| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 1,287,039 – 1,287,158 |
| Length | 119 |
| Max. P | 0.642557 |
| Location | 1,287,039 – 1,287,158 |
|---|---|
| Length | 119 |
| Sequences | 13 |
| Columns | 119 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 76.32 |
| Shannon entropy | 0.54147 |
| G+C content | 0.47010 |
| Mean single sequence MFE | -36.95 |
| Consensus MFE | -15.57 |
| Energy contribution | -15.25 |
| Covariance contribution | -0.32 |
| Combinations/Pair | 1.76 |
| Mean z-score | -1.59 |
| Structure conservation index | 0.42 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.32 |
| SVM RNA-class probability | 0.642557 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 1287039 119 - 27905053 GAACGGAAGCUACUGGAAACCAUAGCGUCAACGACGAUUUGGGCUUUAGUUUGGAUGACAUUGAUGCGCCUGUAAAGGUUGUGAUAUUGUCGUUGUGGUUCUGGUGGAAGGAAAUCGUG ..((((...((((..(((.((((((((((...))).(((..(((....)))..)))((((.((.(((((((....))).)))).)).))))))))))))))..)))).......)))). ( -37.50, z-score = -2.58, R) >anoGam1.chr2R 27046229 110 - 62725911 AGUUCGGGCAUGACGGAUCGCACGACCAUGGUGAGGAUAUGGAC-ACAAUGU--------UCGACGCACCGGUCAAGGUGAUCAUCGUGUCGAUGUGGUACUGGUGGAAGGAAAUACUG ......(((((((..((((((..((((..((((.((((((....-...))))--------))....))))))))...)))))).)))))))...(((...((......))....))).. ( -33.90, z-score = -0.08, R) >droGri2.scaffold_15074 3567131 118 + 7742996 -GACUGCUGCUGGUGGCAAUCAUAGCCUGAACGAUGAUCUCGGCUUCAGUUUGGAUGAUAUCGAUGCACCCGUCAAGGUGGUCAUAUUAUCGUUGUGGUUCUGGUGGAAGGAGAUUGUG -..((.((.(((.(((.(((((((((((((.(((.....)))...))))....((((((((.(((.((((......))))))))))))))))))))))))))).))).)).))...... ( -34.90, z-score = -0.07, R) >droMoj3.scaffold_6540 3960213 119 - 34148556 CAAAUGCAGCUGGCGGAAAUCAGAGUAUCAAUGAUGAUCUGGGCUUCAGCUUGGACGAUAUUGAUGCACCUGUCAAGGUUAUCAUUCUCUCGCUGUGGUUCUGGUGGAAGGAGAUUGUG .....(((((.((.((((......(((((((((.((.((..(((....)))..)))).)))))))))((((....)))).....)))))).)))))..((((......))))....... ( -34.90, z-score = -0.41, R) >droVir3.scaffold_12855 10004704 119 - 10161210 CGAAAGCGGGUGGUGGAAAUCAUAGCAUCAAUGAUGAUCUAGGCUUCAGUUUGGAUGAUAUUGAUGCCCCCGUUAAAGUAAUCAUACUCUCGCUGUGGUUCUGGUGGAAGGAGAUAGUG ....((((((((((....))))..(((((((((.(.((((((((....)))))))).)))))))))).))))))......(((...((..((((........))))..))..))).... ( -38.00, z-score = -2.24, R) >droWil1.scaffold_181108 73032 119 + 4707319 CUAUGGAGUCGACGACAAACCAUAGCAUAAAUGAGGAUUUGGGUUUCAGUCUGGAUGAUAUUGAUGCGCCUGUUAAGGUAGUCAUCUUGUCACUUUGGUUUUGGUGGAAAGAGAUUGUA .(((((.(((...)))...)))))((((.((((...(((..((......))..)))..)))).))))((((....))))((((.((((..((((........))))..))))))))... ( -27.10, z-score = 0.36, R) >droPer1.super_3 3280581 119 + 7375914 GAGUCGAUGCCACCGGAAAUCACAGCAUCAAUGAUGAUCUGGGCUUCAGCUUAGACGAUAUCGAUGCUCCGGUGAAGGUUGUCAUCCUUUCGCUGUGGUUCUGGUGGAAGGAGAUUGUG .((((....(((((((((.((((((((((.(((.((.(((((((....))))))))).))).))))))..((((((((........))))))))))))))))))))).....))))... ( -48.10, z-score = -3.33, R) >dp4.chr2 9480884 119 + 30794189 GAGUCGAUGCCACCGGAAAUCACAGCAUCAAUGAUGAUCUGGGCUUCAGCUUAGACGAUAUCGAUGCUCCGGUGAAGGUUGUCAUCCUGUCGCUGUGGUUCUGGUGGAAGGAGAUUGUG .((((....(((((((((.(((((((..((((((..((((..(((..(((...((.....))...)))..)))..))))..))))..))..)))))))))))))))).....))))... ( -47.30, z-score = -2.90, R) >droAna3.scaffold_13340 19789826 119 + 23697760 AAAGUGAACCGAAGGGAAACACCAGCAUUAAUGAUGAUCUUGGCUUUAGUCUGGACGACAUUGAUGCUCCUGUGAAGGUUGUGAUCCUCUCGUUGUGGUUCUGGUGGAAGGAAAUAGUG .....((((((..((((..(((.((((((((((.((.(((.(((....))).))))).))))))))))(((....)))..)))....))))....)))))).................. ( -31.80, z-score = -0.58, R) >droEre2.scaffold_4770 1552490 119 - 17746568 GAACGGAAGCUACUGGCAACCAUAGCAUCAACGACGAUUUGGGCUUUAGUUUGGACGACAUCGAUGCGCCUGUAAAGGUUGUGAUAUUGUCGUUAUGGUUCUGGUGGAAAGAAAUCGUG ..((((...((((..(.(((((((((.............(..((....))..)(((((.((((....((((....))))..)))).)))))))))))))))..)))).......)))). ( -35.30, z-score = -1.59, R) >droYak2.chr3R 1692734 119 - 28832112 GAAAGGAACCCAAUGGCAACUAUAGCAUAAAUGACGAUUUGGGCUUUAGUUUGGACGACAUCGAUGCACCUGUAAAGGUUGUGAUAUUGUCGUUGUGGUUCUGGUGGAAAGAAAUCGUG ....(((((((((((((((.(((.((((..(((.((.((..(((....)))..)))).)))..))))((((....))))....)))))))))))).))))))(((........)))... ( -36.80, z-score = -2.91, R) >droSec1.super_6 1401267 119 - 4358794 GAACGGAAGCUACUGGAAACCAUAGCAUCAACGACGAUUUGGGCUUCAGUUUGGACGACAUUGAUGCGCCUGUAAAGGUUGUGAUAUUGUCAUUGUGGUUCUGGUGGAAGGAAAUCGUG ..((((...((((..(((.((((((((((((.(.((.((..(((....)))..)))).).)))))))((((....)))).(((((...)))))))))))))..)))).......)))). ( -37.60, z-score = -2.33, R) >droSim1.chr3R 1318992 119 - 27517382 GAACGGAAGCUACUGGAAACCAUAGCAUCAACGACGAUUUGGGCUUCAGUUUGGACGACAUUGAUGCGCCUGUAAAGGUUGUGAUAUUGUCGUUGUGGUUCUGGUGGAAGGAAAUCGUG ..((((...((((..(((.((((((((((((.(.((.((..(((....)))..)))).).)))))))((((....))))..............))))))))..)))).......)))). ( -37.10, z-score = -2.02, R) >consensus GAACGGAAGCUACUGGAAACCAUAGCAUCAAUGAUGAUCUGGGCUUCAGUUUGGACGACAUUGAUGCGCCUGUAAAGGUUGUCAUAUUGUCGUUGUGGUUCUGGUGGAAGGAAAUCGUG .........(((.(((.((((((((((((.....((.(((((((....))))))))).....))))).((......))...............)))))))))).)))............ (-15.57 = -15.25 + -0.32)
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