Locus 8737

Sequence ID dm3.chr3R
Location 1,119,384 – 1,119,491
Length 107
Max. P 0.950665
window11993 window11994

overview

Window 3

Location 1,119,384 – 1,119,491
Length 107
Sequences 14
Columns 110
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.37
Shannon entropy 0.39374
G+C content 0.56136
Mean single sequence MFE -40.81
Consensus MFE -25.34
Energy contribution -25.06
Covariance contribution -0.28
Combinations/Pair 1.46
Mean z-score -2.14
Structure conservation index 0.62
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 1.56
SVM RNA-class probability 0.950665
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 1119384 107 + 27905053
UGCGGAGUCAAUGGCGGCACAGGUGAGCCACCAGAGUCUUCGGACGGUGUUUUCG---AAAAGAGAUUCCCGCCCAGCUCUGAGACCAGAGUAAUGGGCGAGCUAAAUGG
.((((((((..(((.(((........))).)))..(((....)))..........---......))))))((((((((((((....))))))..)))))).))....... ( -44.30, z-score =  -3.35, R)
>anoGam1.chr2R 53352545 110 - 62725911
UGCGGUGUCAGUGGCGGAACCGGCGAGCCCCCGGAGUCUUCCGAUGGCGUCUUGGACAAAAACAAAUUUCCGCCCAGCUCCGAAACCAAUGUGAUGGGUGAGCUUUUUCG
..........(.(((((((((((.(((((..(((......)))..))).))))))............))))))))(((((.....(((......)))..)))))...... ( -31.30, z-score =   1.25, R)
>droGri2.scaffold_15074 3395644 107 - 7742996
UGUGGAGUUAAUGGCGGCACUGGCGACCCACCAGAUUCUUCGGACGGUGUUUUCG---AAAAUAGAUUGCCGCCCAGCUCUGAGACCAGAGUGAUGGGUGAGCUAAGUAA
...........(((((((((((.(((..((((....((....)).))))...)))---....)))..))))(((((((((((....))))))..)))))..))))..... ( -35.20, z-score =  -1.26, R)
>droMoj3.scaffold_6540 11134741 107 - 34148556
UGCGGUGUCAAUGGCGGCACUGGUGAUCCACCAGAUUCUUCGGACGGUGUUUUCG---AAAAUAGAUUGCCGCCCAGCUCUGAGACCAGAGUGAUGGGCGAGCUGAUUUG
..(((((((......))))))).(((..((((....((....)).))))...)))---....((((((((((((((((((((....))))))..)))))).)).)))))) ( -40.00, z-score =  -1.92, R)
>droVir3.scaffold_12855 2367823 107 - 10161210
UGUGGAGUCAAUGGCGGCACUGGCGACCCACCAGAUUCUUCGGACGGUGUUUUCG---AAAACAAGUUGCCGCCCAGCUCUGAUACCAGAGUGAUGGGCGAGCUAAGUAA
...........(((((((((((.(((..((((....((....)).))))...)))---....).)).))))(((((((((((....))))))..)))))..))))..... ( -37.30, z-score =  -1.31, R)
>droWil1.scaffold_181130 3851162 107 - 16660200
UGGGGAGUCAAUGGCGGCACUGGUGAGCCACCAGAGUCUUCGGAUGGUGUUUUUG---AGAACAAAUUCCCACCCAACUCUGAGACCAGAGUUAUGGGUGAGCUAUAUAU
.(((((.((..(((.(((.(....).))).))))).)))))(((...(((((...---.)))))...)))((((((((((((....))))))..)))))).......... ( -40.30, z-score =  -2.73, R)
>droPer1.super_3 2924750 107 - 7375914
UGCGGAGUCAGUGGCGGCACUGGCGAGCCACCAGAGUCUUCGGACGGUGUUUUCG---AAAACAGAUUCCCGCCCAGCUCUGAGACCAGAGUAAUGGGCGAGCUAUAGAA
.((((((((.(((((.((....))..)))))....(((....)))..(((((...---.)))))))))))((((((((((((....))))))..)))))).))....... ( -46.60, z-score =  -3.52, R)
>dp4.chr2 9127851 107 - 30794189
UGCGGAGUCAGUGGCGGCACUGGCGAGCCACCAGAGUCUUCGGACGGUGUUUUCG---AAAACAGAUUCCCGCCCAGCUCUGAGACCAGAGUAAUGGGCGAGCUAUAGAA
.((((((((.(((((.((....))..)))))....(((....)))..(((((...---.)))))))))))((((((((((((....))))))..)))))).))....... ( -46.60, z-score =  -3.52, R)
>droAna3.scaffold_13340 23301759 102 + 23697760
UGCGGAGUCAAUGGCGGCACAGGUGAGCCACCAGAGUCCUCGGACGGUGUUUUCG---AAAAUAGAUUCCCGCCCAGCUCUGACACCAGAGUGAUGGGCGAGCUA-----
.((((((((..(((.(((........))).)))..(((....)))..........---......))))))((((((((((((....))))))..)))))).))..----- ( -42.40, z-score =  -2.80, R)
>droEre2.scaffold_4770 1394109 106 + 17746568
UGCGGAGUCAAUGGCGGCACAGGUGAGCCACCAGAGUCCUCGGACGGUGUUUUCG---AAAAUAGAUUCCCGCCCAGCUCUGAGACCAGAGUGAUGGGCGAGCUAUAUG-
.((((((((..(((.(((........))).)))..(((....)))..........---......))))))((((((((((((....))))))..)))))).))......- ( -42.40, z-score =  -2.83, R)
>droYak2.chr3R 1499295 106 + 28832112
UGCGGAGUCAAUGGCGGCACAGGUGAGCCACCAGAGUCCUCGGACGGUGUUUUCG---AAAAAAGAUUCCCGCCCAGCUCUGAAACCAGAGUAAUGGGCGAGCUAAAUG-
.((((((((..(((.(((........))).)))..(((....)))..........---......))))))((((((((((((....))))))..)))))).))......- ( -42.40, z-score =  -3.40, R)
>droSec1.super_6 1240730 107 + 4358794
UGCGGAGUCAAUGGCGGCACAGGUGAGCCACCAGAGUCCUCGGACGGUGUUUUCG---AAAAGAGAUUCCCGCCCAGCUCUGAGACCAGAGUGAUGGGCGAGCUAUAUGG
.((((((((..(((.(((........))).)))..(((....)))..........---......))))))((((((((((((....))))))..)))))).))....... ( -42.40, z-score =  -2.34, R)
>droSim1.chr3R 1143699 107 + 27517382
UGCGGAGUCAAUGGCGGCACAGGUGAGCCACCAGAGUCCUCGGACGGUGUUUUCG---AAAAGAGAUUCCCGCCCAGCUCUGAGACCAGAGUGAUGGGCGAGCUAUAUGG
.((((((((..(((.(((........))).)))..(((....)))..........---......))))))((((((((((((....))))))..)))))).))....... ( -42.40, z-score =  -2.34, R)
>triCas2.ChLG5 18069821 106 + 18847211
UGCCGGCCGAAUGGGGGCCGCCG-GAGCCACCGCUCUCCUCAGACGGUGUCUUGUUGAGGAAAAGACCCGUCCCGAAGUCC---ACCAGAUUGAUGGGCGAACUGAGCAG
.(.(((((.......))))).)(-(.....))((((...((.(((((.(((((.........)))))))))).....((((---(.(.....).)))))))...)))).. ( -37.70, z-score =   0.07, R)
>consensus
UGCGGAGUCAAUGGCGGCACAGGUGAGCCACCAGAGUCUUCGGACGGUGUUUUCG___AAAACAGAUUCCCGCCCAGCUCUGAGACCAGAGUGAUGGGCGAGCUAUAUAG
.(((((.((..(((.((..........)).))))).)))...............................((((((((((((....))))))..)))))).))....... (-25.34 = -25.06 +  -0.28)

alignment

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secondary structure

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Window 4

Location 1,119,384 – 1,119,491
Length 107
Sequences 14
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.37
Shannon entropy 0.39374
G+C content 0.56136
Mean single sequence MFE -38.67
Consensus MFE -21.45
Energy contribution -21.86
Covariance contribution 0.41
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.25
Structure conservation index 0.55
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 1.30
SVM RNA-class probability 0.923336
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 1119384 107 - 27905053
CCAUUUAGCUCGCCCAUUACUCUGGUCUCAGAGCUGGGCGGGAAUCUCUUUU---CGAAAACACCGUCCGAAGACUCUGGUGGCUCACCUGUGCCGCCAUUGACUCCGCA
.......((.((((((...(((((....))))).))))))(((.((..((((---((...........))))))...(((((((.(....).)))))))..)).))))). ( -39.00, z-score =  -2.90, R)
>anoGam1.chr2R 53352545 110 + 62725911
CGAAAAAGCUCACCCAUCACAUUGGUUUCGGAGCUGGGCGGAAAUUUGUUUUUGUCCAAGACGCCAUCGGAAGACUCCGGGGGCUCGCCGGUUCCGCCACUGACACCGCA
.......((....(((......)))...((((((((((((((((....)))))))))..((.(((..((((....))))..)))))...)))))))...........)). ( -35.80, z-score =  -0.08, R)
>droGri2.scaffold_15074 3395644 107 + 7742996
UUACUUAGCUCACCCAUCACUCUGGUCUCAGAGCUGGGCGGCAAUCUAUUUU---CGAAAACACCGUCCGAAGAAUCUGGUGGGUCGCCAGUGCCGCCAUUAACUCCACA
.....((((((..(((......))).....))))))(((((((.....((((---((...........))))))..((((((...)))))))))))))............ ( -33.10, z-score =  -2.13, R)
>droMoj3.scaffold_6540 11134741 107 + 34148556
CAAAUCAGCUCGCCCAUCACUCUGGUCUCAGAGCUGGGCGGCAAUCUAUUUU---CGAAAACACCGUCCGAAGAAUCUGGUGGAUCACCAGUGCCGCCAUUGACACCGCA
(((..((((((..(((......))).....))))))(((((((.....((((---((...........))))))..((((((...))))))))))))).)))........ ( -36.70, z-score =  -2.59, R)
>droVir3.scaffold_12855 2367823 107 + 10161210
UUACUUAGCUCGCCCAUCACUCUGGUAUCAGAGCUGGGCGGCAACUUGUUUU---CGAAAACACCGUCCGAAGAAUCUGGUGGGUCGCCAGUGCCGCCAUUGACUCCACA
.....((((((..(((......))).....))))))(((((((.....((((---((...........))))))..((((((...)))))))))))))............ ( -34.10, z-score =  -1.20, R)
>droWil1.scaffold_181130 3851162 107 + 16660200
AUAUAUAGCUCACCCAUAACUCUGGUCUCAGAGUUGGGUGGGAAUUUGUUCU---CAAAAACACCAUCCGAAGACUCUGGUGGCUCACCAGUGCCGCCAUUGACUCCCCA
..........((((((..((((((....))))))))))))(((...((((..---....))))...)))...((.(((((((((........)))))))..)).)).... ( -34.30, z-score =  -2.28, R)
>droPer1.super_3 2924750 107 + 7375914
UUCUAUAGCUCGCCCAUUACUCUGGUCUCAGAGCUGGGCGGGAAUCUGUUUU---CGAAAACACCGUCCGAAGACUCUGGUGGCUCGCCAGUGCCGCCACUGACUCCGCA
.......((.((((((...(((((....))))).))))))(((.((.(((((---((...........)))))))..(((((((.(....).)))))))..)).))))). ( -42.60, z-score =  -3.14, R)
>dp4.chr2 9127851 107 + 30794189
UUCUAUAGCUCGCCCAUUACUCUGGUCUCAGAGCUGGGCGGGAAUCUGUUUU---CGAAAACACCGUCCGAAGACUCUGGUGGCUCGCCAGUGCCGCCACUGACUCCGCA
.......((.((((((...(((((....))))).))))))(((.((.(((((---((...........)))))))..(((((((.(....).)))))))..)).))))). ( -42.60, z-score =  -3.14, R)
>droAna3.scaffold_13340 23301759 102 - 23697760
-----UAGCUCGCCCAUCACUCUGGUGUCAGAGCUGGGCGGGAAUCUAUUUU---CGAAAACACCGUCCGAGGACUCUGGUGGCUCACCUGUGCCGCCAUUGACUCCGCA
-----..((.((((((...(((((....))))).))))))(((.((......---..........(((....)))..(((((((.(....).)))))))..)).))))). ( -39.80, z-score =  -2.37, R)
>droEre2.scaffold_4770 1394109 106 - 17746568
-CAUAUAGCUCGCCCAUCACUCUGGUCUCAGAGCUGGGCGGGAAUCUAUUUU---CGAAAACACCGUCCGAGGACUCUGGUGGCUCACCUGUGCCGCCAUUGACUCCGCA
-......((.((((((...(((((....))))).))))))(((.((......---..........(((....)))..(((((((.(....).)))))))..)).))))). ( -39.80, z-score =  -2.67, R)
>droYak2.chr3R 1499295 106 - 28832112
-CAUUUAGCUCGCCCAUUACUCUGGUUUCAGAGCUGGGCGGGAAUCUUUUUU---CGAAAACACCGUCCGAGGACUCUGGUGGCUCACCUGUGCCGCCAUUGACUCCGCA
-......((.((((((...(((((....))))).))))))(((.((......---..........(((....)))..(((((((.(....).)))))))..)).))))). ( -39.80, z-score =  -2.92, R)
>droSec1.super_6 1240730 107 - 4358794
CCAUAUAGCUCGCCCAUCACUCUGGUCUCAGAGCUGGGCGGGAAUCUCUUUU---CGAAAACACCGUCCGAGGACUCUGGUGGCUCACCUGUGCCGCCAUUGACUCCGCA
.......((.((((((...(((((....))))).))))))(((.((......---..........(((....)))..(((((((.(....).)))))))..)).))))). ( -39.80, z-score =  -2.49, R)
>droSim1.chr3R 1143699 107 - 27517382
CCAUAUAGCUCGCCCAUCACUCUGGUCUCAGAGCUGGGCGGGAAUCUCUUUU---CGAAAACACCGUCCGAGGACUCUGGUGGCUCACCUGUGCCGCCAUUGACUCCGCA
.......((.((((((...(((((....))))).))))))(((.((......---..........(((....)))..(((((((.(....).)))))))..)).))))). ( -39.80, z-score =  -2.49, R)
>triCas2.ChLG5 18069821 106 - 18847211
CUGCUCAGUUCGCCCAUCAAUCUGGU---GGACUUCGGGACGGGUCUUUUCCUCAACAAGACACCGUCUGAGGAGAGCGGUGGCUC-CGGCGGCCCCCAUUCGGCCGGCA
((((((.......(((((.....)))---)).((((((.(((((((((.........))))).)))))))))).))))))......-.(.(((((.......))))).). ( -44.20, z-score =  -1.15, R)
>consensus
CUAUAUAGCUCGCCCAUCACUCUGGUCUCAGAGCUGGGCGGGAAUCUGUUUU___CGAAAACACCGUCCGAAGACUCUGGUGGCUCACCAGUGCCGCCAUUGACUCCGCA
......(((((..(((......))).....)))))((((((......................)))))).........(((((..........)))))............ (-21.45 = -21.86 +   0.41)

alignment

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