Sequence ID | dm3.chr3RHet |
---|---|
Location | 373,384 – 373,498 |
Length | 114 |
Max. P | 0.998001 |
Location | 373,384 – 373,498 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 75.59 |
Shannon entropy | 0.45768 |
G+C content | 0.58466 |
Mean single sequence MFE | -43.87 |
Consensus MFE | -26.48 |
Energy contribution | -26.65 |
Covariance contribution | 0.17 |
Combinations/Pair | 1.37 |
Mean z-score | -2.92 |
Structure conservation index | 0.60 |
Background model | dinucleotide |
Decision model | sequence based alignment quality |
SVM decision value | 3.23 |
SVM RNA-class probability | 0.998001 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3RHet 373384 114 + 2517507 CUAUAGUCACCGAUCGUGGCCACUACCUGGUCCUGAUCCACACU-CUGUACCACACCACAGCUACAGAGGCGACAACGAGGUGACUG--UGUUGUGGGCAGCAACUCGCCGCAACAC--- ....((((((((((((.(((((.....))))).)))))....((-(((((.(........).)))))))..........)))))))(--((((((((.(........))))))))))--- ( -44.30, z-score = -2.90, R) >droAna3.scaffold_12911 3477394 110 - 5364042 -------CACUGAUCGUGGCCACCACCUGGUCUUGAUCUGCUCUGCAAUGCCACACGA---CUGUAGAGGCACCUGCCGAGUGACCGGCCGUUGUGGGCAGCCACUUGCCACAACGGUAC -------....(((((.(((((.....))))).))))).((((.(((.((((.(((..---..)).).))))..))).)))).....((((((((((.(((....))))))))))))).. ( -43.60, z-score = -1.74, R) >droEre2.scaffold_4845 20484262 98 - 22589142 CUAUAGUCACCGAUCGUGGCCACCACCUGGUCCCGAUCCGCACU-C----------------UACAGAGGCGACAUCGAGGUGACUA--UGUUGUGGGCAGCAACGUGCCGCAACAC--- ..((((((((((((((.(((((.....))))).)))))(((.((-(----------------....)))))).......))))))))--)(((((((.((......)))))))))..--- ( -45.20, z-score = -4.40, R) >droYak2.chrU 25442332 114 - 28119190 CUACAGUCACCUAUCGGGGCCACCACCUUGACCCGAUCCGCACU-CAGUACCACACCAGAGCCACGGAUACGACAACAAGGUGGCUG--UGUUGUGGGCAGAAACGUAUCUUAACAC--- .(((((((((((.((((((......))))))..(((((((..((-(............)))...))))).))......)))))))))--))..(((...(((......)))...)))--- ( -33.60, z-score = -0.77, R) >droSec1.super_94 7367 114 - 93855 CCAUAGUCGCCGAUCGGGGCCACCACCUGGUCCUGAUCUGCACU-CUGUACCACACCACAGCUACAGAGACGUCAACGAAGCGACUG--UGUUGUGGGCAGCAACUCGCCGCAACAC--- ....((((((.(((((((((((.....)))))))))))....((-(((((.(........).)))))))...........))))))(--((((((((.(........))))))))))--- ( -48.30, z-score = -3.93, R) >droSim1.chrU 10210250 114 - 15797150 CUAUAGUCACCGAUCGUGGCCACCACCUGGUCCAGAUCCGCACU-CUGUACCACACCACAGCUACAGAGGCGACAACGAGGUGACUG--UGUUGUGGGCAGCAACUCGCCGCAACAC--- ....(((((((((((.((((((.....))).)))))))(((.((-(((((.(........).)))))))))).......)))))))(--((((((((.(........))))))))))--- ( -48.20, z-score = -3.80, R) >consensus CUAUAGUCACCGAUCGUGGCCACCACCUGGUCCUGAUCCGCACU_CUGUACCACACCACAGCUACAGAGGCGACAACGAGGUGACUG__UGUUGUGGGCAGCAACUCGCCGCAACAC___ ...(((((((((((((.(((((.....))))).)))))..............................(....).....))))))))..((((((((...........)))))))).... (-26.48 = -26.65 + 0.17)
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