Locus 883

Sequence ID dm3.chr2L
Location 6,452,331 – 6,452,488
Length 157
Max. P 0.995698
window1192 window1193 window1194

overview

Window 2

Location 6,452,331 – 6,452,448
Length 117
Sequences 13
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 85.45
Shannon entropy 0.33868
G+C content 0.56147
Mean single sequence MFE -42.38
Consensus MFE -25.04
Energy contribution -25.52
Covariance contribution 0.47
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -2.15
Structure conservation index 0.59
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 0.86
SVM RNA-class probability 0.838605
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2L 6452331 117 + 23011544
GGCGUAGGCCUGGCUAACGUGCCAGUCCCUGGCUGCUAAGAAACGCAGGAUGGUCUGAUAACUGGGCACACGCUCCAAGUCAUCGACACCAUCCAGCAUUUUUCGCAGCUCCAGCAG
.((.((((.(((((......)))))..))))(((((.(((((..((.(((((((.((((.(((((((....)).)).))).))))..))))))).)).))))).)))))....)).. ( -47.60, z-score =  -3.23, R)
>anoGam1.chr3R 28600010 117 - 53272125
GCCCGUCGCCUUAUCGAUGCUGAAAUCGCGCGCGCGCAAAAACCGCAACAGCGUCUGGUAGUCCGGUUCCGGGUGCUCCGAAGUGCCAUGCUCGAACCGUUUGCGCAACUGCACCAG
(((((..(((((((((((((((.....((....))((.......))..))))))).)))))...)))..)))))........((((..(((.(((.....))).)))...))))... ( -37.50, z-score =   0.55, R)
>droGri2.scaffold_15252 14946006 117 - 17193109
UGAAUAGGCCUGGCUGACGUGCCAAUCGCGUGCUGACAAGAAACGCAAGAUGGUCUGAUAACUGGGCAUACGCUCCAGAUCAUCGACACCAUCGAGCAUUUUUCGCAGCUCCAACAG
.......((.((((......))))...))(.((((.(.(((((.((..((((((.((((..((((((....)).))))...))))..))))))..)).))))).))))).)...... ( -35.90, z-score =  -1.30, R)
>droVir3.scaffold_12963 17569109 117 - 20206255
GGCAUAGGCCUGGCUGACGUGCCAGUCGCGUGCUGACAAGAAACGCAAGAUGGUCUGAUAACUGGGCAUGCGCUCCAGAUCAUCGACACCAUCCAGCAUUUUUCGCAGCUCCAGCAG
(((....)))..(((((((((.....)))))((((.(.(((((.((..((((((.((((..((((((....)).))))...))))..))))))..)).))))).)))))..)))).. ( -41.50, z-score =  -1.19, R)
>droMoj3.scaffold_6500 19513747 117 - 32352404
GGCAUAGGCCUGGCUAACGUGCCAGUCGCGUGCUGACAAGAAACGCAAGAUGGUCUGAUAACUGGGCAUACGCUCCAGAUCAUCGACACCAUCGAGCAUUUUUCUCAGCUCCAGCAG
......(((.((((......)))))))((..(((((.(((((..((..((((((.((((..((((((....)).))))...))))..))))))..)).))))).)))))....)).. ( -41.50, z-score =  -2.39, R)
>dp4.chr4_group5 542994 117 - 2436548
GGCAAAGGCCUGGCUCACGUGCCAGUCCCUGGCUGACAAGAAACGCAGGAUGGUCUGAUAACUGGGCACACGCUCCAGAUCAUCGACACCAUCGAGCAUUUUUCGCAGCUCCAGCAG
.((..(((.(((((......)))))..)))(((((.(.(((((.((..((((((.((((..((((((....)).))))...))))..))))))..)).))))).))))))...)).. ( -42.50, z-score =  -2.04, R)
>droPer1.super_5 514736 117 - 6813705
GGCAAAGGCCUGGCUCACGUGCCAGUCCCUGGCUGACAAGAAACGCAGGAUGGUCUGAUAACUGGGCACACGCUCCAGAUCAUCGACACCAUCGAGCAUUUUUCGCAGCUCCAGCAG
.((..(((.(((((......)))))..)))(((((.(.(((((.((..((((((.((((..((((((....)).))))...))))..))))))..)).))))).))))))...)).. ( -42.50, z-score =  -2.04, R)
>droWil1.scaffold_180708 5603691 117 - 12563649
CGAAAAGGCCUGACUGACAUGCCAAUCUCUGGCUGACAAGAAACGCAAGAUGGUCUGAUAACUGGGCAUACGCUCCAAGUCAUCGACACCAUCAAGCAUUUUUCUCAGCUCCAGCAA
......(((.((.....)).)))...((..((((((.(((((..((..((((((.((((.(((((((....)).)).))).))))..))))))..)).))))).))))))..))... ( -33.70, z-score =  -1.88, R)
>droSim1.chr2L 6238286 117 + 22036055
GGCGUAGGCCUGGCUAACGUGCCAGUCCCUGGCUGCUAAGAAACGCAGGAUGGUCUGAUAACUGGGCACACGCUCCAAGUCAUCGACACCAUCCAGCAUUUUUCGCAGCUCCAGCAG
.((.((((.(((((......)))))..))))(((((.(((((..((.(((((((.((((.(((((((....)).)).))).))))..))))))).)).))))).)))))....)).. ( -47.60, z-score =  -3.23, R)
>droSec1.super_5 4501459 117 + 5866729
GGCGUAGGCCUGGCUAACGUGCCAGUCCCUGGCUGCUAAGAAACGCAGGAUGGUCUGAUAACUGGGCACACGCUCCAAGUCAUCGACACCAUCCAGCAUUUUUCGCAGCUCCAGCAG
.((.((((.(((((......)))))..))))(((((.(((((..((.(((((((.((((.(((((((....)).)).))).))))..))))))).)).))))).)))))....)).. ( -47.60, z-score =  -3.23, R)
>droEre2.scaffold_4929 15360679 117 + 26641161
GGCGUAGGCCUGGCUCACAUGCCAGUCCCUGGCUGCCAAGAAACGCAGGAUGGUCUGAUAACUGGGCACACGCUCCAAGUCAUCGACACCAUCCAGCAUUUUUCGCAGCUCCAGCAG
.((.((((.(((((......)))))..))))(((((.(((((..((.(((((((.((((.(((((((....)).)).))).))))..))))))).)).))))).)))))....)).. ( -47.60, z-score =  -3.40, R)
>droYak2.chr2L 15859074 117 - 22324452
GGCGUAGGCCUGGCUCACAUGCCAGUCCCUGGCUGCCAAGAAACGCAGGAUGGUCUGAUAACUGGGCACACGCUCCAAGUCAUCGACACCAUCCAGCAUUUUUCGCAGCUCCAGCAG
.((.((((.(((((......)))))..))))(((((.(((((..((.(((((((.((((.(((((((....)).)).))).))))..))))))).)).))))).)))))....)).. ( -47.60, z-score =  -3.40, R)
>droAna3.scaffold_12916 8365197 117 - 16180835
AGAAAAGGCCUGGCUGACGUGCCAGUCUCUAGCUGCCAAGAAACGCAGUAUGGUCUGAUAACUGGGCACACGCUCCAGGUCAUCGACACCAUCCAGCAUUUUUCGCAGCUCCAGCAG
.......(((((((......))))).....((((((.(((((..((.(.(((((.((((..((((((....)).))))...))))..))))).).)).))))).))))))...)).. ( -37.90, z-score =  -1.12, R)
>consensus
GGCAUAGGCCUGGCUGACGUGCCAGUCCCUGGCUGACAAGAAACGCAGGAUGGUCUGAUAACUGGGCACACGCUCCAAGUCAUCGACACCAUCCAGCAUUUUUCGCAGCUCCAGCAG
.......((.((((......)))).......((((.(.(((((.((..((((((.((((...(((((....)).)))....))))..))))))..)).))))).)))))....)).. (-25.04 = -25.52 +   0.47)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 3

Location 6,452,331 – 6,452,448
Length 117
Sequences 13
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.45
Shannon entropy 0.33868
G+C content 0.56147
Mean single sequence MFE -49.98
Consensus MFE -35.02
Energy contribution -35.48
Covariance contribution 0.46
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -2.99
Structure conservation index 0.70
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 2.83
SVM RNA-class probability 0.995698
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2L 6452331 117 - 23011544
CUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUGGAUGGUGUCGAUGACUUGGAGCGUGUGCCCAGUUAUCAGACCAUCCUGCGUUUCUUAGCAGCCAGGGACUGGCACGUUAGCCAGGCCUACGCC
..((..(.(((((...((((((.(((((((.(.(((((((.((.((....)))))))))))).))))))).))))))....)))))).(((.(((((......))))).)))..)). ( -54.30, z-score =  -3.97, R)
>anoGam1.chr3R 28600010 117 + 53272125
CUGGUGCAGUUGCGCAAACGGUUCGAGCAUGGCACUUCGGAGCACCCGGAACCGGACUACCAGACGCUGUUGCGGUUUUUGCGCGCGCGCGAUUUCAGCAUCGAUAAGGCGACGGGC
.((((((((((((((.((((((((.......((.(....).))..(((....))).......)).))))))(((((....)).)))))))))))...))))))....(....).... ( -37.10, z-score =   1.89, R)
>droGri2.scaffold_15252 14946006 117 + 17193109
CUGUUGGAGCUGCGAAAAAUGCUCGAUGGUGUCGAUGAUCUGGAGCGUAUGCCCAGUUAUCAGACCAUCUUGCGUUUCUUGUCAGCACGCGAUUGGCACGUCAGCCAGGCCUAUUCA
.....((.(((((((.((((((..((((((.(.(((((.((((.((....)))))))))))).))))))..)))))).))).))))......(((((......))))).))...... ( -44.80, z-score =  -2.43, R)
>droVir3.scaffold_12963 17569109 117 + 20206255
CUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUGGAUGGUGUCGAUGAUCUGGAGCGCAUGCCCAGUUAUCAGACCAUCUUGCGUUUCUUGUCAGCACGCGACUGGCACGUCAGCCAGGCCUAUGCC
..((.((.(((((((.((((((.(((((((.(.(((((.((((.((....)))))))))))).))))))).)))))).))).))))......(((((......))))).))...)). ( -50.70, z-score =  -2.99, R)
>droMoj3.scaffold_6500 19513747 117 + 32352404
CUGCUGGAGCUGAGAAAAAUGCUCGAUGGUGUCGAUGAUCUGGAGCGUAUGCCCAGUUAUCAGACCAUCUUGCGUUUCUUGUCAGCACGCGACUGGCACGUUAGCCAGGCCUAUGCC
..((.((.(((((.((((((((..((((((.(.(((((.((((.((....)))))))))))).))))))..)))))).)).)))))......(((((......))))).))...)). ( -49.40, z-score =  -3.67, R)
>dp4.chr4_group5 542994 117 + 2436548
CUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUCGAUGGUGUCGAUGAUCUGGAGCGUGUGCCCAGUUAUCAGACCAUCCUGCGUUUCUUGUCAGCCAGGGACUGGCACGUGAGCCAGGCCUUUGCC
..((..(.(((((((.((((((..((((((.(.(((((.((((.((....)))))))))))).))))))..)))))).))).)))))((((.(((((......))))).)))).)). ( -50.00, z-score =  -2.90, R)
>droPer1.super_5 514736 117 + 6813705
CUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUCGAUGGUGUCGAUGAUCUGGAGCGUGUGCCCAGUUAUCAGACCAUCCUGCGUUUCUUGUCAGCCAGGGACUGGCACGUGAGCCAGGCCUUUGCC
..((..(.(((((((.((((((..((((((.(.(((((.((((.((....)))))))))))).))))))..)))))).))).)))))((((.(((((......))))).)))).)). ( -50.00, z-score =  -2.90, R)
>droWil1.scaffold_180708 5603691 117 + 12563649
UUGCUGGAGCUGAGAAAAAUGCUUGAUGGUGUCGAUGACUUGGAGCGUAUGCCCAGUUAUCAGACCAUCUUGCGUUUCUUGUCAGCCAGAGAUUGGCAUGUCAGUCAGGCCUUUUCG
..(((.(.(((((.((((((((..((((((.(.(((((((.((.((....)))))))))))).))))))..)))))).)).))))))...((((((....)))))).)))....... ( -45.90, z-score =  -3.47, R)
>droSim1.chr2L 6238286 117 - 22036055
CUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUGGAUGGUGUCGAUGACUUGGAGCGUGUGCCCAGUUAUCAGACCAUCCUGCGUUUCUUAGCAGCCAGGGACUGGCACGUUAGCCAGGCCUACGCC
..((..(.(((((...((((((.(((((((.(.(((((((.((.((....)))))))))))).))))))).))))))....)))))).(((.(((((......))))).)))..)). ( -54.30, z-score =  -3.97, R)
>droSec1.super_5 4501459 117 - 5866729
CUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUGGAUGGUGUCGAUGACUUGGAGCGUGUGCCCAGUUAUCAGACCAUCCUGCGUUUCUUAGCAGCCAGGGACUGGCACGUUAGCCAGGCCUACGCC
..((..(.(((((...((((((.(((((((.(.(((((((.((.((....)))))))))))).))))))).))))))....)))))).(((.(((((......))))).)))..)). ( -54.30, z-score =  -3.97, R)
>droEre2.scaffold_4929 15360679 117 - 26641161
CUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUGGAUGGUGUCGAUGACUUGGAGCGUGUGCCCAGUUAUCAGACCAUCCUGCGUUUCUUGGCAGCCAGGGACUGGCAUGUGAGCCAGGCCUACGCC
..((..(.(((((.((((((((.(((((((.(.(((((((.((.((....)))))))))))).))))))).)))))).)).)))))).(((.(((((......))))).)))..)). ( -55.60, z-score =  -4.00, R)
>droYak2.chr2L 15859074 117 + 22324452
CUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUGGAUGGUGUCGAUGACUUGGAGCGUGUGCCCAGUUAUCAGACCAUCCUGCGUUUCUUGGCAGCCAGGGACUGGCAUGUGAGCCAGGCCUACGCC
..((..(.(((((.((((((((.(((((((.(.(((((((.((.((....)))))))))))).))))))).)))))).)).)))))).(((.(((((......))))).)))..)). ( -55.60, z-score =  -4.00, R)
>droAna3.scaffold_12916 8365197 117 + 16180835
CUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUGGAUGGUGUCGAUGACCUGGAGCGUGUGCCCAGUUAUCAGACCAUACUGCGUUUCUUGGCAGCUAGAGACUGGCACGUCAGCCAGGCCUUUUCU
...((..((((((.((((((((...(((((.(.((((((.(((.((....)))))))))))).)))))...)))))).)).))))))..)).(((((......)))))......... ( -47.80, z-score =  -2.51, R)
>consensus
CUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUGGAUGGUGUCGAUGACCUGGAGCGUGUGCCCAGUUAUCAGACCAUCCUGCGUUUCUUGGCAGCCAGGGACUGGCACGUCAGCCAGGCCUAUGCC
.....((.((((....((((((..((((((.(.((((((.(((.((....)))))))))))).))))))..)))))).....))))......(((((......))))).))...... (-35.02 = -35.48 +   0.46)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 6,452,371 – 6,452,488
Length 117
Sequences 13
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.18
Shannon entropy 0.29375
G+C content 0.55884
Mean single sequence MFE -47.60
Consensus MFE -29.67
Energy contribution -30.28
Covariance contribution 0.61
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -2.55
Structure conservation index 0.62
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 1.40
SVM RNA-class probability 0.936079
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2L 6452371 117 - 23011544
ACGCAGCCUGGGCCAGCUGUCGCCCAUGCAGGAGUCCAAGCUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUGGAUGGUGUCGAUGACUUGGAGCGUGUGCCCAGUUAUCAGACCAUCCUGCGUUU
.((((((.(((((........)))))(.(((.(((....))).))).)))))))..((((((.(((((((.(.(((((((.((.((....)))))))))))).))))))).)))))) ( -55.60, z-score =  -3.86, R)
>anoGam1.chr3R 28600050 117 + 53272125
CAAGUAUCUCGGCCAGCUAACGCCGCUGCAGGAGUCCAAGCUGGUGCAGUUGCGCAAACGGUUCGAGCAUGGCACUUCGGAGCACCCGGAACCGGACUACCAGACGCUGUUGCGGUU
...(((...((((((((.......))))..(((((((......((((....))))....(((((..(....((.(....).))...).)))))))))).))....)))).))).... ( -37.60, z-score =   1.32, R)
>droGri2.scaffold_15252 14946046 117 + 17193109
ACGCAAUUUGGGUCAACUAUCGCCCAUGCAGGAGUCCAAGCUGUUGGAGCUGCGAAAAAUGCUCGAUGGUGUCGAUGAUCUGGAGCGUAUGCCCAGUUAUCAGACCAUCUUGCGUUU
..(((...(((((........)))))))).(.(((((((....))))).)).)...((((((..((((((.(.(((((.((((.((....)))))))))))).))))))..)))))) ( -42.90, z-score =  -2.39, R)
>droVir3.scaffold_12963 17569149 117 + 20206255
ACGCAAUUUGGGCCAAUUAUCGCCCAUGCAGGAGUCCAAGCUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUGGAUGGUGUCGAUGAUCUGGAGCGCAUGCCCAGUUAUCAGACCAUCUUGCGUUU
.((((...(((((........)))))(.(((.(((....))).))).)..))))..((((((.(((((((.(.(((((.((((.((....)))))))))))).))))))).)))))) ( -47.70, z-score =  -2.79, R)
>droMoj3.scaffold_6500 19513787 117 + 32352404
UCGCAAUUUGGGCCAAUUAUCACCGAUGCAGGAGUCCAAGCUGCUGGAGCUGAGAAAAAUGCUCGAUGGUGUCGAUGAUCUGGAGCGUAUGCCCAGUUAUCAGACCAUCUUGCGUUU
..(((.((((((((...((((...))))...).))))))).)))............((((((..((((((.(.(((((.((((.((....)))))))))))).))))))..)))))) ( -40.10, z-score =  -1.67, R)
>dp4.chr4_group5 543034 117 + 2436548
CCGCAAUCUGGGCCAGCUCUCCCCGAUGCAGGAGUCCAAGCUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUCGAUGGUGUCGAUGAUCUGGAGCGUGUGCCCAGUUAUCAGACCAUCCUGCGUUU
.((((.((..(..(((((((((........))))....))))))..))..))))..((((((..((((((.(.(((((.((((.((....)))))))))))).))))))..)))))) ( -46.90, z-score =  -2.47, R)
>droPer1.super_5 514776 117 + 6813705
CCGCAAUCUGGGCCAGCUCUCCCCGAUGCAGGAGUCCAAGCUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUCGAUGGUGUCGAUGAUCUGGAGCGUGUGCCCAGUUAUCAGACCAUCCUGCGUUU
.((((.((..(..(((((((((........))))....))))))..))..))))..((((((..((((((.(.(((((.((((.((....)))))))))))).))))))..)))))) ( -46.90, z-score =  -2.47, R)
>droWil1.scaffold_180708 5603731 117 + 12563649
CCGCAAUCUGGGGCAACUGUCACCGAUGCAGGAAUCCAAAUUGCUGGAGCUGAGAAAAAUGCUUGAUGGUGUCGAUGACUUGGAGCGUAUGCCCAGUUAUCAGACCAUCUUGCGUUU
(((((((.((((....((((.......))))...)))).))))).)).........((((((..((((((.(.(((((((.((.((....)))))))))))).))))))..)))))) ( -43.40, z-score =  -2.95, R)
>droSim1.chr2L 6238326 117 - 22036055
CCGCAGCCUGGGCCAGCUGUCGCCCAUGCAGGAGUCCAAGCUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUGGAUGGUGUCGAUGACUUGGAGCGUGUGCCCAGUUAUCAGACCAUCCUGCGUUU
.((((((.(((((........)))))(.(((.(((....))).))).)))))))..((((((.(((((((.(.(((((((.((.((....)))))))))))).))))))).)))))) ( -55.40, z-score =  -3.84, R)
>droSec1.super_5 4501499 117 - 5866729
CCGCAGCCUGGGCCAGCUGUCGCCCAUGCAGGAGUCCAAGCUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUGGAUGGUGUCGAUGACUUGGAGCGUGUGCCCAGUUAUCAGACCAUCCUGCGUUU
.((((((.(((((........)))))(.(((.(((....))).))).)))))))..((((((.(((((((.(.(((((((.((.((....)))))))))))).))))))).)))))) ( -55.40, z-score =  -3.84, R)
>droEre2.scaffold_4929 15360719 117 - 26641161
CCGCAGCCUGGGCCAGCUGUCCCCCAUGCAGGAGUCCAAGCUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUGGAUGGUGUCGAUGACUUGGAGCGUGUGCCCAGUUAUCAGACCAUCCUGCGUUU
.((((((.(.(((.(((((..(.((.....)).)..).))))))).).))))))..((((((.(((((((.(.(((((((.((.((....)))))))))))).))))))).)))))) ( -54.30, z-score =  -3.93, R)
>droYak2.chr2L 15859114 117 + 22324452
ACGAAGCCUGGGCCAGCUGUCCCCCAUGCAGGAGUCCAAGCUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUGGAUGGUGUCGAUGACUUGGAGCGUGUGCCCAGUUAUCAGACCAUCCUGCGUUU
.((.(((.(.(((.(((((..(.((.....)).)..).))))))).).))).))..((((((.(((((((.(.(((((((.((.((....)))))))))))).))))))).)))))) ( -47.90, z-score =  -2.64, R)
>droAna3.scaffold_12916 8365237 117 + 16180835
CCGGAGCCUGGGCCAACUAUCGCCCAUGCAGGAGUCCAAGCUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUGGAUGGUGUCGAUGACCUGGAGCGUGUGCCCAGUUAUCAGACCAUACUGCGUUU
.((.(((.(((((........)))))(.(((.(((....))).))).)))).))..((((((...(((((.(.((((((.(((.((....)))))))))))).)))))...)))))) ( -44.70, z-score =  -1.66, R)
>consensus
CCGCAAUCUGGGCCAGCUGUCGCCCAUGCAGGAGUCCAAGCUGCUGGAGCUGCGAAAAAUGCUGGAUGGUGUCGAUGACCUGGAGCGUGUGCCCAGUUAUCAGACCAUCCUGCGUUU
..........................(((((...((((......)))).)))))..((((((..((((((.(.((((((.(((.((....)))))))))))).))))))..)))))) (-29.67 = -30.28 +   0.61)

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