| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 2,319,737 – 2,319,869 |
| Length | 132 |
| Max. P | 0.756454 |
| Location | 2,319,737 – 2,319,869 |
|---|---|
| Length | 132 |
| Sequences | 13 |
| Columns | 133 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 77.46 |
| Shannon entropy | 0.51047 |
| G+C content | 0.57266 |
| Mean single sequence MFE | -53.27 |
| Consensus MFE | -14.26 |
| Energy contribution | -12.42 |
| Covariance contribution | -1.84 |
| Combinations/Pair | 1.89 |
| Mean z-score | -2.72 |
| Structure conservation index | 0.27 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.60 |
| SVM RNA-class probability | 0.756454 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 2319737 132 - 27905053 AGCUGUUGGAGUUGCGAUCGGACAGCGAGGUGACCGUCUCGUGGUUGCUGUCCUGGUGGGAAUGGU-GGCUGUGGUGCGGGUUGCUGCUGAUCACCAUUCCGCUGUGCGGGUGGUGGUGGCUGUGGCUGUGAU .((.((((.(((..(((((((.((((((.....((((..((..((..((((((.....)).)))).-.))..))..)))).))))))))))))(((((.((((...))))))))).)..))).)))).))... ( -59.90, z-score = -3.28, R) >droGri2.scaffold_14830 4600881 129 + 6267026 AGCUGUUGGAGUUGCGGUCGGACAGGGAGGUGACCGUCUCAUGAUUGCUAUCCUGAUGGGAAUGGU-GACUAUGAUGCGGAUU---GCUGCUGAUCAAACUGCUGUGCUGAUGGUGGUGCGUGUGAUGAUGAU .(((((..(....(((((..(((((...((..(((((.(((((.(..((((((.....)).)))).-.).))))).)))).).---.)).))).))..)))))....)..))))).................. ( -42.40, z-score = -1.94, R) >droMoj3.scaffold_6540 9862204 129 + 34148556 AGCUGUUCGAGUUGCGAUCGGAUUGGGAGGUGACCGUCUCGUGGUUGCUGUCCUGGUGGGAAUGGU-GGCUGUGGUGCGGAUU---GCUGCUGAUCAGGCUGCUGUGCUGGUGGUGGUGCGAGUGGUGGUGAU .((..((((..(..(.(((.(((..(..((..(((((..((..((..((((((.....)).)))).-.))..))..)))).).---.)).)..))).(((......)))))).)..)..))))..))...... ( -50.70, z-score = -3.10, R) >droVir3.scaffold_12855 981793 129 + 10161210 AACUAUUCGAAUUGCGAUCGGAUUGGGAGGUGACCGUCUCAUGGUUGCUGUCCUGAUGGGAAUGGU-GGCUAUGAUGCGGAUU---GCUGUUGAUCAGGCUGCUGUGCUGAUGGUGGUGCGUGUGGUGAUGAU .(((((.((.((..(.(((.(((..(..((..(((((.(((((((..((((((.....)).)))).-.))))))).)))).).---.)).)..))).(((......)))))).)..)).)).)))))...... ( -50.00, z-score = -4.27, R) >droWil1.scaffold_181089 541526 132 - 12369635 AACUAUUUGAAUUUCGAUCGGAUAACGAGGUGACUGUCUCAUGAUUACUAUCCUGAUGGGAAUGAU-GGCUAUGAUGUGGAUUCUGGCUAAUGAGUAAACUGCUGCCAUGGCCAUGAUGGCUAUGGCUGUGAU .(((......(((((.((((((((...((....))(((....)))...))))).))).)))))..(-(((((.((.......))))))))...))).....((.(((((((((.....))))))))).))... ( -40.10, z-score = -3.05, R) >droPer1.super_3 4568795 132 + 7375914 AACUGUUCGAGUUUCGAUCGGAUAACGAGGUGGCCGUCUCGUGGUUGCUAUCCUGGUGGGAAUGGU-GGCUGUGGUGCGGAUUGUUGCUAAUCGCCAUGCCGCUAUGCGGAUGAUGGUGGUUGUGAUGAUGAU ...(((((((.......))))))).........((((..((..((..((((((.....)).)))).-.))..))..))))((..(..(.(((((((((.((((...))))...))))))))))..)..))... ( -49.90, z-score = -2.73, R) >dp4.chr2 10732126 132 + 30794189 AACUGUUCGAGUUUCGAUCGGAUAACGAGGUGGCCGUCUCGUGGUUGCUAUCCUGGUGGGAAUGGU-GGCUGUGGUGCGGAUUGUUGCUAAUCGCCAUGCCGCUAUGCGGAUGAUGGUGGUUGUGAUGAUGAU ...(((((((.......))))))).........((((..((..((..((((((.....)).)))).-.))..))..))))((..(..(.(((((((((.((((...))))...))))))))))..)..))... ( -49.90, z-score = -2.73, R) >droAna3.scaffold_13340 13547525 126 - 23697760 AGCUGUUGGAGUUCCGGUCCGACAGCGAGGUGACCGUCUCGUGGUUGCUGUCCUGGUGGGAAUGGU-GGCUGUGGUGCGGAUUGCUGCUGAUCACCAUCCCGCUGUGCGGAUGAUGGUGGCUGUGGU------ .(((((((((.......))))))))).......((((..((..((..((((((.....)).)))).-.))..))..))))...((..(.(.((((((((((((...))))..))))))))).)..))------ ( -56.50, z-score = -2.65, R) >droEre2.scaffold_4770 2566052 132 - 17746568 AGCUGUUGGAGUUGCGAUCGGACAGCGAGGUGACCGUCUCGUGGUUGCUGUCCUGGUGGGAAUGGU-GGCUGUGGUGCGGGUUGCUGCUGAUCACCAUGCCGCUGUGCGGGUGGUGGUGGCUGUGGCUGUGAU .((.((((.(((..(((((((.((((((.....((((..((..((..((((((.....)).)))).-.))..))..)))).))))))))))))(((((.((((...))))))))).)..))).)))).))... ( -59.90, z-score = -3.12, R) >droYak2.chr3R 18239544 132 - 28832112 AGCUGUUGGAGUUGCGAUCGGACAGCGAGGUGACCGUCUCGUGGUUGCUGUCCUGGUGGGAAUGGU-GGCUGUGGUGCGGAUUGCUGCUAAUCACCAUUCCGCUGUGCGGAUGGUGGUGGCUGUGGCUGUGAU .((((((.((.......)).))))))..((..(((((..((..((..((((((.....)).)))).-.))..))..)))).)..))((((.(((((((.((((...)))))))))))))))............ ( -56.40, z-score = -2.78, R) >droSec1.super_6 2406315 132 - 4358794 AGCUGUUGGAGUUGCGAUCGGACAGCGAGGUAACCGUCUCGUGAUUGCUGUCCUGGUGGGAAUGGU-GGCUUUGGUGCGGAUUGCUACUGAUCACCAUUCCGCUGUGCGGGUGGUGGUGGCUGUGGCUGUGAU .((.((((.(((..(.((((((((((((....((......))..))))))))).(((((.((((((-((..(..((((.....)).))..))))))))))))))........))).)..))).)))).))... ( -51.00, z-score = -1.48, R) >droSim1.chr3R 2348284 132 - 27517382 AGCUGUUGGAGUUGCGAUCGGACAGCGAGGUAACCGUCUCGUGGUUGCUGUCCUGGUGGGAAUGGU-GGCUGUGGUGCGGGUUGCUGCUGAUCACCAUUCCACUGUGCGGGUGGUGGUGGCUGUGGCUGUGAU .((.((((.(((..(((((((.((((((.....((((..((..((..((((((.....)).)))).-.))..))..)))).))))))))))))((((((((.....).))))))).)..))).)))).))... ( -56.50, z-score = -2.44, R) >triCas2.ChLG6 6160096 129 + 13544221 GGGCCCCGAAGCGGUGCUCCGACCGGUCGGUGCACACCGAGAAGGAGCGCUCGCGGUGGGGGCGCUCCACGCUGGUGAGGGUCC--CCCGGCGGCUCUUUCG--GUGCUUGCGGUGCCGUUUCUGGUCGUUAU .((((..(((((((..((((((....)))).(((((((((((.(((((((((.(...).)))))))))..((((.((.((....--)))).))))..)))))--)))..)))))..))))))).))))..... ( -69.30, z-score = -1.74, R) >consensus AGCUGUUGGAGUUGCGAUCGGACAGCGAGGUGACCGUCUCGUGGUUGCUGUCCUGGUGGGAAUGGU_GGCUGUGGUGCGGAUUGCUGCUGAUCACCAUGCCGCUGUGCGGGUGGUGGUGGCUGUGGUUGUGAU .((((((...(((.(.((((((((..((((......))))..(....)))))).))).).))).............((((...................)))).........))))))............... (-14.26 = -12.42 + -1.84)
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