Locus 8688

Sequence ID dm3.chr3R
Location 751,594 – 751,764
Length 170
Max. P 0.891689
window11924 window11925

overview

Window 4

Location 751,594 – 751,711
Length 117
Sequences 13
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.20
Shannon entropy 0.28146
G+C content 0.54906
Mean single sequence MFE -40.39
Consensus MFE -31.77
Energy contribution -32.07
Covariance contribution 0.30
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -1.52
Structure conservation index 0.79
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 0.55
SVM RNA-class probability 0.740465
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 751594 117 - 27905053
UAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCA---AGGUAUCCGCUGCCUUCUUCGUCAGAGAAGGGGUCAUCGAGUCGCUGCAUUGAUUGCGAUAGUCCCAUGCCGCUGCAGCGUGCAAUAGAGAGG
..((((((((((((((..((((((---(((((.....))))))((((......)))))))))..)))..))).(((.....)))))))))))..((((((....))).)))......... ( -44.20, z-score =  -1.42, R)
>droSec1.super_6 847822 117 - 4358794
UAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCA---AGGUAUCCGCUGCCUUCUUCGUCAGAGAAGGGGUCAUCGAGUCGCUGCAUUGAUUGCGAUAGUCCCAUGCCGCUGCAGCGUGCAAUAGAGAGG
..((((((((((((((..((((((---(((((.....))))))((((......)))))))))..)))..))).(((.....)))))))))))..((((((....))).)))......... ( -44.20, z-score =  -1.42, R)
>droSim1.chr3R 792618 117 - 27517382
UAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCA---AGGUAUCCGCUGCCUUCUUCGUCAGAGAAGGGGUCAUCGAGUCGCUGCAUUGAUUGCGAUAGUCCCAUGCCGCUGCAGCGUGCAAUAGAGAGG
..((((((((((((((..((((((---(((((.....))))))((((......)))))))))..)))..))).(((.....)))))))))))..((((((....))).)))......... ( -44.20, z-score =  -1.42, R)
>droYak2.chr3R 1073062 117 - 28832112
UAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCA---AGGUAUCCGCUGCCUUCUUCGUCAGAGAAGGGGUCAUCGAGUCGCUGCAUUGAUUGCGAUAGUCCCAUGCCGCUGCAGCGUGCAAUUAAAAGG
..((((((((((((((..((((((---(((((.....))))))((((......)))))))))..)))..))).(((.....)))))))))))..((((((....))).)))......... ( -44.20, z-score =  -2.04, R)
>droEre2.scaffold_4770 1049863 116 - 17746568
UAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCA---AGGUAUCCGCUGCCUUCUUCGUCAGAGAAGGGGUCAUCGAGUCGCUGCAUUGAUUGCGAUAGUCCCAUGCCGCUGCAGCGUGCAAAAGAAGG-
..((((((((((((((..((((((---(((((.....))))))((((......)))))))))..)))..))).(((.....)))))))))))..((((((....))).)))........- ( -44.20, z-score =  -1.81, R)
>droAna3.scaffold_13340 22963268 106 - 23697760
UAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCA---AGGUAUCCGCUGCCUUCUUCGUCAGAGAAGGGGUCAUCGAGUCGCUGCAUUGAUUGCGAUAGUCCCAUGCCGCUGUAGCAGG-----------
..((((((((((((((..((((((---(((((.....))))))((((......)))))))))..)))..))).(((.....)))))))))))....((((....)).))----------- ( -38.30, z-score =  -1.11, R)
>dp4.chr2 8752238 104 + 30794189
UAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCA---AGGUAUCCGCUGCCUUCUUCGUCAGAGAAGGGGUCAUCGAGUCGCUGCAUUGAUUGCGAUAGUCCCAUGUCGCUGUAGAG-------------
..((((((((((((((..((((((---(((((.....))))))((((......)))))))))..)))..))).(((.....)))))))))))...............------------- ( -36.70, z-score =  -1.28, R)
>droPer1.super_3 2552528 104 + 7375914
UAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCA---AGGUAUCCGCUGCCUUCUUCGUCAGAGAAGGGGUCAUCGAGUCGCUGCAUUGAUUGCGAUAGUCCCAUGUCGCUGUAGAG-------------
..((((((((((((((..((((((---(((((.....))))))((((......)))))))))..)))..))).(((.....)))))))))))...............------------- ( -36.70, z-score =  -1.28, R)
>droWil1.scaffold_181130 8211494 104 + 16660200
UAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCA---AGGUAUCCGCUGCCUUCUUCGUCAGAGAAGGGGUCAUCGAGUCGUUGCAUUGAUUGCGAUAAUCCCAUGCCGCUAAAUUG-------------
..((((((((((((((..((((((---(((((.....))))))((((......)))))))))..)))((((......)))))))))))))))...............------------- ( -36.80, z-score =  -2.11, R)
>droMoj3.scaffold_6540 23724885 111 - 34148556
UAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCA---AGGUAUCCGCUGCCUUCUUCGUCAGAGAAGGGGUCAUCGAGUCGCUGCAUUGAUUGCGAUAAUCCCAUGCCGCUGCAGCGUGAAAUU------
..((((((((((((((..((((((---(((((.....))))))((((......)))))))))..)))..))).(((.....)))))))))))(((((.......))))).....------ ( -41.50, z-score =  -1.65, R)
>droVir3.scaffold_12855 8525464 111 - 10161210
UAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCA---AGGUAUCCGCUGCCUUCUUCGUCAGAGAAGGGGUCAUCGAGUCGUUGCAUUGAUUGCGAUAAUCCCAUGCCGCUGCAGCGUGCAAUU------
..((((((((((((((..((((((---(((((.....))))))((((......)))))))))..)))((((......)))))))))))))))..((((((....))).)))...------ ( -44.30, z-score =  -2.62, R)
>droGri2.scaffold_15074 5107383 112 - 7742996
UAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCA---AGGUAUCCGCUGCCUUCUUCGUCAGAGAAGGGGUCAUCGAGUCGCUGCAUUGAUUGCGAUAGUCCCAUGCCGCUGCAGUUUGCAAUAC-----
..((((((((((((((..((((((---(((((.....))))))((((......)))))))))..)))..))).(((.....)))))))))))........(((.....)))....----- ( -38.80, z-score =  -1.08, R)
>anoGam1.chr2R 60230997 113 + 62725911
UAGGACUGCUGGGUAGGCGAUCCACCUCCAUAUCCACUUGUCUCCUCGUCUGAGAAGGCGUCCUCAAUACGUUGCUCUGACUGCGACGUUCCCAUUCCGCUGCAAGUUGAAAA-------
.(((((...((((((((.(......).)).))))))...((((.(((....))).)))))))))....(((((((.......))))))).....(((.((.....)).)))..------- ( -31.00, z-score =  -0.56, R)
>consensus
UAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCA___AGGUAUCCGCUGCCUUCUUCGUCAGAGAAGGGGUCAUCGAGUCGCUGCAUUGAUUGCGAUAGUCCCAUGCCGCUGCAGCGUGCAAU_______
..((((((((((((((..(((((....(((((.....))))).((((......)))))))))..)))..))).(((.....)))))))))))............................ (-31.77 = -32.07 +   0.30)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 751,674 – 751,764
Length 90
Sequences 12
Columns 101
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.03
Shannon entropy 0.53302
G+C content 0.49587
Mean single sequence MFE -26.38
Consensus MFE -19.00
Energy contribution -19.08
Covariance contribution 0.08
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -0.91
Structure conservation index 0.72
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 1.10
SVM RNA-class probability 0.891689
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 751674 90 - 27905053
---------AUACAGAAUGUGACG--AAGCCCACAAGGACUUACUUGAGAACGCAUGUGGCCGAUAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCAAGGUAUCCGCUGC
---------.......(((((..(--.....).((((......))))....)))))(..((.(((((((((((((...)))))))))....)))).))..) ( -24.50, z-score =  -0.04, R)
>droSec1.super_6 847902 92 - 4358794
---------AUACAGAAUGUGCCGGGGAACGCAAAAGGACUUACUUGAGAACGCAUUUGGUCGAUAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCAAGGUAUCCGCUGC
---------...(((...(((((..(((.(((..(((......)))..((.(((...(((((.....)))))..))))).))).)))..)))))...))). ( -26.60, z-score =  -0.34, R)
>droSim1.chr3R 792698 92 - 27517382
---------AUACAGAAUGUGCCGGGGAACGCAAAAGGACUUACUUGAGAACGCAUGUGGUCGAUAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCAAGGUAUCCGCUGC
---------...(((...(((((..(((.(((..(((......)))..((.(((..(..(((.....)))..).))))).))).)))..)))))...))). ( -28.20, z-score =  -0.62, R)
>droYak2.chr3R 1073142 86 - 28832112
---------AUGCAGAAUGGUCCG------CCUAAGGAACUUACUUGAGAACGCAUGUGGUCGAUAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCAAGGUAUCCGCUGC
---------..((((...((....------))...(((((((..((((..((....))..))))..(((((((((...))))))))).)))).))).)))) ( -25.00, z-score =   0.00, R)
>droEre2.scaffold_4770 1049942 86 - 17746568
---------AUGCAGAAUGUGCCG------UCACAAGAACUUACUUGAGAACGCAUGUGGUCGAUAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCAAGGUAUCCGCUGC
---------..((((...((((((------((.((((......)))).((.((....)).))))).(((((((((...)))))))))..)))))...)))) ( -28.20, z-score =  -1.18, R)
>droAna3.scaffold_13340 22963337 101 - 23697760
GUAAUUAAUGUGGCUCUCAUACUAAUUGAGAAUGGAUAACUCACUUGAGAACGCAUGUGGUCGGUAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCAAGGUAUCCGCUGC
.........(..(((((((.......)))))..(((((.(((((.((......)).))).......(((((((((...))))))))).)).)))))))..) ( -30.10, z-score =  -1.31, R)
>dp4.chr2 8752305 86 + 30794189
--------------GAACUAGAGGGUUUAUUGUAGA-GACUAACUUGAGAACGCAUGUGGUCGAUAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCAAGGUAUCCGCUGC
--------------....(((.((((...((.((..-(((((...((......))..)))))..))(((((((((...)))))))))))...)))).))). ( -22.60, z-score =  -0.04, R)
>droPer1.super_3 2552595 86 + 7375914
--------------GAACUAGAGGGUUUAUUGUAGA-GACUAACUUGAGAACGCAUGUGGUCGAUAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCAAGGUAUCCGCUGC
--------------....(((.((((...((.((..-(((((...((......))..)))))..))(((((((((...)))))))))))...)))).))). ( -22.60, z-score =  -0.04, R)
>droWil1.scaffold_181130 8211561 93 + 16660200
-----AUAGAUAAUUUUUAAAGCGA--UGUCCUUUC-AACUCACUUGAGAACGCAUGUGGUCUAUAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCAAGGUAUCCGCUGC
-----...............(((((--((.((((..-...((((.((......)).))))......(((((((((...)))))))))))))))).)))).. ( -24.40, z-score =  -0.91, R)
>droMoj3.scaffold_6540 23724959 91 - 34148556
---------AUAUCUUACGCUUUAAAGAUAAAUUUA-CACUCACUUGAGAACGCAUGUGGUCUGUAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCAAGGUAUCCGCUGC
---------.((((((........))))))......-..(((....)))...(((.((((.((...(((((((((...)))))))))..))...))))))) ( -26.00, z-score =  -1.76, R)
>droVir3.scaffold_12855 8525538 86 - 10161210
--------------AAAUAAUUUUGUUUUCUGUGAA-AACUCACUUGAGAACGCAUGUGGUCUGUAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCAAGGUAUCCGCUGC
--------------..........((((((.((((.-...))))..))))))(((.((((.((...(((((((((...)))))))))..))...))))))) ( -29.90, z-score =  -3.52, R)
>droGri2.scaffold_15074 5107458 95 - 7742996
---AAUCAAAUGCCUUAUAAUAUGA--UUUGGAUGG-CACUCACUUGAGAACGCAUGUGGUCUGUAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCAAGGUAUCCGCUGC
---.......((((...(((.....--.)))...))-))(((....)))...(((.((((.((...(((((((((...)))))))))..))...))))))) ( -28.50, z-score =  -1.20, R)
>consensus
_________AUACAGAAUGAGCCGG__UACUCUAAA_AACUCACUUGAGAACGCAUGUGGUCGAUAGGAUUGUCGCGUCGGCGAUCCAAGGUAUCCGCUGC
.......................................(((....)))...(((.((((......(((((((((...))))))))).......))))))) (-19.00 = -19.08 +   0.08)

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