| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 1,450,605 – 1,450,743 |
| Length | 138 |
| Max. P | 0.806515 |
| Location | 1,450,605 – 1,450,743 |
|---|---|
| Length | 138 |
| Sequences | 15 |
| Columns | 138 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 81.35 |
| Shannon entropy | 0.44137 |
| G+C content | 0.56552 |
| Mean single sequence MFE | -55.43 |
| Consensus MFE | -29.31 |
| Energy contribution | -27.97 |
| Covariance contribution | -1.34 |
| Combinations/Pair | 1.68 |
| Mean z-score | -1.80 |
| Structure conservation index | 0.53 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.75 |
| SVM RNA-class probability | 0.806515 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 1450605 138 + 27905053 UUUCAGACCGUUGUUAUUGAUGGUCGCGGCCAUUUGCUCGGUCGCCUGGCCUCCGUGGUGGCCAAGUACCUGUUGCAGGGCGGCAAGGUGGCCGUGGUCCGCUGCGAGGAGCUGAACCUCUCGGGACACUUCUACAGG .....(((((((......)))))))((((((((((.....(((((((((((.(....).))))..(((.....))).))))))).)))))))))).((((.(.(.((((.......)))).))))))........... ( -57.80, z-score = -0.81, R) >droSim1.chr3R 1485124 138 + 27517382 UUUCAGACCGUUGUUAUUGAUGGUCGCGGCCAUUUGCUCGGCCGCCUGGCCUCCGUGGUGGCCAAGUACCUGUUGCAGGGCGGCAAGGUGGCCGUGGUCCGCUGCGAGGAGCUGAACCUCUCCGGACACUUCUACAGG .....(((((((......)))))))((((((((((.....(((((((((((.(....).))))..(((.....))).))))))).)))))))))).(((((..(.((((.......)))).))))))........... ( -62.00, z-score = -1.76, R) >droSec1.super_6 1565546 138 + 4358794 UUUCAGACCGUUGUUAUUGAUGGUCGCGGCCAUUUGCUCGGCCGCCUGGCCUCCGUGGUGGCCAAGUACCUGUUGCAGGGCGGCAAGGUGGCCGUGGUCCGCUGCGAGGAGCUGAACCUCUCCGGACACUUUUACAGG .....(((((((......)))))))((((((((((.....(((((((((((.(....).))))..(((.....))).))))))).)))))))))).(((((..(.((((.......)))).))))))........... ( -62.00, z-score = -1.94, R) >droYak2.chr3R 17415128 138 + 28832112 CUUCAGACCGUUGUUAUUGAUGGUCGCGGCCAUUUGCUCGGCCGCCUGGCCUCCGUGGUGGCCAAGUACCUGUUGCAGGGCGGCAAGGUGGCCGUUGUCCGCUGCGAGGAGCUGAACCUUUCCGGACACUUCUACAGG .....(((((((......)))))))((((((((((.....(((((((((((.(....).))))..(((.....))).))))))).))))))))))((((((....((((.......))))..)))))).......... ( -60.00, z-score = -1.67, R) >droEre2.scaffold_4770 1722037 138 + 17746568 CUUCAGACCGUUGUUAUUGAUGGUCGCGGCCAUUUGCUCGGCCGCCUGGCCUCUGUGGUGGCCAAGUACCUGUUGCAGGGCGGCAAGGUGGCCGUGGUCCGCUGCGAGGAGCUGAACCUCUCCGGACACUUCUACAGG .....(((((((......)))))))((((((((((.....(((((((((((.(....).))))..(((.....))).))))))).)))))))))).(((((..(.((((.......)))).))))))........... ( -60.90, z-score = -1.50, R) >droAna3.scaffold_13340 5086052 138 - 23697760 UUUCAGACCGUUGUUAUUGAUGGUCGCGGCCAUUUGUUGGGCCGUCUGGCCUCCGUGGUCGCCAAGUACCUGUUGCAGGGCGGCAAGGUCGCUGUGGUGCGCUGCGAGGAGCUGAACCUUUCCGGUCACUUCUACAGA .....(((((((......)))))))((((((........))))))(((.....((..(((((((((((((((((((...))))).)))).))).))))).))..))(((((.(((.((.....)))))))))).))). ( -55.00, z-score = -0.91, R) >dp4.chr2 17317344 135 + 30794189 ---CAGACCGUUGUUAUUGAUGGUCGCGGCCAUUUGCUUGGCCGUCUGGCUUCCGUCGUCGCCAAGUACCUGUUGCAGGGCGGCAAGGUGGCCGUCGUUCGCUGCGAGGAGCUGAACCUCUCCGGCCACUUCUACAGA ---..(((((((......)))))))(((((((......)))))))(((.........((((((..(((.....)))..)))))).((((((((.((((.....))))((((........))))))))))))...))). ( -59.20, z-score = -2.26, R) >droPer1.super_0 11162821 135 + 11822988 ---CAGACCGUUGUUAUUGAUGGUCGCGGCCAUUUGCUUGGCCGUCUGGCUUCCGUCGUCGCCAAGUACCUGUUGCAGGGCGGCAAGGUGGCCGUCGUUCGCUGUGAGGAGCUGAACCUCUCCGGCCACUUCUACAGA ---..(((((((......)))))))(((((((......)))))))(((.........((((((..(((.....)))..)))))).(((((((((..(((((((......))).)))).....)))))))))...))). ( -57.80, z-score = -2.11, R) >droWil1.scaffold_181130 6114938 138 + 16660200 UUGCAGACCGUUAUUAUUGAUGGACGCGGCCAUUUGCUGGGCCGUCUGGCCUCAGUUGUUGCCAAGUACCUGUUGCAGGGCGGCAAAGUGGCUGUGGUUCGCUGCGAGGAGUUGAACCUUUCGGGUCACUUCUACAGA .(((((.((((((....)))))).(((((((((((((((((((....)))).))))(((((((..(((.....)))..)))))))))))))))))).....)))))((((((.((.((....)).))))))))..... ( -60.00, z-score = -2.94, R) >droVir3.scaffold_12855 8293957 138 + 10161210 UUUUAGACCGUUGUUAUUGAUGGACGCGGCCAUUUGCUUGGCCGCCUGGCCUCCGUGGUUGCCAAGUACCUGUUGCAGGGCGGCAAGGUGGCCGUAGUCCGCUGCGAGGAGCUGAACCUUUCUGGUCACUUCUACAGA .....................(((((((((((......)))))))..((((.((...((((((..(((.....)))..))))))..)).))))...)))).(((..(((((.(((.((.....)))))))))).))). ( -56.80, z-score = -1.77, R) >droMoj3.scaffold_6540 23519698 138 + 34148556 UUAUAGACCGUUGUUAUCGAUGGACGCGGCCAUUUGCUUGGCCGCCUGGCCUCCGUGGUAGCCAAGUACCUGUUGCAAGGCGGCAAGGUGGCUGUUGUGCGUUGCGAGGAGCUGAACCUUUCUGGUCACUUCUACAGA .......((((((....)))))).(((((((((..((..((((((((.(((.((...(((((.........)))))..)).))).)))))))))).))).))))))(((((.(((.((.....))))))))))..... ( -54.10, z-score = -1.37, R) >droGri2.scaffold_15074 4895282 138 + 7742996 CUGCAGACCGUUGUUAUUGAUGGUCGCGGCCAUUUACUGGGCCGCCUGGCCUCCGUUGUCGCCAAGUACCUGUUGCAGGGCGGCAAGGUAGCCGUGGUGCGCUGCGAGGAGCUGAACCUCUCUGGCCACUUCUACAGG ..((.(((((((......)))))))))(((((.......(((((((((((..((.((((((((..(((.....)))..))))))))))..)))).)))).)))..((((.......))))..)))))........... ( -60.10, z-score = -1.37, R) >anoGam1.chr3R 867606 138 - 53272125 UUUCAGCCAAUUUUAAUUGACGGACGUGGACACUUGCUUGGUCGACUGGCCUCGGUCGUCGCCAAGCAGAUCCUGUCUGGUAACUCGGUGGUCGUGGUGCGCUGCGAGGGCCUUCAGCUGUCGGGCCAUUUCUUCCGC .......((((....)))).((((((.(((...((((((((.((((.(((....))))))))))))))).)))))))))........((((..(..(((.(((.(((.(((.....))).)))))))))..)..)))) ( -51.40, z-score = -0.79, R) >apiMel3.Group1 19139972 138 + 25854376 UUUCAGCCAAUAUUAAUUGAUGGCCGUGGCCAUUUACUUGGUCGUUUAGCAGCAAUUAUUGCUAAAACGAUUUUACAAGGCAAUAAAGUAAUUGUUGUUCGUAGUGAACAACUUAAUAUUUCUGGUAAUUUUUUCAGG .....(((..........((((((....)))))).....(((((((((((((......))))).))))))))......)))....(((((...(((((((.....)))))))....)))))((((........)))). ( -35.30, z-score = -2.74, R) >triCas2.ChLG5 9210502 138 - 18847211 UUUCAGGCCAUUUUAAUCGAUGGCAGGGGCCAUUUACUUGGUCGUCUUGCAACAAUAGUGGCAAAAACACUAUUGGAAGGGAAUAAAGUUAUUAUUGUGAGAUGUGAACAGUUGAACAUCUCAGGAAAUUUUUACAGG ...(..((((((......))))))..)(((((......))))).((((....((((((((.......))))))))...))))............((.((((((((..........)))))))).))............ ( -39.00, z-score = -3.06, R) >consensus UUUCAGACCGUUGUUAUUGAUGGUCGCGGCCAUUUGCUUGGCCGCCUGGCCUCCGUGGUGGCCAAGUACCUGUUGCAGGGCGGCAAGGUGGCCGUGGUCCGCUGCGAGGAGCUGAACCUCUCCGGACACUUCUACAGG .......(((((......)))))..((((((........)))))).((((..(....)..))))........((((((.(((((......)))).....).))))))((((........))))............... (-29.31 = -27.97 + -1.34)
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