| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 3,039,022 – 3,039,136 |
| Length | 114 |
| Max. P | 0.954060 |
| Location | 3,039,022 – 3,039,136 |
|---|---|
| Length | 114 |
| Sequences | 11 |
| Columns | 119 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 73.05 |
| Shannon entropy | 0.50956 |
| G+C content | 0.42612 |
| Mean single sequence MFE | -32.47 |
| Consensus MFE | -13.09 |
| Energy contribution | -12.78 |
| Covariance contribution | -0.31 |
| Combinations/Pair | 1.20 |
| Mean z-score | -2.50 |
| Structure conservation index | 0.40 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 1.60 |
| SVM RNA-class probability | 0.954060 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 3039022 114 - 27905053 -CGAAAAGUUGGACAAACAAUCGCGACUAAUG----CCAGCAAUUGCUCAUUGUUGCGAUUACGAGCAUUUGAUUUGUGGCAACACGGAUGCCAAUUGUUUGGCUUUGAUCCGCUGCAA -.(...(((.(((((((((((((((((.((((----..(((....)))))))))))))))).((((((.((((((((((....)))))))..))).))))))).)))).)))))).).. ( -39.00, z-score = -2.89, R) >droSim1.chr3R 3081627 115 - 27517382 CGAAAAAGUUGGACAAACAAUCGCGACUAAUG----CCAGCAAUUGCUCAUUGUUGCGAUUACGAGCAUUUGAUUUGUGGCAACACGGAUGCCAAUUGUUUGGCUUUGAUCGGCUGCAA (((.(((((..(((((..(((((((((.((((----..(((....))))))))))))))))..(.(((((.....((((....))))))))))..)))))..)))))..)))....... ( -41.20, z-score = -3.44, R) >droSec1.super_6 3131285 114 - 4358794 -CCAAAAGUUGGACAAACAAUCGCGACUAAUG----CCAGCAAUUGCUCAUUGUUGCGAUUACGAGUAUUUGAUUUGUGGCAACACGGAUGCCAAUUGUUUGGCUUUGAUCGGCUGCAA -.....((((((.((((.(((((((((.((((----..(((....))))))))))))))))...........(((((((....)))))))(((((....))))))))).)))))).... ( -37.70, z-score = -2.60, R) >droYak2.chr3R 21532637 114 + 28832112 -CGAAAAGUUGGUCAAACAAUCGCGACUAAUG----CCAGCAAUUGCUUAUUGUUGCGAUUACGAGCAUUUGAUUUGUGGCAACACGGAUGCCAAUUGUUUGGCUUUGAUCGGCUGCCA -.....(((((((((((((((((((((.((((----..(((....)))))))))))))))).((((((.((((((((((....)))))))..))).))))))).))))))))))).... ( -42.60, z-score = -3.72, R) >droEre2.scaffold_4770 3302025 114 - 17746568 CGAAAAA-CUGGACAAACAAUCGCGACUAAUG----CCAGCAAUUGCUCAUUGUUGCGAUUACGAGCAUUUGAUUUGUGGCAACACGGAUGCCAAUUGUUUGGCUUUGAUCGGCUGCAA .......-((((.((((((((((((((.((((----..(((....)))))))))))))))).((((((.((((((((((....)))))))..))).))))))).)))).))))...... ( -36.70, z-score = -2.49, R) >droAna3.scaffold_13340 2815828 106 - 23697760 -UGUAAAGUUGGCCAAACAAUCGGGGCUAAUG----UGAGCGAUUGCUCAUUGUUGCGAUUACGAGCAUUUGAUUUGUGGCUACACGGAUGCCAAUUGUUUGGCUCAGAUC-------- -.......(((((((((((((...(((.((((----(..(..(((((........)))))..)..)))))..(((((((....)))))))))).)))))))))).)))...-------- ( -37.50, z-score = -3.07, R) >dp4.chr2 26451692 99 - 30794189 ------------CCAAACAAUUGUGGCUAAUGCGAUCCAACGAUUGCUCUUUGUUACGAUUACGAGCAUUUGAUUUGUGGCUGCAGGGAAUCCAAUUGUUUGCCUUUGAUU-------- ------------.((((((((((..((((..((((((....))))))((..((((.((....))))))...))....))))..).((....))))))))))).........-------- ( -25.80, z-score = -1.42, R) >droPer1.super_6 1780444 99 - 6141320 ------------CCAAACAAUUGUGGCUAAUGCGAUCCAACGAUUGCUCUUUGUUACGAUUACGAGCAUUUGAUUUGUGGCUGCAGGGAAUCCAAUUGUUUGCCUUUGAUU-------- ------------.((((((((((..((((..((((((....))))))((..((((.((....))))))...))....))))..).((....))))))))))).........-------- ( -25.80, z-score = -1.42, R) >droVir3.scaffold_12855 5889555 87 - 10161210 ------------CCAAACAAUUGCGGCUAAUG----CGAGCGAUUUCUCAUUG------UUAGGAGUGUUUGAUUUGUGGUUCCACAAA-UCCGAUUGUUUA-CUCUGGAU-------- ------------((....((((((.((....)----)..))))))........------...((((((((.((((((((....))))))-)).))).....)-))))))..-------- ( -23.40, z-score = -1.62, R) >droMoj3.scaffold_6540 6190647 88 - 34148556 ------------CCAAACAAUUGAGACUAAUG----CUAGCGAUUUCUCAUUG------CUGUGAGUGUUUGAUUUGUGGUUCCACAAAUUUCGAUUGUUUG-CUUUCGAU-------- ------------.((((((((((((((.((((----((((((((.....))))------))...)))))).).((((((....)))))))))))))))))))-........-------- ( -26.20, z-score = -3.47, R) >droGri2.scaffold_14906 6009200 89 + 14172833 ------------CCAAACAAUUGCGGCUAAUG----CGAACGAUUUCUCAUUG------UUAGGAGUGUUUGAUUUGUGGUUCCACAGAUUCCAAUUGUUUACCUCUUGAU-------- ------------..(((((((((.((......----(((((.((((((.....------..)))))))))))(((((((....))))))))))))))))))..........-------- ( -21.30, z-score = -1.40, R) >consensus ____AAA__UGGCCAAACAAUCGCGACUAAUG____CCAGCGAUUGCUCAUUGUUGCGAUUACGAGCAUUUGAUUUGUGGCUACACGGAUGCCAAUUGUUUGGCUUUGAUC________ .............((((((((...................(((...(((..............)))...))).((((((....)))))).....))))))))................. (-13.09 = -12.78 + -0.31)
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