| Sequence ID | dm3.chr3L |
|---|---|
| Location | 22,471,769 – 22,471,885 |
| Length | 116 |
| Max. P | 0.592644 |
| Location | 22,471,769 – 22,471,885 |
|---|---|
| Length | 116 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 93.35 |
| Shannon entropy | 0.15031 |
| G+C content | 0.45868 |
| Mean single sequence MFE | -34.85 |
| Consensus MFE | -29.36 |
| Energy contribution | -29.19 |
| Covariance contribution | -0.16 |
| Combinations/Pair | 1.24 |
| Mean z-score | -1.59 |
| Structure conservation index | 0.84 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.21 |
| SVM RNA-class probability | 0.592644 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3L 22471769 116 + 24543557 ----AGCAGUCGAGACAGGUGUGGCCGUCAACCGGCAAUCAACUUUCAUUUAGCAGCAUCAUUUGUCACGCUUGUUUAUUGCCCGGUUACGUGUUGGUCGCACUUAAUGGCUGUUAUUGU ----((((((((....(((((((((((.(((((((((((.(((........(((.(((.....)))...))).))).)))).)))))....)).)))))))))))..))))))))..... ( -38.30, z-score = -2.33, R) >droSim1.chr3L 21781538 116 + 22553184 ----AGCAGUCGAAACAGGUGUGGCCGUCAACCGGCAAUCAACUUUCAUUUAGCAGCAUCAUUUGUCACGCUUGUUUAUUGCCCGGUUACGUGUUGGUCGCACUUAAUGGCUGUUAUUGU ----((((((((....(((((((((((.(((((((((((.(((........(((.(((.....)))...))).))).)))).)))))....)).)))))))))))..))))))))..... ( -38.30, z-score = -2.57, R) >droSec1.super_11 2407571 116 + 2888827 ----AGCAGUCGAAACAGGUGUGGCCGUCAACCGGCAAUCAACUUUCAUUUAGCAGCAUCAUUUGUCACGCUUGUUUAUUGCCCGGUUACGUGUUGGUCGCACUUGAUGGCUGUUAUUGU ----((((((((...((((((((((((.(((((((((((.(((........(((.(((.....)))...))).))).)))).)))))....)).)))))))))))).))))))))..... ( -41.40, z-score = -3.08, R) >droYak2.chr3L 1258158 116 - 24197627 ----AGCAGUCGAAACAGGUGUGGCCGUCAACCGGCAAUCAACUUUCAUUUAGCAGCAUCAUUUGUCACCCUUGUUUAUUGCCCGGUUACGUGUUGGUCGCACUUAAUGGCUGUUAUUGU ----((((((((....(((((((((((.(((((((((((.(((.........((((......)))).......))).)))).)))))....)).)))))))))))..))))))))..... ( -36.79, z-score = -2.38, R) >droEre2.scaffold_4784 22141214 116 + 25762168 ----AGCAGUCGAAACAGGUAUGGCCGUCAACCGGCAAUCAACUUUCAUUUAGCAGCUUCAUUUGUCACGCUUGUUUAUUGCCCGGUUACGUGUUGGUCGCACUUAAUGGCUGUUAUUGU ----((((((((....((((.((((((.(((((((((((.(((........(((.((.......))...))).))).)))).)))))....)).)))))).))))..))))))))..... ( -30.50, z-score = -0.52, R) >droAna3.scaffold_13337 22209640 116 + 23293914 ----AGCAGUCGAAACAGGUGUGGUCGUCAACUGGCAAUCAACUUUCAUUUAGCAGCUUCAUUUGUCUCGCUUGUUUAUUGCCCGGUUACGUGUUGGCCUUGCUUAAUGCCCGUUAUUGU ----.(((((...(((.((((((((.((((((.((((((.(((........((((((.......).)).))).))).))))))((....)).))))))...)))..))))).)))))))) ( -25.00, z-score = 0.92, R) >dp4.chrXR_group8 138960 116 + 9212921 ----AGCAGUCGAAACAGGUGUGGCCGUCAACUGGCAAUCAACUUUCAUUUAGCAGCAUCAUUUGUCACGCUUGUUUAUUGCCCGGUUACGUGUUGGCCACACUUAAUGGCUGUUAUUGU ----((((((((....(((((((((((.(((((((((((.(((........(((.(((.....)))...))).))).)))).)))))....)).)))))))))))..))))))))..... ( -39.20, z-score = -2.70, R) >droPer1.super_80 157797 115 - 286535 ----AGCAGUCGAAACAGGUGUGGCCGUCAACUGGCAAUCAACUUUCAUUUAGCAGCAUCAUUUGUCACGCU-GUUUAUUGCCCGGUUACGUGUUGGCCACACUUAAUGGCUGUUAUUGU ----((((((((....(((((((((((.(((((((((((............((((((............)))-))).)))).)))))....)).)))))))))))..))))))))..... ( -39.32, z-score = -2.76, R) >droWil1.scaffold_180698 4088695 112 - 11422946 --------CUGGGUCCAGGUGUGGCCGUCAACUGGCAAUCAACUUUCAUUUAGCAGCAUCAUUUGUCACGCUUGUUUAUUGCCCAGUUACGUGUUGGUCAGACUUAAUGGCUGUUAUUGU --------...((((.((((.((((((.(((((((((((.(((........(((.(((.....)))...))).))).)))).)))))....)).)))))).))))...))))........ ( -28.10, z-score = 0.17, R) >droVir3.scaffold_13049 7945056 116 - 25233164 ----GGCAGUCAAAACAGGUGUGGCCGUCAACUGGCAAUCAACUUUCAUUUAGCAGCAUCAUUUGUCACGCUUGUUUAUUGCCCGGUUACGUGUUGGUCAGACUUAAUGGCUGUUAUUGU ----((((((((....((((.((((((.(((((((((((.(((........(((.(((.....)))...))).))).)))).)))))....)).)))))).))))..))))))))..... ( -33.20, z-score = -1.15, R) >droMoj3.scaffold_6680 2444550 116 - 24764193 ----GGCAGUCAAAAUAGGUGUGGCCGUCAACUGGCAAUCAACUUUCAUUUAGCAGCAUCAUUUGUCACGCUUGUUUAUUGCCCGGUUACGUGUUGGUCAGACUUAAUGGCUGUUAUUGU ----((((((((...(((((.((((((.(((((((((((.(((........(((.(((.....)))...))).))).)))).)))))....)).)))))).))))).))))))))..... ( -34.80, z-score = -1.87, R) >droGri2.scaffold_15110 14895687 120 + 24565398 UGCAGUCAGUCGAAACAGGUGUGGCCGUCAACUGGCAAUCAACUUUCAUUUAGCGGCAUCAUUUGUCACGUUUGUUUAUUGCCCGGUUACGUGUUGGUCAGACUUAAUGGCUGUUAUUGU .(((((((((((....((((.((((((.(((((((((((.(((.........(.((((.....)))).)....))).)))).)))))....)).)))))).))))..))))))..))))) ( -33.32, z-score = -0.79, R) >consensus ____AGCAGUCGAAACAGGUGUGGCCGUCAACUGGCAAUCAACUUUCAUUUAGCAGCAUCAUUUGUCACGCUUGUUUAUUGCCCGGUUACGUGUUGGUCACACUUAAUGGCUGUUAUUGU ....((((((((....((((.((((((.(((((((((((.(((........(((.(((.....)))...))).))).)))).)))))....)).)))))).))))..))))))))..... (-29.36 = -29.19 + -0.16)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Tue Apr 19 23:44:54 2011