..)).))))))))))))..))))....))..))).))).....--- ( -45.20, z-score = -0.47, R) >droPer1.super_6 1831624 114 - 6141320 CUGGCCGC--UGGGCGAUCGAACUGCGGUCGGCCGUCGGGUCGGUUGGAAUGGGAAUGAGGCAUCAUGAUGGUUCUGCUUCUUGUUCCGAAUGCGCAUCUGUUUGGCACAGAUGCA--- (((((((.--(((.((((((.....)))))).))).).))))))((((((..((((.(((.(((....))).)))...))))..))))))....((((((((.....)))))))).--- ( -51.20, z-score = -3.06, R) >dp4.chr2 26502925 114 - 30794189 CUGGCCGC--UGGGCGAUCGAACUGCGGUCGGCCGUCGGGUCGGUUGGAAUGGGAAUGAGGCAUCAUGAUGGUUCUGCUUCUUGUUCCGAAUGCGCAUCUGUUUGGCACAGAUGCA--- (((((((.--(((.((((((.....)))))).))).).))))))((((((..((((.(((.(((....))).)))...))))..))))))....((((((((.....)))))))).--- ( -51.20, z-score = -3.06, R) >droSim1.chr3R 3138807 114 - 27517382 CUGGCCGC--UGGGCGAUCGAACGGCGGUCGGUCGCCGGGUCGGCUGGAAGGGGAACGAGGCGUCGUGCUGGCUCUGUUUCUUGUUCCGGAGGCGCAUCUGCCGGGCGCAGAUGCA--- ..((((((--(.(((((((((.......))))))))).)).)))))((((((((((((((.((......)).))).))))))).))))......((((((((.....)))))))).--- ( -56.90, z-score = -1.38, R) >droSec1.super_6 3185447 114 - 4358794 CUGGCCGC--UGGGCGAUCGAACGGCGGUCGGUCGCCGGGUCGGCUGGAAGGGGAACGAGGCGUCGUGCUGGCUCUGUUUCUUGUUCCGGAGGCGCAUCUGCCGGGCGCAGAUGCA--- ..((((((--(.(((((((((.......))))))))).)).)))))((((((((((((((.((......)).))).))))))).))))......((((((((.....)))))))).--- ( -56.90, z-score = -1.38, R) >droEre2.scaffold_4770 3357173 114 - 17746568 CUGGCCGC--UCGGCGAUCGAACGGCGGUCGGUCGCCGGGUCGGCUGGAAGGGGAAUGAGGAGUCGUGCUGGCUCUGUUUCUUGUUCCGGAGUCGCAUCUGCCGGGCGCAGAUGCA--- ..((((((--(((((((((((.......)))))))))))).)))))((((.(((((...((((((.....))))))..))))).))))......((((((((.....)))))))).--- ( -63.50, z-score = -3.89, R) >triCas2.ChLG10 8481946 118 - 8806720 -UGGCCCCGGCUGGACUCUUGACCGCCGUGGGCCUGCGAUGGGCGUGGAAGGCCAGCGGCUGGUCGGGCCCAUGGCGCUUGGCGCUGUGGCUCCUCCGCUGCCGGUAGCAGAAGCACGU -.(((((((((.((.(....).)))))).)))))(((.((.((((((((.((((((...))))))((..(((((((((...)))))))))..))))))).))).)).)))......... ( -63.60, z-score = -0.96, R) >consensus CUGGCCGC__UGGGCGAUCGAACUGCGGUCGGUCGCCGGGUCGGCUGGAAGGGGAACGAGGCGUCGUGCUGGUUCUGCUUCUUGUUCCGGAUGCGCAUCUGCCGGGCACAGAUGCA___ (..((((.....((((..(((.......)))..))))....))))..)....(((((((((...((.........))..)))))))))......(((((((.......))))))).... (-26.77 = -26.94 + 0.17)
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